第三節(jié)邊疆地區(qū)的統(tǒng)治與經(jīng)營 康熙帝在漢族地區(qū)確立了封建秩序，又相繼在邊疆各民族地區(qū)建立起統(tǒng)治，擴展了清朝的領(lǐng)域。
東北地區(qū)是滿族興起的故地?？滴醯墼谶@里遇到了新的敵人俄國侵略者。經(jīng)過堅決的斗爭，勝利地把他們擊退?？滴醯垡灾袊拿x與俄國訂立了《尼布楚條約》，確立了東北邊疆。隨后訂立制度，加強了東北地區(qū)的軍事政治統(tǒng)治，并在這一地區(qū)進行經(jīng)濟開發(fā)。黑龍江和松花江流域，陸續(xù)出現(xiàn)了許多新的城市，工商業(yè)呈現(xiàn)前所未有的發(fā)展。
漠南蒙古諸部在清初已經(jīng)降附。漠北喀爾喀蒙古與清朝建立了朝貢關(guān)系。漠西厄魯特蒙古四部占據(jù)天山南北，并且控制了西藏地區(qū)。占據(jù)伊犁河流域的準噶爾部成為厄魯特蒙古中最強大的一部，與清朝為敵?？滴醯劢?jīng)過長期的戰(zhàn)爭，擊敗準噶爾部。漠北喀爾喀蒙古歸于清朝直接統(tǒng)治，建立起盟旗制度。經(jīng)過與準噶爾部的反復(fù)斗爭，清朝驅(qū)逐了準噶爾在西藏的勢力，冊封六世達賴喇嘛（后稱七世）和五世班禪額爾德尼，并在西藏建立起噶倫制度。
康熙帝經(jīng)過近四十年的邊疆戰(zhàn)爭，取得重大勝利，確立了對蒙古、西藏地區(qū)的統(tǒng)治。
（一）東北的經(jīng)營與反擊沙俄的戰(zhàn)爭 一、清初的東北地區(qū) 清初的東北地區(qū)，即山海關(guān)外，北越外興安嶺，東至于海包括庫頁島在內(nèi)的廣大地區(qū)，是滿族興起的故地。山林之中和江河之畔還居住著從事畜牧或漁獵的若干部落，他們同屬于通古斯語系。明代經(jīng)營遼東各地，漢族農(nóng)民陸續(xù)遷往遼沈地區(qū)屯駐開墾。嘉靖時，墾地三百六十八萬畝，有居民三十八萬余人。努爾哈赤和皇太極時，又把大批的漢人擄掠到遼東。一六四四年，多爾袞與順治帝先后率眾入關(guān)。滿洲八旗將士家口和役使的奴仆，約有數(shù)十萬人自盛京遷至北京及其周圍地區(qū)。
清朝的舊都盛京，由正黃旗內(nèi)大臣何洛會任留守盛京總管，在熊岳，錦州，興京等十五城，分兵駐守。駐守盛京的八旗兵，每旗設(shè)協(xié)領(lǐng)一員，滿人章京四員，蒙古、漢軍各一員，佐領(lǐng)共四十八員。其他十四處也設(shè)章京二至四員，共有佐領(lǐng)三十五員。一六四六年（順治三年），盛京內(nèi)大臣改為昂邦章京。
順治初年，清軍在各地作戰(zhàn)，盛京及其他各城留駐的八旗兵，不斷被調(diào)遣到山海關(guān)內(nèi)各地，補充軍力。明清之際，遼沈地區(qū)幾經(jīng)戰(zhàn)亂，關(guān)內(nèi)移住的漢民多相繼逃回。滿人大批入關(guān)后，原來被俘的漢人也大量逃亡。一六五三年，牡丹江上游的重鎮(zhèn)寧古塔，設(shè)昂邦章京（原為駐防章京），以加強對黑龍江和烏蘇里江流域的統(tǒng)治。同時，又頒布“遼東招民墾殖條例”，獎勵漢人農(nóng)民去遼東開墾，但并未能收到成效。一六六一年，奉天府尹張尚賢在奏疏中陳述當(dāng)?shù)氐那樾握f：遼河以東只有奉天、遼陽、海城三處人民湊集。河?xùn)|和河西所謂“腹里”的廣闊地區(qū)，竟是“荒城廢堡，敗瓦頹垣，沃野千里，有土無人”（《圣祖實錄》卷二）。
開原以外興安嶺以南，東至庫頁島地區(qū)，主要是人數(shù)不多的各少數(shù)民族，分散在山林江河之間。黑龍江中上游石勒喀河到精奇里江口一帶，兩岸住有索倫、達斡爾（打呼兒）、鄂倫春等族，清朝統(tǒng)稱他們?yōu)樗鱾惒?。松花江下游烏蘇里江兩岸住有赫哲族。黑龍江下游兩岸和庫頁島上，有費雅喀人、奇勒爾人和庫頁人，濱海有恰克拉人。這些少數(shù)民族多從事狩獵。只有達斡爾人經(jīng)營農(nóng)業(yè)和飼養(yǎng)家畜，在東北諸族中，經(jīng)濟、文化水準最高。清朝入關(guān)以前，索倫部設(shè)置牛錄章京統(tǒng)領(lǐng)。其他各族則依據(jù)原有氏族部落組織，以氏族長為姓長（哈喇達），部落長為鄉(xiāng)長（噶珊達）。索倫、達斡爾族的部分居民，曾被編入滿洲八旗。
