李鴻章在北京淪陷后才到達(dá)天津，他這時的官銜是北洋大臣、直隸總督、武衛(wèi)軍統(tǒng)帥及議和大臣，這些官銜對于八國聯(lián)軍所占領(lǐng)的天津是發(fā)生不了作用的。他之所以受洋人尊重，完全由于他個人的國際聲望。他于光緒廿六年（1900年）八月間抵達(dá)天津，幾乎是和八國聯(lián)軍統(tǒng)帥瓦德西抵津的時間相同?？墒撬麄儍扇苏揭娒鎰t是九月廿四日在北京會面的。
瓦德西事后五天曾向德皇作一詳細(xì)報告：“……余曾接見慶親王及總督李鴻章。李氏首先到此，慶親王剛遲廿分鐘始來；兩人共在余處計有一點鐘之久。從談話之中余遂覺得該兩人均有急望和議開始之意。……李鴻章請命賜給彼之差官一種護(hù)照……余對于中國官廳，必須其誠心依照余命而行者，方能容忍。今日余曾往答拜兩先生，在慶親王處僅作一番無關(guān)重要之談話，但彼要求從速開始和平會議之意卻曾表示出來。余給李鴻章先生一圖，其上余曾劃有上述占領(lǐng)區(qū)域之范圍。李氏頗嫌其寬廣。余從李氏屢次提及進(jìn)兵張家口一事之中，可以明白盾出此舉頗使彼憂懼，且由此足以證明余之進(jìn)兵該地可謂頗得其道?！?br/>
光緒廿七年（1901年）李鴻章代表清廷接受了八國聯(lián)軍所提的議和條款，這就是著名的《辛丑條約》。其要點為：
?。ㄒ唬┲袊彩垢暗氯諆蓢狼?。
?。ǘ娃k禍?zhǔn)状蟪肌?br/>
?。ㄈ┙瓜蛑袊斎胲娀饍赡辏跐M得再展延兩年。
?。ㄋ模┵r款銀四億五千萬兩，分卅九年償清，合利息共計銀九億八千二百余萬兩。
?。ㄎ澹┍本﹦澏ㄊ桂^區(qū)域，區(qū)內(nèi)由使館團(tuán)管理，各國并得派兵防守。
?。Т蠊林帘本╅g之炮臺。天津、北京、山海關(guān)間之交通要地，允許各國駐兵。
?。ㄆ撸┣逋⒃试S張貼“嚴(yán)禁仇外”之上諭于各地。
（八）清廷對任何設(shè)立仇外之會黨立刻正法。
這次屈辱的條約，是在聯(lián)軍槍桿下被迫簽署的；列強(qiáng)本可瓜分中國，只是由于本身間的矛盾和利害沖突，所以中國在這時候才僥幸不被瓜分，而僅被迫簽約，實在是不幸中的大幸。可是這個《辛丑條約》應(yīng)該是中國有史以來對外簽定條約中的最屈辱條約，由于這個條約，使中國京城的大門洞開，使以后幾十年的民族自尊心受到極大的打擊。
義和團(tuán)煙消云散，可是義和團(tuán)事件的影響，卻極其深遠(yuǎn)：
（一）世界各國并不去檢討這次事件形成的原因，而嚴(yán)厲指責(zé)義和團(tuán)行動粗暴，指責(zé)中國不是一個文明國家，指責(zé)中華民族是一個野蠻的民族。
?。ǘ┳曾f片戰(zhàn)爭開始，西洋武力開始侵略中國，但每次戰(zhàn)爭它們所擊敗的只是清朝政府，一般民眾和守舊士大夫，在心理上并未屈服。義和團(tuán)事件是清朝政府、中國衛(wèi)道的士大夫、以及廣大的農(nóng)民匯合凝聚而成的力量，他們以符咒和拳棒去和西洋槍炮相對抗，結(jié)果徹底地失敗了。經(jīng)過這次慘敗，清朝野都都不敢輕外仇外，民族自尊心完全喪失，人民在不知不覺中養(yǎng)成了媚外心理，這種心理影響了中國以后數(shù)十年。
（三）督撫權(quán)力增加，演變成后來軍閥割據(jù)。因為拳變期間，李鴻章、劉坤一、袁世凱等人和列強(qiáng)約定，各省自保。保護(hù)外人生命財產(chǎn)和教堂，請列強(qiáng)勿進(jìn)兵東南各省，這一舉措在拳變之后受到清廷的承認(rèn)和嘉勉，遂使各省督撫形成半獨立局面。
?。ㄋ模┲袊兄局空J(rèn)清一點：就是腐化的清朝政權(quán)，非推翻不可，欲救中國，非革命不可。
?。ㄎ澹┳蠲黠@的結(jié)果，是清朝政府中老的一代死的死，被淘汰的淘汰了，眾望所歸的唯一人物是袁世凱，他取代了李鴻章的地位，從而為未來的北洋軍閥一系奠定基礎(chǔ)。
