孫承宗，字稚繩，高陽人。身材高大，相貌奇特，滿臉絡(luò)腮胡，硬邦邦地挺立著。跟人說話，聲若洪鐘，響震屋瓦。最初為縣學(xué)生員在邊境省份講授經(jīng)文，他來往于飛狐、拒馬之間，一直跑到白登，又從紇干、清波故道南下。喜歡跟隨一些低級(jí)武官和老兵們探求考察軍事險(xiǎn)要地形和關(guān)隘，因此通曉邊防事務(wù)。
萬歷三十二年(1604)考中進(jìn)士第二名，任命為編修，提拔為中允大夫。“梃擊”事變發(fā)生后，大學(xué)士吳道南征求他的意見，孫承宗回答說：“事情涉及到東宮太子，不能不追究；事情牽連到鄭貴妃，不能深追究。龐保、劉成以下，不能不追究；龐保、劉成以上，不能深追究。”吳道南按照他說的，將官司結(jié)案上報(bào)，這事才平定下來。派出主持應(yīng)天府鄉(xiāng)試，發(fā)出的試題中寫了他的話，觸犯了那些拉幫結(jié)派的人的忌諱，準(zhǔn)備利用考核外地官員的機(jī)會(huì)把他派往外地，學(xué)士劉一火景保護(hù)他，才得以避免。歷任太子諭德、洗馬等職。
熹宗皇帝即位，以左庶子的身份充當(dāng)日講官。皇帝每次聽孫承宗講課，都說：“很受到啟發(fā)。”所以對(duì)他特別看重。天啟元年(1621)提升少詹事。這時(shí)沈陽、遼陽相繼失守，整個(gè)朝廷爭論得不可開交。御史方震孺請(qǐng)求罷免兵部尚書崔景榮，讓孫承宗代替他。朝臣也都以為孫承宗懂軍事，于是推舉他為兵部新增設(shè)的侍郎，主持東邊的戰(zhàn)局?；实鄄幌胱寣O承宗離開講席，二次上疏都不同意。天啟二年(1622)提拔為禮部右侍郎，協(xié)助管理詹事府。
不久，大清兵進(jìn)逼廣寧，王化貞棄城逃跑，熊廷弼跟他一起進(jìn)入關(guān)內(nèi)。兵部尚書張鶴鳴害怕獲罪，外出巡視邊防?；实蹖?duì)東邊的戰(zhàn)局也很著急，于是任命孫承宗為兵部尚書兼東閣大學(xué)士，入朝辦事。過了幾天，命令他以閣臣身份掌管兵部事務(wù)。孫承宗上疏說：“近年來部隊(duì)經(jīng)常不操練，軍餉經(jīng)常不能核實(shí)。用武將使用部隊(duì)，卻用文官去招募訓(xùn)練。用武將臨陣指揮作戰(zhàn)，卻用文官指揮調(diào)遣。用武將防備邊疆，卻每天在幕僚中增加文官。邊防事務(wù)由經(jīng)略、督撫擔(dān)任，卻每天在朝廷詢問戰(zhàn)守的情況。這是最大的弊病?，F(xiàn)在國家應(yīng)當(dāng)加重武將的權(quán)力。選擇一個(gè)沉著杰出而有氣量謀略的人，授給他全權(quán)，使他能夠?qū)Ω睂⒁韵碌墓俦孕刑幹?，而不受到一些自以為是的文官的管制。?duì)于邊防戰(zhàn)爭的小勝小敗，都不值得去過問，關(guān)鍵是要守住各關(guān)隘，不要讓敵人擅自入關(guān)，然后想辦法慢慢收復(fù)失地?！庇谑欠謩e寫上安撫西部、救濟(jì)遼陽的難民、檢查京師部隊(duì)、增設(shè)永平大帥、修筑薊鎮(zhèn)的道路、開辟京東地區(qū)的屯田等對(duì)策。皇帝高興地采納了。這時(shí)邊防多次告急，內(nèi)閣大臣只希望暫時(shí)相安無事，而議論卻一天比一天紛擾起來。孫承宗于是請(qǐng)求將熊廷弼交給法官，跟王化貞一起審判，以糾正朝中結(jié)黨袒護(hù)之風(fēng)。又請(qǐng)求逮捕給事中明時(shí)舉、御史李達(dá)，以懲戒那些使得四川招致兵災(zāi)戰(zhàn)亂的人。又請(qǐng)求查辦遼東巡撫方震孺、登萊監(jiān)軍梁之垣、薊州兵備邵可立，以警告那些占據(jù)官職沒有作為的人。各人先后都受到處分，朝廷大官為之動(dòng)容，而那些仇視他、怨恨他的人也很多。
兵部尚書王在晉代替熊廷弼巡視治理遼東，與總督王象乾互相依靠勾結(jié)，十分親密。王象乾在薊門的時(shí)間很長，熟悉西部各民族的性情，西部人也很愛戴他。然而實(shí)際上沒有別的才能，只不過靠給一些財(cái)物來拉攏他們，希望能夠平安地以年紀(jì)大了離職罷了，王在晉計(jì)劃用西部兵襲擊廣寧，王象乾教導(dǎo)他說：“攻占廣寧，不能防守，罪責(zé)更大，不如設(shè)置險(xiǎn)要重兵防守關(guān)隘。防守山海關(guān)以拱衛(wèi)北京城?！蓖踉跁x于是請(qǐng)求在山海關(guān)以外的八里鋪構(gòu)筑重重關(guān)隘，派四萬人防守它。他的幕僚袁崇煥、沈翭、孫元化等人極力爭辯沒有結(jié)果，報(bào)告給首輔葉向高。葉向高說：“這事沒有辦法預(yù)料。”孫承宗請(qǐng)求親自前往裁決，皇帝十分高興，加封他為太子太保，賜給他蟒玉、銀幣。孫承宗抵達(dá)山海關(guān)，責(zé)問王在晉說：“新城建成后，就調(diào)舊城四萬人去防守嗎？”王在晉說：“不，應(yīng)當(dāng)另外增加兵力?！睂O承宗說：“照這樣的話，那么八里的范圍內(nèi)就有八萬防守部隊(duì)了。一片石的西北方不應(yīng)當(dāng)布置部隊(duì)嗎？況且在八里之內(nèi)構(gòu)筑工事，新城的后背就是舊城的腳底下。舊城周圍按品守陣埋下的地雷是為敵人布置的呢，還是為新城兵布置的呢？新城能夠守得住，還要舊城干什么？如果守不住，那么四萬新兵逃奔舊城之下，是準(zhǔn)備開關(guān)迎接他們進(jìn)城呢，抑或是閉關(guān)把他們交給敵人呢？”王在晉回答說：“關(guān)外還有三道關(guān)口可以讓他們進(jìn)入?！睂O承宗說：“如果這樣的話，那么敵人來了而我軍照樣逃跑，還要舊關(guān)干什么？”王在晉說：“準(zhǔn)備在山上建三座兵營，用來收容逃亡下來的士兵。”孫承宗說：“士兵還沒有敗逃卻建兵營等著他們，這是教他們逃跑。況且逃亡部隊(duì)可以進(jìn)入，敵人尾隨追擊也可以進(jìn)入?，F(xiàn)在不為收復(fù)失地打算，卻劃地為牢困守，將來關(guān)隘一旦喪失，敵人每天騷擾京畿內(nèi)地，京城以東能有一天安寧的日子嗎？”王在晉無言以對(duì)。孫承宗于是主張防守關(guān)外。監(jiān)軍閻鳴泰負(fù)責(zé)覺華島，袁崇煥負(fù)責(zé)寧遠(yuǎn)衛(wèi)。王在晉不同意。主張防守中前所。原監(jiān)司邢慎言、張應(yīng)吾從前線逃跑，此時(shí)正在山海關(guān)，都附和他。
當(dāng)初，王化貞等人逃跑后，從寧遠(yuǎn)以西的五城七十二堡全部被哈喇慎各部所占領(lǐng)，宣稱幫助政府軍保衛(wèi)邊防。前哨游擊左輔名義上駐扎中前所，實(shí)際上沒有離開八里鋪。孫承宗知道哈喇鎮(zhèn)各部不足以信任，而寧遠(yuǎn)衛(wèi)、覺華島是可以守得住的，于是決定把自己的意見告訴王在晉，跟他推心置腹地談了七天七夜，最終得不到他的響應(yīng)?；氐匠?，孫承宗說：“敵人尚未抵達(dá)鎮(zhèn)武而我軍自己焚燒了寧遠(yuǎn)衛(wèi)、中前所，這是前日經(jīng)略、巡撫的罪責(zé)；我軍放棄了寧遠(yuǎn)衛(wèi)、中前所，敵人最終沒有到來，而我軍不敢出山海關(guān)一步，這是今日守城將官的罪責(zé)。將官躲進(jìn)關(guān)內(nèi)，沒有能力回轉(zhuǎn)他們畏懼?jǐn)橙说男睦韥砦窇謬ǎ瑢⑺麄冎\取私利的智慧轉(zhuǎn)化為謀求殺敵的智謀，這是我和經(jīng)略大臣的罪責(zé)，與其拿百萬兩銀子浪費(fèi)到毫無用處的筑城上，不如加固寧遠(yuǎn)的要害地帶來防守?cái)橙?。八里鋪的四萬人擋住寧遠(yuǎn)的沖要，與覺華島互為掎角之勢。敵人窺探城門，命令覺華島上的士兵從三岔出擊。摧毀浮橋，繞到敵后打擊敵人。不但可以保證邊防安全，而且還可以收復(fù)二百里失地?？偠灾?，敵人的軍營一定不能讓他們靠近山海關(guān)，杏山的難民一定不能丟下不管，不全部破除庸人的議論，遼東戰(zhàn)局就不可能有作為?！逼渌嘘P(guān)軍事建置的上疏又有十多道?；实鄱几吲d地接受了。不久，侍奉皇帝講席，孫承宗面告王在晉不能任用，于是把他改派為南京吏部尚書，并且斥責(zé)逃跑的臣子邢慎言等人，而八里鋪修筑新城的議論也就停息了。
