當(dāng)北方的直皖兩系互爭雌雄之際，南方也啟了戰(zhàn)爭，南方的戰(zhàn)爭是粵桂之戰(zhàn)，是粵軍回粵，驅(qū)逐桂系之戰(zhàn)。
粵軍成立于6年12月，這要從廣州的護(hù)法軍政府說起，軍政府之建立，主要是孫中山的號召和海軍的擁護(hù)，以及一部分國會議員的合作?？墒顷戃姺矫鎰t依賴桂系，孫中山希望在海軍以外能再建立一支革命勁旅，為軍政府之中堅，但這個計劃，受到桂系的阻撓和破壞，因陸榮廷視兩粵為桂系的私產(chǎn)，臥榻之旁自不愿他人高臥。
那時候，陳炯明希望能掌握一部分軍權(quán)，因此游說孫中山，希望能統(tǒng)率一支軍隊援閩，以向外發(fā)展，可是桂系不會分撥出一部分軍隊，于是孫中山就命胡漢民、汪兆銘去找廣東省長朱慶瀾，請朱站在鄉(xiāng)誼情份上，撥出一部分地方武力，朱在省長轄權(quán)內(nèi)只指揮全省警衛(wèi)軍，因此答復(fù)胡汪說：如果陳炯明愿居省長公署親軍司令名義，則可撥粵軍廿營交其統(tǒng)率，以為出師援閩的基本隊伍。胡汪回報，孫中山認(rèn)為此時重要的是只求有軍隊，名義沒有什么關(guān)系，陳炯明也不堅持。可是桂系聞知朱慶瀾以兵力助陳，就對朱施壓力，朱慶瀾被迫去職，廣東督軍陳炳焜（桂系）乃悉收省署新軍歸督軍署，孫中山對桂系的行動至為憤激，派程璧光、胡漢民、汪精衛(wèi)力爭，和陸榮廷再三商洽，陸始將陳炳焜調(diào)職，以莫榮新繼任粵督，答允改省署親軍廿營為海軍陸戰(zhàn)隊，由陳炯明率之入閩，這批軍隊雖號稱廿營，實數(shù)只四五千人。就是日后的粵軍。
6年12月2日，孫中山任命陳炯明為援閩粵軍總司令，鄧鏗和許崇智為副司令。
粵軍出師后，不久即克復(fù)龍巖、漳州、汀州各屬，閩南閩西盡入護(hù)法范圍。海軍的海圻、永豐、同安、豫章、福安五艦亦于12月7日黎明向潮汕進(jìn)發(fā)。海陸兩軍同時入閩，前途大有展望，不料龍濟(jì)光突在海南島宣布就兩廣巡閱使，派軍數(shù)千由瓊島潛渡登陸，深入粵境，海軍乃回師救援，援閩的軍事行動遂告膠著。
7年2月13日，孫中山因陳炯明率粵軍進(jìn)駐汕頭，遲徊不進(jìn)，曾函促其攻閩以回邊防。
此后，廣東的軍政府內(nèi)部問題重重，四分五裂，陳炯明的粵軍在閩粵邊境上不戰(zhàn)不進(jìn)不退，只求坐大，孫中山原擬以這支粵軍為革命基本武力，結(jié)果只是造成了陳炯明的個人勢力。
7年2月26日，軍政府海軍總長程璧光被刺，這是軍政府內(nèi)斗最激烈的一幕。
孫中山要建立一支革命的武力，以完成削平南北軍伐，建立真正自由民主的中國，這個愿望是在孫于民國6年到廣州組織護(hù)法軍政府時才確立的，可是當(dāng)時孫身邊沒有這樣一個人才，如胡漢民、汪兆銘、戴傳賢、居正等都不是這樣人才，朱執(zhí)信雖有冒險犯難的勇毅，可是對于軍隊的整訓(xùn)和組織，又不是專長，于是孫中山在幾經(jīng)考慮后，想到了蔣中正，蔣這時正在上海，孫于7年3月2日電召蔣，5日蔣由滬抵穗，一連數(shù)日與孫密商，孫懇切希望蔣留粵，先從整理粵軍著手，11日蔣奉命遄赴汕頭，晤陳炯明、鄧鏗，15日就任粵軍總司令部作戰(zhàn)科主任職。
這時候，日本頭山滿和犬養(yǎng)毅函請，孫中山赴日一行，孫因非常國會已定6月開會，所以萬難離粵，特派朱執(zhí)信前往，面告護(hù)法戰(zhàn)爭之目的在于恢復(fù)國會。
護(hù)法政府內(nèi)部危機(jī)重重，主要是桂系和政學(xué)系結(jié)合起來排除孫的大元帥職。5月4日廣州非常國會開會，出席議員80余人，贊成改組軍政府案的占40余人，多數(shù)通過，于是孫中山命居正將大元帥辭職咨文送交議會，并通電辭職。5月20日非常國會選出孫中山、岑春煊、陸榮廷、唐繼堯、唐紹儀、伍廷芳、林葆懌為軍政府七總裁。
5月21日孫中山告別粵中父老昆弟，表示臨別惓惓之忱，并勉以負(fù)救國及整治鄉(xiāng)邦之責(zé)，培養(yǎng)民力，增進(jìn)民智，扶持風(fēng)俗，發(fā)展自治，采人所長，去我所短。隨后即偕胡漢民等，離廣州赴汕頭至三河壩。蔣中正趨迓于江干，睹孫形容憔悴，不覺凄然淚下，因即侍孫赴三河壩，長談至午夜，孫中山留三河壩數(shù)日，與陳炯明會晤，并巡視陳部攻閩戰(zhàn)線，力勸陳冒險前進(jìn)，陳不置可否。6月1日孫赴汕頭粵軍司令部對于軍略及編制，詳細(xì)指示，下午搭乘大阪商輪蘇州丸啟行，粵軍司令部遣衛(wèi)隊和軍樂隊在碼頭恭送，蔣照拂一切。孫中山取道臺北至日本，25日返上海，27日由上海馳電陳炯明并轉(zhuǎn)蔣，電云：