袁世凱在義和團(tuán)之變時，不僅成為有名望的督撫，堪與劉坤一、張之洞等齊名。且由于他在北方，各省督撫向北京的奏報都是由他轉(zhuǎn)遞，加上義和團(tuán)肇始山東，自袁接任山東巡撫后，山東省境內(nèi)太平，因此無論中外人士對袁都刮目相看了。
北京陷后，兩宮出奔，在蒙塵途中曾電諭李鴻章，命他火速前往北京與洋人議和。袁亦密電李鴻章說：“海關(guān)總稅務(wù)司赫德稱，各國并無他意，深盼李相能說慶親王共商議和事。”
如此一來，袁對國家大事，也取得了發(fā)言權(quán)了。
慈禧和光緒在赴西安途中，追隨左右的全是守舊派大臣，由于這些頑固派的包圍，所以談和時，洋人也心存疑慮，因此袁和李鴻章便密商促成榮祿能盡速前往行在，俾慈禧左右能有一進(jìn)言之大臣。榮祿在北京失陷時，對于守舊派壟斷朝政，深感灰心，經(jīng)李、袁的敦促，乃趨赴西安。而慈嬉對榮祿仍極信任，不久榮祿便成為極重要的軍機(jī)大臣。自榮祿重被慈禧所寵信，袁的發(fā)言權(quán)便大為提高。在這期間，他和劉坤一、張之洞、盛宣懷等聯(lián)成一氣，而李鴻章在北京，榮祿在西京，因此他的意見可以四通八達(dá)，他的地位便日益重要了。
當(dāng)和議達(dá)成，八國聯(lián)軍即將撤兵時，京畿重地必須有清兵駐守，以維治安，李鴻章急電請袁派姜桂題率兵先赴河南，以備接替。當(dāng)時姜桂題正在保護(hù)青濰鐵道工程，袁于是即撥防營前往遞補(bǔ)，并飭姜桂題立即出發(fā)，待命前往接替八國聯(lián)軍。
光緒廿七年（1901年）四月廿九日袁世凱的親生母親劉氏病逝。原來劉氏和袁的嗣母牛氏都是住在河南項城原籍，牛氏去世后，袁乃迎養(yǎng)親生母到住所，隨袁宦游各地，主持家務(wù)。袁丁喪后遂電辭山東巡撫，可是他這時候是各方所矚目的大臣，山東全身司道百官和地方紳士，都紛電西安行在和李鴻章處，請旨奪情。五月一日上諭給袁喪假一百天，袁有哀懇電云：“五月初一日恭奉諭旨，以世凱丁本生母憂，賞假百日，即在撫署穿孝，假滿后改為署理，照常任事。捧讀之余，感紉泣血，伏念時勢阽危，至今已極。聯(lián)軍尚未盡撤，伏莽益復(fù)橫行，臣母病中，時勖臣以損頂摩踵仰酬知遇，并以病軀支離，未得親見回鑾盛典為詞。迨至彌留之際，口不能言，猶復(fù)舉手西指，淚滿衣襟，是臣上報君恩，似未可一意固辭，下承母訓(xùn)，尤不愿再三虛讓。惟是窀穸未安，方寸已亂，設(shè)身膺墨，而手惓簿書，非但為千古之罪人，亦恐負(fù)一時之清議。傍徨午夜，屢絕粥饘，懇準(zhǔn)百日內(nèi)開缺離署，扶櫬返里，俟葬親事畢，遄返東省，當(dāng)專任營務(wù)，稍盡翊衛(wèi)巡防之任。倘冬春之交，時局大定，再懇許臣回籍終制，此則烏哺私情，以必得所求而后已也?！蔽逶率蝗沾褥麥刂嘉苛?，同時派員代表太后賜祭。
袁的生母劉氏和嗣母牛氏本是妯娌，她們都是舊社會婦女，受的全是舊禮教薰陶，兩妯娌對于這個能干兒子都很寵愛。袁在山東巡撫任內(nèi)雖為時只有一兩年，但他已成全國矚目人物，項城袁家的人很多都濟(jì)南，而袁也大力整修項城的舊居。劉太夫人一直隨袁在濟(jì)南，劉氏物故后，袁一再懇辭山東巡撫以守制三年，這不過是舊中國的禮教習(xí)慣，其實袁這時不止是辭卸不得，而且好運還才開始呢！
袁在山東巡撫任內(nèi)有一件新政，就是在省城濟(jì)南設(shè)置大學(xué)堂。不過這所謂的大學(xué)堂，是小學(xué)、中學(xué)、大學(xué)的一貫制，共分四級，第一級稱“蒙養(yǎng)學(xué)堂”，挑選幼童自七歲起至14歲止，為時八年，講習(xí)經(jīng)史，并授以簡易天文、地輿、算術(shù)。畢業(yè)后升入第二級稱“備齋”，講求淺近政治、藝學(xué)，兩年畢業(yè)。畢業(yè)后升入第三級“正齋”，研讀四年，分科為中國經(jīng)學(xué)、中外史學(xué)、中外政治學(xué)、方言學(xué)、商學(xué)、工學(xué)、礦學(xué)、農(nóng)學(xué)、測繪學(xué)、醫(yī)學(xué)共十門。畢業(yè)后升入“專齋”，以兩年至四年為期。專齋課程俟正齋畢業(yè)后再訂。每年經(jīng)費預(yù)算6萬兩，聘美國人赫士為總教習(xí)。這就是最早的山東大學(xué)堂，后來雖然未照這計劃進(jìn)行，可是，袁總算是一個首創(chuàng)者。