王在晉離職后，孫承宗自告奮勇地請(qǐng)求去統(tǒng)帥部隊(duì)，皇上下詔通知各邊防，讓孫承宗以原官職統(tǒng)領(lǐng)山海關(guān)和薊、遼、天津、登、萊各地的軍事事務(wù)，相機(jī)行事，不受朝中節(jié)制。而任用閻鳴泰為遼東巡撫。孫承宗于是征召職方主事鹿繼善、王則古為軍中的贊畫官，從國庫請(qǐng)款八十萬兩出發(fā)?；实厶匾鉃樗托?，賜給他尚方寶劍和坐蟒，內(nèi)閣大臣一直把他送到崇文門外。到達(dá)山海關(guān)后，孫承宗命令總兵江應(yīng)詔制定規(guī)章制度，僉事袁崇煥建造兵營房舍，舊將李秉誠操練火器，贊畫鹿繼善、王則古治理軍備，沈翭、杜應(yīng)芳修理兵器，司務(wù)孫元化興筑炮臺(tái)，中書舍人宋獻(xiàn)、羽林經(jīng)歷程倫主持購買馬匹，廣寧道僉事萬有孚主持采購木材。而派游擊祖大壽在覺華島輔助金冠，副將孫諫在前屯幫助趙率教，游擊魯之甲拯救難民，副將李承先操練騎兵，參將楊應(yīng)乾招募遼人當(dāng)兵。
這個(gè)時(shí)候，山海關(guān)的士兵名義有七萬人，但是沒有紀(jì)律，冒領(lǐng)軍餉的很多。孫承宗大規(guī)模清查，淘汰逃將幾百人，遣返河南、真定疲乏的士兵一萬多人，將魯之甲拯救的七千名難民派往前屯當(dāng)兵。楊應(yīng)乾召募的遼兵派出去戍守寧遠(yuǎn)，和朝鮮商議派兵聲援。在東江犒勞毛文龍，命令他收復(fù)四衛(wèi)。發(fā)布檄文讓登州統(tǒng)帥沈有容前往占領(lǐng)廣鹿島。想以春防的名義親自前往登、萊商量進(jìn)軍收復(fù)失地，而朝中的意思是先用兵遼東，所以不允許。江應(yīng)詔被彈劾，孫承宗請(qǐng)求任用馬世龍代替他，以尤世祿、王世欽為南、北統(tǒng)帥，聽從馬世龍的指揮，還為馬世龍請(qǐng)求尚方寶劍，皇帝都同意了。馬世龍接受任命后，孫承宗為他筑臺(tái)，恭敬地實(shí)行授權(quán)禮儀。趙率教已在前屯駐守，將哈喇慎各部全部趕走，辦公的大本營還在八里鋪。王象乾建議設(shè)立水關(guān)，在關(guān)內(nèi)鎮(zhèn)守，孫承宗不同意，于是將大本營定在高臺(tái)堡。
這時(shí)，大清兵放棄廣寧離去，遼東的流民進(jìn)城居住。插漢的部隊(duì)把這消息報(bào)告了萬有孚，萬有孚計(jì)劃挾持西部人乘機(jī)殲滅他們，假充收復(fù)失地的功勞。孫承宗發(fā)布檄文說：“西部殺死我軍的，按照盟約所說的討伐他。”這一仗，保全活口一千多人?；实巯埠每疾爝叿狼闆r，這時(shí)命令東廠派人到宮門前，報(bào)告這事情的全部情況，稱為“澄清事實(shí)”。等到魏忠賢專權(quán)，派他的黨羽劉朝、胡良輔、紀(jì)用等四十五人攜帶內(nèi)庫的神炮、甲仗、弓箭之類武器數(shù)萬件到達(dá)山海關(guān)前，資助軍隊(duì)使用，又拿出白金十萬兩，蟒、麒麟、獅子、虎、豹等各種圖案的錢幣賞賜給官兵，賜給孫承宗蟒服、白金慰勞他，實(shí)際上是來偵察軍隊(duì)的情況。孫承宗正好出關(guān)巡視寧遠(yuǎn)，半路上聽說了，立即上疏說：“宦官觀察部隊(duì)，自古以來都是被戒除的?！被实巯轮即饛?fù)他。使者到來后，聊具一杯清茶而已。
閻鳴泰出任巡撫，是孫承宗舉薦的，后來知道他沒有實(shí)際才干，有關(guān)軍事事情經(jīng)常不跟他商量。閻鳴泰很不高興，請(qǐng)求辭職，孫承宗也稱病。言官們都挽留孫承宗，詆毀閻鳴泰，巡關(guān)御史潘云翼再上疏彈劾他，皇帝于是罷免閻鳴泰，而用張鳳翼代替他。張鳳翼膽小，又主張防守山海關(guān)。孫承宗不高興，于是再次出關(guān)巡視。抵達(dá)寧遠(yuǎn)，召集將官討論防守情況，很多人都贊同張鳳翼的意見，唯獨(dú)只有馬世龍請(qǐng)求守衛(wèi)中后所，而袁崇煥、鹿繼善及副將茅元儀極力請(qǐng)求防守寧遠(yuǎn)，孫承宗認(rèn)為應(yīng)該如此，意見才確定下來。命令祖大壽興修工事，袁崇煥、滿桂防守。在這之前，虎部偷偷跑出來搶劫，趙率教逮捕殺死四人。王象乾想殺趙率教報(bào)答虎部，孫承宗不同意。而孫承宗派遣的王楹駐守中右，保護(hù)士兵外出采集木材，被西部朗素殺害了。孫承宗憤怒了，派馬世龍去圍剿。王象乾擔(dān)心破壞安撫的局面，命令朗素捆綁逃亡的平民充當(dāng)殺死王楹的人獻(xiàn)出來，又增加賞金一千兩。孫承宗正準(zhǔn)備上疏爭論，而王象乾因?yàn)楦改傅膯识Y離職了。
孫承宗擔(dān)心掌管錢款的人阻撓自己的權(quán)力，說督師、總督可以不兼設(shè)，請(qǐng)求罷免自己，如果不行，就不推舉總督。并且請(qǐng)求把遼東巡撫移到寧遠(yuǎn)駐扎?；实勖钔Ｖ箍偠酵扑]。而張鳳翼認(rèn)為是把自己放到死亡地帶，因而十分懷恨孫承宗。跟他的同鄉(xiāng)潘云翼、萬有孚等人極力誹謗馬世龍，來動(dòng)搖孫承宗。不久，萬有孚被薊州巡撫岳和聲彈劾，更加懷疑是袁崇煥和馬世龍?jiān)O(shè)下的陷阱。于是一起造謠，阻撓出關(guān)的計(jì)劃。給事中解學(xué)龍于是極力議論馬世龍的罪行。孫承宗很氣憤，上疏陳述防守御敵的對(duì)策，說：“在國門之內(nèi)抵抗敵人，跟在國門之外抵抗敵人，情況是有區(qū)別的。我軍將敵人趕到二百里之外，跟敵人趕我軍到二百里之內(nèi)，情況又是有區(qū)別的。廣寧，離我軍遠(yuǎn)而距敵人近，寧遠(yuǎn)，離我軍近而距敵人遠(yuǎn)。我軍不向前進(jìn)逼敵人，敵人將會(huì)向前逼迫我軍?，F(xiàn)在既然不能收復(fù)遼東，而寧遠(yuǎn)、覺華島終不能夠放棄。請(qǐng)求皇帝下詔讓朝臣討論以下問題：軍隊(duì)是否能夠長期駐守，糧餉是否能夠長期輸送，關(guān)外的土地人民是否可以拋棄，筑城屯田戰(zhàn)爭防守是否可以建立，再考察敵人的情況是否果真不出擊坐守等待就能夠消滅，我不敢做百年大計(jì)的長遠(yuǎn)考慮，只考慮到五年之內(nèi)究竟會(huì)出現(xiàn)什么情況。倘若我的話不恰當(dāng)，立即罷免卑職以確定國家大計(jì)，不要老是猶豫不決，讓那些貪生怕死、保全自己家人的臣子附合眾人之口，用殺死我一人來耽誤了國家大事?！庇譃轳R世龍辯解，揭發(fā)萬有孚等人相互勾結(jié)的情形。
萬有孚，是原侍郎萬世德的兒子，擔(dān)任廣寧理餉同知。廣寧失陷后逃回家，王象乾命名為廣寧道僉事，專門安撫插漢，大量侵吞財(cái)物。到這時(shí)因?yàn)閷O承宗的言論被罷免。張鳳翼也因?yàn)楦改傅膯适禄丶?，喻安性代替他。而朝臣認(rèn)為總督不能裁并，命令吳用先總督薊、遼，代替王象乾。孫承宗討厭本兵趙彥多從朝中制約，稱病請(qǐng)求辭職，推舉趙彥代替他讓趙彥下不了臺(tái)，朝廷認(rèn)為不可以。
