袁世凱不能和國民黨共存，可以說是先天就注定了，不必待宋教仁被刺才真相畢露，不過宋教仁案加速了袁和國民黨的對立。

　　袁對他的大敵國民黨的處理，非常矛盾，他口中不離“亂黨”兩字，同時部署一切軍事計劃要鏟除國民黨在南方的一切力量?？墒撬@時還是一個臨時大總統(tǒng)，由臨時大總統(tǒng)過渡到正式大總統(tǒng)，必須經(jīng)由國會產(chǎn)生，而國內(nèi)的多數(shù)黨卻正是國民黨，如果解散國民黨或者宣布國民黨為非法黨團，那么國會便不足法定人數(shù)，正式總統(tǒng)也無法產(chǎn)生。北洋軍系的人主張由軍人共推袁為總統(tǒng)，以顯示軍人力量，袁沒有考慮走這一條路，因為時代不同了，現(xiàn)在是中華民國，不是中華軍國。

　　對國民黨既然還有些投鼠忌器，因此他對于北京的國民黨員就比較客氣一點；而身在北方虎穴中的國民黨員，也比較有妥協(xié)性一點，這是沒有辦法的事。袁授意北京總檢察廳票傳國民黨北京支部部長吳景濂到案，質(zhì)問黃興是不是國民黨的領(lǐng)袖，如果黃的“逆叛”行為與國民黨有關(guān)，那么國民黨就該負起“謀叛”的責(zé)任，如果黃的行為與國民黨無關(guān)，國民黨就該立刻開除黃興黨籍以明責(zé)任，限吳景濂三天內(nèi)答復(fù)。吳景濂拿這個難題無法解決，很想召開一次北京支部大會來研究處理，可是時間太倉促，這時留京的國民黨員已傷透腦筋，拿這問題來談豈不是更頭痛。會議召開不及，三天限期轉(zhuǎn)眼即到，吳景濂沒有辦法，只好想出一個應(yīng)付的辦法，他以個人名義在北京報紙上刊登一段啟事：“黃興除名一案，非經(jīng)大會不能決定，但限期甚迫，不及召集大會，因即遵令除名。”

　　袁系罵黃興是搗亂領(lǐng)袖，其實黃在宋案后一直是主張委曲求全的，對宋案本身言，黃主張純以法律解決，求是非正確的意識可以促進物質(zhì)發(fā)展；錯誤的意識則相反。在階級，講法理。對于袁政府的態(tài)度，黃鑒于外交嚴(yán)重，各國尚未承認民國，蒙藏風(fēng)云緊急，所以反對用武力對付袁。他的主張受到多數(shù)人支持，因此在袁下令免三省都督前，國民黨對于解決糾紛的辦法是：“宋案責(zé)成法院，借款責(zé)成議會。”并擬推岑春煊、王芝祥、章士釗、汪兆銘等為調(diào)和專使前往北京。

　　袁免贛、皖、粵三省都督后，國民黨方面仍希望不致決裂，所以6月10日李烈鈞有蒸電報告袁政府“遵令免官”，并且通電將已經(jīng)調(diào)動的部隊撤回原駐地點。6月16日胡漢民有銑電“請授赴藏方略”，并且解釋“宋案借款之爭，僅系建言作用，不敢出法律范圍”。而柏文蔚早在調(diào)任令發(fā)表之前就表示要辭職。這一切并非國民黨施緩兵之計，實在因為國民黨的多數(shù)派還不打算對袁進行武裝抗?fàn)?，寧愿解除自己的武裝力量，只求保存國民黨是一個合法政黨，在國會中占多數(shù)，所以遷就到底。

　　黃委曲求全終不能全。其實不獨黃主張如此，汪兆銘自歐回粵，亦主張國民黨可作在野黨。汪本內(nèi)定為北上調(diào)和專使，因情勢改變而作罷，他的把兄袁克定曾有電給他：“別來經(jīng)年，想見若渴，弟扶病北來省親，晳子云兄將來，喜甚。惟遲行未至，伏枕悵望，尚冀早來，借慰病友?？硕ㄖG?！?br/>
　　在這紛擾的期間，還有一個醞釀，據(jù)說是日本在幕后策動的，就是要在南京另外組織一個政府，推舉岑春煊為總統(tǒng)。