“汕頭陳總司令鑒：并轉(zhuǎn)介石兄鑒：聞張懷芝率大兵已到贛，不日恐有攻粵之事，又聞北兵二千余，由海道至汕，登陸援龍（指龍濟(jì)光），李厚基在閩兵力，日日增加。……現(xiàn)已在三面包圍之中，地位極為危險，此時敢冒險進(jìn)攻則生，不冒險則必致坐困，以攻為守，則士氣壯，響應(yīng)多，敵膽寒，一進(jìn)必收奇效。否則士氣日喪，響應(yīng)日微，敵膽日壯，而我以可勝不可散之兵，據(jù)能戰(zhàn)而不能退之地，必?zé)o幸免也，諸兄其速圖之！”
8月30日援閩粵軍進(jìn)克漳州，即將總司令部移駐漳州鎮(zhèn)守署使。
蔣因為粵軍無所作為，孫中山又留滬未返，所以也請假去上海。
9月1日許崇智在前方督戰(zhàn)，由各將領(lǐng)公推為前敵總指揮兼第二軍軍長。李炳榮、熊略、羅紹雄、鄧本殷諸部皆歸節(jié)制。4日蔣謁孫中山請訓(xùn)，因奉命返粵，5日偕邵元沖啟程，13日抵汕頭晤粵軍參謀長鄧鏗，18日抵漳州總部，晤陳炯明后，檢閱各方戰(zhàn)況報告，計劃進(jìn)攻同安，猛擊北軍。
12月13日孫中山函許崇智和蔣中正，囑固守觀變，勿萌退意，認(rèn)為須保守固有地盤，維持固有武力，以為應(yīng)機(jī)觀變之用。
此后國內(nèi)變化甚大，民國8年6月29日孫中山函陳炯明，促其自福建回師廣東。孫認(rèn)為粵軍此時在閩不特四面受敵，孤立無援，且給敵人造機(jī)會。故欲求今后的生存，必賴有冒險精神和奮斗決心，應(yīng)把握時機(jī)，自閩回師圖粵。
民國9年2月間，駐粵滇軍有二李（李根源李烈鈞）之爭，廣州軍政府瓦解，非常國會亦分裂，反對桂系的軍政府首領(lǐng)和國會議員均紛紛離粵。6月29日孫中山派朱執(zhí)信和廖仲愷到漳州，敦促陳炯明返粵驅(qū)逐桂系，許以經(jīng)濟(jì)上之援助?；涇妼㈩I(lǐng)許崇智和鄧鏗等亦向陳炯明陳說。陳炯明本無意回粵，但經(jīng)不起內(nèi)外要求，乃與福建督軍李厚基密約撤兵，由李厚基供給軍費(fèi)餉糈，以交換粵軍撤出閩境，閩南粵軍駐地由閩軍接防。陳炯明私心在保全實力，不愿消耗實力，所以暗中派遣黃強(qiáng)、金章等向桂系及其附屬派系政客暗中勾結(jié)。古應(yīng)芬和廖仲愷勸陳無效，朱執(zhí)信認(rèn)為陳炯明反復(fù)無常，一怒而折返上海。
孫中山認(rèn)為必須請蔣中正來閩，始能促成粵軍回粵重建革命基地。7月16日蔣自上海經(jīng)鼓浪嶼抵漳州，第二天晤粵軍總司令陳炯明暢談大局。這時粵軍在陳炯明陰謀下，積極擴(kuò)充私人軍隊，增編至十余旅，其中葉舉、陳演雄、陳炯光、尹驥、翁式亮、鐘景業(yè)、楊坤如等皆跋扈自私，與主張革命的許崇智軍積不相容，蔣甚感憂慮，認(rèn)為自己留在漳州無助于大局，因此折返上海，向?qū)O中山報告一切。
7月中旬，北方直皖戰(zhàn)爭爆發(fā)，才五天，號稱無敵的段祺瑞邊防軍全部潰滅。南方的桂系本與北方的直系暗中勾結(jié)，因此，擬借這機(jī)會打算混水摸魚、計劃派兵入閩，這是一石二鳥的如意算盤，表面上是伐閩，出軍時就順道先滅粵軍，同時以福建地盤為鉺以誘海軍，于是海軍林葆懌徑電陳炯明，宣稱不管粵軍同不同意，海軍都要策應(yīng)桂軍來攻福建。這一來，陳炯明才感到事態(tài)嚴(yán)重，認(rèn)為自己的存在是與桂系勢不兩立。
桂系計劃攻閩，迫使陳炯明決心回粵，同時和閩軍連結(jié)一氣，全力合作。
8月12日，陳炯明在漳州公園誓師，分左右中三路回粵。
以第二軍全部任右翼，由永定、上杭、武平進(jìn)攻大埔、松口、蕉嶺、平遠(yuǎn)；由許崇智指揮，負(fù)責(zé)肅清韓江上游，占領(lǐng)梅易、興寧為目的。
以第一軍之一部任中路，由小溪、平和進(jìn)攻鐃平、平原，而出高陂，由葉舉指揮。
以第一軍之一部任左翼，由鄧鏗指揮，與中路軍會合，共同肅清韓江下游，以完全占領(lǐng)豐順、潮安、汕頭為目的，而以破惠州為最后目標(biāo)。
同時，鄒魯、姚雨平等以義勇軍名義在潮汕應(yīng)援，運(yùn)動劉志陸的親信軍隊鐃光、羅兼柔為內(nèi)應(yīng)。
粵軍遠(yuǎn)戍福建已經(jīng)兩年，平素被桂系的欺凌壓迫，凡有血氣的人，無不痛心疾首，因此回師命令頒下，全軍振奮，都抱破釜沉舟之志，以光復(fù)故鄉(xiāng)驅(qū)逐客軍為目的。所以攻勢開始后，極為凌厲，粵督莫榮新弄巧成拙，惹禍上身，急調(diào)桂軍精銳莫正聰，盧炎山、江永隆、劉達(dá)慶、卓貴廷、林虎、馬濟(jì)、沈鴻英及滇軍李根源等軍分頭抵御，可是擋不住要回家鄉(xiāng)的廣東佬。桂軍駐粵多年，搜括自肥，情形類似張敬堯軍之在湘，因此軍紀(jì)廢弛，毫無抵抗能力。8月16日粵軍攻克大埔、潮州、梅縣。
