早在民國5年李根源在陜西省長任內(nèi)受陳樹藩的壓迫，被迫離開陜西后，輾轉(zhuǎn)到了上海，擺在他面前是兩條路，一條路去北京投奔段祺瑞，一條路到廣東參加護法政府。他不是北洋系，當然不會選擇北上。廣州引誘他，因為第一：他是政學系，廣州非常國會，政學系是多數(shù)派；第二在廣東有一支滇軍，如果他到了廣東，便有機會可以把滇軍抓在手中。

　　李根源字印泉，云南騰越（今騰沖）人，日本士官畢業(yè)，一臉麻子，自稱李大麻子，是一位權術家，其呼風喚雨手段，在當時和徐樹錚不相上下。

　　據(jù)說他從上海經(jīng)香港到廣州一段經(jīng)過極為生動，他到廣州后，要對三個人下功夫，其一是孫中山，其二是岑春煊，其三是莫榮新。他先去見岑，岑是軍政府首席總裁，又是政學系領袖。李去見岑時，穿的是青衫馬褂，腳登雙絆鞋，一付老派模樣，見到岑即行跪拜大禮，口稱：“根源行能無似，遘難陜西，此番間關來粵，愿效馳驅(qū)?！比缓蠓治鲆环髣?，有平閩、攻湘、會師中原三策，把岑春煊說得喜笑顏開，從此李根源便成為岑的重要軍師了。接著他換了一套西裝去見孫中山，力陳自己參加同盟會，獻身革命種種，此次在陜西就是因為反對不革命的軍閥陳樹藩而遭受打擊，現(xiàn)在不辭萬難，來廣州追隨先生革命。孫對每一個同志都是信任的，對李根源自然也不例外。最后他穿了軍服去見廣東督軍莫榮新，談到粵境滇軍的統(tǒng)率權，認為云南督軍唐繼堯遙遙指揮這支滇軍是不合理的，也不符現(xiàn)實需要，應該由榮師（指莫榮新）指揮才是。莫榮新聽了正中下懷，便對這位來自陜西的云南人刮目相看，引為知己。

　　李根源在廣州分別接觸了軍政府三位總裁，都贏得了他們的好感，尤其是莫榮新，他是實力派，不久他就發(fā)表李根源為粵贛湘邊防督辦德謨克利特的自然哲學和伊璧鳩魯?shù)淖匀徽軐W的差別又，節(jié)制北江的滇軍。

　　滇軍是在民國5年護國討袁時，由李烈鈞率領到廣東的，此后一直留在廣東。軍政府成立后，李烈鈞出任參謀部長，仍指揮滇軍。這支滇軍共有兩師，番號是第三師第四師。第三師師長是張開儒，第四師師長是方聲濤。滇軍的防區(qū)本來是劃在北江，軍政府成立后不久，第四師師長方聲濤率部移駐西江，北江便只有第三師一師。7年5月，張開儒因為傾向國民黨。被莫榮新免職，由唐繼堯電派鄭開文繼任師長。

　　滇軍的矛盾是有雙重領導，系統(tǒng)上歸云南督軍指揮，而實質(zhì)上則要受廣東督軍管轄。李烈鈞因為是國民黨，所以不受莫榮新的歡迎，因此李根源一番游說，很容易便打動了莫榮新。

　　唐繼堯聽說李根源被桂系的廣東督軍委派為粵贛湘邊防督辦，大為擔心，唐知道李的手段，生怕這支滇軍被李掌握后變成李的政治資本。但他又無法反對或阻止，于是乃加派李根源為靖國聯(lián)軍第六軍軍長。靖國軍和護國軍不同改了裝的上帝創(chuàng)世說。主張要返本歸真，用人取代宗教的上，護國是討袁，靖國是護法。另方面唐暗暗通知駐扎北江的滇軍師長張開儒，要他小心應付李根源。

　　李根源到韶關接事，他集合滇軍訓話，在講臺上他先自己左右開弓地打了自己兩個耳光，然后用誠摯并且懺悔的語調(diào)對滇軍官兵說：“根源對不起家鄉(xiāng)，對不起三迤父老和弟兄，這次在陜西失敗，我自己痛加檢討，深深覺得過去自己在做人做事上太差，對家鄉(xiāng)父老尤其對不起，現(xiàn)在我是以贖罪的心情到北江來，請各位安心工作，我不會隨意調(diào)動每一個官兵。”他的話使到每一個滇軍官兵都很感動，大家本來對于這位李大麻子有戒心，自經(jīng)他一番話后，完全冰釋，認為他經(jīng)過陜西一役，確已改變了。