二、俄國的入侵與清朝的反擊 蒙古貴族在十三世紀時建立的欽察汗國（又稱金帳汗國），在十五世紀時已陷于分裂。一四八○年，欽察汗國被莫斯科公國的依萬三世領(lǐng)兵擊敗，隨后又被克里木汗國摧毀。一五四七年莫斯科的依萬四世建立俄羅斯國家，自稱沙皇（源于羅馬帝號愷撒）。一五五四年，征服伏爾加河流域諸汗國并侵入克里木島。依萬四世的繼承者沙皇費多爾時，將西伯利亞汗國侵并。封建農(nóng)奴制的俄國，為謀求商業(yè)資本的積累，日益向外掠奪。一六一三年，羅曼諾夫家族的米海依爾被選任沙皇。俄國貴族在對波蘭作戰(zhàn)的同時，繼續(xù)向東方侵掠。一六四三年，俄國駐雅庫次克的督軍派出被稱為哥薩克（流散的各族人）的騎兵一百三十二名，越過外興安嶺，侵入黑龍江流域，并在精奇里江達斡爾人住區(qū)肆行擄掠。達斡爾居民在莫爾迪奇村奮起抵抗。哥薩克兵敗走，沿黑龍江兩岸擄掠，繼續(xù)遭到各族人民的反擊。一六四六年（順治三年）入侵的哥薩克兵只剩下五十人逃回，俄國由此得知清朝在黑龍江流域防務(wù)空虛，繼續(xù)派遣更多的哥薩克兵進行侵略。由哈巴羅夫和斯捷潘諾夫統(tǒng)帶的兩批哥薩克兵，相繼侵入黑龍江流域，在一六五○年冬攻占了黑龍江北達斡爾人的城堡雅克薩，以此為據(jù)點擴大侵略。一六五二年，俄國雅庫次克官員公然向清朝提出侵占黑龍江土地的無理要求。這時，清軍主力集中在江南作戰(zhàn)，連年分兵北上抗擊。在烏扎拉、呼瑪爾、尚堅烏黑和松花江口，不斷擊敗哥薩克侵略軍。一六五八年，俄國侵略軍首領(lǐng)斯捷潘諾夫在松花江上被清軍擊斃。一六六○年，清軍基本肅清了入侵的俄國哥薩克軍。次年，康熙帝即位，四大臣輔政，將盛京昂邦章京改設(shè)為鎮(zhèn)守遼東等處將軍（康熙四年，改為鎮(zhèn)守奉天等處將軍，后稱盛京將軍）。寧古塔昂邦章京改設(shè)鎮(zhèn)守寧古塔等處將軍（后改稱吉林將軍）。又將黑龍江中上游以北的索倫、達斡爾人南遷到嫩江之濱，黑龍江、烏蘇里江和松花江下游的一些居民，遷移到牡丹江和松花江上游，以求安全。俄國侵略軍向貝加爾湖以東出兵，侵占了蒙古茂明安部的牧地尼布楚，并在一六六五年再次侵占了雅克薩城，繼續(xù)竄犯黑龍江流域。
新滿洲的編組康熙帝親政，即面臨著抗擊俄國侵略，收復(fù)雅克薩城的任務(wù)。一六七一年，他東巡盛京祭祖后，在吉林附近召見寧古塔將軍巴海，告諭巴海對邊疆各族要“廣布教化”，對羅剎（俄羅斯）“尤當(dāng)加意防御，操練士馬，整備器械，毋墮狡計?！保ā妒プ鎸嶄洝肪砣撸╇S后，即將邊地各族，進行軍事編組，以加強邊防。
居住在松花江、烏蘇里江和黑龍江流域的部分赫哲族和分布在濱海渾春河一帶的庫雅拉人，按滿洲軍事制度編組軍兵，設(shè)置佐領(lǐng)，號為“新滿洲”（伊徹滿洲）。一六七三年，康熙帝在北京召見新滿洲佐領(lǐng)四十人，優(yōu)加升賞。一六七六年，寧古塔將軍移駐吉林，寧古塔設(shè)副都統(tǒng)。新滿洲軍兵編組后，有四十佐領(lǐng)駐防吉林和寧古塔，三十一佐領(lǐng)移駐盛京、錦州、廣寧、義州四城，另有八佐領(lǐng)調(diào)駐北京。新滿洲各族人原來多從事漁獵。編組后依滿洲制度授田，從事農(nóng)耕，以便就地訓(xùn)練和駐防。
布特哈八旗 黑龍江中上游的索倫、達斡爾、鄂倫春等族，原已按滿洲制度編為索倫部統(tǒng)轄。由于俄國入侵，居民被迫遷至嫩江。一六六五年，又依旗制設(shè)索倫佐領(lǐng)二十九員。一六六七年，從事農(nóng)耕的達斡爾人，另編為十一佐領(lǐng)。一六六九年，定索倫總管為三品官，副總管為四品官。從事狩獵的索倫諸部被稱為“布特哈（打牲）八旗”，每年向清朝貢納貂皮。雅克薩城被俄軍侵占后，原屬該城的達斡爾部，也編入布特哈八旗。一六七一年八月，索倫副都統(tǒng)及屬下參領(lǐng)、佐領(lǐng)、驍騎校等各級軍兵統(tǒng)領(lǐng)共一百四十余人到北京朝見。此后，加強整飭訓(xùn)練。一六七四年時，布特哈八旗兵已有五千五百二十四名，成為一支重要的軍事力量。
一六八一年，三藩反清戰(zhàn)爭基本結(jié)束。次年四月，康熙帝再次東巡，至烏喇（吉林）泛舟松花江，考察形勢。九月，又派副都統(tǒng)郎談、彭春到達斡爾、索倫地方，偵察被俄國侵占的雅克薩城防地形和水陸交通?？滴醵辏ㄒ涣巳辏┱?，郎談、彭春回京后奏稱：發(fā)兵三千，即可收復(fù)雅克薩。康熙帝以為，應(yīng)先在黑龍江“建城永戍”，加強邊防。副都統(tǒng)薩布素率領(lǐng)烏喇寧古塔官兵一千人，到璦琿筑城駐防。后又增調(diào)五百人加強駐軍，達斡爾兵士近五百人到璦琿附近的額蘇里屯田。十月，康熙帝任命薩布素為“鎮(zhèn)守璦琿等處將軍”（即黑龍江將軍），統(tǒng)轄松花江以西、外興安嶺以南的黑龍江中上游地區(qū)。這樣，東北地區(qū)便由黑龍江、寧古塔、奉天三名將軍分兵駐防，完成了軍事部署。為保證軍需供應(yīng)的暢通，又在璦琿與吉林一千三百四十里之間，設(shè)立驛站十九處，由漢族流人充當(dāng)站丁。又派戶部尚書伊桑阿，到烏喇督造戰(zhàn)艦，修治盛京與遼河、松花江、黑龍江的水上運輸，以便向璦琿運送糧草軍械。理藩院與戶部官員，到索倫與蒙古地區(qū)，“督理農(nóng)務(wù)”，征調(diào)糧食、馬匹和牛羊，作支援戰(zhàn)爭的準備。