21日陳炯明抵汕頭督師，孫中山特電嘉慰，電云：“粵軍分路進(jìn)攻，所向大捷，連得名城險要，使敵聞風(fēng)而潰?！輬髠鱽?，欣喜無量，由此綏定百粵，預(yù)祝最大之成功?！?br/>
8月底，孫中山電促鄧鏗乘桂軍意志未能統(tǒng)一，驚駭震蕩之際，揮軍疾攻惠州。又電請陳炯明接濟(jì)贛軍賴世璜部。賴部原屬李烈鈞。
粵軍收復(fù)潮梅后，乘勝疾進(jìn)，右冀進(jìn)占志隆、龍川、河源。河源之戰(zhàn)，桂軍沈鴻英和林虎的主力慘遭擊潰。中路進(jìn)占永安，左翼由海陸軍聯(lián)合擊破三多祝，進(jìn)抵平山，距惠州僅四十里。
自從粵軍攻克河源，平山后，桂軍已沒有抵抗能力。西江、北江革命軍乘勢突起。朱執(zhí)信奉命偕吳禮和等策動虎門炮臺起義，9月6日虎門炮臺守兵正式宣布獨立。
虎門守軍起義后，因降軍與鄧鏗之部隊發(fā)生沖突，情況嚴(yán)重，降軍要求朱執(zhí)信蒞虎門，朱執(zhí)信于9月21日冒險只身入虎門要塞，因誤會被降軍包圍，朱一面懇切勸諭，一面后退，退至半途，為亂兵槍擊，竟以身殉，死時才36歲。
朱執(zhí)信名大符，任俠苦行，精博能文，早歲追隨孫中山獻(xiàn)身革命，蒙難后孫悲痛逾恒。
粵軍回粵，進(jìn)展順利，黃明堂、陳繼虞、周之貞、王鳴亞、胡文燦、李天德、梅萼等，各地民軍紛紛起義。西江、北江、瓊岸等處都落入起義民軍手中，陳自先集兵十八營，并繼續(xù)擴(kuò)大收編，向高、雷方面桂軍進(jìn)逼。
粵軍第一主要目標(biāo)是惠州，桂軍全力固守，粵軍屢攻不下，孫中山乃致電閩督李厚基，請其迅速派兵支助粵軍，以收夾擊之效。閩粵合兵當(dāng)可收復(fù)惠州，惠州得則廣州肇慶各地即不成問題。這時候閩軍旅長王永泉和廈門方面的軍隊已和粵軍合作，出發(fā)助防。
9月26日，廣州警察廳長魏邦平、廣惠鎮(zhèn)守使李福林在省城對岸河南宣告獨立。所有內(nèi)河兵艦及廣三鐵路均為收復(fù)，駐扎江門警衛(wèi)軍司令陳德春亦和魏李采取一致行動，在綏遠(yuǎn)炮臺組織辦事處。這樣一來，桂軍的交通全被扼斷。
10月1日孫中山致電湘督譚延闿，促湘軍出師助攻，直下北江以攻桂軍。
魏邦平和李福林的獨立，搖動了廣州的桂系，而海軍亦逼桂系的粵督莫榮新離粵，莫榮新不得已乃倡調(diào)和之說用作緩兵之計，且用各種方法離間粵人，孫中山和唐紹儀、伍廷芳都致電魏李兩人，敦促他們迅速驅(qū)莫以安粵局。
粵局本可一鼓而定，不料粵軍進(jìn)入粵境后，政治因素復(fù)雜，反而膠著不前，于是孫中山再促留在上海的蔣中正趕赴粵境，共圖收復(fù)廣州，惠州。蔣于9月30日由上海啟程，10月3日抵香港，拜奠朱執(zhí)信靈樞；5日上午乘船至汕頭，登岸后即赴粵軍總部和各參謀晤面，并擬定作戰(zhàn)意見致駐扎老隆的陳炯明。
蔣的作戰(zhàn)計劃為左翼當(dāng)獨立作戰(zhàn)，固守潮梅，海、陸豐暫時放棄亦可，目的在誘敵深入，俾松弛敵人在惠州的防務(wù)，以便右翼作戰(zhàn)。右翼可分為二部：一向龍門、增城前進(jìn)，獨立作戰(zhàn)；一部固守河源、紫金，監(jiān)視惠州，相機(jī)規(guī)取。如果直取博羅，反而促成桂軍死守死戰(zhàn)之心，可能曠日持久，轉(zhuǎn)不如西向龍門繞道。
作戰(zhàn)計劃擬定后，蔣即馳赴前線，加入右翼軍作戰(zhàn)。
粵軍新攻勢開始，桂軍在各戰(zhàn)線上俱露疲態(tài)，側(cè)面后方俱受威脅，士氣沮喪，戰(zhàn)斗力大減。迫不得已，乃擬將惠州交與李根源，調(diào)回林虎、馬濟(jì)以對抗宣布獨立的魏邦平和李福林?？墒抢罡磪s孤軍難支，遭粵軍猛擊，損失子彈300余箱，團(tuán)長一名亦被擊斃，桂系的滇軍陷于極端困境。
10月20日粵軍第二軍軍長許崇智因病請假，由蔣代統(tǒng)其軍，聲威大震，所向克捷，桂軍三四千人棄泰尾焚掠民居向惠州潰退。
10月21日，粵軍第二軍進(jìn)至黃麻陂，粵軍熊略部占領(lǐng)橫瀝，鄧鏗部進(jìn)至家公嶺與和平山的左翼軍聯(lián)絡(luò)。合圍后，粵軍乃于22日一舉攻克惠州城，桂軍向博羅鯉湖退卻。江門警衛(wèi)軍和高、雷、欽、廉、瓊各處民軍四起應(yīng)援，東江桂軍進(jìn)退失據(jù)，廣州桂軍又陷于被圍攻中。這時候的桂系已成強(qiáng)弩之末，只希望能安全離粵就于愿已足了。
