南居益，字思受，渭南人，是尚書南企仲的本家兒子、師仲的侄子。居益的曾祖南從吉與曾伯祖南大吉都是進(jìn)士，他們兩個(gè)人的兒孫也一個(gè)接一個(gè)地登上黃榜。

　　企仲是大吉的孫子，萬歷八年(1580)進(jìn)士。因?yàn)樽婺改挲g大了，他請假在家給祖母養(yǎng)老送終。祖母過世后，他出任刑部主事。有一次過客把自己的財(cái)物寄存在企仲家里，夫妻兩個(gè)人一起死掉了，企仲還是把他們的兒子叫來把財(cái)物歸還了。吏部尚書孫丕揚(yáng)認(rèn)為企仲有賢德，把他調(diào)到自己手下，當(dāng)文選郎，然后提拔他為太仆少卿，又升為太仆卿。三十年，神宗因病下詔減免礦稅，釋放在押的囚犯，起用因?yàn)樘峤ㄗh被貶免的大臣。后來又后悔了，傳令礦稅還照舊征收，余下的由有關(guān)部門討論執(zhí)行。吏、刑二部尚書李戴、蕭大亨幾天里遲遲不向上報(bào)請，企仲請神宗立即把他們兩個(gè)罷免，然后傳令二部立即按照詔書執(zhí)行。神宗大為惱火，傳出指示立即停辦這兩件事，把企仲貶了一級。給事中蕭近高，御史李培、余懋衡也請神宗對發(fā)布過的詔書保持信用，神宗更為惱火，把他們?nèi)齻€(gè)都扣了官俸，并且傳令加重對已經(jīng)貶了官的鄒元標(biāo)等人的處罰，想用這來鉗制敢提意見的人。閣部幾個(gè)大臣極力爭論，神宗才作罷。可是給事中張鳳翔迎合神宗的心意，上書就別的事情彈劾企仲，企仲于是被剝奪了官籍。天啟初年，企仲得到起用，做了太常卿，又逐漸升到南京吏部尚書，最后因年老退休了。師仲的父親南軒當(dāng)過吏部郎中，曾經(jīng)編寫過《通鑒綱目前編》。師仲自己官至南京禮部尚書。

　　居益從小注意砥礪自己的操行，考中萬歷二十九年(1601)進(jìn)士，初任刑部主事。經(jīng)多次升遷，當(dāng)了廣平知府，又晉升為山西提學(xué)副使、雁門參政，還做過按察使、左右布政使，但都是在山西。

　　天啟二年(1662)，居益入朝當(dāng)了太仆卿。第二年升右副都御史，前往巡撫福建。

　　紅毛夷是海外來的雜色人種，紺紫色的眼睛，紅色的頭發(fā)和胡須，他們自稱和蘭國，自古以來跟中國沒有往來，后來經(jīng)過大泥、咬口留吧兩國跟福建商人交往上了。萬歷年間，奸民潘秀領(lǐng)他們占領(lǐng)了澎湖，要求通商，巡撫徐學(xué)聚讓他們把貨物轉(zhuǎn)賣到大泥、咬口留吧二國去，這兩個(gè)國家水路險(xiǎn)遠(yuǎn)，商人把他們的貨物運(yùn)到呂宋去了。夷人懷疑呂宋截了他們的商船，就過去攻打呂宋，又侵犯廣東的香山澳，都被打敗。他們不敢回國，就又到澎湖來請求通商，并且在島上修筑城墻。巡撫商周祚拒擊他們，但平定不下，這時(shí)居益接替了周祚，敵人正在進(jìn)犯漳州、泉州，招了些日本、大泥、咬口留吧人及?？芾畹┑茸鲈?。居益派人去招安了李旦，勸說他帶大泥、咬口留吧人來歸順。敵將高文律害怕了，派使者過來求和，居益斬了來使。然后在鎮(zhèn)海港建起城堡，把敵人逼到風(fēng)柜，敵人到了窮途末路，想乘船逃走，官軍就活捉了高文律，海上的戰(zhàn)患至此才算平息下來。

　　五年，居益升任工部右侍郎，總督河道。魏忠賢恨居益在敘功時(shí)不提到自己，壓下了給他的獎(jiǎng)賞。給事中黃承昊又說他拉幫結(jié)派，賣身投靠，靠鉆營爬上了重要位置，于是居益被剝奪官籍，離開了朝廷。福建人到京師替他訴冤，熹宗不聽，他們就為居益立了一座祠堂紀(jì)念他，在澎湖和平遠(yuǎn)臺為他立了碑。

　　崇禎元年(1628)，居益起復(fù)，擔(dān)任戶部右侍郎，總督倉庫、草場。陜西的兵鎮(zhèn)缺餉達(dá)三十多個(gè)月，居益請把應(yīng)送到關(guān)門的陜西田賦留下三十萬石，解決部隊(duì)的困難，莊烈帝回答可以。京郊戒嚴(yán)時(shí)居益在通州，制定的守城辦法很完善。這時(shí)工部尚書張鳳翔因?yàn)檐娪闷鞑臎]準(zhǔn)備齊全被關(guān)進(jìn)了監(jiān)獄，四司郎中有三個(gè)人死在了監(jiān)獄里，朝廷就詔令居益接替了鳳翔。不久，在試驗(yàn)大炮時(shí)發(fā)生了爆炸事故，兵部尚書梁廷棟彈劾郎中王守履失職。守履害怕了，就攻擊說是兵部郎中王建候誣陷自己。朝廷審訊后發(fā)現(xiàn)事實(shí)不像守履所說，就把他逮捕入獄。居益上書營救守履，莊烈帝認(rèn)為居益徇私，把他罷免了官籍，把守履廷杖了六十大棍，罷官為民。不久，朝廷評定守城的功勞，恢復(fù)了居益的官籍。

　　崇禎十六年(1643)，李自成打下渭南，向南氏一門勒索一百六十萬石軍餉，企仲已經(jīng)八十三歲了，還被賊兵害死。賊寇想誘降居益及企仲的兒子、禮部主事居業(yè)，他們兩個(gè)都不肯投降。第二年正月，賊寇派兵把他們帶走，加以炮烙，居益、居業(yè)始終不屈，絕食七天死去了。