收復(fù)雅克薩 康熙帝在加緊整飭邊防的同時，一六八三年九月，諭理藩院曉諭俄國，“倘執(zhí)迷不悟，留我邊疆，彼時必致天討，難免誅罰”（《圣祖實錄》卷一一二）。一六八五年春，康熙帝見邊防漸固，決計出兵反擊俄國侵略者，收復(fù)雅克薩城。任命彭春為統(tǒng)帥，調(diào)京營八旗兵約六百人，福建藤牌兵四百二十人，連同璦琿駐防的二千人，對俄作戰(zhàn)。布特哈八旗與蒙古族人民，偵察敵情，安設(shè)驛站，供應(yīng)軍需。五月二十二日，清軍分水陸兩路進攻雅克薩，以戰(zhàn)艦封鎖江面，使用大炮攻城。城中俄軍不敵，首領(lǐng)托爾布津出城乞降，誓不再來雅克薩侵擾?？滴醯勖尫哦碥姺斄儆嗳嘶貒?。清軍焚毀雅克薩城堡，撤回璦琿整休。俄軍退后，盤踞在尼布楚的統(tǒng)領(lǐng)伊萬，又派遣托爾布津領(lǐng)兵返回雅克薩，筑城設(shè)防。一六八六年二月，清兵二千人，在薩布素、郎談的率領(lǐng)下，再次進攻雅克薩。七月，清軍四面挖壕筑壘，圍困敵軍。九月攻城，托爾布津被炮火擊斃。八百多名俄軍敗死，最后只剩下六十六人。這時，俄國派出使臣到北京，要求解雅克薩之圍，進行邊界談判。清軍主動撤離雅克薩，雙方開始談判的準備。
中俄《尼布楚條約》的簽訂一六八五年末，俄國任命御前大臣、將軍費·阿·戈洛文為全權(quán)大臣，組成談判使團。俄國沙皇秘密訓(xùn)令使團：“兩國應(yīng)以黑龍江為界，否則就以左岸支流比斯拉特河（即牛滿河）或結(jié)雅河（即精奇里江）為界，再其次以雅克薩為界。但俄國在黑龍江及其支流有通商的權(quán)利”。妄圖通過談判，侵占清朝邊地。一六八八年五月，康熙帝命領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣索額圖等組成對俄談判使團?？滴醯壑I令索額圖等：“尼布潮（楚）、雅克薩、黑龍江上下，及通此江之一河一溪，皆我所屬之地，不可少棄之于鄂羅斯”，照此“畫定疆界，準其通使貿(mào)易。”（《圣祖實錄》卷一三五）六月，使團行至克魯倫河附近，遭到蒙古準噶爾部的阻擊，退回北京。后經(jīng)兩國重新協(xié)商，于康熙二十八年七月八日（一六八九年八月二十二日），在尼布楚正式開始談判。
在尼布楚談判中，中俄使團展開了激烈的爭辯。戈洛文反誣清朝挑起戰(zhàn)爭，提出“兩國以黑龍江至海為界”的無理要求。索額圖當(dāng)即嚴加駁斥，指出俄國侵略了中國的領(lǐng)土，中國才被迫自衛(wèi)反擊，并嚴正聲明：“鄂嫩、尼布潮（楚）系我國所屬毛明安諸部落舊址，雅克薩系我國虞人阿爾巴西等故居”，后為俄國所竊據(jù)（《圣祖實錄》卷一三五）。俄國應(yīng)歸還侵占中國的領(lǐng)土。索額圖遵照康熙帝的密諭，堅持必須收復(fù)雅克薩，但“如彼使者懇求尼布潮，即可以額爾古納河為界?！鼻宄髨D作出重大的領(lǐng)土讓步，以換取邊疆的穩(wěn)定。戈洛文喜出望外，進而堅持以結(jié)雅河為界，拒絕交回雅克薩，致使談判陷入僵局。清朝使團擔(dān)任翻譯的隨員傳教士張誠（法國人）、徐日升（葡萄牙人）等，在會下往返協(xié)商，從中斡旋。兩位傳教士得知康熙帝可能同意俄國人每年去北京貿(mào)易，受清使團的委托，去俄國使團的營帳交涉。俄國使團認為“去北京進行自由貿(mào)易，是期待已久的最大利益。因此他們可以接受皇帝（康熙帝）提議的分界線。”（《耶穌會士中國書簡集》日譯本第一集）當(dāng)晚，傳教士帶回了條約的俄文本。在此之前，俄國曾經(jīng)三次派遣使團去北京，尋求通商途徑，未獲結(jié)果。這次意外地如愿以償。經(jīng)過十六天的談判交涉，七月二十四日（公歷九月七日），中俄《尼布楚條約》正式簽字，樹立界碑。簽約條文主要內(nèi)容如下：一、以流入黑龍江之綽爾納河（即烏倫穆河）附近之格爾必齊河為兩國之界，此河發(fā)源處石大興安嶺以至于海，亦為兩國之界。嶺南一帶土地及流入黑龍江大小諸川，應(yīng)歸中國管轄；嶺北一帶土地及川流，應(yīng)歸俄國管轄。
一、流入黑龍江之額爾古納河亦為兩國之界，河以南諸地盡屬中國，河以北諸地盡屬俄國。南岸之墨里勒克河口諸房舍，遷移北岸。
一、俄國在雅克薩城所建城障，應(yīng)盡行除毀，俄民之居此者，應(yīng)悉帶其物用，盡數(shù)遷入俄境。
一、兩國獵戶人等，不得擅越已定邊界。若有一、二人擅自越界者，立即械系，遣送各官吏，審知案情，當(dāng)即以法處罰。若十?dāng)?shù)人，相聚或持械捕獵，或殺人搶掠，并須報聞兩國皇帝，依罪處以死刑。既不以少數(shù)人民犯禁而備戰(zhàn)，更不以是而至流血。
一、此約訂立以前所有一切事情，永作罷論。自兩國永好已定之日起，嗣后有逃亡者，各不收納，并應(yīng)械系遣還。