這時(shí)寧遠(yuǎn)城工程竣工，關(guān)外一切防守工作都已齊備。孫承宗圖謀大的軍事行動(dòng)，上奏說：“先頭部隊(duì)已抵達(dá)連山、大凌河，盡快給我二十四萬兩軍餉，就可以立即取得軍事勝利?！被实勖钣嘘P(guān)部門滿足他的要求。兵部和工部相互商量說：“軍餉給足了，他就可以胡作非為，不如答應(yīng)他但不給他，文件來回往來就把這事拖延遲緩了?！睂O承宗再次上疏催促，把實(shí)情報(bào)告給皇帝，皇帝為此整頓各部官員，而部隊(duì)最終還是沒有出發(fā)。
當(dāng)初，方震孺、游士任、李達(dá)、明時(shí)舉被貶謫，孫承宗確實(shí)彈劾過他們，后都為他們請(qǐng)求寬恕，又稱贊楊鎬、熊廷弼、王化貞的功勞，請(qǐng)求皇帝免除他們的死刑，把他們發(fā)配充邊，舉朝嘩然。給事中顧其仁、許譽(yù)卿，御史袁化中紛紛上疏辯論駁斥，皇帝都置之不理。正好孫承宗敘論五防的功勞，各臣將要稱病乞求罷官，于是派遣宦官劉應(yīng)坤等人攜帶十萬兩國庫銀犒賞官兵，而賜給孫承宗坐蟒、膝..，另佐以金幣。
這個(gè)時(shí)候，魏忠賢更加擅權(quán)，因?yàn)閷O承宗功勞高，想拉攏他，叫劉應(yīng)坤等人表明自己的意圖。孫承宗不跟他說一句話，魏忠賢因此極恨他。正好魏忠賢驅(qū)逐楊漣、趙南星、高攀龍等人，孫承宗剛巡視薊鎮(zhèn)、昌平，想到上疏皇帝未必親自過目，過去在講席時(shí)，每次當(dāng)面上奏都有效果，孫承宗于是請(qǐng)求以祝賀皇帝壽辰為由，進(jìn)入朝廷當(dāng)面向皇帝報(bào)告機(jī)務(wù)事宜，想利用這個(gè)機(jī)會(huì)陳述魏忠賢的罪行。魏廣微聽到這消息，飛快報(bào)告魏忠賢：“孫承宗擁兵數(shù)萬人將要清除皇帝身邊的人。兵部侍郎李邦華作為內(nèi)應(yīng)，您立刻就有粉身碎骨的危險(xiǎn)了。”魏忠賢非常害怕，圍繞著皇帝的床哭，皇帝被感動(dòng)了，命令內(nèi)閣草擬圣旨，次輔顧秉謙舉筆寫道：“沒有皇帝的圣旨離開駐防之地，不是祖宗的法令，違抗的人絕不寬恕。”連夜打開禁宮大門召見兵部尚書，下三道命令派快騎兵制止他。又假傳圣旨告示防守九門的宦官，孫承宗如果到齊化門，將他捆綁送入。孫承宗到達(dá)通州，聽到命令就返回了。魏忠賢派人偵察，發(fā)現(xiàn)車子中放著一床用包裹包著的被子，后面只有鹿繼善一輛車子而已，這才稍微減少了懷疑。而魏忠賢的黨徒李蕃、崔呈秀、徐大化接連上疏詆毀孫承宗，竟把他比作王敦、李懷光。孫承宗于是閉門謝客，請(qǐng)求辭職。
天啟五年(1625)四月，給事中郭興治請(qǐng)求朝廷討論孫承宗的去留，議論冒領(lǐng)軍餉的又接踵而至，于是交給朝臣討論。吏部尚書崔景榮堅(jiān)持留用他，于是下詔挽留勉勵(lì)，而以精簡將官、淘汰士兵、清理糧餉三件事責(zé)令孫承宗的匯報(bào)，孫承宗正在派遣各將分別駐守錦州、大小凌河、松、杏、右屯各要害地區(qū)，開拓土地又有二百里，罷免大將王世欽、尤世祿，副將李秉誠、孫諫，裁軍一萬七千多人，節(jié)省開支六十八萬兩。而言官仍在不停地議論馬世龍。到了九月，才有柳河戰(zhàn)役的失敗，死亡四百多人，詳情參見《馬世龍傳》。于是臺(tái)省彈劾馬世龍，并提到孫承宗。送上的有數(shù)十道奏疏。孫承宗請(qǐng)求辭職更加堅(jiān)決，十月才得到批準(zhǔn)。先前已多次加封為左柱國、少師、太子太師、中極殿大學(xué)士，于是又特別加封光祿大夫，蔭庇他的兒子為中書舍人，賜給他蟒服、銀幣，在行人的保護(hù)下回家。而用兵部尚書高第代替他做經(jīng)略。不久，喻安性也被罷免，于是廢除巡撫不再設(shè)立。
當(dāng)初，高第極力壓制孫承宗，請(qǐng)求撤除關(guān)外兵來防守關(guān)內(nèi)。孫承宗反駁他，高第很不滿意。第二年，寧遠(yuǎn)被包圍，于是上疏說山海關(guān)關(guān)門只有五萬士兵，談?wù)撨@事的人更加以為是孫承宗的罪過。孫承宗向戶部報(bào)告說：“高第剛到山海關(guān)時(shí)，曾發(fā)給十一萬七千人的糧餉，現(xiàn)在只發(fā)給五萬人糧餉就足夠了。”高第果真因?yàn)檎f話荒謬而被定罪。后來魏忠賢派他的黨羽梁夢環(huán)巡視山海關(guān)，想羅織孫承宗的罪名，沒有得到什么就停止了。孫承宗在山海關(guān)四年，前后修復(fù)九座大城、四十五個(gè)城堡、練兵十一萬，建立戰(zhàn)車營十一個(gè)、水兵營五個(gè)、大炮營二個(gè)、前鋒后勁營八個(gè)，制造甲胄、器械、弓箭、炮石、渠答、鹵盾等器械一共有數(shù)百萬之多，開拓土地四百里，開辟屯田五千頃，每年收入十五萬兩銀子。后追敘寧遠(yuǎn)戰(zhàn)役的功績，蔭封兒子錦衣世襲千戶。
莊烈帝即位，王在晉進(jìn)入朝廷擔(dān)任兵部尚書，對(duì)孫承宗痛恨不已，堅(jiān)持說馬世龍和茅元儀迷惑中樞機(jī)構(gòu)，敗壞了邊關(guān)事，又唆使諫官等交口詆毀孫承宗，來阻止他出來做官。崇禎二年(1629)十月，大清兵進(jìn)入大安口，攻取遵化，將迫近北京城。朝臣爭相請(qǐng)求召回孫承宗。下詔以原官職兼兵部尚書防守通州，仍舊進(jìn)入朝廷朝見皇帝。孫承宗到任，皇帝在平臺(tái)召見他。慰勞完畢后，皇帝問他方法謀略。孫承宗報(bào)告說：“臣聽說袁崇煥駐守薊州，滿桂駐守順義，侯世祿駐守三河，這是很正確的。又聽說尤世威回到昌平，尤世祿駐守通州，似乎不大好。”皇帝問道：“愛卿想防守三河，是什么意圖？”孫承宗回答說：“守住三河可以阻止敵人向西逃跑，遏止敵人南下?！被实壅J(rèn)為很好，說：“你打算怎樣為朕保衛(wèi)京師？”孫承宗說：“當(dāng)此危難之際，守城的人苦于饑餓和寒冷，不是萬全之策，請(qǐng)求皇上整頓守城器械，加倍犒勞士兵，以安定人心?！彼龅挠?jì)謀都很合皇帝的心意?；实壅f：“愛卿不必前往通州，就為朕總督京城內(nèi)外的軍事事務(wù)，仍舊參與軍事策劃?！贝叽偈纵o韓火廣草擬詔書下發(fā)給有關(guān)部門鑄造邊防器具。孫承宗出來時(shí)，記時(shí)的漏刻已經(jīng)二十下了，立即檢閱環(huán)衛(wèi)都城部隊(duì)，五更時(shí)才結(jié)束，又出都城檢閱外城。第二天半夜，忽然傳旨孫承宗防守通州。這時(shí)戰(zhàn)爭的烽火已傳遍京師近郊，孫承宗率二十七名騎兵從東便門出發(fā)，中途逃亡了三人，快馬加鞭直抵通州，守城門的人幾乎不讓他們進(jìn)城。進(jìn)城之后，跟保定巡撫解經(jīng)傳、御史方大任、總兵楊國棟一起登上城墻加強(qiáng)防守。而大清兵已迫近都城，于是急忙派遣游擊尤岱率步騎三千人前往增援。片刻之后又派副將劉國柱統(tǒng)帥二千士兵與尤岱匯合，而派遣密云兵三千人駐守東直門，保定兵五千人駐守廣寧門。這期間派遣將領(lǐng)收復(fù)馬蘭、三屯二座城邑。