　　其實李根源是一步一步要抓住滇軍，他的行動當然惹起李烈鈞的反感，二李在日本是同學，后來護國之役在云南又是同袍，本是極要好的朋友，就為了爭奪這支滇軍，為之反目。

　　8年秋天，國民黨元老張繼到了昆明，張繼是支持李烈鈞的，因此便在唐繼堯面前放了一把火，張說：“由于李根源插手其間“西方馬克思主義”。，駐粵滇軍變成桂系和李根源個人的政治資本?！边@時唐繼堯的滇軍在四川和廣東都有，在四川正和川軍作戰(zhàn)，而四川戰(zhàn)場上的滇軍兵力不夠，駐川的滇軍軍長顧品珍對唐也不夠忠實，唐懷疑顧品珍和李根源之間有勾結，因此聯(lián)想到滇軍一出滇后，就難為控制，不如把駐粵滇軍調(diào)回云南。

　　9年2月3日桂系下手了，廣東督軍莫榮新命令李根源把滇軍第三師師長鄭開文和靖國聯(lián)軍第六軍參謀長楊晉對調(diào)。這個調(diào)動的目的，是要把滇系直接委派的師長調(diào)離軍隊，而派一個和唐繼堯沒有關系的人物來接收兵權。這顯然是桂系想吞吃滇軍的第一步。

　　莫榮新調(diào)換滇軍師長，事先并沒有征求唐繼堯的同意，使唐大為光火，即于2月8日、10日連下兩道命令：解除李根源的靖國聯(lián)軍第六軍軍長一職，改派李為云南參加軍政府建設會議的代表。同時聲明，駐粵滇軍由云南督軍直接指揮，并就近秉承李參謀部長烈鈞辦理。這是很妙的事，云南督軍支持一位江西姓李的，對抗廣東督軍支持一位云南姓李的。

　　滇桂兩系因為駐粵滇軍的統(tǒng)率權而分家。

　　在北江的滇軍。本來駐有兩師，就是第三師和第四師。由于第四師方聲濤部調(diào)往西江，改編為“援閩軍”，所以在北江的滇軍另成立一個新的第四師，由云南人朱培德為師長，保持第四師原有的編制和番號。滇軍將領因為歷史關系，多愿意服從江西籍的李烈鈞，而反對云南籍的李根源。

　　當2月11日，楊晉接任第三師師長時，滇軍將領秘密協(xié)議，為了反對桂系吞吃滇軍，所以密謀扣留李根源，公開反對桂系。只因朱培德是李根源的學生（朱是云南講武堂畢業(yè)，李根源當過云南講武黨的會辦），所以故意松了一手，讓這位老師未被扣留而脫險逃回廣州。

　　2月13日，滇軍師長朱培德、旅長楊益謙、魯子材等通電反對莫榮新更調(diào)第三師長的命令。同時第三師原來的師長鄭開文及所屬旅長盛榮超、魯子材，第四師師長朱培德及所屬旅長張懷信、楊益謙等聯(lián)名通電，表示“愿意遵照唐督軍命令辦理。”

　　李根源回廣州前，通電辭去靖國聯(lián)軍第六軍軍長，督辦粵贛湘邊防軍務等職務。

　　滇軍抗拒桂系命令后，使到廣州的軍政府內(nèi)部極為震動，因為滇軍不僅作戰(zhàn)力強，同時也象征云南支持軍政府，如今公開反目，對軍政府來說，是很嚴重的事。尤其是桂系認為這個釘子碰得太大了，嚴重地影響了他們在廣東的統(tǒng)治地位。

　　2月14日，莫榮新下令慰留李根源，同時以新任第三師師長楊晉和第五旅旅長盛榮超，第七旅旅長張懷信，第廿旅旅長楊益謙的聯(lián)名通電反對李根源解除職務，事實上這個電報是桂系強拉滇軍將領列名以壯聲勢的，例如楊益謙就不是支持李根源的。

　　莫榮新認為支持李根源就是加強桂系的地位，現(xiàn)在李根源竟被滇軍迫走，非用實際力量支持他不可，所以便調(diào)兵遣將。從2月14日到16日，桂系的軍隊源源北上，準備對滇軍采取強力威脅姿態(tài)。