一、現(xiàn)在俄民之在中國或華民之在俄國者，悉聽如舊。
一、自和約已定之日起，凡兩國人民持有護照者，俱得過界來往，并許其貿(mào)易互市。
一、和好已定，兩國永敦睦誼，自來邊境一切爭執(zhí)永予廢除，倘各嚴守約章，爭端無自而起。
《尼布楚條約》是清朝與外國締結(jié)的第一個正式條約。清朝收回了被俄國侵占的部分領(lǐng)土，阻止了俄國對黑龍江流域的侵略。俄國由此合法占有中國的尼布楚地區(qū)?！赌岵汲l約》簽訂后，繼續(xù)劃定了兩國中段邊界。一六九三年，俄國派遣義杰斯出使中國，談判貿(mào)易問題。清朝準許俄國商隊每隔三年來北京一次，每次不得超過二百人，免稅貿(mào)易八十天。俄國政府的商隊，由此得以向中國傾銷西伯利亞的皮毛，并采購茶葉、緞布等運回本國，獲利很大。
三、東北地區(qū)的經(jīng)營 清朝在訂立《尼布楚條約》后的三十年間，加強了對東北邊境地區(qū)的軍事、政治統(tǒng)治和經(jīng)濟開發(fā)。
建城設(shè)防 清朝在璦琿筑城設(shè)防之后，一六八六年又在墨爾根建城，駐扎索倫、達斡爾旗兵十五佐領(lǐng)。尼布楚訂約后，一六九一年修筑齊齊哈爾城，駐兵十六佐領(lǐng)。在宜臥齊地方（今尼爾基）設(shè)立布特哈總管衙門，統(tǒng)領(lǐng)各族兵民?？滴跄┠暝鼍幍揭话倭惆藗€佐領(lǐng)。
寧古塔將軍的轄區(qū)，一六九二年修筑伯都訥城，設(shè)付都統(tǒng)駐防。當(dāng)?shù)氐腻a伯族和卦爾察族人編旗為兵，設(shè)協(xié)領(lǐng)六名統(tǒng)帶訓(xùn)練。一七一四年在三姓（依蘭）筑城，設(shè)協(xié)領(lǐng)統(tǒng)轄，赫哲人編組為四佐領(lǐng)駐防。在琿春建城，將庫爾喀族人編為三佐領(lǐng)駐防。
旗丁與旗地清朝對東北各族推行滿洲八旗制度，據(jù)一六七八年（康熙十七年）的統(tǒng)計，吉林、寧古塔編旗的新滿洲，共有三千二百五十三丁，一萬一千一百八十人，分駐在盛京、錦州、廣寧、義州四城，由三十一名佐領(lǐng)統(tǒng)帶，披甲種地，頂補當(dāng)差。一六八二年，巴爾虎蒙古編為十佐領(lǐng)，共五千余戶，一千余丁，分駐盛京、開原等八城。一六九九年，裁撤八城駐防旗丁的老弱，另由伯都訥調(diào)遣錫伯壯丁二千名頂補。盛京附近地區(qū)，先后遷來各族旗丁六千五百余丁，連同家屬約有二萬余人。此外，原來調(diào)駐北京的旗丁也陸續(xù)遷回盛京。對于盛京周圍的各族旗丁，清朝實行滿洲八旗的授田制。據(jù)一六七九年（康熙十八年）戶部官員在東北丈量，東起撫順，西至寧遠，南自蓋平，北至開原的耕地共計三千二百九十萬四千九百三十畝，其中二千七百六十二萬二千二百八十畝定為“旗地”。滿蒙等各族的旗丁，每丁給地五晌（三十畝）。其余作為“民地”，由漢人耕作。定為旗地的田地上，還設(shè)立皇室糧莊三百零五所，其中二百二十一所設(shè)在河西，直屬京師內(nèi)務(wù)府。其余八十四所，屬盛京內(nèi)務(wù)府。盛京戶部另設(shè)官莊一百二十七所。
黑龍江將軍轄區(qū)，自一六八四年（康熙二十三年）在璦琿筑城屯田。璦琿、墨爾根、齊齊哈爾等城和布特哈八旗相繼建立官莊六十一所，公田十一處。編旗的官兵則在附近授田墾殖。
寧古塔將軍轄區(qū)，在吉林、寧古塔、伯都訥等城和打牲烏拉，設(shè)立官莊七十四所。
東北各地的皇莊和官莊，役使大批的漢族農(nóng)民進行生產(chǎn)。這些漢人的來源是：（一）流人。順治十一年到康熙七年間，盛京刑部統(tǒng)計，從刑部和督捕衙門流徙到尚陽堡的罪犯即有三千五百一十五名，連同家屬共五千九百一十四人。三藩戰(zhàn)爭后，三藩的部屬大批被流放到盛京充當(dāng)莊田壯丁或到黑龍江充當(dāng)驛站站丁。還有大批“從寬免死”的罪犯，流放到東北邊地為奴。近人估計，順康雍百年間，東三省之流人，近十萬人。（二）買賣。檔案記錄，一六六九年（康熙八年），盛京正黃旗下的一名莊頭，即購買男女人丁十八名之多（《盛京內(nèi)務(wù)府檔·京來檔》康熙八年七月十二日）。一七一二年，明確規(guī)定準許關(guān)外各處旗人來京買人，由駐地將軍發(fā)給部印文?？梢娙腙P(guān)購買漢人已很普遍。（三）籍沒。官員犯罪，家屬籍沒為奴，被流徙到東北邊地。（四）投充。明末以來陸續(xù)去東北墾荒的漢人，被迫投身旗下，編入莊田。以上這些來源不同的漢人，身份是壯丁或奴仆。流放的罪犯自帶鐵索，打死勿問。
民戶與民地 旗地以外的民地，系由漢族農(nóng)民開墾。他們被稱為民戶，是自耕的農(nóng)民。
