孫中山并不反對(duì)北京政府的和平統(tǒng)一計(jì)劃，不過他的主張比張紹曾的有內(nèi)容，而且實(shí)際。孫于12年1月26日在上海莫利愛路私宅招待各報(bào)記者，發(fā)表和平統(tǒng)一宣言，主張裁兵救國(guó)，這個(gè)通電發(fā)出后，立刻得到黎元洪、張紹曾、段祺瑞、張作霖、盧永祥等的贊成。

　　孫本擬于1月27日由上海啟程赴廣州，因于26日晚獲悉江防事變，乃臨時(shí)中止啟程。

　　江防事變后，劉震寰率領(lǐng)所部移駐石龍，粵軍集中江門，程潛也在江門主持廣州外圍軍事。朱培德部滇軍開抵梧州，許崇智的東路討賊軍由福建回師廣東。廣州雖然還在滇、桂軍控制之下，可是楊希閔的態(tài)度已逐漸和沈鴻英分離。因此，從2月4日起，沈的態(tài)度也有了轉(zhuǎn)變，除發(fā)表宣言“援粵任務(wù)告終，應(yīng)請(qǐng)孫、岑二老迅速回粵主持”外，又派鄭士瞻到上海迎接孫中山回粵，并請(qǐng)胡漢民回省主持政務(wù)。同時(shí)咨請(qǐng)滇軍接收市內(nèi)防務(wù)，部隊(duì)開往北江，他所委派的行政人員也紛紛退職。這才使廣州情勢(shì)逐漸恢復(fù)正常。

　　2月6日，英、美、日三國(guó)領(lǐng)事聯(lián)袂赴農(nóng)林試驗(yàn)場(chǎng)把魏邦平接了出來，魏已在那兒住了十天。魏恢復(fù)自由后，于8日前往香港休息，胡漢民則于9日由香港回到廣州。

　　胡漢民抵廣州的第二天，向上海孫中山處電告軍情，略謂：

　　“據(jù)確報(bào)，陳逆在港會(huì)議：一、預(yù)計(jì)兵力，洪兆麟廿營(yíng)在潮、汕，鐘景棠十二營(yíng)在梅縣，陳炯光十四營(yíng)在五華、興寧，林虎五千人在興寧，黃鳳綸三營(yíng)在蕉嶺，翁式亮九營(yíng)由揭陽(yáng)開往梅縣，楊坤如一千五百人在老隆，除某部外，均歸林虎指揮。二、餉項(xiàng)由洪籌措，不足由林逆補(bǔ)之，聞潮、汕開賭，每日可得萬(wàn)余元。三、許軍迫，則健部退入江西。四、與沈決裂時(shí)反攻省城。五、陳逆現(xiàn)在陳席儒家。七日蔡成勛有代表二人到，商對(duì)付閩粵辦法。六、馬育航在南京來電云得齊燮元助款云云，以上須注意，已電閩?！?br/>
　　沈鴻英派鄭士瞻到上海謁見孫中山，表示服從命令，孫中山復(fù)書諭以大義，略云：

　　“國(guó)家之事須正當(dāng)辦法，乃能得正當(dāng)解決。絕非挾私任術(shù)，好逞陰謀，與民治之道背馳者所能勝。中間或能僥幸，得一二勝利，結(jié)果亦終歸于敗，可以斷言，此古今中外之成事具在，可資考證者也?！?br/>
　　孫這時(shí)在上海強(qiáng)化國(guó)民黨黨本部，制定“中國(guó)國(guó)民黨中央干部會(huì)議規(guī)則”，并組織黨本部軍事委員會(huì)，以柏文蔚、呂超、黃大偉、蔣作賓、蔣中正、顧忠琛、朱霽青、路孝忱、葉荃、吳介璋、朱一鳴、吳忠信、熊秉坤為軍事委員。