10月23日陳炯明召集軍事會議于惠州，決定總攻廣州計劃。以左翼軍掃除增城的桂軍，向龍門埔前進(jìn)，進(jìn)攻廣州的西北；以中路軍掃除石龍的桂軍，沿廣九路右方前進(jìn)，集中龍眼洞，擔(dān)任東面的攻擊；以右翼軍掃除東莞的桂軍，沿廣九路左方前進(jìn)，攻擊廣州東南。
廣州的桂系坐困釜底，不得已遂于10月24日宣布取銷軍政府，岑春煊、陸榮廷、林葆懌、溫宗堯等通電解除政務(wù)總裁職務(wù)。
桂系統(tǒng)治廣東的局面到此結(jié)束，附庸桂系的政客集團(tuán)也同歸消滅。林葆懌本來是隨程璧光一同南下護(hù)法的，隨后受桂系的引誘，投奔桂系，現(xiàn)在桂系崩潰，林葆懌竟通電與北方海軍聯(lián)合。
25日粵軍第一軍攻克石龍，桂軍向增城、東莞退卻。
博羅、石龍相繼落入粵軍之手，廣州已無險可守，26日莫榮新率領(lǐng)殘軍于逃出廣州前，發(fā)出通電聲稱把廣東交還北京政府，同時取消西南自主，公然向北方投降。林葆懌、沈鴻英也潛逃無蹤。
27日粵軍進(jìn)入廣州。
在東江的桂軍殘部由馬濟(jì)率領(lǐng)，繞道北江回桂，全粵遂次第光復(fù)。許崇智設(shè)軍部于廣州市內(nèi)的潮州會館。
29日孫中山函勉蔣中正，有云：
“我所求者，惟期主義政策與我一致，即我所謂服從我卅年來共和主義，而豈若專制之君主，以言莫予違為得意耶？兄與英士共事最久，亦知我所以待英士矣?！瓐?zhí)信忽然殂折，使我如失左右手，計吾黨中知兵事而且能肝膽照人者，今已不可多得，惟兄之勇敢誠篤，與執(zhí)信比，而知兵則又過之。兄性剛而嫉俗過甚，故常齟齠難合，然為黨負(fù)重大之責(zé)任，則勉強(qiáng)犧牲所見，而降格以求，所以為黨，非為個人也?！?br/>
北方因岑陸等宣布投降，遂頒南北統(tǒng)一之令，孫中山與唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯正式宣言軍政府依然存在，西南護(hù)法，非為個人權(quán)利，北方如果有謀和誠意，唯有在和會中謀取解決途徑。
11月1日陳炯明抵廣州。
11月10日孫中山在上海的軍政府辦事處下令任命陳炯明為廣東省長，兼粵軍總司令，統(tǒng)一軍政，并取消督軍名義。這時候因為獨斷自專的桂系既已完全撤出廣東，孫所領(lǐng)導(dǎo)的軍政府本擬移駐云南的計劃遂告打消，仍遷回廣州。
蔣中正這時在粵軍中，深感陳炯明處處有私心，因此于11月6日由香港搭輪去上海，行前留書給粵軍總司令陳炯明，指責(zé)他改變戰(zhàn)略。原來陳炯明包藏私心，置西江要地肇慶于不顧，反以中央軍派遣北江，名為掩護(hù)右翼軍回攻四會，事實上右翼軍既進(jìn)至北江，攻克清遠(yuǎn)，除直上韶關(guān)，肅清北江任務(wù)外，自不必折回四會，再完成西江任務(wù)之理。因此蔣認(rèn)為陳炯明有私心，乃毅然求去。12日抵上海即晉謁孫中山，報告廣東情形，第二天再謁孫中山，這時孫得到粵軍第二軍軍長許崇智的來電，亦憤陳炯明所行所為，欲棄粵來滬。
但是，孫中山認(rèn)為可以感化陳炯明，同時不應(yīng)放棄以廣東為革命基地的打算。于是25日孫率伍廷芳、唐紹儀由上海動身赴廣東，國會議員已至上海的亦相繼動身去粵。
25日，粵軍攻克肇慶、梧州等地，肅清西江。陸榮廷最初揚(yáng)言寧失廣西，斷不失廣東，可是現(xiàn)在桂軍形勢逼迫，唯有全部退出粵境。
桂系既已投靠北京政府，北京方面對陸榮廷不能不加以安置，于是特派陸榮廷督辦粵邊防務(wù)，并任命譚浩明為廣西督軍。
29日，孫中山和伍廷芳、唐紹儀抵廣州，通電重新召開軍政府政務(wù)會議。以廣州觀音山舊督署為軍政府所在。唐紹儀嫌府址不夠壯麗，移住亞洲酒店，伍廷芳兼外交部長駐觀音山軍政府內(nèi)，孫則下榻粵秀樓。
軍政府恢復(fù)后，12月1日發(fā)表各部部長，內(nèi)政部長由孫中山自兼，財政部長唐紹儀，交通部長唐繼堯，陸軍部長陳炯明，外交部長伍廷芳，司法部長徐謙，參謀部長李烈鈞，秘書廳長馬君武。唐繼堯在云南，不能來粵，因此交通部長由王伯群代理，參謀部長李烈鈞率軍在外，亦以次長蔣尊簋暫代部務(wù)。
國會議員們一再播遷，由穗去滬，由滬去滇，由滇去渝，現(xiàn)在再集于廣州，出席議員220余人。
軍政府雖然恢復(fù)了，實際上勢力僅及廣東一省，而陳炯明則心懷異志，對革命事業(yè)沒有信心。
民國以來，孫中山顛沛磨折，所憑借的革命基礎(chǔ)雖然薄弱，可是革命的意志，愈戰(zhàn)愈強(qiáng)，愈挫愈堅，這種革命魄力和革命抱負(fù)，真是古今中外所少見。