明清之際，民戶大量逃移。一六五三年（順治十年）頒布“遼東招民開墾條例”，鼓勵山海關(guān)內(nèi)各地漢族農(nóng)民去東北地區(qū)開墾。設(shè)遼陽府，轄遼陽、海城兩縣，以統(tǒng)治漢族農(nóng)民。一六五七年，遼陽府改為奉天府。據(jù)一六六一年（順治十八年）的統(tǒng)計，奉天府尹管轄下的民戶共計五千五百五十七丁，耕地六十萬九百三十三畝。應(yīng)招出關(guān)開墾的農(nóng)民，尚不及關(guān)內(nèi)一縣之?dāng)?shù)。康熙初年，戰(zhàn)事暫停，去東北開墾的漢族農(nóng)民大量增加。一六六六年，增設(shè)為兩府九縣（州）。奉天府轄遼陽州與承德（沈陽）、鐵嶺、蓋平、開原、海城等縣。新設(shè)錦州府，轄寧遠州與廣寧縣、錦縣。一六六八年，康熙帝又停止實行“遼東招民開墾條例”，漢人出關(guān)須辦理起票記檔等手續(xù)，以為限制。但直隸、山東、河南等地的農(nóng)民，仍然大批流入關(guān)外。一六八五年時，兩府各州縣所轄民戶，共計兩萬六千二百二十七丁，耕種田地增至三百十一萬一千七百五十九畝，較一六六一年增長了五倍多。
民地的漢族民戶，直接向官府交稅，與旗地的壯丁、奴仆地位不同。民地與旗地存在著不同的經(jīng)濟關(guān)系，也實行不同的政治制度。旗地仍實行滿洲的八旗制度，民地則實行府縣制的統(tǒng)治。
邊地諸族 松花江、黑龍江下游、烏蘇里江兩岸以及庫頁島上的赫哲、費雅喀、鄂倫春、奇勒爾、庫雅喇、恰克拉、庫耶等族未編旗的居民，在原來的氏族組織的基礎(chǔ)上，由姓長、鄉(xiāng)長統(tǒng)領(lǐng)，歸寧古塔副都統(tǒng)統(tǒng)轄。清廷規(guī)定，每戶每年要進貢貂皮一張。一六七六年，編定黑龍江下游及烏蘇里江兩岸貢貂者共一千二百零九戶。以后，又陸續(xù)增加了七百零一戶。一六九○年，庫頁島上的庫耶人首領(lǐng)，曾與奇勒爾、費雅喀、鄂倫春等族一道到北京貢納貂皮（《圣祖實錄》卷一四九）。清廷以“宗女”嫁給邊地諸族首領(lǐng)以為羈靡。嫁去的“宗女”，不少是民女。各族人民稱之為“皇姑”，滿語稱為“薩爾罕錐”。
邊地諸族人貢貂，清廷例有回賜，稱為“賞烏綾”（財布）。賞賜分為五等，一等賜薩爾罕錐，二等賜姓長，三等賜鄉(xiāng)長，四等賜子弟（姓長、鄉(xiāng)長之子弟，又稱穿袍人），五等賜白人，即各族平民。賞賜物主要是各種服裝穿戴和日用品。據(jù)說，清朝得一張貂皮，須費銀十兩。旨在“羈靡諸部，固我邊陲”。
城市與商業(yè)東北地區(qū)人口的增長與耕地的擴大，促使城市商業(yè)日漸發(fā)展。一六六八年停止招民開墾，但并不限制商人去關(guān)外貿(mào)易。直隸、山西等地漢族的皮毛商、山東回民的販牛商等各地商人大批到東北地區(qū)往來貨販。一六七六年盛京城市稅收銀二千一百三十兩，其中主要是商稅。一六八○年增長到三千兩。錦州府城建立的初年，稅銀只有六百七十余兩，到一七○八年時，增至一千六百余兩，以后又陸續(xù)增加到一千九百余兩。寧古塔城順治時城中尚無漢人?？滴跄┠暌延芯用袢?、四百家，商賈三十六家，主要是經(jīng)營布帛雜貨和飲食業(yè)。隨著商業(yè)的發(fā)展，明代作為邊防軍鎮(zhèn)的城市，逐漸形成為貿(mào)易中心。城市中飲食業(yè)與典當(dāng)業(yè)也隨之興起?？滴跄┠辏⒕┏侵杏芯扑辽锨Ъ?，當(dāng)鋪約有三十家，錦州城內(nèi)有當(dāng)鋪十九家。其他中小城市中，當(dāng)鋪、酒肆和燒鍋（釀酒業(yè)）等也很發(fā)達。邊地漁獵民族用貂皮等到城市交易。赫哲族每年到寧古塔販賣貂皮，換取布匹、糧食、鐵鍋、食鹽等生活用品。寧古塔的商人又把貂皮送到北京販賣。在邊地城鎮(zhèn)中，漢族商人還向滿洲官兵賒賣貨物，從而在當(dāng)?shù)厝〉靡欢ǖ膭萘Α?br/>
東北商業(yè)中，人參的收購是一項特殊的交易。人參是東北地區(qū)特產(chǎn)的名貴藥材，采參獲利甚大。清初即已劃定區(qū)域，將一百一十處參山分配給八旗各牛錄，分別采掘。吉林打牲總管衙門所收人參專供皇室需用。一六八四年時，烏蘇里江之富欽河、訥恩圖河上游山中，發(fā)現(xiàn)新的產(chǎn)參區(qū)。這時，烏喇、寧古塔一帶人參采挖已盡，八旗旗丁得清朝允準不再分山，俱到烏蘇里江附近山中采參。滿洲旗丁視采參為特權(quán)。大批漢人流民也到烏蘇里江附近山中私自采參，不能禁止。山東、山西的流民，每年三、四月去產(chǎn)參地偷采，至九、十月間返回。一六九四年，黑龍江將軍薩布素奏報說：每年去吉林、寧古塔等偷采人參者，不下三、四萬人。一七○九年，實行“參票法”，仿照頒發(fā)鹽引的辦法，每年發(fā)參票兩萬張，作為采參的憑證。一萬張發(fā)給滿洲兵丁，一萬張發(fā)給商人承包，由內(nèi)務(wù)府抽收參課（稅）。商人承包采參，獲得大利。一七一四年，皇商王修德等即承參票八千張。每票交官參稅課二兩五錢，銀十兩。但向“刨夫”（采參人）征收的人參，每票多至二十余兩（每兩價銀二十兩）。漢人私自入山偷采的人參也多由官員或商人購去。爭購人參成為一項獲利巨大的商業(yè)經(jīng)營。