　　12年2月15日孫中山偕譚延闿、楊庶堪、徐紹楨等由上海動(dòng)身，17日抵香港即下榻楊西巖寓。

　　18日孫在香港發(fā)表蔣中正為大本營(yíng)參謀長(zhǎng)，并電催來粵，電云：

　　“介石兄鑒：頃閱兄與滄白、湘芹兄函，甚慰。展、季二兄現(xiàn)時(shí)均有重要職務(wù)，須暫留滬及赴浙、奉，此間須兄助至切，萬(wàn)請(qǐng)速來勿延，并已發(fā)表兄參謀長(zhǎng)，軍事樞機(jī)，不可一日無(wú)人也?！?br/>
　　20日孫中山在楊西巖宅對(duì)香港的工商領(lǐng)袖演講“裁兵筑路”，略云：為實(shí)踐裁兵宣言起見，當(dāng)從廣東裁兵始，或謂廣東若裁兵，他省來攻奈何？則應(yīng)之以兵不貴多而貴精，茍廣東有10萬(wàn)兵，將其裁去一半，余一半之精兵，當(dāng)能衛(wèi)省及保護(hù)地方有余。至所裁之兵用以筑路，則全省道路自通，地方自然發(fā)展，則兵之工價(jià)雖厚于兵餉亦無(wú)妨，而兵亦甘于筑路而不愿當(dāng)兵也。

　　21日，孫由香港抵廣州，先至省長(zhǎng)公署，接見各界歡迎代表后，即找鄧澤如來，詢問林樹巍、林直勉、陸志云三人現(xiàn)在何處？鄧答林樹巍和陸志云在高州，林直勉已往香港，孫即囑拍電，叫他們即日返穗。原來這三人是在陳炯明叛變時(shí)追隨孫蒙難的侍從人員。

　　為了接待孫中山，滇軍讓出農(nóng)林試驗(yàn)場(chǎng)為大元師府，孫自己改稱大元帥，不再回任總統(tǒng)。

　　孫中山這次回粵，不再提護(hù)法二字，同時(shí)把所有軍事力量改稱為討賊軍，這是一大轉(zhuǎn)變。由于直系軍閥為了消滅南方護(hù)法的借口，唱出了恢復(fù)法統(tǒng)，同時(shí)恢復(fù)舊國(guó)會(huì)，實(shí)際上參加這個(gè)舊國(guó)會(huì)的議員都是熱中名利投機(jī)鉆營(yíng)的政客。所謂的國(guó)會(huì)已經(jīng)成為軍閥的工具和搖旗吶喊的應(yīng)聲蟲，因此以護(hù)法為目的的民主革命并不符合全國(guó)人民的愿望。此刻的目標(biāo)應(yīng)該是針對(duì)阻礙民國(guó)進(jìn)步的南北各省軍閥。孫中山回粵后不恢復(fù)總統(tǒng)名義而改稱大元帥，同時(shí)宣布進(jìn)入討賊時(shí)期，這所謂的“賊”，就是反對(duì)民主、自私自利的各省軍閥。因此討賊時(shí)期就是反對(duì)軍閥時(shí)期。而討賊的意義更廣泛，對(duì)象更實(shí)際，同時(shí)也正是千千萬(wàn)萬(wàn)中國(guó)人民的愿望。

　　大元帥府設(shè)立后，任命胡漢民為大本營(yíng)總參議，與孫洪伊、汪兆銘、徐謙駐上海，廖仲愷為財(cái)政部長(zhǎng)，鄧澤如為建設(shè)部長(zhǎng)，譚延闿為內(nèi)政部長(zhǎng)，伍朝樞為外交部長(zhǎng)，古應(yīng)芬為法制局長(zhǎng)，劉紀(jì)文為審計(jì)局長(zhǎng)，朱培德為參軍長(zhǎng)，楊庶堪為秘書長(zhǎng)，林云陔為金庫(kù)主任，徐紹楨為廣東省長(zhǎng)。