　　民國2年7月28日熊希齡的通電，曾經(jīng)揭破這個密謀：“報載四省獨立，有在寧設(shè)立政府，推舉岑西林為總統(tǒng)之謠。前南北議和時，犬養(yǎng)毅等于前年冬來華，運動南北分立，渠與希齡本屬舊交，屢至滬寓密告希齡，謂袁如得志，中國可危，不如勸孫、黃公推岑為總統(tǒng)與袁對抗，并要求希齡介紹往見。希齡與張謇、湯壽潛、莊思緘、趙鳳昌諸君與犬養(yǎng)毅接談數(shù)次，竭力反對。幸黃興當(dāng)時力主和議，岑亦病辭不見，犬乃回國。去年春間再到上海，乃不與希齡接洽矣。此日本民黨利用我南北分立之實在情形也?！?br/>
　　岑春煊在南京組府之說傳了一個時期，后因袁軍事力量直掃南方，因之沒有出現(xiàn)。岑、袁兩人在清時就有大隙，袁依賴奕劻，而岑則反對奕劻。宣統(tǒng)年間盛宣懷紅極一時，挾隆裕和載濤、載洵以自重，辛亥起義后，盛主張用岑，奕劻則主張起用袁，其后袁因緣時會，水到渠成，遂代清而為民國元首。岑去福建。福建之役，岑怨袁欺，大失所望，拂袖而去，袁又請岑繼黃興為粵漢路督辦。袁與南方?jīng)Q裂，督辦亦撤銷，袁、岑之間遂更成水火。岑在上海，據(jù)說孫、黃都去拜望他，他告訴訪客說：“別人都怕袁世凱，我是不怕他的，倒要和他較量一下。我本無意大總統(tǒng)，今既有現(xiàn)成的，就不妨試試看?！?br/>
　　袁既然冒天下之大不韙，用武力來解決問題，他的軍事目的當(dāng)然并不止于撤換國民黨系的三省都督為已足，他要粉碎國民黨在各省的軍事力量和基礎(chǔ)，同時還借此鏟除所有非北洋系和袁系的軍事力量與政治力量，所以袁的最后目的是想達到武力統(tǒng)一全國。

　　盡管被撤職的江西、安徽和廣東三省都督不準(zhǔn)備繼續(xù)進行抵抗，可是北洋軍仍按照原定計劃分兩路南下：第一軍軍長段芝貴統(tǒng)率第二師師長王占元、第六師師長李純兩部擔(dān)任湖北、江西之線；第二軍包括馮國璋、張勛、雷震春等部（因第二路軍不止是一個軍，所以稱為第二路軍），由馮國璋統(tǒng)率，沿津浦路南下進攻南京。這都是北洋軍的嫡系。段芝貴和馮國璋都是袁的心腹大將，袁心目中的兩個重要棋子，袁心中內(nèi)定段芝貴是湖北都督，馮國璋是江蘇都督。

　　江西和南京是北洋軍進兵的兩個主要目標(biāo)，湖南和上海也是袁用兵的兩個目標(biāo)，由于北洋軍沒有足夠的兵力配備到各個目標(biāo)上，因此袁派特務(wù)放火焚毀長沙的軍械庫以削弱湖南可能產(chǎn)生的抗袁力量。

　　7月上旬又派兵乘應(yīng)瑞、肇和諸艦抵滬，派海軍中將鄭汝成以總執(zhí)法官名義為統(tǒng)帥，團長就是后來齊盧之戰(zhàn)有名的將領(lǐng)臧致平。這些兵艦運兵到吳淞登陸，以圖控制上海。

　　北洋軍得寸進尺，咄咄逼人，造成了一種形勢，即使國民黨的不抵抗政策進行到底，國民黨想委曲求全，以合法政黨地位繼續(xù)存在也將勢不可能，因為國民黨軍隊必將被北洋軍吞吃掉，國民黨人也將無容身之地了。

　　李烈鈞是國民黨四個都督中最有實力的，袁最嫉惡李。李被免職后，孫中山派居正、白逾恒、吳鐵城前往南昌慰問，并勸李不受亂命，宣布獨立。李頗躊躇，認為：“被免了職才起兵討袁，人將以為戀棧挾嫌，豈能言順?！彼詻Q定離江西至上海謁孫中山再作計較，于6月15日經(jīng)安徽至上海，下榻斜橋路60號。柏文蔚是主張使用武力的，且打算首先在安徽發(fā)難，曾密赴上海向?qū)O中山請示。孫因為安徽逼近北方，且可拱衛(wèi)南京，似不宜先動，最好由湖南、廣東、江西各省先行獨立，迨袁出兵，安徽便可截擊，所以勸阻了柏。柏被袁免職即赴南京升平橋小住。

　　李烈鈞在上海分別見到了孫中山、黃興、陳其美等，反復(fù)會商今后對袁應(yīng)付策略，深感袁當(dāng)時作法是斬盡殺絕的毒招，既不可理喻，又難以感化，當(dāng)前只有一途，就是舉兵反抗。黃興這時已派人在南京運動軍隊。李激于義憤，愿任首難之責(zé)，遂于7月7日自上海輕裝潛返江西，7月8日抵達湖口，召集舊部第九、十兩團，及輜重工程兩營，于7月12日占領(lǐng)湖口炮臺，檄告中外，宣布獨立。李部混成團團長林虎，自告奮勇，愿任九江前敵軍總指揮。第一師師長歐陽武，第二師師長劉世均，贛南第四旅旅長蔡森，均電告整軍備戰(zhàn)。