遼沈地區(qū)自順治至康熙，先后九十余年不斷開發(fā)，據(jù)一七二四年統(tǒng)計，已墾地一千二百四十萬畝，有城市十五座。吉林、黑龍江地區(qū)新建城市八座。這些城市既是軍兵駐防之所，又是商業(yè)貿(mào)易中心。滿漢及邊地各族開展著物品的交換，活躍著經(jīng)濟生活，與明代遼東的景象大不相同了。
（二）厄魯特諸部的興起和清朝對蒙古的統(tǒng)治 清朝建國前，皇太極已經(jīng)臣服了漠南蒙古諸部。漠北和林故地至阿爾泰山的喀爾喀蒙古三大汗，曾在一六三八年（崇德三年）遣使向清朝進貢，此后成為定制。漠西蒙古四部，是瓦剌的后裔，清人稱為四衛(wèi)拉特，在西北地區(qū)游牧。杜爾伯特部在額爾齊斯河流域。土爾扈特部在雅爾（塔爾巴哈臺）地區(qū)。和碩特部在今烏魯木齊地區(qū)。準噶爾部在伊犁河流域。衛(wèi)拉特四部又統(tǒng)稱為厄魯特。順治時，清軍集中兵力南下作戰(zhàn)，厄魯特蒙古諸部在西部地區(qū)得到發(fā)展?？滴鯐r，清軍與準噶爾部進行了長期的戰(zhàn)爭，進而統(tǒng)治了蒙古諸部。
一、蒙古和碩特的興起和對藏族的控制 和碩特部在漠西四部中是較為強盛的一部，與準噶爾部為鄰，一六三七年（崇德二年）分道東遷。顧實汗（固始汗）圖魯拜琥率部遷至青海地區(qū)游牧。顧實汗弟巴噶斯率部遷徙到河套地區(qū)。顧實汗在一六三七年即遣使去盛京，向清朝進貢。順治帝即位后，又遣使祝賀。順治帝詔命顧實汗統(tǒng)轄諸厄魯特。
明代蒙古和藏族地區(qū)關(guān)系密切。蒙古俺答汗曾請求明朝派遣藏族喇嘛去蒙古傳布佛教，并在一五七八年（明萬歷六年）請宗喀巴弟子根敦主巴的第三世呼畢勒汗鎖南嘉錯去到青海。俺答汗賜給鎖南嘉錯以大批禮物，并封贈“達賴喇嘛”稱號?！斑_賴”蒙古語意為海洋，是崇高的象征。按照轉(zhuǎn)世的制度，鎖南嘉錯被稱為三世達賴。追稱前世根敦主巴為一世達賴，根敦嘉錯為二世達賴。三世達賴也贈給俺答汗以“轉(zhuǎn)十金法輪咱克喇瓦第·徹辰·汗”的崇高宗教稱號，并通過俺答汗向明廷貢納方物，請求敕封。明神宗賜給僧衣、采緞、食茶等物，授予大覺禪師稱號。三世達賴又自青海去鄂爾多斯蒙古地區(qū)傳教。一五八八年（萬歷十六年），明朝加封三世達賴為大國師。次年，三世達賴病死。轉(zhuǎn)世的四世達賴是生在青城（呼和浩特）的蒙古俺答汗的長孫、法名云丹嘉錯。蒙古與藏族的關(guān)系更加密切了。
這時，藏族的喇嘛教仍存在不同的教派。被稱為紅教的傳統(tǒng)舊派（紅帽派）與宗喀巴創(chuàng)立的黃教格魯派相互敵視。達賴喇嘛是格魯派的領(lǐng)袖，住在拉薩的哲蚌寺。后藏地區(qū)只有日喀則的扎什倫布寺，由宗喀巴的另一弟子克主結(jié)轉(zhuǎn)世的喇嘛主持，此外都還為紅教所控制。四世達賴曾應(yīng)邀到扎什倫布寺巡視。此后，扎什倫布寺的轉(zhuǎn)世喇嘛只保持宗教上的領(lǐng)袖地位，而政治事務(wù)統(tǒng)屬于前藏的達賴。但后藏地區(qū)的執(zhí)政者第悉（攝政）對前藏也有政治權(quán)力?！睹晒旁戳鳌返葧赜妹晒湃说牧?xí)慣稱謂，稱他為“藏巴汗”，即“藏人的汗”。事實上，藏族中從來并沒有過“汗”的稱號。這時的“藏巴汗”是彭錯南杰，他與紅教派相結(jié)合以反對黃教。四世達賴要把他的勢力擴展到后藏，不能不和紅教及藏巴汗發(fā)生沖突。一六一一年（明萬歷三十九年），四世達賴喇嘛回到拉薩哲蚌寺。彭錯南杰也到了拉薩，謀求和解，但遭到黃教僧俗的抵制。四世達賴被迫逃到桑耶躲避糾紛。藏巴汗的勢力卻在發(fā)展，并吞了前藏的大部分地區(qū)。萬歷四十四年（一六一六年）十二月，四世達賴云丹嘉錯病死。
轉(zhuǎn)世的五世達賴羅桑嘉錯，于一六一七年出生在帕木竹巴系的貴旅家庭。這時帕木竹巴在政治上已與后藏分離，宗教上仍奉紅教。但羅桑嘉錯出生的窮結(jié)家族卻同情于黃教格魯派。五世達賴是由這時主持扎布倫寺的羅桑卻吉堅贊喇嘛尋認的。這時后藏的彭錯南杰已死，子噶瑪?shù)ぞ^為藏巴汗，對轉(zhuǎn)世的達賴予以抵制，對他與蒙古的關(guān)系深懷疑慮。一六二一年（清天命六年），蒙古軍入藏，受到噶瑪?shù)ぞ牡挚?。噶瑪?shù)ぞ娙f余人戰(zhàn)敗。羅桑卻吉堅贊等出面向蒙古軍請和，噶瑪?shù)ぞ娒庠馔缆?。一六三一年（天聰五年），藏巴汗噶瑪?shù)ぞ致?lián)合帕木竹巴等舊派貴族反對黃教，五世達賴被迫逃離拉薩。