　　12年2月23日大元帥命令：

　　“桂軍總司令沈鴻英著將所率全部移駐肇慶，所遺北江一帶防地，著滇軍總司令楊希閔迅即派隊(duì)接防，西路討賊軍總司令劉震寰所部，著駐石門、東莞、虎門各地；東路討賊軍第四師長(zhǎng)石春榮所部移駐羅定等地，此外各部隊(duì)，就現(xiàn)在地點(diǎn)駐扎，自經(jīng)此規(guī)定后，各部軍隊(duì)非奉本大元帥命令，不得擅自移動(dòng)，致滋紛擾?！?br/>
　　李烈鈞于1月奉命自港回粵后，即轉(zhuǎn)赴潮汕等地收撫陳炯明部洪兆麟、尹驥、李云復(fù)諸悍將，打通了閩粵交通。同時(shí)收編尹驥、李云復(fù)、翁式亮、賴世璜、蘇世安五師以待命。

　　李在汕頭有電給孫中山云：

　　“此間情況日來甚有進(jìn)步，以師長(zhǎng)尹驥、賴世璜為主干，極便運(yùn)用聯(lián)絡(luò)?，F(xiàn)計(jì)劃將全力離開潮梅，而兇寇方面進(jìn)行詳情，確定續(xù)報(bào)。需用開動(dòng)作戰(zhàn)費(fèi)數(shù)十萬(wàn)元，懇電港滬籌助?！?br/>
　　孫批示云：“籌款不易，港商亦必畏縮，然當(dāng)盡力去做。滬上潮商或有望，著潮汕各官聯(lián)名發(fā)電來潮州會(huì)館，請(qǐng)各潮商協(xié)力?！?br/>
　　3月17日任命李烈鈞為閩贛邊防督辦，令與許崇智調(diào)防。李奉到命令即率部赴閩，以潮梅交許崇智接防。這時(shí)廈門閩軍總司令臧致平頗持兩端，李烈鈞曉以大義，片言折服，臧遂以禮相待，并時(shí)加接濟(jì)。

　　大本營(yíng)成立后，孫中山首先致力于裁兵工作。先調(diào)查各軍實(shí)數(shù)，限于3月20日前，將該軍營(yíng)數(shù)和駐扎地點(diǎn)，造具軍官姓名、履歷及兵士名冊(cè)，呈報(bào)大元帥府，由大元帥派員分赴各軍駐在地，逐一點(diǎn)驗(yàn)，倘有虛額不準(zhǔn)再招，而老弱無(wú)槍支者，則一律裁汰。

　　3月20日孫中山發(fā)表“裁兵之重要與處置方法?！?br/>
　　孫此番回粵，對(duì)內(nèi)布置情形已如前述，對(duì)外方面則力求西南各省步調(diào)一致，幾經(jīng)磋商，乃與唐繼堯、劉成勛、熊成武、趙恒惕、譚延闿、劉顯世等西南領(lǐng)袖聯(lián)名通電，宣告對(duì)西南時(shí)局之意見，內(nèi)稱：

　　“我西南各省，決以推誠(chéng)相見，共議圖存，棄前事之小嫌，開新元之結(jié)合。分災(zāi)恤患，載之簡(jiǎn)書，外間內(nèi)讒，一切勿受。兵為防守，不為爭(zhēng)奪，雖折沖疆場(chǎng)，為義興師，而終不背和平主旨。其他各省有被直系蹂躪，頗同心敵愾者，文等為之敬執(zhí)鞭弭，所不辭也?！?br/>
　　3月22日任命趙士北為大理院長(zhǎng)。26日派謝持為全權(quán)代表，執(zhí)行中國(guó)國(guó)民黨本部黨務(wù)事宜。28日沈鴻英電稱遵照大元帥命令，移防西江，設(shè)司令部于肇慶。29日任命楊希閔為中央直轄滇軍總司令，劉震寰為中央直轄西路討賊軍總司令。

　　4月3日把陸海軍大元帥府由農(nóng)林試驗(yàn)場(chǎng)遷至水泥廠。

　　蔣中正被任為大本營(yíng)參謀長(zhǎng)，時(shí)在上海，曾電許崇智，主張先破沈鴻英以防其引北軍入粵。果然沈鴻英以移防西江為名，將所部集中新街、韶關(guān)等處，召開秘密軍事會(huì)議，欲與北京勾結(jié)，遂其督粵迷夢(mèng)。