粵軍成立于6年12月，這要從廣州的護(hù)法軍政府說起，軍政府之建立，主要是孫中山的號召和海軍的擁護(hù)，以及一部分國會議員的合作?？墒顷戃姺矫鎰t依賴桂系，孫中山希望在海軍以外能再建立一支革命勁旅，為軍政府之中堅，但這個計劃，受到桂系的阻撓和破壞，因陸榮廷視兩粵為桂系的私產(chǎn)，臥榻之旁自不愿他人高臥。
那時候，陳炯明希望能掌握一部分軍權(quán)，因此游說孫中山，希望能統(tǒng)率一支軍隊援閩，以向外發(fā)展，可是桂系不會分撥出一部分軍隊，于是孫中山就命胡漢民、汪兆銘去找廣東省長朱慶瀾，請朱站在鄉(xiāng)誼情份上，撥出一部分地方武力，朱在省長轄權(quán)內(nèi)只指揮全省警衛(wèi)軍，因此答復(fù)胡汪說：如果陳炯明愿居省長公署親軍司令名義，則可撥粵軍廿營交其統(tǒng)率，以為出師援閩的基本隊伍。胡汪回報，孫中山認(rèn)為此時重要的是只求有軍隊，名義沒有什么關(guān)系，陳炯明也不堅持。可是桂系聞知朱慶瀾以兵力助陳，就對朱施壓力，朱慶瀾被迫去職，廣東督軍陳炳焜（桂系）乃悉收省署新軍歸督軍署，孫中山對桂系的行動至為憤激，派程璧光、胡漢民、汪精衛(wèi)力爭，和陸榮廷再三商洽，陸始將陳炳焜調(diào)職，以莫榮新繼任粵督，答允改省署親軍廿營為海軍陸戰(zhàn)隊，由陳炯明率之入閩，這批軍隊雖號稱廿營，實數(shù)只四五千人。就是日后的粵軍。
6年12月2日，孫中山任命陳炯明為援閩粵軍總司令，鄧鏗和許崇智為副司令。
粵軍出師后，不久即克復(fù)龍巖、漳州、汀州各屬，閩南閩西盡入護(hù)法范圍。海軍的海圻、永豐、同安、豫章、福安五艦亦于12月7日黎明向潮汕進(jìn)發(fā)。海陸兩軍同時入閩，前途大有展望，不料龍濟(jì)光突在海南島宣布就兩廣巡閱使，派軍數(shù)千由瓊島潛渡登陸，深入粵境，海軍乃回師救援，援閩的軍事行動遂告膠著。
7年2月13日，孫中山因陳炯明率粵軍進(jìn)駐汕頭，遲徊不進(jìn)，曾函促其攻閩以回邊防。
此后，廣東的軍政府內(nèi)部問題重重，四分五裂，陳炯明的粵軍在閩粵邊境上不戰(zhàn)不進(jìn)不退，只求坐大，孫中山原擬以這支粵軍為革命基本武力，結(jié)果只是造成了陳炯明的個人勢力。
7年2月26日，軍政府海軍總長程璧光被刺，這是軍政府內(nèi)斗最激烈的一幕。
孫中山要建立一支革命的武力，以完成削平南北軍伐，建立真正自由民主的中國，這個愿望是在孫于民國6年到廣州組織護(hù)法軍政府時才確立的，可是當(dāng)時孫身邊沒有這樣一個人才，如胡漢民、汪兆銘、戴傳賢、居正等都不是這樣人才，朱執(zhí)信雖有冒險犯難的勇毅，可是對于軍隊的整訓(xùn)和組織，又不是專長，于是孫中山在幾經(jīng)考慮后，想到了蔣中正，蔣這時正在上海，孫于7年3月2日電召蔣，5日蔣由滬抵穗，一連數(shù)日與孫密商，孫懇切希望蔣留粵，先從整理粵軍著手，11日蔣奉命遄赴汕頭，晤陳炯明、鄧鏗，15日就任粵軍總司令部作戰(zhàn)科主任職。
這時候，日本頭山滿和犬養(yǎng)毅函請，孫中山赴日一行，孫因非常國會已定6月開會，所以萬難離粵，特派朱執(zhí)信前往，面告護(hù)法戰(zhàn)爭之目的在于恢復(fù)國會。
護(hù)法政府內(nèi)部危機(jī)重重，主要是桂系和政學(xué)系結(jié)合起來排除孫的大元帥職。5月4日廣州非常國會開會，出席議員80余人，贊成改組軍政府案的占40余人，多數(shù)通過，于是孫中山命居正將大元帥辭職咨文送交議會，并通電辭職。5月20日非常國會選出孫中山、岑春煊、陸榮廷、唐繼堯、唐紹儀、伍廷芳、林葆懌為軍政府七總裁。
5月21日孫中山告別粵中父老昆弟，表示臨別惓惓之忱，并勉以負(fù)救國及整治鄉(xiāng)邦之責(zé)，培養(yǎng)民力，增進(jìn)民智，扶持風(fēng)俗，發(fā)展自治，采人所長，去我所短。隨后即偕胡漢民等，離廣州赴汕頭至三河壩。蔣中正趨迓于江干，睹孫形容憔悴，不覺凄然淚下，因即侍孫赴三河壩，長談至午夜，孫中山留三河壩數(shù)日，與陳炯明會晤，并巡視陳部攻閩戰(zhàn)線，力勸陳冒險前進(jìn)，陳不置可否。6月1日孫赴汕頭粵軍司令部對于軍略及編制，詳細(xì)指示，下午搭乘大阪商輪蘇州丸啟行，粵軍司令部遣衛(wèi)隊和軍樂隊在碼頭恭送，蔣照拂一切。孫中山取道臺北至日本，25日返上海，27日由上海馳電陳炯明并轉(zhuǎn)蔣，電云：
