孫慎行，字聞斯，江蘇武進(jìn)人。年輕時(shí)聽到外祖父唐順之的緒論，就十分喜好讀書。萬歷二十三年(1595)，考中進(jìn)士第三名，授職編修，積官至左庶子。幾次請假定居鄉(xiāng)里，閉門絕交，精心鉆研理學(xué)。有人求見，都不接納，有人向他詢問政事，他也不回答。

　　萬歷四十一年(1613)五月從少詹事提拔為禮部右侍郎，代理本部事務(wù)。正在這時(shí)，城郊祖廟大規(guī)模宴享各禮節(jié)，皇帝有二十多年沒有親自主持，東宮太子停止講讀已有八個(gè)年頭，皇帝長孫九歲了還沒有請外面的老師，瑞王二十三歲尚未成婚，楚王同族的人禁錮很久沒有釋放，代王廢除大兒子立小兒子，好久都不更正，臣子的奏章上疏全部扣留禁中，福王府莊田超過四萬頃。針對上述情況，孫慎行痛切進(jìn)諫。此后，考慮到東宮太子開講，皇帝孫子請老師，關(guān)系到宗廟社稷的安危，上疏多達(dá)七八次。代王廢除長子朱鼎渭，立愛子朱鼎莎，李廷機(jī)當(dāng)侍郎的時(shí)候主持這事，這以后，大臣們上疏一百多道爭論，皇帝都不省悟。孫慎行多次上疏力爭，才得以改正。楚王族人打死巡撫趙可懷，為首的六個(gè)人處以死刑，又將朱英女蕉等二十三人囚禁在監(jiān)牢里面，將朱蘊(yùn)鈁等二十三人關(guān)押在很遠(yuǎn)的地方。孫慎行極力辯白他們并非謀反，各人因此得以釋放。皇太子雖已確立，福王還滯留京城，需要四萬頃莊田才離開，勢利小人多暗中偵察。朝臣請求讓福王回王國的人越多，皇帝就越推遲他的行期。孫慎行上疏十幾次，都不見省悟。最后，貴妃又請皇帝挽留福王慶賀太后七十年的壽辰，大家的議論更加紛揚(yáng)。孫慎行于是聯(lián)合文武大臣跪在宮殿前極力請求，大學(xué)士葉向高也竭力爭辯?；实鄄坏靡?，答應(yīng)明年陰歷三月讓他回王國，大家的情緒才安定下來。

　　韓敬議論科舉考試，孫慎行準(zhǔn)備廢黜韓敬。他在家鄉(xiāng)居住時(shí)一向在東林講學(xué)，韓敬的同黨很忌恨他。正好吏部侍郎空缺，朝廷議論讓李志改任吏部左侍郎，孫慎行為右侍郎，任命都還沒有下達(dá)。御史過廷訓(xùn)于是說李志未到任，何必再推舉孫慎行，給事中亓詩教附和他。孫慎行于是四次上疏請求回家，到城外等候命令，皇帝于是同意了。不久考核京官，御史韓浚等人因?yàn)榇叽俑Ｍ趸貒?，認(rèn)為孫慎行求取功名，把他的名字寫進(jìn)糾察過失的上疏中，皇帝清楚他無罪，孫慎行幸免于難。

　　熹宗即位，征召授官禮部尚書。當(dāng)初，光宗皇帝病情加重，鴻臚寺丞李可灼進(jìn)獻(xiàn)紅鉛藥丸，不久皇帝駕崩，朝廷大臣輪流上書彈劾他。大學(xué)士方從哲草擬圣旨讓他稱病回家，贈(zèng)送給他金幣。天啟二年(1622)四月，孫慎行回到朝廷，上疏說：

　　“先皇帝死得這么快，雖然說有舊病，實(shí)際上是治病的人用藥不慎重。讀官府的報(bào)紙，得知李可灼的紅丸是首輔方從哲進(jìn)獻(xiàn)的。李可灼不是宮內(nèi)太醫(yī)，紅丸不知道是什么藥，卻竟敢那么快地進(jìn)獻(xiàn)給皇帝。往昔許悼公喝太子藥而死，太子就自殺了，《春秋》還記載為弒君。然而方從哲應(yīng)該如何處置？快點(diǎn)拿劍自殺向先皇帝謝罪，是上等行為；關(guān)了門躺在草席上，等候司法部門處理，是次等行為。他卻竟敢如此兇狠不加任何考慮。等到滿朝大臣一起攻擊李可灼時(shí)，方從哲只是命令他回家休整，難道不是因?yàn)樽约号e薦了李可灼，恐怕跟他一起受處分嗎？我以為方從哲縱然不是有心弒君，卻造成了弒君的事實(shí)；想要洗刷弒君的罪名，難逃弒君的事實(shí)?！秾?shí)錄》中如果想要替君父避諱，不得不直接寫上方從哲連續(xù)進(jìn)獻(xiàn)二顆藥丸，皇帝片刻駕崩，恐怕到了后代，要想真相大白于天下，是不能夠了。