　　16日莫榮新發(fā)出通電：“所有滇軍駐粵北江的兩師部隊，仍應由李督辦根源節(jié)制指揮?！蓖瑫r正式表示：“駐粵滇軍軍餉軍械都是廣東供給的，因此這支軍隊一向由本督軍管轄節(jié)制，今后亦仍照舊?！?br/>
　　21日李根源通電復職。23日莫榮新竟以廣東督軍兼軍政府陸軍部長的雙重身份，下令撤銷駐粵滇軍第三第四兩師番號，改編為邊防陸軍三個旅及三個獨立團。這個做法簡直是和云南翻臉。

　　2月24日一肚子冤氣的李烈鈞，在軍政府內(nèi)找到了岑春煊，李質(zhì)問岑：“桂系要吞吃駐粵滇軍，軍政府為什么要同意？莫榮新的命令明明無理，為什么要由軍政府同意發(fā)布？”岑春煊支支吾吾以對，李烈鈞為之十分不滿，乃托詞巡視北江防務，離開了廣州，準備在北江集合滇軍反抗改編。

　　同一天，李根源在桂系支持下也由廣州回到韶關，勸告滇軍接受改編。

　　26日，唐繼堯電請李烈鈞責成滇軍第三師官兵拘捕新任師長楊晉就地正法。

　　滇軍分裂了，一部分留在韶關的，是服從李根源命令的，大部分由韶關向始興集中，則是接受李烈鈞號召，準備以武力抵抗桂系的改編命令。這一來，廣州局勢十分緊張，桂系宣布了戒嚴令，粵漢路火車停開。28日、29日桂軍沈鴻英部在新街、太平市一線布置作戰(zhàn)任務，廣東地方派軍人魏邦平、李福林等部也在桂系強大壓力下出發(fā)布防。

　　北江兩李之爭，使岑春煊為之寢寐難安，尤其是李烈鈞的出走，使他覺得問題嚴重，因此他派劉德裕為代表，沿途追趕李烈鈞，要劉德裕盡一切可能，勸李回廣州。26日李烈鈞行抵花縣平山鎮(zhèn)，準備向源潭出發(fā)，當天追趕前來的劉德裕也到了花縣，但兩人沒有連絡得上。3月4日李烈鈞通過重重難關行抵花縣麻墟才接到軍政府派專人調(diào)停的電報，李立刻表示愿意接受調(diào)停。

　　3月上旬起，滇軍親李烈鈞派和親李根源派在韶關、始興之間曾小小開火。云南省議會、云南各團體以及云南全體軍官都先后發(fā)出通電，聲討李根源，反對改編，且對莫榮新也表示不滿。而廣州方面則對李烈鈞予以指責，雙方在槍戰(zhàn)之后，發(fā)動了筆戰(zhàn)。

　　在岑春煊的調(diào)停下，莫榮新愿意讓步，不取消滇軍名義，同時改派不愿接受改編的楊益謙為駐粵靖國軍第一軍總司令，魯子材為副司令，移駐湖南邊境，軍餉仍由軍政府負責，但須接受軍政府陸軍部指揮。

　　3月25日北江戰(zhàn)火停歇。27日岑春煊親自到韶關迎接李烈鈞，李答應由始興到韶關和岑見面后一同回到廣州。31日岑在韶關聽說軍政府總裁之一的伍廷芳由廣州出走，大吃一驚，不及等待李烈鈞到韶關，便先返廣州了。

　　4月2日李烈鈞到了廣州，廣州已成桂系一家天下，國民黨的重要人物，包括國民黨籍的議員都已離開廣州，李頗懊悔自己不該再投火坑，而岑春煊承諾的滇軍發(fā)餉移防，也借口伍廷芳卷走關稅余款而不兌現(xiàn)。4月13日改編為邊防軍第二旅旅長趙德裕（李根源的部下）借口追查逃兵，公然包圍參謀部，先放槍示威，然后搜查，參謀次長蔣尊簋因此忿而辭職。同一天警備隊隊長進入贛軍司令部搜查。這兩處都是李烈鈞常到的地方，因此李烈鈞感到處境極不安全，遂跑到海珠海軍部暫避，4月27日秘密逃到香港，5月13日由香港到上海。