中國士大夫階級都有濃厚的重農(nóng)輕商觀念，袁則認(rèn)識商業(yè)發(fā)達(dá)，可以富國裕民，所以他在山東農(nóng)商并重，因此首創(chuàng)商務(wù)總局，以道員唐紹儀總司局務(wù)。又設(shè)籌款總局，整飭土藥、煙酒各項雜稅厘捐。并且派遣道員馬廷亮往日本搜集日本銀行鑄造銀圓的辦法和章程，以及印刷鈔票的辦法等等。
事實上，這個時候的袁世凱，所有措施都算得上是新政，正因為他是新政，和守舊的頑固派對比，顯得突出，政治是多么的現(xiàn)實，他當(dāng)年以出賣維新派、打倒新政而鴻運當(dāng)頭，如今他卻以行新政而贏取時譽(yù)。
袁曾得意地告訴幕僚們說：“此次拳亂，各督撫中如無我輩四人搘拄，國事尚可問乎？”袁所謂的四人是：李鴻章、劉坤一、張之洞和他自己，得意之情，溢于言表。
光緒廿七年（1901年）九月廿六日，西太后和光緒皇帝以及王公大臣正在回往北京途中，這天是由河南省鞏縣抵達(dá)汜水縣駐蹕，得到李鴻章自京電奏：“病勢危篤，請速派大臣接替，以資鎮(zhèn)攝。”這時奕劻已由北京前來迎駕，俾讓兩宮在還京以前詳知談和情形以及北京近況，李鴻章突然病重，所以電奏兩宮，希望速讓奕劻趕返北京，繼續(xù)和議。慈禧和光緒閱電都非常擔(dān)心，因為奕劻雖已出京，但尚未趕到。慈禧這天以極憂郁的顏色對隨駕的吳永說：“大局未定，李相倘有不測，這如此重荷，更有何人可以分擔(dān)？”
第二天，九月廿七日兩宮自汜水赴榮陽，傍晚接到北京急電，李鴻章于午刻逝世，慈禧和光緒聽見這個噩耗，飯都吃不下去，隨駕大臣乃至宮監(jiān)衛(wèi)士都有梁傾棟折的感覺。慈禧和光緒立即召見榮祿等大臣，太后決定三個主要人事命令：
一、王文韶著署理全權(quán)大臣。
二、直隸總督兼北洋大臣著袁世凱署理；未到任以前，著周馥護(hù)理。
三、山東巡撫著漕運總督張人駿調(diào)補(bǔ)。
十月初二日兩宮駐蹕開封，河南全省文武均在城外迎駕，行宮陳設(shè)壯麗，儼然有內(nèi)廷氣象。奕劻由京師趕到，立即獲得召見，詢問京中情況至為詳盡。第二天再召奕劻，奕劻把李鴻章的最后奉疏奉呈，兩宮都為之流涕。
李鴻章的遺疏全文于后：
奏為臣病垂危，自知不起，口占遺疏，仰求圣鑒事。竊臣體氣素健，向能耐勞，服官四十余年，未嘗因病請假。前在馬關(guān)受傷，流血過久，遂成眩暈。去夏冒暑北上，復(fù)患泄瀉，元氣大傷。入都后又以事機(jī)不順，朝夕焦思，往往徹夜不眠，胃納日減，觸發(fā)舊疾時作時止。迭蒙圣慈垂詢，特賞假期，慰諭周詳，感激涕零。和約幸得竣事，俄約仍無定期，上貽宵旰之憂，是臣未終心事。每一念及，憂灼五中。本月十九夜，，忽喀血碗余，數(shù)日之間，遂至沉篤，群醫(yī)束手，知難久延。謹(jǐn)口占遺疏，煩臣子經(jīng)述恭校寫成，固封以俟。伏念臣受知最早，蒙恩最深，每念時局艱危，不敢自稱衰病。惟冀稍延余息，重睹中興。赍志以終，歿身難瞑?，F(xiàn)值京師初復(fù)，鑾輅未歸，和議新成，東事尚棘，根本至計，處處可虞。竊念多難興邦，殷憂啟圣。伏讀迭次諭旨，舉行新政，力圖自強(qiáng)。慶親王等皆臣久經(jīng)共事之人，此次復(fù)同更患難，定能一心效力，翼贊訐謨。臣在九泉，庶無遺憾。至臣子孫，皆受國厚恩，唯有勖其守身讀書，勉圖報效。屬纊在即，瞻望無時，長辭圣明，無任依戀之至。謹(jǐn)叩謝天恩，乞皇太后、皇上圣鑒。謹(jǐn)奏。