“汕頭陳總司令鑒：并轉(zhuǎn)介石兄鑒：聞張懷芝率大兵已到贛，不日恐有攻粵之事，又聞北兵二千余，由海道至汕，登陸援龍（指龍濟(jì)光），李厚基在閩兵力，日日增加。……現(xiàn)已在三面包圍之中，地位極為危險，此時敢冒險進(jìn)攻則生，不冒險則必致坐困，以攻為守，則士氣壯，響應(yīng)多，敵膽寒，一進(jìn)必收奇效。否則士氣日喪，響應(yīng)日微，敵膽日壯，而我以可勝不可散之兵，據(jù)能戰(zhàn)而不能退之地，必?zé)o幸免也，諸兄其速圖之！”
8月30日援閩粵軍進(jìn)克漳州，即將總司令部移駐漳州鎮(zhèn)守署使。
蔣因為粵軍無所作為，孫中山又留滬未返，所以也請假去上海。
9月1日許崇智在前方督戰(zhàn)，由各將領(lǐng)公推為前敵總指揮兼第二軍軍長。李炳榮、熊略、羅紹雄、鄧本殷諸部皆歸節(jié)制。4日蔣謁孫中山請訓(xùn)，因奉命返粵，5日偕邵元沖啟程，13日抵汕頭晤粵軍參謀長鄧鏗，18日抵漳州總部，晤陳炯明后，檢閱各方戰(zhàn)況報告，計劃進(jìn)攻同安，猛擊北軍。
12月13日孫中山函許崇智和蔣中正，囑固守觀變，勿萌退意，認(rèn)為須保守固有地盤，維持固有武力，以為應(yīng)機(jī)觀變之用。
此后國內(nèi)變化甚大，民國8年6月29日孫中山函陳炯明，促其自福建回師廣東。孫認(rèn)為粵軍此時在閩不特四面受敵，孤立無援，且給敵人造機(jī)會。故欲求今后的生存，必賴有冒險精神和奮斗決心，應(yīng)把握時機(jī)，自閩回師圖粵。
民國9年2月間，駐粵滇軍有二李（李根源李烈鈞）之爭，廣州軍政府瓦解，非常國會亦分裂，反對桂系的軍政府首領(lǐng)和國會議員均紛紛離粵。6月29日孫中山派朱執(zhí)信和廖仲愷到漳州，敦促陳炯明返粵驅(qū)逐桂系，許以經(jīng)濟(jì)上之援助?；涇妼㈩I(lǐng)許崇智和鄧鏗等亦向陳炯明陳說。陳炯明本無意回粵，但經(jīng)不起內(nèi)外要求，乃與福建督軍李厚基密約撤兵，由李厚基供給軍費(fèi)餉糈，以交換粵軍撤出閩境，閩南粵軍駐地由閩軍接防。陳炯明私心在保全實力，不愿消耗實力，所以暗中派遣黃強(qiáng)、金章等向桂系及其附屬派系政客暗中勾結(jié)。古應(yīng)芬和廖仲愷勸陳無效，朱執(zhí)信認(rèn)為陳炯明反復(fù)無常，一怒而折返上海。
孫中山認(rèn)為必須請蔣中正來閩，始能促成粵軍回粵重建革命基地。7月16日蔣自上海經(jīng)鼓浪嶼抵漳州，第二天晤粵軍總司令陳炯明暢談大局。這時粵軍在陳炯明陰謀下，積極擴(kuò)充私人軍隊，增編至十余旅，其中葉舉、陳演雄、陳炯光、尹驥、翁式亮、鐘景業(yè)、楊坤如等皆跋扈自私，與主張革命的許崇智軍積不相容，蔣甚感憂慮，認(rèn)為自己留在漳州無助于大局，因此折返上海，向?qū)O中山報告一切。
7月中旬，北方直皖戰(zhàn)爭爆發(fā)，才五天，號稱無敵的段祺瑞邊防軍全部潰滅。南方的桂系本與北方的直系暗中勾結(jié)，因此，擬借這機(jī)會打算混水摸魚、計劃派兵入閩，這是一石二鳥的如意算盤，表面上是伐閩，出軍時就順道先滅粵軍，同時以福建地盤為鉺以誘海軍，于是海軍林葆懌徑電陳炯明，宣稱不管粵軍同不同意，海軍都要策應(yīng)桂軍來攻福建。這一來，陳炯明才感到事態(tài)嚴(yán)重，認(rèn)為自己的存在是與桂系勢不兩立。
桂系計劃攻閩，迫使陳炯明決心回粵，同時和閩軍連結(jié)一氣，全力合作。
8月12日，陳炯明在漳州公園誓師，分左右中三路回粵。
以第二軍全部任右翼，由永定、上杭、武平進(jìn)攻大埔、松口、蕉嶺、平遠(yuǎn)；由許崇智指揮，負(fù)責(zé)肅清韓江上游，占領(lǐng)梅易、興寧為目的。
以第一軍之一部任中路，由小溪、平和進(jìn)攻鐃平、平原，而出高陂，由葉舉指揮。
以第一軍之一部任左翼，由鄧鏗指揮，與中路軍會合，共同肅清韓江下游，以完全占領(lǐng)豐順、潮安、汕頭為目的，而以破惠州為最后目標(biāo)。
同時，鄒魯、姚雨平等以義勇軍名義在潮汕應(yīng)援，運(yùn)動劉志陸的親信軍隊鐃光、羅兼柔為內(nèi)應(yīng)。
粵軍遠(yuǎn)戍福建已經(jīng)兩年，平素被桂系的欺凌壓迫，凡有血氣的人，無不痛心疾首，因此回師命令頒下，全軍振奮，都抱破釜沉舟之志，以光復(fù)故鄉(xiāng)驅(qū)逐客軍為目的。所以攻勢開始后，極為凌厲，粵督莫榮新弄巧成拙，惹禍上身，急調(diào)桂軍精銳莫正聰，盧炎山、江永隆、劉達(dá)慶、卓貴廷、林虎、馬濟(jì)、沈鴻英及滇軍李根源等軍分頭抵御，可是擋不住要回家鄉(xiāng)的廣東佬。桂軍駐粵多年，搜括自肥，情形類似張敬堯軍之在湘，因此軍紀(jì)廢弛，毫無抵抗能力。8月16日粵軍攻克大埔、潮州、梅縣。