到十二月四日，就發(fā)生了祖大壽的兵變，祖大壽是遼東的前鋒總兵官，跟袁崇煥一起進(jìn)入衛(wèi)所?？吹皆鐭ㄏ陋z，害怕受到懲罰，于是跟副將何可綱等人率領(lǐng)所屬的一萬五千人向東逃散，遠(yuǎn)近的人都受到很大的震動(dòng)。孫承宗聽說，急忙派遣都司賈登科攜帶秘書的親筆信去勸慰祖大壽，而命令游擊石柱國飛馬前往安撫各軍。祖大壽看見賈登科，說：“我部士兵趕往前線支援，接連打勝仗，希望得到豐厚的獎(jiǎng)賞。城上的人都罵我們是強(qiáng)盜，投擲石塊打死了幾個(gè)人。派遣出去巡邏的士兵，被指責(zé)是間諜而把他們殺死了。立下了功勞卻被當(dāng)作罪過，所以要逃跑回來。我部應(yīng)當(dāng)直搗朵顏，然后回來負(fù)荊請(qǐng)罪，等候處罰。”石柱國追上各路部隊(duì)，將士們手持弓箭、大刀對(duì)著他，都流著眼淚說：“督師已被殺死，又將用大炮轟擊我軍，所以到了這里?！笔鶉€往前追，祖大壽已經(jīng)很遠(yuǎn)，于是返回。孫承宗報(bào)告說：“祖大壽的處境已經(jīng)非常危險(xiǎn)，他又不肯接受滿桂的指揮，于是造謠激發(fā)眾人東逃，并不是他的部下都想叛亂。應(yīng)當(dāng)免除殺戮，想方設(shè)法安撫人心。遼東將領(lǐng)很多是馬世龍的老部下，臣小心地見機(jī)行事，派遣馬世龍快馬前往通告，他的將士一定自動(dòng)歸順，祖大壽不值得擔(dān)心?！被实鄹吲d地聽從了。孫承宗寫密信告訴祖大壽應(yīng)立即上奏章陳述錯(cuò)誤，并且率領(lǐng)部隊(duì)立功贖罪，而自己理當(dāng)代他向皇帝表白。祖大壽同意了，一條一條地陳述東逃的原因，全都如同將士們所說的，皇帝很寬厚地答復(fù)了他。命令孫承宗遷到關(guān)門駐守。各將聽到孫承宗、馬世龍來了，很多人都自動(dòng)前來歸附，祖大壽的妻子左氏也用大道理譴責(zé)她的丈夫。祖大壽集合士兵等候命令。
當(dāng)逃散的士兵出關(guān)時(shí)，關(guān)城遭到搶劫掠奪，關(guān)門罷市，人心惶惶。孫承宗到達(dá)后，人心才安定下來。關(guān)城原有十六里，衛(wèi)城只有二里?，F(xiàn)在敵人在關(guān)城內(nèi)，關(guān)城不能夠防守，衛(wèi)城與關(guān)城相連，可以步行上去。于是另外修筑城墻，擋在關(guān)城之間，在城墻上開挖洞口使大炮能夠平伸出去。城內(nèi)的水不充足，一天一夜挖了一百口井。原來淘汰的小官小吏、流亡寄居本地的共有千余人，無所事事就想惹是生非，都由官府供給糧食，讓他們巡察街道，看守炮臺(tái)，保護(hù)倉庫，都有事情可做。里面的不能出去，外來人往往被巡邏的騎兵抓獲，因此關(guān)門能夠得以保全。于是派遣馬世龍率步騎兵一萬五千入關(guān)增援，命令游擊祖可法等率騎兵四營往西駐守?fù)釋?。崇禎三?1630)正月，祖大壽入關(guān)拜見孫承宗，孫承宗親率五百人穿著鎧甲在大門迎接。孫承宗以誠相待，當(dāng)天在教場上排列步騎兵三萬人，舉行誓師的禮儀，大家的疑慮一下子都消解了。
這時(shí)我大清兵已攻占了遵化，并派兵駐守它。這月四日攻占永平，八日攻占遷安，于是攻取灤州。分兵攻擊撫寧，祖可法等人堅(jiān)守，沒有攻下。大清兵于是向山海關(guān)進(jìn)軍，離關(guān)三十里安營扎寨。副將官惟賢等人極力請(qǐng)求作戰(zhàn)。于是回過頭攻擊撫寧和昌黎，都沒有攻下。正在這時(shí)，通往京師的道路受阻，孫承宗、祖大壽的軍隊(duì)在東邊，馬世龍及四方援軍在西邊。孫承宗召募不怕死的人沿海抵達(dá)京師，才知道山海關(guān)城還在手中。山海關(guān)西南有三縣，即撫寧、昌黎、樂亭；西北有三城：即石門、臺(tái)頭、燕河。這六座城池東邊保護(hù)關(guān)門，西邊環(huán)繞永平，都是近山海關(guān)的軍事要地。孫承宗告誡各城嚴(yán)加防守，又派遣將領(lǐng)駐守開平，收復(fù)建昌，聲援部隊(duì)始相連接。
京師正在戒嚴(yán)，全國各地保衛(wèi)京師的部隊(duì)先后到來的有二十萬。都駐扎在薊門及京師周圍，沒有人首先前進(jìn)。下詔降旨多次督察催促，各將也時(shí)有攻擊，但沒有人能打敗敵人收復(fù)失地。馬世龍請(qǐng)求先收復(fù)遵化，孫承宗說：“不行，遵化在北面，容易攻取而難于防守，不如暫且讓敵人占領(lǐng)，分散敵人的兵力，我軍應(yīng)先進(jìn)攻灤州。現(xiàn)在應(yīng)當(dāng)多造出聲勢，暗示將要攻擊遵化的形勢來牽制敵人，各軍開赴豐潤、開平，聯(lián)絡(luò)山海關(guān)的部隊(duì)攻擊灤州。占領(lǐng)了灤州就用開平部隊(duì)防守，而用騎兵決戰(zhàn)以攻占永平。占領(lǐng)了灤州、永平之后，山海關(guān)與永平就連成一體，再攻取遵化就容易多了?！狈桨复_定后，于是命令東西各兵營一同前進(jìn)，孫承宗親自到撫寧督戰(zhàn)。五月十日，祖大壽及張春、丘禾嘉各軍先抵灤州城下，馬世龍及龍世祿、吳自勉、楊麒、王承恩隨后到達(dá)，過了二天攻克了灤州。而副將王維城等人也進(jìn)入遷安。我大清防守永平的部隊(duì)，全部撤出回到北邊，孫承宗于是進(jìn)入永平。十六日，各將謝尚政等人也進(jìn)入遵化。四座城市都收復(fù)了?；实蹫榇嗽诮紡R里告謝，并大加賞賜，加封孫承宗為太傅，賜給蟒服、白金，世代繼承錦衣衛(wèi)指揮僉事。孫承宗極力推辭不接受太傅的封號(hào)，并多次上疏稱病乞求退休，皇上下詔安慰他。不同意他的請(qǐng)求。
朵顏束不的反叛，孫承宗命令大將王威打敗了他，又賞賜給他銀幣。早先因?yàn)閮?cè)立東宮太子，加封為太保。等到《神宗實(shí)錄》完成，也加官如上述。孫承宗推辭不受，并不停地乞求退休。皇帝命令閣臣討論他的去留，沒有結(jié)論。特地派遣中書攜帶親筆詔去慰問，于是到任管事。崇禎四年(1631)正月出關(guān)東巡，抵達(dá)松山、錦州，回到山海關(guān)，又西巡，全部檢閱了三協(xié)十二路然后返回。逐條上書陳述東西邊防事務(wù)八件事，皇帝都采納了。五月因?yàn)榭己似跐M，下詔加封太傅兼領(lǐng)尚書的俸祿，蔭封尚寶司丞，賜給蟒服、銀幣、羊酒，孫承宗再次推辭不接受太傅。
當(dāng)初，右屯、大凌河二城池，孫承宗已派兵駐守，后來高第來代替他，都撤走了部隊(duì)，二城池于是被平毀。到這時(shí)，丘禾嘉巡撫遼東，建議收復(fù)廣寧、義州、右屯三城。孫承宗說廣寧路途遙遠(yuǎn)，應(yīng)當(dāng)先占據(jù)右屯，在大凌河筑城，逐漸向前推進(jìn)。兵部尚書梁廷棟支持他，于是在七月動(dòng)工。工程剛完成，我大清兵大部隊(duì)到來，將城重重包圍。孫承宗聽到后，快馬趕到錦州，派遣吳襄、宋偉前往救援。丘禾嘉多次改動(dòng)出兵的日期，宋偉跟吳襄的關(guān)系又不和睦，于是在長山被打得大敗。到了十月，城中糧食吃完了而援軍又毫無希望，守將祖大壽力量用盡出城投降，城池又一次被平毀。廷臣追究修筑城池不是好計(jì)謀，紛紛上疏議論丘禾嘉和孫承宗。孫承宗又接連上疏稱病。十一月皇帝批準(zhǔn)他的請(qǐng)求，賜給他銀幣乘驛車回家，議論他的人追論他喪師辱國，剝奪他的官職在家閑居，并且剝奪他在寧遠(yuǎn)時(shí)世代的蔭封。孫承宗又上書陳述邊防計(jì)策的十六件事，而極力說丘禾嘉軍事謀略自相矛盾的過失?；实壑蓝?。在家居住七年，朝廷內(nèi)外多次請(qǐng)求征召任用他，沒有批復(fù)。
崇禎十一年(1638)，我大清兵深入內(nèi)地。在十一月九日進(jìn)攻高陽，孫承宗率領(lǐng)家族人抵抗。大清兵將要離開，圍繞著城墻大聲叫喊了三次，守城的人也回答了三次。說：“這是守城的人在嘲笑，按照法令應(yīng)當(dāng)攻破它?！庇忠淮伟鼑烁哧柍?。第二天攻陷，孫承宗被捉。望著朝廷叩頭后，上吊自殺，終年七十六歲。
他的兒子舉人孫翶，尚寶丞孫鑰，官生孫鈰，生員孫钅含、孫鎬，侄子諫，以及孫子孫之沆、孫之滂、孫之氵景、孫之潔、孫之氵憲，侄孫孫之澈、孫之氵美、孫之泳、孫之澤、孫之渙、孫之瀚，全都戰(zhàn)死了。督師宦官高起潛報(bào)告了這事?；实蹏@息再三并追悼他，命令有關(guān)部門從優(yōu)照顧。掌權(quán)的楊嗣昌、薛國觀等人暗中壓制，只是恢復(fù)了他的原官職，給予祭奠下葬而已，福王時(shí)，才追贈(zèng)為太師，謚號(hào)文忠。