同日發(fā)布一道上諭：“奉懿旨，略謂上年京師之變，該大學(xué)士忠誠堅忍，力任其難，宗社復(fù)安，朝廷攸賴。近日因病，然經(jīng)降旨慰問，該大學(xué)士力疾從公，忠靖之忱，老而彌篤。乃驟患咯血，遽爾不起，艱危之交，失此柱石重臣，曷勝愴慟！前已加恩云云。著再賞銀五千兩治喪，立功省分建立專祠；政功戰(zhàn)績，宣付史館。伊子李經(jīng)述，著賞給四品京堂，承襲一等侯爵；李經(jīng)邁著以四品京堂用；李經(jīng)方服闋后以道員遇缺簡放。伊孫李國杰，著以郎中即補(bǔ)；李國燕、李國煦著以員外郎分部行走；李國能、李國燾著賞給舉人，一體會試云云?！?br/>
初四、初五、初六均在開封逐日召見奕劻，并于初五日頒上諭：“奉懿旨，奕劻著加恩在紫禁城內(nèi)乘坐二人肩輿。”初六日命奕劻啟程返京繼續(xù)辦理議和以及準(zhǔn)備兩宮回京事宜。
李鴻章的去世，使袁世凱成為北洋正統(tǒng)的領(lǐng)導(dǎo)人，成為當(dāng)時最重要的人物，雖然光緒對袁的擢升很不開心，可是這是慈禧的主意，光緒如何可以反對呢。
袁世凱出任北洋大臣和直隸總督，雖由慈禧決定，有人卻說是李鴻章遺奏保薦，又有人說是軍機(jī)大臣榮祿向太后力薦。不管是誰的保薦，問題在于慈禧對袁有好感，信任他的忠實，欣賞他的才干，使袁以一個普通的道員，在五六年時間便爬到督撫地位，更特別的是直隸總督簡直等于督撫團(tuán)領(lǐng)袖，擔(dān)負(fù)拱衛(wèi)中樞的重大責(zé)任。
相傳李鴻章臨死前有遺折奏保袁為繼任人，但在《文忠集》內(nèi)卻無此奏稿。同時袁的任命是在兩宮回鑾途中得李去世電的第二天即降旨，所以李縱使有遺折薦袁自代，可是袁的大命卻是直接出于慈禧的圣眷。
袁因有李的遺疏薦賢的傳說，愈發(fā)見重于世，據(jù)說代李擬稿的是于式枚（號晦若）。薦袁是用“附片”，附片也是清朝一種官書，遇有機(jī)密，謄之附片上達(dá)，可以留中不發(fā)。附片中有句：“環(huán)顧宇內(nèi)人才，無出袁世凱右者?！痹髞碛兄掠谑矫兑缓?，答謝于代李草疏薦己，函云：
“……節(jié)相騎箕，天下共慟！弟識陋望淺，何敢作此替人？乃承示以疏稿，竟過許：‘環(huán)顧宇內(nèi)人才，無出世凱右者！’此雖出節(jié)相之口授，實亦由足下之成，弟當(dāng)詔示子孫，永銘大德。茲隨函奉上古董八件（另附一單于函末），戔戔聊表謝忱?！?br/>
這一年袁世凱43歲，與當(dāng)時的有名望的大臣和督撫比，實在太年輕了；因為他的三位前任，榮祿已快70歲，李鴻章79歲，王文韶68歲，袁世凱的年齡足夠做這三位前任總督的兒子。
袁奉命署理直隸總督后，由于喪服在身，所以堅辭朝命，慈禧不許，于是他先把左右的人事作了一番部署，副將張勛、守備孟恩遠(yuǎn)、都司曹錕、吳鳳嶺等都蒙奏薦嘉獎，又特疏保薦唐紹儀。唐自朝鮮起便一直追隨老袁，袁在山東巡撫任內(nèi)曾創(chuàng)設(shè)商務(wù)總局，唐紹儀便以道員總攬局務(wù)，擬定各項規(guī)則，辦理頗有成效，可算是袁的左右手。
光緒廿七年（1901年）十月初十日，袁世凱一切安排都已就緒，乃把山東巡撫篆務(wù)交給護(hù)理巡撫布政使胡廷幹，然后于十一日自山東起程北上，唐紹儀隨行。十月十六日抵河北高陽，直隸護(hù)理總督周馥派人捧直隸總督大印來迎。十七日袁接收印綬，即日履任視事。
袁接任后的第一道人事命令，是派唐紹儀為津海關(guān)道。唐深通洋務(wù)，在朝鮮時也是主辦關(guān)務(wù)。還有一個巧合，護(hù)理總督周馥在十五六年前也是任津海關(guān)道，那時袁在朝鮮，便和周訂交，甚為莫逆。周馥一直在直隸省任職，后來做直隸臬司，最后是直隸按察使。他是按步就班地往上爬，而他的老朋友卻出將入督，不過幾年時光已變成著名的督撫，并且回到直隸做他的頂頭上司了。