一六三五年（天聰九年）秋，察哈爾蒙古卻圖部王子阿爾斯蘭領(lǐng)兵來到拉薩。他支持紅教的藏巴汗反對黃教。但出于擄掠的目的，他又去攻打藏巴汗，攻下日喀則和江孜，四出焚掠。阿爾斯蘭因被告發(fā)而被他的父王下令殺死。顧實汗與準噶爾部的巴圖魯渾臺吉聯(lián)合消滅了蒙古卻圖部。顧實汗來到拉薩，五世達賴贈給他“持教法王”的宗教稱號。顧實汗也對達賴屬下的官員給予封號。顧實汗返回和碩特部后，一六三八年（崇德三年）曾遣使邀請五世達賴，但未能成行。藏巴汗對黃教的敵視，促使五世達賴和黃教格魯派僧俗更加依靠蒙古的支持，并請求顧實汗出兵援助。一六四○年，顧實汗為了解除黃教在東部的威脅，出兵攻打康（喀木）區(qū)信奉本教的必里王。次年，征服康區(qū)六“崗”，必里王被殺。蒙古兵駐西藏中部，擊敗藏巴汗噶瑪?shù)ぞ能姳?。?zhàn)爭繼續(xù)了七個月之后，一六四一年底，擒殺藏巴汗。次年，攻下了后藏首府日喀則。
在戰(zhàn)爭進行中，達賴喇嘛、藏巴汗和紅教喇嘛噶瑪巴曾分別上書清帝皇太極。攜帶信件的使者在一六四二年（崇德七年）十月到達盛京，住留八月，返回西藏。這時，藏巴汗已被處死。顧實汗授五世達賴羅桑嘉錯以十三萬戶，扶立他為全藏的領(lǐng)袖，同時任命一名第巴（藏語，地方執(zhí)政者）參予執(zhí)政。一六四五年（順治二年），又加給住持札什倫布寺的羅桑卻吉堅贊以班禪的稱號（四世班禪），分治后藏。班禪是“班第達·禪布”的省稱，意為大圣者。
順治帝即位后，即遣使往迎五世達賴。一六四六年（順治三年），達賴遣使祝賀順治帝即位。一六五二年十一月，五世達賴到達北京，朝見順治帝。次年二月離京返藏，順治帝賜給金印，加封號為“西天大善自在佛所領(lǐng)天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。達賴喇嘛得到清朝的封贈，統(tǒng)治全藏和各地喇嘛教。他在政治上受到蒙古和碩特部顧實汗的控制，但又可通過教權(quán)控馭蒙古諸部。一六五三年，順治帝詔封顧實汗為“遵文行義敏慧顧實汗”，賜金冊、印。次年，顧實汗返回拉薩，在哲蚌寺病死。
顧實汗之子達延汗等在一六五九年從青海到拉薩，不久即離去。顧實汗任命的第巴已死。五世達賴獨專藏政，后藏貴族又發(fā)動叛亂。同年十二月，達延汗返回西藏，鎮(zhèn)壓了叛亂。并在次年七月，任命青海的濟善駐藏參予執(zhí)政。一六六八年（康熙七年），達延汗死，子達賴汗繼位。一六七一年三月，在拉薩舉行了即位慶典。一六七九年五世達賴自行委任桑結(jié)嘉錯為第巴執(zhí)政。一六八二年九月，五世達賴病死。第巴桑結(jié)嘉錯掌管藏政，長期隱瞞五世達賴的死訊，仍以達賴的名義進行活動。這時，北方的蒙古準噶爾部在噶爾丹汗統(tǒng)治下，正在向外擴張。
二、準噶爾部興起與喀爾喀蒙古降清 清朝建國前后，蒙古諸部的形勢是：一六三五年林丹汗敗死，內(nèi)蒙古諸部均歸于清朝統(tǒng)治。外蒙古喀爾喀諸部向清朝進九白之貢，與厄魯特諸部同被稱為“朝貢之國”。和碩特部在青海地區(qū)興起，南下控制了西藏。準噶爾部隨后又在伊犁地區(qū)興起，據(jù)有天山南北，并北上向外蒙古諸部擴張。土爾扈特部向西發(fā)展，與俄國貿(mào)易，并在一六三九年進入里海東岸，統(tǒng)治了當(dāng)?shù)氐耐翈炻?。杜爾伯特部依附于準噶爾部，也有部分部民隨土爾扈特部西遷。
喀爾喀蒙古與厄魯特蒙古諸部，面臨著俄國侵略勢力的威脅。蒙古各部之間也存在種種矛盾。一六三四年，準噶爾部的首領(lǐng)哈喇忽喇去世。第二子呼圖霍慶接受達賴喇嘛加給的稱號巴圖爾渾臺吉，成為準噶爾的執(zhí)政者。準噶爾部與和碩特部曾發(fā)生沖突，但當(dāng)和碩特部遷移青海后，兩部即告和解。一六四○年九月，厄魯特和喀爾喀部領(lǐng)主曾在塔爾巴哈臺（今塔城）會盟，制定《衛(wèi)拉特法典》，以協(xié)調(diào)各部之間的關(guān)系。次年，巴圖爾渾臺吉派兵參加顧實汗去西藏的軍隊。和碩特部的鄂齊爾圖（顧實汗兄拜巴噶斯汗之子）娶巴圖爾渾臺吉之女為妻，兩部結(jié)成姻親。達賴喇嘛加給鄂齊爾圖以車臣汗的稱號。巴圖爾渾臺吉娶土爾扈特部女為妻，從而和土爾扈特部也建立起良好的關(guān)系。當(dāng)俄國的使臣邀約準噶爾部共同攻打土爾扈特部時，遭到巴圖爾渾臺吉的嚴詞拒絕。巴圖爾渾臺吉一再抵制了俄國的侵略企圖，并在一六四七年與俄國中斷了聯(lián)系。