萬歷三十二年(1604)考中進(jìn)士第二名，任命為編修，提拔為中允大夫。“梃擊”事變發(fā)生后，大學(xué)士吳道南征求他的意見，孫承宗回答說：“事情涉及到東宮太子，不能不追究；事情牽連到鄭貴妃，不能深追究。龐保、劉成以下，不能不追究；龐保、劉成以上，不能深追究。”吳道南按照他說的，將官司結(jié)案上報(bào)，這事才平定下來。派出主持應(yīng)天府鄉(xiāng)試，發(fā)出的試題中寫了他的話，觸犯了那些拉幫結(jié)派的人的忌諱，準(zhǔn)備利用考核外地官員的機(jī)會(huì)把他派往外地，學(xué)士劉一火景保護(hù)他，才得以避免。歷任太子諭德、洗馬等職。
熹宗皇帝即位，以左庶子的身份充當(dāng)日講官。皇帝每次聽孫承宗講課，都說：“很受到啟發(fā)。”所以對(duì)他特別看重。天啟元年(1621)提升少詹事。這時(shí)沈陽、遼陽相繼失守，整個(gè)朝廷爭論得不可開交。御史方震孺請(qǐng)求罷免兵部尚書崔景榮，讓孫承宗代替他。朝臣也都以為孫承宗懂軍事，于是推舉他為兵部新增設(shè)的侍郎，主持東邊的戰(zhàn)局?；实鄄幌胱寣O承宗離開講席，二次上疏都不同意。天啟二年(1622)提拔為禮部右侍郎，協(xié)助管理詹事府。
不久，大清兵進(jìn)逼廣寧，王化貞棄城逃跑，熊廷弼跟他一起進(jìn)入關(guān)內(nèi)。兵部尚書張鶴鳴害怕獲罪，外出巡視邊防?；实蹖?duì)東邊的戰(zhàn)局也很著急，于是任命孫承宗為兵部尚書兼東閣大學(xué)士，入朝辦事。過了幾天，命令他以閣臣身份掌管兵部事務(wù)。孫承宗上疏說：“近年來部隊(duì)經(jīng)常不操練，軍餉經(jīng)常不能核實(shí)。用武將使用部隊(duì)，卻用文官去招募訓(xùn)練。用武將臨陣指揮作戰(zhàn)，卻用文官指揮調(diào)遣。用武將防備邊疆，卻每天在幕僚中增加文官。邊防事務(wù)由經(jīng)略、督撫擔(dān)任，卻每天在朝廷詢問戰(zhàn)守的情況。這是最大的弊病?，F(xiàn)在國家應(yīng)當(dāng)加重武將的權(quán)力。選擇一個(gè)沉著杰出而有氣量謀略的人，授給他全權(quán)，使他能夠?qū)Ω睂⒁韵碌墓俦孕刑幹?，而不受到一些自以為是的文官的管制。?duì)于邊防戰(zhàn)爭的小勝小敗，都不值得去過問，關(guān)鍵是要守住各關(guān)隘，不要讓敵人擅自入關(guān)，然后想辦法慢慢收復(fù)失地?！庇谑欠謩e寫上安撫西部、救濟(jì)遼陽的難民、檢查京師部隊(duì)、增設(shè)永平大帥、修筑薊鎮(zhèn)的道路、開辟京東地區(qū)的屯田等對(duì)策。皇帝高興地采納了。這時(shí)邊防多次告急，內(nèi)閣大臣只希望暫時(shí)相安無事，而議論卻一天比一天紛擾起來。孫承宗于是請(qǐng)求將熊廷弼交給法官，跟王化貞一起審判，以糾正朝中結(jié)黨袒護(hù)之風(fēng)。又請(qǐng)求逮捕給事中明時(shí)舉、御史李達(dá)，以懲戒那些使得四川招致兵災(zāi)戰(zhàn)亂的人。又請(qǐng)求查辦遼東巡撫方震孺、登萊監(jiān)軍梁之垣、薊州兵備邵可立，以警告那些占據(jù)官職沒有作為的人。各人先后都受到處分，朝廷大官為之動(dòng)容，而那些仇視他、怨恨他的人也很多。
兵部尚書王在晉代替熊廷弼巡視治理遼東，與總督王象乾互相依靠勾結(jié)，十分親密。王象乾在薊門的時(shí)間很長，熟悉西部各民族的性情，西部人也很愛戴他。然而實(shí)際上沒有別的才能，只不過靠給一些財(cái)物來拉攏他們，希望能夠平安地以年紀(jì)大了離職罷了，王在晉計(jì)劃用西部兵襲擊廣寧，王象乾教導(dǎo)他說：“攻占廣寧，不能防守，罪責(zé)更大，不如設(shè)置險(xiǎn)要重兵防守關(guān)隘。防守山海關(guān)以拱衛(wèi)北京城?！蓖踉跁x于是請(qǐng)求在山海關(guān)以外的八里鋪構(gòu)筑重重關(guān)隘，派四萬人防守它。他的幕僚袁崇煥、沈翭、孫元化等人極力爭辯沒有結(jié)果，報(bào)告給首輔葉向高。葉向高說：“這事沒有辦法預(yù)料。”孫承宗請(qǐng)求親自前往裁決，皇帝十分高興，加封他為太子太保，賜給他蟒玉、銀幣。孫承宗抵達(dá)山海關(guān)，責(zé)問王在晉說：“新城建成后，就調(diào)舊城四萬人去防守嗎？”王在晉說：“不，應(yīng)當(dāng)另外增加兵力?！睂O承宗說：“照這樣的話，那么八里的范圍內(nèi)就有八萬防守部隊(duì)了。一片石的西北方不應(yīng)當(dāng)布置部隊(duì)嗎？況且在八里之內(nèi)構(gòu)筑工事，新城的后背就是舊城的腳底下。舊城周圍按品守陣埋下的地雷是為敵人布置的呢，還是為新城兵布置的呢？新城能夠守得住，還要舊城干什么？如果守不住，那么四萬新兵逃奔舊城之下，是準(zhǔn)備開關(guān)迎接他們進(jìn)城呢，抑或是閉關(guān)把他們交給敵人呢？”王在晉回答說：“關(guān)外還有三道關(guān)口可以讓他們進(jìn)入?！睂O承宗說：“如果這樣的話，那么敵人來了而我軍照樣逃跑，還要舊關(guān)干什么？”王在晉說：“準(zhǔn)備在山上建三座兵營，用來收容逃亡下來的士兵。”孫承宗說：“士兵還沒有敗逃卻建兵營等著他們，這是教他們逃跑。況且逃亡部隊(duì)可以進(jìn)入，敵人尾隨追擊也可以進(jìn)入?，F(xiàn)在不為收復(fù)失地打算，卻劃地為牢困守，將來關(guān)隘一旦喪失，敵人每天騷擾京畿內(nèi)地，京城以東能有一天安寧的日子嗎？”王在晉無言以對(duì)。孫承宗于是主張防守關(guān)外。監(jiān)軍閻鳴泰負(fù)責(zé)覺華島，袁崇煥負(fù)責(zé)寧遠(yuǎn)衛(wèi)。王在晉不同意。主張防守中前所。原監(jiān)司邢慎言、張應(yīng)吾從前線逃跑，此時(shí)正在山海關(guān)，都附和他。
當(dāng)初，王化貞等人逃跑后，從寧遠(yuǎn)以西的五城七十二堡全部被哈喇慎各部所占領(lǐng)，宣稱幫助政府軍保衛(wèi)邊防。前哨游擊左輔名義上駐扎中前所，實(shí)際上沒有離開八里鋪。孫承宗知道哈喇鎮(zhèn)各部不足以信任，而寧遠(yuǎn)衛(wèi)、覺華島是可以守得住的，于是決定把自己的意見告訴王在晉，跟他推心置腹地談了七天七夜，最終得不到他的響應(yīng)?；氐匠?，孫承宗說：“敵人尚未抵達(dá)鎮(zhèn)武而我軍自己焚燒了寧遠(yuǎn)衛(wèi)、中前所，這是前日經(jīng)略、巡撫的罪責(zé)；我軍放棄了寧遠(yuǎn)衛(wèi)、中前所，敵人最終沒有到來，而我軍不敢出山海關(guān)一步，這是今日守城將官的罪責(zé)。將官躲進(jìn)關(guān)內(nèi)，沒有能力回轉(zhuǎn)他們畏懼?jǐn)橙说男睦韥砦窇謬ǎ瑢⑺麄冎\取私利的智慧轉(zhuǎn)化為謀求殺敵的智謀，這是我和經(jīng)略大臣的罪責(zé)，與其拿百萬兩銀子浪費(fèi)到毫無用處的筑城上，不如加固寧遠(yuǎn)的要害地帶來防守?cái)橙?。八里鋪的四萬人擋住寧遠(yuǎn)的沖要，與覺華島互為掎角之勢。敵人窺探城門，命令覺華島上的士兵從三岔出擊。摧毀浮橋，繞到敵后打擊敵人。不但可以保證邊防安全，而且還可以收復(fù)二百里失地?？偠灾?，敵人的軍營一定不能讓他們靠近山海關(guān)，杏山的難民一定不能丟下不管，不全部破除庸人的議論，遼東戰(zhàn)局就不可能有作為?！逼渌嘘P(guān)軍事建置的上疏又有十多道?；实鄱几吲d地接受了。不久，侍奉皇帝講席，孫承宗面告王在晉不能任用，于是把他改派為南京吏部尚書，并且斥責(zé)逃跑的臣子邢慎言等人，而八里鋪修筑新城的議論也就停息了。