當(dāng)袁奉派為直隸總督兼北洋大臣后，兩宮在開封行宮于九月廿八日再頒上諭：“奉懿旨，以回鑾在即，頒賞有功人員，李鴻章再賜祭一壇，伊子李經(jīng)邁以三四品京堂候補(bǔ)；慶親王奕劻賞食親王雙俸；大學(xué)士榮祿賞戴雙眼花翎，并加太子太保銜；王文韶賞戴雙眼花翎；兩江總督劉坤一，加太子太保銜；湖廣總督張之洞，直隸總督袁世凱，均加太子少保銜；余如聯(lián)芳、那桐、張翼、周馥等，均升賞有差”。其后三天又頒上諭：“盛宣懷、赫德均賞加太子少保銜”。
袁在直隸任內(nèi)第一件參奏，是請兩宮懲辦此次肇變禍?zhǔn)?，將董福祥明正典刑。袁對董的恩怨，一方面由于董在武衛(wèi)軍時代以助義和團(tuán)而恣意胡為，同時因董在不久前曾向榮祿威脅，袁這一奏疏使榮祿最為滿意。
瓦德西事后五天曾向德皇作一詳細(xì)報告：“……余曾接見慶親王及總督李鴻章。李氏首先到此，慶親王剛遲廿分鐘始來；兩人共在余處計有一點鐘之久。從談話之中余遂覺得該兩人均有急望和議開始之意。……李鴻章請命賜給彼之差官一種護(hù)照……余對于中國官廳，必須其誠心依照余命而行者，方能容忍。今日余曾往答拜兩先生，在慶親王處僅作一番無關(guān)重要之談話，但彼要求從速開始和平會議之意卻曾表示出來。余給李鴻章先生一圖，其上余曾劃有上述占領(lǐng)區(qū)域之范圍。李氏頗嫌其寬廣。余從李氏屢次提及進(jìn)兵張家口一事之中，可以明白盾出此舉頗使彼憂懼，且由此足以證明余之進(jìn)兵該地可謂頗得其道?！?br/>
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（八）清廷對任何設(shè)立仇外之會黨立刻正法。
這次屈辱的條約，是在聯(lián)軍槍桿下被迫簽署的；列強(qiáng)本可瓜分中國，只是由于本身間的矛盾和利害沖突，所以中國在這時候才僥幸不被瓜分，而僅被迫簽約，實在是不幸中的大幸。可是這個《辛丑條約》應(yīng)該是中國有史以來對外簽定條約中的最屈辱條約，由于這個條約，使中國京城的大門洞開，使以后幾十年的民族自尊心受到極大的打擊。
義和團(tuán)煙消云散，可是義和團(tuán)事件的影響，卻極其深遠(yuǎn)：
（一）世界各國并不去檢討這次事件形成的原因，而嚴(yán)厲指責(zé)義和團(tuán)行動粗暴，指責(zé)中國不是一個文明國家，指責(zé)中華民族是一個野蠻的民族。
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（三）督撫權(quán)力增加，演變成后來軍閥割據(jù)。因為拳變期間，李鴻章、劉坤一、袁世凱等人和列強(qiáng)約定，各省自保。保護(hù)外人生命財產(chǎn)和教堂，請列強(qiáng)勿進(jìn)兵東南各省，這一舉措在拳變之后受到清廷的承認(rèn)和嘉勉，遂使各省督撫形成半獨立局面。
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袁世凱在義和團(tuán)之變時，不僅成為有名望的督撫，堪與劉坤一、張之洞等齊名。且由于他在北方，各省督撫向北京的奏報都是由他轉(zhuǎn)遞，加上義和團(tuán)肇始山東，自袁接任山東巡撫后，山東省境內(nèi)太平，因此無論中外人士對袁都刮目相看了。
北京陷后，兩宮出奔，在蒙塵途中曾電諭李鴻章，命他火速前往北京與洋人議和。袁亦密電李鴻章說：“海關(guān)總稅務(wù)司赫德稱，各國并無他意，深盼李相能說慶親王共商議和事。”
如此一來，袁對國家大事，也取得了發(fā)言權(quán)了。
慈禧和光緒在赴西安途中，追隨左右的全是守舊派大臣，由于這些頑固派的包圍，所以談和時，洋人也心存疑慮，因此袁和李鴻章便密商促成榮祿能盡速前往行在，俾慈禧左右能有一進(jìn)言之大臣。榮祿在北京失陷時，對于守舊派壟斷朝政，深感灰心，經(jīng)李、袁的敦促，乃趨赴西安。而慈嬉對榮祿仍極信任，不久榮祿便成為極重要的軍機(jī)大臣。自榮祿重被慈禧所寵信，袁的發(fā)言權(quán)便大為提高。在這期間，他和劉坤一、張之洞、盛宣懷等聯(lián)成一氣，而李鴻章在北京，榮祿在西京，因此他的意見可以四通八達(dá)，他的地位便日益重要了。