　　中華民國2年7月13日，江西省議會公舉李烈鈞為江西討袁軍總司令，慷慨誓師，發(fā)布討袁檄文，略云：

　　“民國肇造以來，凡吾國民，莫不欲達真正共和目的。袁世凱乘時竊柄，帝制自為。滅絕人道，而暗殺元勛；弁髦約法，而擅借巨款。金錢有靈，即輿論公道可收買！祿位無限，任腹心爪牙之把持。近腹盛暑興師，蹂躪贛省，以兵威劫天下，視吾民若寇仇，實屬有負國民之委托。我國民宜亟起自衛(wèi)，與天下共擊之！”

　　這就是民國史上的“二次革命”，也稱“癸丑之役”、“贛寧之役”。

　　事實上李還未就討袁總司令以前，江西軍便已和北洋軍有了接觸，7月12日晚北洋軍步兵第24團團長張敬堯，已率全團抵贛。12日拂曉，北軍開始攻擊，贛軍以一連應(yīng)戰(zhàn)，氣壯山河，一舉大捷，俘虜北軍百余人，擄獲甚多。北軍第12旅旅長馬繼增趕來增援，而贛軍已奏捷后鳴金收兵了。這一戰(zhàn)張敬堯慘敗，贛軍奪獲北軍槍枝百余支，斃連長一名，排長五名，士兵200余人，俘虜營副一人。討袁軍只傷了士兵一人。

　　李烈鈞湖口倡義后，湖南都督譚延闿亦宣布獨立，福建方面師長許崇智亦宣布起義。福建都督孫道仁猶存觀望，許迫孫，孫不得已乃勉強加入討袁軍。安徽方面柏文蔚交卸都督后，本已至南京小住，當(dāng)李烈鈞返江西后，柏文蔚亦于7月17日返安徽宣布獨立，以響應(yīng)江西，不幸安徽軍師長胡萬泰已被袁世凱收買，反戈對付柏，深夜勒兵圍攻都督府，柏文蔚不及躲避幾遇險，乃出走蕪湖。胡萬泰聯(lián)合海陸軍進攻蕪湖，柏力戰(zhàn)不支，慘遭失敗。南京方面，黃興于7月15日據(jù)南京組織革命軍宣布獨立，進兵淮北，江蘇都督程德全棄職走上海。上海方面則由陳其美策劃部署。廣東由都督陳炯明與胡漢民聯(lián)合于7月18日宣布獨立，本擬出兵援贛，但因廣西都督陸榮廷、巡防統(tǒng)領(lǐng)龍濟光為袁收買，廣東受廣西牽制，乃不能出兵。四川方面川軍第三師長熊克武于8月4日組織討袁軍，宣布獨立。

　　李烈鈞在江西發(fā)動討袁后，孫中山乃急促南京和上海響應(yīng)，且打算親赴南京主持。黃興覺得戎伍之事非孫中山所長，乃自告奮勇請纓，于7月14日赴南京，臨行急促甚至連其夫人均未通知，直到抵南京后才致書夫人。黃抵寧后，即召集駐南京的第一、第八兩師軍官會于八府塘李鴻章相府，決議組織討袁軍，響應(yīng)江西。當(dāng)時南京駐軍中，要塞司令吳紹璘，講武堂副長蒲鑒，要塞第二團教練官程鳳章均為袁黨，持反對態(tài)度，黃乃捕殺之。遂以江蘇都督程德全名義宣布獨立，并任命黃興為江蘇討袁軍總司令，組織總部，以黃葆倉為參謀長，許崇灝為參謀主任，秦效魯為籌餉處長，沈縵云為造幣廠廠長，朱壽頤為接收馬府街袁政府陸軍部倉庫專員，同時檄令駐徐州第三師冷遹部堵?lián)裟舷略姡谝粠熣妈?、第八師陳之驥出兵臨淮關(guān)控制要隘，7月15日慷慨誓師。

　　陳其美在上海計劃討袁時，恰逢蔣中正和張群由日本返滬，陳大喜，即與二人會商軍事，張群主張先攻海軍，蔣則以兵工廠為軍隊命脈，應(yīng)先奪取兵工廠。陳其美贊成蔣計劃，遂積極部署。蔣曾在辛亥年光復(fù)上海時組織軍隊，舊部甚多，后因赴國外考察，乃將一手訓(xùn)練之部隊交張群統(tǒng)領(lǐng)，張其后又赴英國考察工業(yè)，乃移交陳某。這時陳任團長，所率士兵即蔣當(dāng)年訓(xùn)練者，今見蔣、張兩位舊主歸來，欣喜若狂，均愿接受指揮，于是蔣乃號召舊部，擁陳其美為上海討袁軍總司令。

　　袁世凱既派海軍中將鄭汝成統(tǒng)率警衛(wèi)軍1300名駐守高昌廟兵工廠，又派海軍司令李鼎新率黃浦江軍艦協(xié)同保護。陳其美宣布獨立，屢勸鄭汝成讓出高昌廟兵工廠，鄭不答應(yīng)，陳乃命蔣率所部及鈕永建之一團分道進攻，相持?jǐn)?shù)日，討袁軍因子彈接濟不及，遂告敗北，其后回兵進攻吳淞，也因眾寡不敵，未能獲勝。