王在晉離職后，孫承宗自告奮勇地請(qǐng)求去統(tǒng)帥部隊(duì)，皇上下詔通知各邊防，讓孫承宗以原官職統(tǒng)領(lǐng)山海關(guān)和薊、遼、天津、登、萊各地的軍事事務(wù)，相機(jī)行事，不受朝中節(jié)制。而任用閻鳴泰為遼東巡撫。孫承宗于是征召職方主事鹿繼善、王則古為軍中的贊畫官，從國庫請(qǐng)款八十萬兩出發(fā)?；实厶匾鉃樗托?，賜給他尚方寶劍和坐蟒，內(nèi)閣大臣一直把他送到崇文門外。到達(dá)山海關(guān)后，孫承宗命令總兵江應(yīng)詔制定規(guī)章制度，僉事袁崇煥建造兵營房舍，舊將李秉誠操練火器，贊畫鹿繼善、王則古治理軍備，沈翭、杜應(yīng)芳修理兵器，司務(wù)孫元化興筑炮臺(tái)，中書舍人宋獻(xiàn)、羽林經(jīng)歷程倫主持購買馬匹，廣寧道僉事萬有孚主持采購木材。而派游擊祖大壽在覺華島輔助金冠，副將孫諫在前屯幫助趙率教，游擊魯之甲拯救難民，副將李承先操練騎兵，參將楊應(yīng)乾招募遼人當(dāng)兵。
這個(gè)時(shí)候，山海關(guān)的士兵名義有七萬人，但是沒有紀(jì)律，冒領(lǐng)軍餉的很多。孫承宗大規(guī)模清查，淘汰逃將幾百人，遣返河南、真定疲乏的士兵一萬多人，將魯之甲拯救的七千名難民派往前屯當(dāng)兵。楊應(yīng)乾召募的遼兵派出去戍守寧遠(yuǎn)，和朝鮮商議派兵聲援。在東江犒勞毛文龍，命令他收復(fù)四衛(wèi)。發(fā)布檄文讓登州統(tǒng)帥沈有容前往占領(lǐng)廣鹿島。想以春防的名義親自前往登、萊商量進(jìn)軍收復(fù)失地，而朝中的意思是先用兵遼東，所以不允許。江應(yīng)詔被彈劾，孫承宗請(qǐng)求任用馬世龍代替他，以尤世祿、王世欽為南、北統(tǒng)帥，聽從馬世龍的指揮，還為馬世龍請(qǐng)求尚方寶劍，皇帝都同意了。馬世龍接受任命后，孫承宗為他筑臺(tái)，恭敬地實(shí)行授權(quán)禮儀。趙率教已在前屯駐守，將哈喇慎各部全部趕走，辦公的大本營還在八里鋪。王象乾建議設(shè)立水關(guān)，在關(guān)內(nèi)鎮(zhèn)守，孫承宗不同意，于是將大本營定在高臺(tái)堡。
這時(shí)，大清兵放棄廣寧離去，遼東的流民進(jìn)城居住。插漢的部隊(duì)把這消息報(bào)告了萬有孚，萬有孚計(jì)劃挾持西部人乘機(jī)殲滅他們，假充收復(fù)失地的功勞。孫承宗發(fā)布檄文說：“西部殺死我軍的，按照盟約所說的討伐他。”這一仗，保全活口一千多人?；实巯埠每疾爝叿狼闆r，這時(shí)命令東廠派人到宮門前，報(bào)告這事情的全部情況，稱為“澄清事實(shí)”。等到魏忠賢專權(quán)，派他的黨羽劉朝、胡良輔、紀(jì)用等四十五人攜帶內(nèi)庫的神炮、甲仗、弓箭之類武器數(shù)萬件到達(dá)山海關(guān)前，資助軍隊(duì)使用，又拿出白金十萬兩，蟒、麒麟、獅子、虎、豹等各種圖案的錢幣賞賜給官兵，賜給孫承宗蟒服、白金慰勞他，實(shí)際上是來偵察軍隊(duì)的情況。孫承宗正好出關(guān)巡視寧遠(yuǎn)，半路上聽說了，立即上疏說：“宦官觀察部隊(duì)，自古以來都是被戒除的?！被实巯轮即饛?fù)他。使者到來后，聊具一杯清茶而已。
閻鳴泰出任巡撫，是孫承宗舉薦的，后來知道他沒有實(shí)際才干，有關(guān)軍事事情經(jīng)常不跟他商量。閻鳴泰很不高興，請(qǐng)求辭職，孫承宗也稱病。言官們都挽留孫承宗，詆毀閻鳴泰，巡關(guān)御史潘云翼再上疏彈劾他，皇帝于是罷免閻鳴泰，而用張鳳翼代替他。張鳳翼膽小，又主張防守山海關(guān)。孫承宗不高興，于是再次出關(guān)巡視。抵達(dá)寧遠(yuǎn)，召集將官討論防守情況，很多人都贊同張鳳翼的意見，唯獨(dú)只有馬世龍請(qǐng)求守衛(wèi)中后所，而袁崇煥、鹿繼善及副將茅元儀極力請(qǐng)求防守寧遠(yuǎn)，孫承宗認(rèn)為應(yīng)該如此，意見才確定下來。命令祖大壽興修工事，袁崇煥、滿桂防守。在這之前，虎部偷偷跑出來搶劫，趙率教逮捕殺死四人。王象乾想殺趙率教報(bào)答虎部，孫承宗不同意。而孫承宗派遣的王楹駐守中右，保護(hù)士兵外出采集木材，被西部朗素殺害了。孫承宗憤怒了，派馬世龍去圍剿。王象乾擔(dān)心破壞安撫的局面，命令朗素捆綁逃亡的平民充當(dāng)殺死王楹的人獻(xiàn)出來，又增加賞金一千兩。孫承宗正準(zhǔn)備上疏爭論，而王象乾因?yàn)楦改傅膯识Y離職了。
孫承宗擔(dān)心掌管錢款的人阻撓自己的權(quán)力，說督師、總督可以不兼設(shè)，請(qǐng)求罷免自己，如果不行，就不推舉總督。并且請(qǐng)求把遼東巡撫移到寧遠(yuǎn)駐扎?；实勖钔Ｖ箍偠酵扑]。而張鳳翼認(rèn)為是把自己放到死亡地帶，因而十分懷恨孫承宗。跟他的同鄉(xiāng)潘云翼、萬有孚等人極力誹謗馬世龍，來動(dòng)搖孫承宗。不久，萬有孚被薊州巡撫岳和聲彈劾，更加懷疑是袁崇煥和馬世龍?jiān)O(shè)下的陷阱。于是一起造謠，阻撓出關(guān)的計(jì)劃。給事中解學(xué)龍于是極力議論馬世龍的罪行。孫承宗很氣憤，上疏陳述防守御敵的對(duì)策，說：“在國門之內(nèi)抵抗敵人，跟在國門之外抵抗敵人，情況是有區(qū)別的。我軍將敵人趕到二百里之外，跟敵人趕我軍到二百里之內(nèi)，情況又是有區(qū)別的。廣寧，離我軍遠(yuǎn)而距敵人近，寧遠(yuǎn)，離我軍近而距敵人遠(yuǎn)。我軍不向前進(jìn)逼敵人，敵人將會(huì)向前逼迫我軍?，F(xiàn)在既然不能收復(fù)遼東，而寧遠(yuǎn)、覺華島終不能夠放棄。請(qǐng)求皇帝下詔讓朝臣討論以下問題：軍隊(duì)是否能夠長期駐守，糧餉是否能夠長期輸送，關(guān)外的土地人民是否可以拋棄，筑城屯田戰(zhàn)爭防守是否可以建立，再考察敵人的情況是否果真不出擊坐守等待就能夠消滅，我不敢做百年大計(jì)的長遠(yuǎn)考慮，只考慮到五年之內(nèi)究竟會(huì)出現(xiàn)什么情況。倘若我的話不恰當(dāng)，立即罷免卑職以確定國家大計(jì)，不要老是猶豫不決，讓那些貪生怕死、保全自己家人的臣子附合眾人之口，用殺死我一人來耽誤了國家大事?！庇譃轳R世龍辯解，揭發(fā)萬有孚等人相互勾結(jié)的情形。
萬有孚，是原侍郎萬世德的兒子，擔(dān)任廣寧理餉同知。廣寧失陷后逃回家，王象乾命名為廣寧道僉事，專門安撫插漢，大量侵吞財(cái)物。到這時(shí)因?yàn)閷O承宗的言論被罷免。張鳳翼也因?yàn)楦改傅膯适禄丶?，喻安性代替他。而朝臣認(rèn)為總督不能裁并，命令吳用先總督薊、遼，代替王象乾。孫承宗討厭本兵趙彥多從朝中制約，稱病請(qǐng)求辭職，推舉趙彥代替他讓趙彥下不了臺(tái)，朝廷認(rèn)為不可以。
這時(shí)寧遠(yuǎn)城工程竣工，關(guān)外一切防守工作都已齊備。孫承宗圖謀大的軍事行動(dòng)，上奏說：“先頭部隊(duì)已抵達(dá)連山、大凌河，盡快給我二十四萬兩軍餉，就可以立即取得軍事勝利?！被实勖钣嘘P(guān)部門滿足他的要求。兵部和工部相互商量說：“軍餉給足了，他就可以胡作非為，不如答應(yīng)他但不給他，文件來回往來就把這事拖延遲緩了?！睂O承宗再次上疏催促，把實(shí)情報(bào)告給皇帝，皇帝為此整頓各部官員，而部隊(duì)最終還是沒有出發(fā)。