當(dāng)和議達(dá)成，八國聯(lián)軍即將撤兵時，京畿重地必須有清兵駐守，以維治安，李鴻章急電請袁派姜桂題率兵先赴河南，以備接替。當(dāng)時姜桂題正在保護(hù)青濰鐵道工程，袁于是即撥防營前往遞補(bǔ)，并飭姜桂題立即出發(fā)，待命前往接替八國聯(lián)軍。
光緒廿七年（1901年）四月廿九日袁世凱的親生母親劉氏病逝。原來劉氏和袁的嗣母牛氏都是住在河南項城原籍，牛氏去世后，袁乃迎養(yǎng)親生母到住所，隨袁宦游各地，主持家務(wù)。袁丁喪后遂電辭山東巡撫，可是他這時候是各方所矚目的大臣，山東全身司道百官和地方紳士，都紛電西安行在和李鴻章處，請旨奪情。五月一日上諭給袁喪假一百天，袁有哀懇電云：“五月初一日恭奉諭旨，以世凱丁本生母憂，賞假百日，即在撫署穿孝，假滿后改為署理，照常任事。捧讀之余，感紉泣血，伏念時勢阽危，至今已極。聯(lián)軍尚未盡撤，伏莽益復(fù)橫行，臣母病中，時勖臣以損頂摩踵仰酬知遇，并以病軀支離，未得親見回鑾盛典為詞。迨至彌留之際，口不能言，猶復(fù)舉手西指，淚滿衣襟，是臣上報君恩，似未可一意固辭，下承母訓(xùn)，尤不愿再三虛讓。惟是窀穸未安，方寸已亂，設(shè)身膺墨，而手惓簿書，非但為千古之罪人，亦恐負(fù)一時之清議。傍徨午夜，屢絕粥饘，懇準(zhǔn)百日內(nèi)開缺離署，扶櫬返里，俟葬親事畢，遄返東省，當(dāng)專任營務(wù)，稍盡翊衛(wèi)巡防之任。倘冬春之交，時局大定，再懇許臣回籍終制，此則烏哺私情，以必得所求而后已也?！蔽逶率蝗沾褥麥刂嘉苛?，同時派員代表太后賜祭。
袁的生母劉氏和嗣母牛氏本是妯娌，她們都是舊社會婦女，受的全是舊禮教薰陶，兩妯娌對于這個能干兒子都很寵愛。袁在山東巡撫任內(nèi)雖為時只有一兩年，但他已成全國矚目人物，項城袁家的人很多都濟(jì)南，而袁也大力整修項城的舊居。劉太夫人一直隨袁在濟(jì)南，劉氏物故后，袁一再懇辭山東巡撫以守制三年，這不過是舊中國的禮教習(xí)慣，其實袁這時不止是辭卸不得，而且好運還才開始呢！
袁在山東巡撫任內(nèi)有一件新政，就是在省城濟(jì)南設(shè)置大學(xué)堂。不過這所謂的大學(xué)堂，是小學(xué)、中學(xué)、大學(xué)的一貫制，共分四級，第一級稱“蒙養(yǎng)學(xué)堂”，挑選幼童自七歲起至14歲止，為時八年，講習(xí)經(jīng)史，并授以簡易天文、地輿、算術(shù)。畢業(yè)后升入第二級稱“備齋”，講求淺近政治、藝學(xué)，兩年畢業(yè)。畢業(yè)后升入第三級“正齋”，研讀四年，分科為中國經(jīng)學(xué)、中外史學(xué)、中外政治學(xué)、方言學(xué)、商學(xué)、工學(xué)、礦學(xué)、農(nóng)學(xué)、測繪學(xué)、醫(yī)學(xué)共十門。畢業(yè)后升入“專齋”，以兩年至四年為期。專齋課程俟正齋畢業(yè)后再訂。每年經(jīng)費預(yù)算6萬兩，聘美國人赫士為總教習(xí)。這就是最早的山東大學(xué)堂，后來雖然未照這計劃進(jìn)行，可是，袁總算是一個首創(chuàng)者。
中國士大夫階級都有濃厚的重農(nóng)輕商觀念，袁則認(rèn)識商業(yè)發(fā)達(dá)，可以富國裕民，所以他在山東農(nóng)商并重，因此首創(chuàng)商務(wù)總局，以道員唐紹儀總司局務(wù)。又設(shè)籌款總局，整飭土藥、煙酒各項雜稅厘捐。并且派遣道員馬廷亮往日本搜集日本銀行鑄造銀圓的辦法和章程，以及印刷鈔票的辦法等等。