21日陳炯明抵汕頭督師，孫中山特電嘉慰，電云：“粵軍分路進(jìn)攻，所向大捷，連得名城險要，使敵聞風(fēng)而潰?！輬髠鱽?，欣喜無量，由此綏定百粵，預(yù)祝最大之成功?！?br/>
8月底，孫中山電促鄧鏗乘桂軍意志未能統(tǒng)一，驚駭震蕩之際，揮軍疾攻惠州。又電請陳炯明接濟(jì)贛軍賴世璜部。賴部原屬李烈鈞。
粵軍收復(fù)潮梅后，乘勝疾進(jìn)，右冀進(jìn)占志隆、龍川、河源。河源之戰(zhàn)，桂軍沈鴻英和林虎的主力慘遭擊潰。中路進(jìn)占永安，左翼由海陸軍聯(lián)合擊破三多祝，進(jìn)抵平山，距惠州僅四十里。
自從粵軍攻克河源，平山后，桂軍已沒有抵抗能力。西江、北江革命軍乘勢突起。朱執(zhí)信奉命偕吳禮和等策動虎門炮臺起義，9月6日虎門炮臺守兵正式宣布獨立。
虎門守軍起義后，因降軍與鄧鏗之部隊發(fā)生沖突，情況嚴(yán)重，降軍要求朱執(zhí)信蒞虎門，朱執(zhí)信于9月21日冒險只身入虎門要塞，因誤會被降軍包圍，朱一面懇切勸諭，一面后退，退至半途，為亂兵槍擊，竟以身殉，死時才36歲。
朱執(zhí)信名大符，任俠苦行，精博能文，早歲追隨孫中山獻(xiàn)身革命，蒙難后孫悲痛逾恒。
粵軍回粵，進(jìn)展順利，黃明堂、陳繼虞、周之貞、王鳴亞、胡文燦、李天德、梅萼等，各地民軍紛紛起義。西江、北江、瓊岸等處都落入起義民軍手中，陳自先集兵十八營，并繼續(xù)擴(kuò)大收編，向高、雷方面桂軍進(jìn)逼。
粵軍第一主要目標(biāo)是惠州，桂軍全力固守，粵軍屢攻不下，孫中山乃致電閩督李厚基，請其迅速派兵支助粵軍，以收夾擊之效。閩粵合兵當(dāng)可收復(fù)惠州，惠州得則廣州肇慶各地即不成問題。這時候閩軍旅長王永泉和廈門方面的軍隊已和粵軍合作，出發(fā)助防。
9月26日，廣州警察廳長魏邦平、廣惠鎮(zhèn)守使李福林在省城對岸河南宣告獨立。所有內(nèi)河兵艦及廣三鐵路均為收復(fù)，駐扎江門警衛(wèi)軍司令陳德春亦和魏李采取一致行動，在綏遠(yuǎn)炮臺組織辦事處。這樣一來，桂軍的交通全被扼斷。
10月1日孫中山致電湘督譚延闿，促湘軍出師助攻，直下北江以攻桂軍。
魏邦平和李福林的獨立，搖動了廣州的桂系，而海軍亦逼桂系的粵督莫榮新離粵，莫榮新不得已乃倡調(diào)和之說用作緩兵之計，且用各種方法離間粵人，孫中山和唐紹儀、伍廷芳都致電魏李兩人，敦促他們迅速驅(qū)莫以安粵局。
粵局本可一鼓而定，不料粵軍進(jìn)入粵境后，政治因素復(fù)雜，反而膠著不前，于是孫中山再促留在上海的蔣中正趕赴粵境，共圖收復(fù)廣州，惠州。蔣于9月30日由上海啟程，10月3日抵香港，拜奠朱執(zhí)信靈樞；5日上午乘船至汕頭，登岸后即赴粵軍總部和各參謀晤面，并擬定作戰(zhàn)意見致駐扎老隆的陳炯明。
蔣的作戰(zhàn)計劃為左翼當(dāng)獨立作戰(zhàn)，固守潮梅，海、陸豐暫時放棄亦可，目的在誘敵深入，俾松弛敵人在惠州的防務(wù)，以便右翼作戰(zhàn)。右翼可分為二部：一向龍門、增城前進(jìn)，獨立作戰(zhàn)；一部固守河源、紫金，監(jiān)視惠州，相機(jī)規(guī)取。如果直取博羅，反而促成桂軍死守死戰(zhàn)之心，可能曠日持久，轉(zhuǎn)不如西向龍門繞道。
作戰(zhàn)計劃擬定后，蔣即馳赴前線，加入右翼軍作戰(zhàn)。
粵軍新攻勢開始，桂軍在各戰(zhàn)線上俱露疲態(tài)，側(cè)面后方俱受威脅，士氣沮喪，戰(zhàn)斗力大減。迫不得已，乃擬將惠州交與李根源，調(diào)回林虎、馬濟(jì)以對抗宣布獨立的魏邦平和李福林?？墒抢罡磪s孤軍難支，遭粵軍猛擊，損失子彈300余箱，團(tuán)長一名亦被擊斃，桂系的滇軍陷于極端困境。
10月20日粵軍第二軍軍長許崇智因病請假，由蔣代統(tǒng)其軍，聲威大震，所向克捷，桂軍三四千人棄泰尾焚掠民居向惠州潰退。
10月21日，粵軍第二軍進(jìn)至黃麻陂，粵軍熊略部占領(lǐng)橫瀝，鄧鏗部進(jìn)至家公嶺與和平山的左翼軍聯(lián)絡(luò)。合圍后，粵軍乃于22日一舉攻克惠州城，桂軍向博羅鯉湖退卻。江門警衛(wèi)軍和高、雷、欽、廉、瓊各處民軍四起應(yīng)援，東江桂軍進(jìn)退失據(jù)，廣州桂軍又陷于被圍攻中。這時候的桂系已成強(qiáng)弩之末，只希望能安全離粵就于愿已足了。