當(dāng)初，方震孺、游士任、李達(dá)、明時(shí)舉被貶謫，孫承宗確實(shí)彈劾過他們，后都為他們請(qǐng)求寬恕，又稱贊楊鎬、熊廷弼、王化貞的功勞，請(qǐng)求皇帝免除他們的死刑，把他們發(fā)配充邊，舉朝嘩然。給事中顧其仁、許譽(yù)卿，御史袁化中紛紛上疏辯論駁斥，皇帝都置之不理。正好孫承宗敘論五防的功勞，各臣將要稱病乞求罷官，于是派遣宦官劉應(yīng)坤等人攜帶十萬兩國庫銀犒賞官兵，而賜給孫承宗坐蟒、膝..，另佐以金幣。
這個(gè)時(shí)候，魏忠賢更加擅權(quán)，因?yàn)閷O承宗功勞高，想拉攏他，叫劉應(yīng)坤等人表明自己的意圖。孫承宗不跟他說一句話，魏忠賢因此極恨他。正好魏忠賢驅(qū)逐楊漣、趙南星、高攀龍等人，孫承宗剛巡視薊鎮(zhèn)、昌平，想到上疏皇帝未必親自過目，過去在講席時(shí)，每次當(dāng)面上奏都有效果，孫承宗于是請(qǐng)求以祝賀皇帝壽辰為由，進(jìn)入朝廷當(dāng)面向皇帝報(bào)告機(jī)務(wù)事宜，想利用這個(gè)機(jī)會(huì)陳述魏忠賢的罪行。魏廣微聽到這消息，飛快報(bào)告魏忠賢：“孫承宗擁兵數(shù)萬人將要清除皇帝身邊的人。兵部侍郎李邦華作為內(nèi)應(yīng)，您立刻就有粉身碎骨的危險(xiǎn)了。”魏忠賢非常害怕，圍繞著皇帝的床哭，皇帝被感動(dòng)了，命令內(nèi)閣草擬圣旨，次輔顧秉謙舉筆寫道：“沒有皇帝的圣旨離開駐防之地，不是祖宗的法令，違抗的人絕不寬恕。”連夜打開禁宮大門召見兵部尚書，下三道命令派快騎兵制止他。又假傳圣旨告示防守九門的宦官，孫承宗如果到齊化門，將他捆綁送入。孫承宗到達(dá)通州，聽到命令就返回了。魏忠賢派人偵察，發(fā)現(xiàn)車子中放著一床用包裹包著的被子，后面只有鹿繼善一輛車子而已，這才稍微減少了懷疑。而魏忠賢的黨徒李蕃、崔呈秀、徐大化接連上疏詆毀孫承宗，竟把他比作王敦、李懷光。孫承宗于是閉門謝客，請(qǐng)求辭職。
天啟五年(1625)四月，給事中郭興治請(qǐng)求朝廷討論孫承宗的去留，議論冒領(lǐng)軍餉的又接踵而至，于是交給朝臣討論。吏部尚書崔景榮堅(jiān)持留用他，于是下詔挽留勉勵(lì)，而以精簡將官、淘汰士兵、清理糧餉三件事責(zé)令孫承宗的匯報(bào)，孫承宗正在派遣各將分別駐守錦州、大小凌河、松、杏、右屯各要害地區(qū)，開拓土地又有二百里，罷免大將王世欽、尤世祿，副將李秉誠、孫諫，裁軍一萬七千多人，節(jié)省開支六十八萬兩。而言官仍在不停地議論馬世龍。到了九月，才有柳河戰(zhàn)役的失敗，死亡四百多人，詳情參見《馬世龍傳》。于是臺(tái)省彈劾馬世龍，并提到孫承宗。送上的有數(shù)十道奏疏。孫承宗請(qǐng)求辭職更加堅(jiān)決，十月才得到批準(zhǔn)。先前已多次加封為左柱國、少師、太子太師、中極殿大學(xué)士，于是又特別加封光祿大夫，蔭庇他的兒子為中書舍人，賜給他蟒服、銀幣，在行人的保護(hù)下回家。而用兵部尚書高第代替他做經(jīng)略。不久，喻安性也被罷免，于是廢除巡撫不再設(shè)立。
當(dāng)初，高第極力壓制孫承宗，請(qǐng)求撤除關(guān)外兵來防守關(guān)內(nèi)。孫承宗反駁他，高第很不滿意。第二年，寧遠(yuǎn)被包圍，于是上疏說山海關(guān)關(guān)門只有五萬士兵，談?wù)撨@事的人更加以為是孫承宗的罪過。孫承宗向戶部報(bào)告說：“高第剛到山海關(guān)時(shí)，曾發(fā)給十一萬七千人的糧餉，現(xiàn)在只發(fā)給五萬人糧餉就足夠了。”高第果真因?yàn)檎f話荒謬而被定罪。后來魏忠賢派他的黨羽梁夢環(huán)巡視山海關(guān)，想羅織孫承宗的罪名，沒有得到什么就停止了。孫承宗在山海關(guān)四年，前后修復(fù)九座大城、四十五個(gè)城堡、練兵十一萬，建立戰(zhàn)車營十一個(gè)、水兵營五個(gè)、大炮營二個(gè)、前鋒后勁營八個(gè)，制造甲胄、器械、弓箭、炮石、渠答、鹵盾等器械一共有數(shù)百萬之多，開拓土地四百里，開辟屯田五千頃，每年收入十五萬兩銀子。后追敘寧遠(yuǎn)戰(zhàn)役的功績，蔭封兒子錦衣世襲千戶。
莊烈帝即位，王在晉進(jìn)入朝廷擔(dān)任兵部尚書，對(duì)孫承宗痛恨不已，堅(jiān)持說馬世龍和茅元儀迷惑中樞機(jī)構(gòu)，敗壞了邊關(guān)事，又唆使諫官等交口詆毀孫承宗，來阻止他出來做官。崇禎二年(1629)十月，大清兵進(jìn)入大安口，攻取遵化，將迫近北京城。朝臣爭相請(qǐng)求召回孫承宗。下詔以原官職兼兵部尚書防守通州，仍舊進(jìn)入朝廷朝見皇帝。孫承宗到任，皇帝在平臺(tái)召見他。慰勞完畢后，皇帝問他方法謀略。孫承宗報(bào)告說：“臣聽說袁崇煥駐守薊州，滿桂駐守順義，侯世祿駐守三河，這是很正確的。又聽說尤世威回到昌平，尤世祿駐守通州，似乎不大好。”皇帝問道：“愛卿想防守三河，是什么意圖？”孫承宗回答說：“守住三河可以阻止敵人向西逃跑，遏止敵人南下?！被实壅J(rèn)為很好，說：“你打算怎樣為朕保衛(wèi)京師？”孫承宗說：“當(dāng)此危難之際，守城的人苦于饑餓和寒冷，不是萬全之策，請(qǐng)求皇上整頓守城器械，加倍犒勞士兵，以安定人心?！彼龅挠?jì)謀都很合皇帝的心意?；实壅f：“愛卿不必前往通州，就為朕總督京城內(nèi)外的軍事事務(wù)，仍舊參與軍事策劃?！贝叽偈纵o韓火廣草擬詔書下發(fā)給有關(guān)部門鑄造邊防器具。孫承宗出來時(shí)，記時(shí)的漏刻已經(jīng)二十下了，立即檢閱環(huán)衛(wèi)都城部隊(duì)，五更時(shí)才結(jié)束，又出都城檢閱外城。第二天半夜，忽然傳旨孫承宗防守通州。這時(shí)戰(zhàn)爭的烽火已傳遍京師近郊，孫承宗率二十七名騎兵從東便門出發(fā)，中途逃亡了三人，快馬加鞭直抵通州，守城門的人幾乎不讓他們進(jìn)城。進(jìn)城之后，跟保定巡撫解經(jīng)傳、御史方大任、總兵楊國棟一起登上城墻加強(qiáng)防守。而大清兵已迫近都城，于是急忙派遣游擊尤岱率步騎三千人前往增援。片刻之后又派副將劉國柱統(tǒng)帥二千士兵與尤岱匯合，而派遣密云兵三千人駐守東直門，保定兵五千人駐守廣寧門。這期間派遣將領(lǐng)收復(fù)馬蘭、三屯二座城邑。
到十二月四日，就發(fā)生了祖大壽的兵變，祖大壽是遼東的前鋒總兵官，跟袁崇煥一起進(jìn)入衛(wèi)所?？吹皆鐭ㄏ陋z，害怕受到懲罰，于是跟副將何可綱等人率領(lǐng)所屬的一萬五千人向東逃散，遠(yuǎn)近的人都受到很大的震動(dòng)。孫承宗聽說，急忙派遣都司賈登科攜帶秘書的親筆信去勸慰祖大壽，而命令游擊石柱國飛馬前往安撫各軍。祖大壽看見賈登科，說：“我部士兵趕往前線支援，接連打勝仗，希望得到豐厚的獎(jiǎng)賞。城上的人都罵我們是強(qiáng)盜，投擲石塊打死了幾個(gè)人。派遣出去巡邏的士兵，被指責(zé)是間諜而把他們殺死了。立下了功勞卻被當(dāng)作罪過，所以要逃跑回來。我部應(yīng)當(dāng)直搗朵顏，然后回來負(fù)荊請(qǐng)罪，等候處罰。”石柱國追上各路部隊(duì)，將士們手持弓箭、大刀對(duì)著他，都流著眼淚說：“督師已被殺死，又將用大炮轟擊我軍，所以到了這里?！笔鶉€往前追，祖大壽已經(jīng)很遠(yuǎn)，于是返回。孫承宗報(bào)告說：“祖大壽的處境已經(jīng)非常危險(xiǎn)，他又不肯接受滿桂的指揮，于是造謠激發(fā)眾人東逃，并不是他的部下都想叛亂。應(yīng)當(dāng)免除殺戮，想方設(shè)法安撫人心。遼東將領(lǐng)很多是馬世龍的老部下，臣小心地見機(jī)行事，派遣馬世龍快馬前往通告，他的將士一定自動(dòng)歸順，祖大壽不值得擔(dān)心?！被实鄹吲d地聽從了。孫承宗寫密信告訴祖大壽應(yīng)立即上奏章陳述錯(cuò)誤，并且率領(lǐng)部隊(duì)立功贖罪，而自己理當(dāng)代他向皇帝表白。祖大壽同意了，一條一條地陳述東逃的原因，全都如同將士們所說的，皇帝很寬厚地答復(fù)了他。命令孫承宗遷到關(guān)門駐守。各將聽到孫承宗、馬世龍來了，很多人都自動(dòng)前來歸附，祖大壽的妻子左氏也用大道理譴責(zé)她的丈夫。祖大壽集合士兵等候命令。