事實上，這個時候的袁世凱，所有措施都算得上是新政，正因為他是新政，和守舊的頑固派對比，顯得突出，政治是多么的現(xiàn)實，他當(dāng)年以出賣維新派、打倒新政而鴻運當(dāng)頭，如今他卻以行新政而贏取時譽(yù)。
袁曾得意地告訴幕僚們說：“此次拳亂，各督撫中如無我輩四人搘拄，國事尚可問乎？”袁所謂的四人是：李鴻章、劉坤一、張之洞和他自己，得意之情，溢于言表。
光緒廿七年（1901年）九月廿六日，西太后和光緒皇帝以及王公大臣正在回往北京途中，這天是由河南省鞏縣抵達(dá)汜水縣駐蹕，得到李鴻章自京電奏：“病勢危篤，請速派大臣接替，以資鎮(zhèn)攝。”這時奕劻已由北京前來迎駕，俾讓兩宮在還京以前詳知談和情形以及北京近況，李鴻章突然病重，所以電奏兩宮，希望速讓奕劻趕返北京，繼續(xù)和議。慈禧和光緒閱電都非常擔(dān)心，因為奕劻雖已出京，但尚未趕到。慈禧這天以極憂郁的顏色對隨駕的吳永說：“大局未定，李相倘有不測，這如此重荷，更有何人可以分擔(dān)？”
第二天，九月廿七日兩宮自汜水赴榮陽，傍晚接到北京急電，李鴻章于午刻逝世，慈禧和光緒聽見這個噩耗，飯都吃不下去，隨駕大臣乃至宮監(jiān)衛(wèi)士都有梁傾棟折的感覺。慈禧和光緒立即召見榮祿等大臣，太后決定三個主要人事命令：
一、王文韶著署理全權(quán)大臣。
二、直隸總督兼北洋大臣著袁世凱署理；未到任以前，著周馥護(hù)理。
三、山東巡撫著漕運總督張人駿調(diào)補(bǔ)。
十月初二日兩宮駐蹕開封，河南全省文武均在城外迎駕，行宮陳設(shè)壯麗，儼然有內(nèi)廷氣象。奕劻由京師趕到，立即獲得召見，詢問京中情況至為詳盡。第二天再召奕劻，奕劻把李鴻章的最后奉疏奉呈，兩宮都為之流涕。
李鴻章的遺疏全文于后：
奏為臣病垂危，自知不起，口占遺疏，仰求圣鑒事。竊臣體氣素健，向能耐勞，服官四十余年，未嘗因病請假。前在馬關(guān)受傷，流血過久，遂成眩暈。去夏冒暑北上，復(fù)患泄瀉，元氣大傷。入都后又以事機(jī)不順，朝夕焦思，往往徹夜不眠，胃納日減，觸發(fā)舊疾時作時止。迭蒙圣慈垂詢，特賞假期，慰諭周詳，感激涕零。和約幸得竣事，俄約仍無定期，上貽宵旰之憂，是臣未終心事。每一念及，憂灼五中。本月十九夜，，忽喀血碗余，數(shù)日之間，遂至沉篤，群醫(yī)束手，知難久延。謹(jǐn)口占遺疏，煩臣子經(jīng)述恭校寫成，固封以俟。伏念臣受知最早，蒙恩最深，每念時局艱危，不敢自稱衰病。惟冀稍延余息，重睹中興。赍志以終，歿身難瞑?，F(xiàn)值京師初復(fù)，鑾輅未歸，和議新成，東事尚棘，根本至計，處處可虞。竊念多難興邦，殷憂啟圣。伏讀迭次諭旨，舉行新政，力圖自強(qiáng)。慶親王等皆臣久經(jīng)共事之人，此次復(fù)同更患難，定能一心效力，翼贊訐謨。臣在九泉，庶無遺憾。至臣子孫，皆受國厚恩，唯有勖其守身讀書，勉圖報效。屬纊在即，瞻望無時，長辭圣明，無任依戀之至。謹(jǐn)叩謝天恩，乞皇太后、皇上圣鑒。謹(jǐn)奏。
同日發(fā)布一道上諭：“奉懿旨，略謂上年京師之變，該大學(xué)士忠誠堅忍，力任其難，宗社復(fù)安，朝廷攸賴。近日因病，然經(jīng)降旨慰問，該大學(xué)士力疾從公，忠靖之忱，老而彌篤。乃驟患咯血，遽爾不起，艱危之交，失此柱石重臣，曷勝愴慟！前已加恩云云。著再賞銀五千兩治喪，立功省分建立專祠；政功戰(zhàn)績，宣付史館。伊子李經(jīng)述，著賞給四品京堂，承襲一等侯爵；李經(jīng)邁著以四品京堂用；李經(jīng)方服闋后以道員遇缺簡放。伊孫李國杰，著以郎中即補(bǔ)；李國燕、李國煦著以員外郎分部行走；李國能、李國燾著賞給舉人，一體會試云云?！?br/>
初四、初五、初六均在開封逐日召見奕劻，并于初五日頒上諭：“奉懿旨，奕劻著加恩在紫禁城內(nèi)乘坐二人肩輿。”初六日命奕劻啟程返京繼續(xù)辦理議和以及準(zhǔn)備兩宮回京事宜。