10月23日陳炯明召集軍事會議于惠州，決定總攻廣州計劃。以左翼軍掃除增城的桂軍，向龍門埔前進(jìn)，進(jìn)攻廣州的西北；以中路軍掃除石龍的桂軍，沿廣九路右方前進(jìn)，集中龍眼洞，擔(dān)任東面的攻擊；以右翼軍掃除東莞的桂軍，沿廣九路左方前進(jìn)，攻擊廣州東南。
廣州的桂系坐困釜底，不得已遂于10月24日宣布取銷軍政府，岑春煊、陸榮廷、林葆懌、溫宗堯等通電解除政務(wù)總裁職務(wù)。
桂系統(tǒng)治廣東的局面到此結(jié)束，附庸桂系的政客集團(tuán)也同歸消滅。林葆懌本來是隨程璧光一同南下護(hù)法的，隨后受桂系的引誘，投奔桂系，現(xiàn)在桂系崩潰，林葆懌竟通電與北方海軍聯(lián)合。
25日粵軍第一軍攻克石龍，桂軍向增城、東莞退卻。
博羅、石龍相繼落入粵軍之手，廣州已無險可守，26日莫榮新率領(lǐng)殘軍于逃出廣州前，發(fā)出通電聲稱把廣東交還北京政府，同時取消西南自主，公然向北方投降。林葆懌、沈鴻英也潛逃無蹤。
27日粵軍進(jìn)入廣州。
在東江的桂軍殘部由馬濟(jì)率領(lǐng)，繞道北江回桂，全粵遂次第光復(fù)。許崇智設(shè)軍部于廣州市內(nèi)的潮州會館。
29日孫中山函勉蔣中正，有云：
“我所求者，惟期主義政策與我一致，即我所謂服從我卅年來共和主義，而豈若專制之君主，以言莫予違為得意耶？兄與英士共事最久，亦知我所以待英士矣?！瓐?zhí)信忽然殂折，使我如失左右手，計吾黨中知兵事而且能肝膽照人者，今已不可多得，惟兄之勇敢誠篤，與執(zhí)信比，而知兵則又過之。兄性剛而嫉俗過甚，故常齟齠難合，然為黨負(fù)重大之責(zé)任，則勉強(qiáng)犧牲所見，而降格以求，所以為黨，非為個人也?！?br/>
北方因岑陸等宣布投降，遂頒南北統(tǒng)一之令，孫中山與唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯正式宣言軍政府依然存在，西南護(hù)法，非為個人權(quán)利，北方如果有謀和誠意，唯有在和會中謀取解決途徑。
11月1日陳炯明抵廣州。
11月10日孫中山在上海的軍政府辦事處下令任命陳炯明為廣東省長，兼粵軍總司令，統(tǒng)一軍政，并取消督軍名義。這時候因為獨斷自專的桂系既已完全撤出廣東，孫所領(lǐng)導(dǎo)的軍政府本擬移駐云南的計劃遂告打消，仍遷回廣州。
蔣中正這時在粵軍中，深感陳炯明處處有私心，因此于11月6日由香港搭輪去上海，行前留書給粵軍總司令陳炯明，指責(zé)他改變戰(zhàn)略。原來陳炯明包藏私心，置西江要地肇慶于不顧，反以中央軍派遣北江，名為掩護(hù)右翼軍回攻四會，事實上右翼軍既進(jìn)至北江，攻克清遠(yuǎn)，除直上韶關(guān)，肅清北江任務(wù)外，自不必折回四會，再完成西江任務(wù)之理。因此蔣認(rèn)為陳炯明有私心，乃毅然求去。12日抵上海即晉謁孫中山，報告廣東情形，第二天再謁孫中山，這時孫得到粵軍第二軍軍長許崇智的來電，亦憤陳炯明所行所為，欲棄粵來滬。
但是，孫中山認(rèn)為可以感化陳炯明，同時不應(yīng)放棄以廣東為革命基地的打算。于是25日孫率伍廷芳、唐紹儀由上海動身赴廣東，國會議員已至上海的亦相繼動身去粵。
25日，粵軍攻克肇慶、梧州等地，肅清西江。陸榮廷最初揚(yáng)言寧失廣西，斷不失廣東，可是現(xiàn)在桂軍形勢逼迫，唯有全部退出粵境。
桂系既已投靠北京政府，北京方面對陸榮廷不能不加以安置，于是特派陸榮廷督辦粵邊防務(wù)，并任命譚浩明為廣西督軍。
29日，孫中山和伍廷芳、唐紹儀抵廣州，通電重新召開軍政府政務(wù)會議。以廣州觀音山舊督署為軍政府所在。唐紹儀嫌府址不夠壯麗，移住亞洲酒店，伍廷芳兼外交部長駐觀音山軍政府內(nèi)，孫則下榻粵秀樓。
軍政府恢復(fù)后，12月1日發(fā)表各部部長，內(nèi)政部長由孫中山自兼，財政部長唐紹儀，交通部長唐繼堯，陸軍部長陳炯明，外交部長伍廷芳，司法部長徐謙，參謀部長李烈鈞，秘書廳長馬君武。唐繼堯在云南，不能來粵，因此交通部長由王伯群代理，參謀部長李烈鈞率軍在外，亦以次長蔣尊簋暫代部務(wù)。
國會議員們一再播遷，由穗去滬，由滬去滇，由滇去渝，現(xiàn)在再集于廣州，出席議員220余人。
軍政府雖然恢復(fù)了，實際上勢力僅及廣東一省，而陳炯明則心懷異志，對革命事業(yè)沒有信心。
民國以來，孫中山顛沛磨折，所憑借的革命基礎(chǔ)雖然薄弱，可是革命的意志，愈戰(zhàn)愈強(qiáng)，愈挫愈堅，這種革命魄力和革命抱負(fù)，真是古今中外所少見。
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