當(dāng)逃散的士兵出關(guān)時(shí)，關(guān)城遭到搶劫掠奪，關(guān)門罷市，人心惶惶。孫承宗到達(dá)后，人心才安定下來。關(guān)城原有十六里，衛(wèi)城只有二里?，F(xiàn)在敵人在關(guān)城內(nèi)，關(guān)城不能夠防守，衛(wèi)城與關(guān)城相連，可以步行上去。于是另外修筑城墻，擋在關(guān)城之間，在城墻上開挖洞口使大炮能夠平伸出去。城內(nèi)的水不充足，一天一夜挖了一百口井。原來淘汰的小官小吏、流亡寄居本地的共有千余人，無所事事就想惹是生非，都由官府供給糧食，讓他們巡察街道，看守炮臺(tái)，保護(hù)倉庫，都有事情可做。里面的不能出去，外來人往往被巡邏的騎兵抓獲，因此關(guān)門能夠得以保全。于是派遣馬世龍率步騎兵一萬五千入關(guān)增援，命令游擊祖可法等率騎兵四營往西駐守?fù)釋?。崇禎三?1630)正月，祖大壽入關(guān)拜見孫承宗，孫承宗親率五百人穿著鎧甲在大門迎接。孫承宗以誠相待，當(dāng)天在教場上排列步騎兵三萬人，舉行誓師的禮儀，大家的疑慮一下子都消解了。
這時(shí)我大清兵已攻占了遵化，并派兵駐守它。這月四日攻占永平，八日攻占遷安，于是攻取灤州。分兵攻擊撫寧，祖可法等人堅(jiān)守，沒有攻下。大清兵于是向山海關(guān)進(jìn)軍，離關(guān)三十里安營扎寨。副將官惟賢等人極力請(qǐng)求作戰(zhàn)。于是回過頭攻擊撫寧和昌黎，都沒有攻下。正在這時(shí)，通往京師的道路受阻，孫承宗、祖大壽的軍隊(duì)在東邊，馬世龍及四方援軍在西邊。孫承宗召募不怕死的人沿海抵達(dá)京師，才知道山海關(guān)城還在手中。山海關(guān)西南有三縣，即撫寧、昌黎、樂亭；西北有三城：即石門、臺(tái)頭、燕河。這六座城池東邊保護(hù)關(guān)門，西邊環(huán)繞永平，都是近山海關(guān)的軍事要地。孫承宗告誡各城嚴(yán)加防守，又派遣將領(lǐng)駐守開平，收復(fù)建昌，聲援部隊(duì)始相連接。
京師正在戒嚴(yán)，全國各地保衛(wèi)京師的部隊(duì)先后到來的有二十萬。都駐扎在薊門及京師周圍，沒有人首先前進(jìn)。下詔降旨多次督察催促，各將也時(shí)有攻擊，但沒有人能打敗敵人收復(fù)失地。馬世龍請(qǐng)求先收復(fù)遵化，孫承宗說：“不行，遵化在北面，容易攻取而難于防守，不如暫且讓敵人占領(lǐng)，分散敵人的兵力，我軍應(yīng)先進(jìn)攻灤州。現(xiàn)在應(yīng)當(dāng)多造出聲勢，暗示將要攻擊遵化的形勢來牽制敵人，各軍開赴豐潤、開平，聯(lián)絡(luò)山海關(guān)的部隊(duì)攻擊灤州。占領(lǐng)了灤州就用開平部隊(duì)防守，而用騎兵決戰(zhàn)以攻占永平。占領(lǐng)了灤州、永平之后，山海關(guān)與永平就連成一體，再攻取遵化就容易多了?！狈桨复_定后，于是命令東西各兵營一同前進(jìn)，孫承宗親自到撫寧督戰(zhàn)。五月十日，祖大壽及張春、丘禾嘉各軍先抵灤州城下，馬世龍及龍世祿、吳自勉、楊麒、王承恩隨后到達(dá)，過了二天攻克了灤州。而副將王維城等人也進(jìn)入遷安。我大清防守永平的部隊(duì)，全部撤出回到北邊，孫承宗于是進(jìn)入永平。十六日，各將謝尚政等人也進(jìn)入遵化。四座城市都收復(fù)了?；实蹫榇嗽诮紡R里告謝，并大加賞賜，加封孫承宗為太傅，賜給蟒服、白金，世代繼承錦衣衛(wèi)指揮僉事。孫承宗極力推辭不接受太傅的封號(hào)，并多次上疏稱病乞求退休，皇上下詔安慰他。不同意他的請(qǐng)求。
朵顏束不的反叛，孫承宗命令大將王威打敗了他，又賞賜給他銀幣。早先因?yàn)閮?cè)立東宮太子，加封為太保。等到《神宗實(shí)錄》完成，也加官如上述。孫承宗推辭不受，并不停地乞求退休。皇帝命令閣臣討論他的去留，沒有結(jié)論。特地派遣中書攜帶親筆詔去慰問，于是到任管事。崇禎四年(1631)正月出關(guān)東巡，抵達(dá)松山、錦州，回到山海關(guān)，又西巡，全部檢閱了三協(xié)十二路然后返回。逐條上書陳述東西邊防事務(wù)八件事，皇帝都采納了。五月因?yàn)榭己似跐M，下詔加封太傅兼領(lǐng)尚書的俸祿，蔭封尚寶司丞，賜給蟒服、銀幣、羊酒，孫承宗再次推辭不接受太傅。
當(dāng)初，右屯、大凌河二城池，孫承宗已派兵駐守，后來高第來代替他，都撤走了部隊(duì)，二城池于是被平毀。到這時(shí)，丘禾嘉巡撫遼東，建議收復(fù)廣寧、義州、右屯三城。孫承宗說廣寧路途遙遠(yuǎn)，應(yīng)當(dāng)先占據(jù)右屯，在大凌河筑城，逐漸向前推進(jìn)。兵部尚書梁廷棟支持他，于是在七月動(dòng)工。工程剛完成，我大清兵大部隊(duì)到來，將城重重包圍。孫承宗聽到后，快馬趕到錦州，派遣吳襄、宋偉前往救援。丘禾嘉多次改動(dòng)出兵的日期，宋偉跟吳襄的關(guān)系又不和睦，于是在長山被打得大敗。到了十月，城中糧食吃完了而援軍又毫無希望，守將祖大壽力量用盡出城投降，城池又一次被平毀。廷臣追究修筑城池不是好計(jì)謀，紛紛上疏議論丘禾嘉和孫承宗。孫承宗又接連上疏稱病。十一月皇帝批準(zhǔn)他的請(qǐng)求，賜給他銀幣乘驛車回家，議論他的人追論他喪師辱國，剝奪他的官職在家閑居，并且剝奪他在寧遠(yuǎn)時(shí)世代的蔭封。孫承宗又上書陳述邊防計(jì)策的十六件事，而極力說丘禾嘉軍事謀略自相矛盾的過失?；实壑蓝?。在家居住七年，朝廷內(nèi)外多次請(qǐng)求征召任用他，沒有批復(fù)。
崇禎十一年(1638)，我大清兵深入內(nèi)地。在十一月九日進(jìn)攻高陽，孫承宗率領(lǐng)家族人抵抗。大清兵將要離開，圍繞著城墻大聲叫喊了三次，守城的人也回答了三次。說：“這是守城的人在嘲笑，按照法令應(yīng)當(dāng)攻破它?！庇忠淮伟鼑烁哧柍?。第二天攻陷，孫承宗被捉。望著朝廷叩頭后，上吊自殺，終年七十六歲。
他的兒子舉人孫翶，尚寶丞孫鑰，官生孫鈰，生員孫钅含、孫鎬，侄子諫，以及孫子孫之沆、孫之滂、孫之氵景、孫之潔、孫之氵憲，侄孫孫之澈、孫之氵美、孫之泳、孫之澤、孫之渙、孫之瀚，全都戰(zhàn)死了。督師宦官高起潛報(bào)告了這事?；实蹏@息再三并追悼他，命令有關(guān)部門從優(yōu)照顧。掌權(quán)的楊嗣昌、薛國觀等人暗中壓制，只是恢復(fù)了他的原官職，給予祭奠下葬而已，福王時(shí)，才追贈(zèng)為太師，謚號(hào)文忠。
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