李鴻章的去世，使袁世凱成為北洋正統(tǒng)的領(lǐng)導(dǎo)人，成為當(dāng)時最重要的人物，雖然光緒對袁的擢升很不開心，可是這是慈禧的主意，光緒如何可以反對呢。
袁世凱出任北洋大臣和直隸總督，雖由慈禧決定，有人卻說是李鴻章遺奏保薦，又有人說是軍機(jī)大臣榮祿向太后力薦。不管是誰的保薦，問題在于慈禧對袁有好感，信任他的忠實，欣賞他的才干，使袁以一個普通的道員，在五六年時間便爬到督撫地位，更特別的是直隸總督簡直等于督撫團(tuán)領(lǐng)袖，擔(dān)負(fù)拱衛(wèi)中樞的重大責(zé)任。
相傳李鴻章臨死前有遺折奏保袁為繼任人，但在《文忠集》內(nèi)卻無此奏稿。同時袁的任命是在兩宮回鑾途中得李去世電的第二天即降旨，所以李縱使有遺折薦袁自代，可是袁的大命卻是直接出于慈禧的圣眷。
袁因有李的遺疏薦賢的傳說，愈發(fā)見重于世，據(jù)說代李擬稿的是于式枚（號晦若）。薦袁是用“附片”，附片也是清朝一種官書，遇有機(jī)密，謄之附片上達(dá)，可以留中不發(fā)。附片中有句：“環(huán)顧宇內(nèi)人才，無出袁世凱右者?！痹髞碛兄掠谑矫兑缓?，答謝于代李草疏薦己，函云：
“……節(jié)相騎箕，天下共慟！弟識陋望淺，何敢作此替人？乃承示以疏稿，竟過許：‘環(huán)顧宇內(nèi)人才，無出世凱右者！’此雖出節(jié)相之口授，實亦由足下之成，弟當(dāng)詔示子孫，永銘大德。茲隨函奉上古董八件（另附一單于函末），戔戔聊表謝忱?！?br/>
這一年袁世凱43歲，與當(dāng)時的有名望的大臣和督撫比，實在太年輕了；因為他的三位前任，榮祿已快70歲，李鴻章79歲，王文韶68歲，袁世凱的年齡足夠做這三位前任總督的兒子。
袁奉命署理直隸總督后，由于喪服在身，所以堅辭朝命，慈禧不許，于是他先把左右的人事作了一番部署，副將張勛、守備孟恩遠(yuǎn)、都司曹錕、吳鳳嶺等都蒙奏薦嘉獎，又特疏保薦唐紹儀。唐自朝鮮起便一直追隨老袁，袁在山東巡撫任內(nèi)曾創(chuàng)設(shè)商務(wù)總局，唐紹儀便以道員總攬局務(wù)，擬定各項規(guī)則，辦理頗有成效，可算是袁的左右手。
光緒廿七年（1901年）十月初十日，袁世凱一切安排都已就緒，乃把山東巡撫篆務(wù)交給護(hù)理巡撫布政使胡廷幹，然后于十一日自山東起程北上，唐紹儀隨行。十月十六日抵河北高陽，直隸護(hù)理總督周馥派人捧直隸總督大印來迎。十七日袁接收印綬，即日履任視事。
袁接任后的第一道人事命令，是派唐紹儀為津海關(guān)道。唐深通洋務(wù)，在朝鮮時也是主辦關(guān)務(wù)。還有一個巧合，護(hù)理總督周馥在十五六年前也是任津海關(guān)道，那時袁在朝鮮，便和周訂交，甚為莫逆。周馥一直在直隸省任職，后來做直隸臬司，最后是直隸按察使。他是按步就班地往上爬，而他的老朋友卻出將入督，不過幾年時光已變成著名的督撫，并且回到直隸做他的頂頭上司了。
當(dāng)袁奉派為直隸總督兼北洋大臣后，兩宮在開封行宮于九月廿八日再頒上諭：“奉懿旨，以回鑾在即，頒賞有功人員，李鴻章再賜祭一壇，伊子李經(jīng)邁以三四品京堂候補(bǔ)；慶親王奕劻賞食親王雙俸；大學(xué)士榮祿賞戴雙眼花翎，并加太子太保銜；王文韶賞戴雙眼花翎；兩江總督劉坤一，加太子太保銜；湖廣總督張之洞，直隸總督袁世凱，均加太子少保銜；余如聯(lián)芳、那桐、張翼、周馥等，均升賞有差”。其后三天又頒上諭：“盛宣懷、赫德均賞加太子少保銜”。
袁在直隸任內(nèi)第一件參奏，是請兩宮懲辦此次肇變禍?zhǔn)?，將董福祥明正典刑。袁對董的恩怨，一方面由于董在武衛(wèi)軍時代以助義和團(tuán)而恣意胡為，同時因董在不久前曾向榮祿威脅，袁這一奏疏使榮祿最為滿意。
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