　　“然而方從哲的罪行實(shí)在不止于此。首先有皇貴妃想立為皇后的事情。自古以來沒有皇帝一死就立皇后的。倘若不是禮官上疏，言路極堅(jiān)持，豈不是要嫁禍于國家嗎！其次有謚號(hào)皇祖為恭皇帝的事情。遍考晉、隋、周、宋各朝，凡是末代亡國的君主都謚號(hào)為“恭”，方從哲卻將它加在我朝皇祖的頭上，難道真是不學(xué)無術(shù)，實(shí)際是在詛咒我國已經(jīng)快要亡國了，其居心何在？最后有選侍垂簾聽政的事情。劉遜、李進(jìn)忠這二個(gè)些微小臣，何至于如此大膽，口出狂言。或以為二小臣早就把黃金寶物送到方從哲家，如果不是九卿、臺(tái)諫極力請求移宮，選侍一旦得志，陛下將無立足之地。聽說那時(shí)方從哲遲遲不肯進(jìn)奏，科臣催促他，他卻說遲幾天沒關(guān)系。放任太監(jiān)肆意囂張，忍心看著皇上不安，做大臣的應(yīng)該像這樣無動(dòng)于衷么？

　　“我在禮部說有關(guān)禮的事情。他罪惡滔天，毫無生路可言。至于其他督戰(zhàn)誤國，欺上徇私，縱情聲色，踐踏國法，冒犯天下名義，釀成國家災(zāi)害的罪行，我不能一一列舉。陛下應(yīng)立即聲討這賊臣，以雪不共戴天之仇。不要問身旁的人，身旁的人都是方從哲巴結(jié)好了的。不要拘禁忌諱的人，那些人都是方從哲布置好了的。請求皇上立即誅殺李可灼，以泄神人之共憤?！?br />
　　當(dāng)時(shí)全國都痛恨方從哲，孫慎行的言論雖過于尖刻，然而大家都認(rèn)為他說得對?？吹缴磉呌H侍多為方從哲說話，皇帝于是說：“方從哲一向忠誠小心，李可灼進(jìn)藥本是先皇帝的意思。你的話雖出于忠誠愛護(hù)，事情卻是傳聞。連同進(jìn)封、移宮等事情，當(dāng)天九卿、臺(tái)諫官親眼看到的，當(dāng)據(jù)實(shí)上報(bào)，用以釋解大家的疑慮?！庇谑欠綇恼苌鲜柁q解。刑部尚書黃克纘偏袒方從哲，也為他曲意辯解。孫慎行又上疏駁斥，說：“此前過于相信李可灼，罪在輕視進(jìn)藥；此后曲意庇護(hù)李可灼，罪在不聲討盜賊。二者都不能開脫弒君的罪名。方從哲說移宮有真憑實(shí)據(jù)，但各臣的請求是在初二，方從哲的請求是在初五。那時(shí)奏章上疏送到乾清宮不送到慈寧宮已有三天，國家大事幾乎中斷，不是其他輔臣調(diào)查獲悉，與朝臣極力請求，其危害真是一言難盡??！臣恭敬拜讀皇帝的詔書，其中說：‘輔臣的意義在于分管國事，替朕分擔(dān)憂愁?，F(xiàn)在這種局面，為何不代朕傳一句話，平息各種意見糾紛，君臣之間的大義到哪里去了？’又說：‘朕不能忍受侮辱虐待，六七天都在日夜哭泣?！綇恼苁穷櫭现爻?，假使他能稍微有所行動(dòng)，何至于讓至尊的皇帝如此憂憤危險(xiǎn)！他阿諛奉承太監(jiān)是那么多，感戴皇帝的圣明是如此少，所以膽敢侮辱皇帝的祖先，違抗皇帝的父親，而欺負(fù)皇帝陛下啊?！弊詈笥謽O力說明黃克纘的荒謬。二疏章一起交朝廷討論。不久上報(bào)皇帝，只是將李可灼下獄發(fā)配邊地，方從哲不問罪。

　　山東巡撫報(bào)告，五月中旬，大白天月亮和星星一齊出現(xiàn)了。孫慎行以為非常怪異，上疏請求皇帝修身反省，語言非常直率中肯。秦王朱誼氵患由庶受封，排行老四按規(guī)矩不應(yīng)該封為郡王，重禮賄賂皇帝近臣，才得圣旨批準(zhǔn)。孫慎行堅(jiān)決不接受詔書，三次上疏爭辯，沒有結(jié)果。七月稱病離職。

　　這一年冬天，朝廷推舉內(nèi)閣大臣，以孫慎行第一，吏部侍郎盛以弘第二。魏忠賢壓制不任用，任用顧秉謙、朱國禎、朱延禧、魏廣微，朝臣大吃一驚。葉向高接連上疏請求任用孫、盛二人，最終沒有效果。此后，魏忠賢氣焰囂張，討論編寫《三朝要典》，孫慎行列為“紅丸案”的首犯。同黨張?jiān)G于是上疏極力詆毀，下詔剝奪官籍。不久，劉志選又兩次上疏追查揭發(fā)，下詔撫按調(diào)查審訊，發(fā)配寧夏充邊，沒有出發(fā)，莊烈皇帝即位，赦免了他。

　　崇禎元年(1628)命令以原來官職協(xié)助治理詹事府，極力推辭不到任。孫慎行操守嚴(yán)峻，品行純潔，為一代官吏之宗師。朝士多數(shù)推舉他進(jìn)入內(nèi)閣，吏部尚書王永光極力排斥他，終究不被任用。八年，推舉內(nèi)閣大臣，幾次皇帝都不滿意。最后把孫慎行、劉宗周、林钅干的名字上報(bào)，皇帝立即召見他們。孫慎行已經(jīng)患病，剛到北京就死了。贈(zèng)封太子太保，謚號(hào)文介。