大約在順治十年（一六五三年）左右，巴圖爾渾臺吉死。有子十二人，各有自己的臣民，相互間展開了爭奪政權(quán)和領(lǐng)地的斗爭。第五子僧格在和碩特部鄂齊爾圖的支持下，在順治末年，才正式成為準噶爾部的執(zhí)政者（那顏）。一六六六年（康熙五年），僧格曾遣使向清朝進貢。此后，康熙六年、八年，連續(xù)遣使納貢，并接受清朝的賞賜（《圣祖實錄》卷二十四、三十一）。在此期間，俄國不斷遣使臣前來招誘，被僧格拒絕。一六六七年，僧格曾率領(lǐng)四千余人組成的軍兵，抗擊了入侵的俄國侵略軍。但是，準噶爾貴族內(nèi)部的爭斗并未停息。一六七○年，僧格被異母兄策臣（巴圖爾渾臺吉長子）及卓特巴巴圖爾（巴圖爾渾臺吉次子）殺害。巴圖爾渾臺吉第六子僧格的胞弟噶爾丹，自幼即去西藏，隨達賴喇嘛修習(xí)佛法，曾被授予呼圖克圖（活佛）的尊號。僧格被殺時，他二十六歲，在達賴喇嘛和第巴桑結(jié)嘉錯等支持下返回準噶爾部，擊殺策臣，卓特巴逃往青海。噶爾丹扶立僧格的次子索諾木阿拉布坦執(zhí)政。索諾木還是不滿五歲的幼兒。政權(quán)全歸噶爾丹掌握。噶爾丹娶和碩特部鄂齊爾圖女為妻，以取得和碩特部的支持。
噶爾丹在鞏固了他的統(tǒng)治后，兼并了他的叔父楚琥兒烏巴什的領(lǐng)地，并在一六七七年殺害了和碩特部的鄂齊爾圖車臣汗。噶爾丹遣使到北京，向清朝奉表入貢，呈獻繳獲的弓矢等物，以求得到清朝對他襲殺車臣汗的認可，被康熙帝拒絕。次年，噶爾丹進占天山南路地區(qū)，統(tǒng)治了當(dāng)?shù)氐木S吾爾族（回部），并侵擾青海。這時，噶爾丹已在天山南北地區(qū)，擁有二十萬戶，六十萬人眾，形成一大勢力。噶爾丹自立為汗，并隨即得到五世達賴的認可。一六七九年，第巴桑結(jié)嘉錯以五世達賴名義，加號噶爾丹為“博碩克圖汗”。噶爾丹由此更得以向信奉喇嘛教的蒙古諸部擴展其勢力。一六八二年，五世達賴死后，第巴桑結(jié)秘不發(fā)喪。噶爾丹繼續(xù)得到第巴桑結(jié)的支持。
噶爾丹自立為汗，占據(jù)天山南北后，進而向蒙古喀爾喀諸部擴展其勢力?？柨γ晒胖T部早已向清朝稱臣納貢。但不象漠南蒙古四十九旗那樣編入旗制，由清朝直接統(tǒng)治?？柨θ蠛垢饔凶约旱念I(lǐng)地，相互爭奪。一六六二年，扎薩克貴族羅布藏謀殺扎薩克圖汗旺舒克，爭奪汗位。旺舒克兄綽墨爾根自立為汗，部眾多逃依左翼士謝圖汗察琿多爾濟?？滴醯巯略t廢綽墨爾根，另立旺舒克弟成袞為汗?？滴醵辏ㄒ涣怂哪辏┱?，扎薩克圖汗成袞兩次上疏康熙帝報聞?？滴醯矍彩闺分I達賴喇嘛：“喀爾喀扎薩克圖汗屢次疏言右翼子弟人民離散，奔入左翼，索之未還”?！半夼c爾俱當(dāng)遣使往諭，將扎薩克圖汗離散人民給還，俾兩翼永歸于好。”（《圣祖實錄》卷一一四）西藏第巴以達賴名義派出的使者，在這年冬季行抵青城時病死。次年，再遣噶爾亶西勒圖前往?？滴醯叟汕怖矸荷袝⒗崛タ柨φ{(diào)解。成袞病死，子沙喇承襲扎薩克圖汗位。一六八六年八月，阿喇尼與噶爾亶西勒圖召集喀爾喀兩翼扎薩克圖汗與土謝圖汗在呼倫貝爾地區(qū)會盟，宣讀康熙帝諭旨，令其和好。兩汗遵旨盟誓，“兩翼互相侵占之臺吉人民，令各歸本主”（《圣祖實錄》卷一二七）。康熙二十六年（一六八七年）正月，土謝圖汗與車臣汗等上疏康熙帝說，“圣主弘恩無計酬報”，“請上尊號”。康熙帝不允，說：“自茲以后，無相侵擾”，“更勝于上朕尊號”。車臣汗死，康熙帝敕諭土謝圖汗和達賴喇嘛，立車臣汗長子為汗?？滴醯蹖柨γ晒帕π邪草嫞〉靡欢ǖ某尚?。
喀爾喀蒙古兩翼的矛盾，使噶爾丹得以利用。喇嘛教傳入喀爾喀蒙古諸部后，宗喀巴第三弟子轉(zhuǎn)世的活佛哲布尊丹巴駐在外蒙古，統(tǒng)領(lǐng)教務(wù)，仍尊達賴為喇嘛教最高領(lǐng)袖。在兩翼中，哲布尊丹巴支持土謝圖汗。噶爾丹指責(zé)哲布尊丹巴不尊禮達賴喇嘛派往蒙古的使者西勒圖，借以攻擊土謝圖汗。一六八七年八月，土謝圖汗向康熙帝奏報，噶爾丹將興兵來攻?？滴醯垭分I土謝圖汗和噶爾丹“息爭修好”，勸阻興兵，并告達賴喇嘛調(diào)解（《圣祖實錄》卷一三一）。噶爾丹不聽，領(lǐng)兵三萬余，招誘扎薩克圖汗等攜眾叛去。土謝圖汗領(lǐng)兵追擊，扎薩克圖汗沙喇被俘，死。噶爾丹又遣弟多爾濟扎卜領(lǐng)兵至喀爾喀擄掠人畜，被土謝圖汗子噶爾旦臺吉追及，殺死。一六八八年秋，噶爾丹親自領(lǐng)兵自杭愛山后攻掠喀爾喀左右翼，土謝圖汗子噶爾旦臺吉戰(zhàn)敗。哲布尊丹巴遣使向清朝告急。哲布尊丹巴等自克魯倫河敗逃至蘇尼特地帶，接近清朝邊防。七月，康熙帝派遣侍讀海三代等去哲布尊丹巴處偵探，途遇噶爾丹使者，帶回噶爾丹的奏疏，請求清朝對敗逃的哲布尊丹巴和土謝圖汗“或拒而不納，或擒以付之”（《圣祖實錄》卷一三六）?？滴醯矍彩绦l(wèi)阿南達往諭噶爾丹罷兵議和。又命安親王岳樂領(lǐng)兵去蘇尼特汛界駐防。噶爾丹分兵三路，東進的一路至呼倫貝爾地帶?？滴醯勖茽柷咧T王及盛京都統(tǒng)出兵備御?？滴醯塾H自出巡塞外，察看內(nèi)蒙古地區(qū)形勢。
八月間，阿南達回報，七月二十七日行至克魯倫河以北喀喇烏蘇地帶，探知噶爾丹曾告知達賴喇嘛使臣說：“若與土謝圖汗和，則吾弟多爾濟扎卜之命，其誰償之！”“我盡力征討五、六年，必滅喀爾喀，必擒澤卜尊丹巴（即哲布尊丹巴）。”（《圣祖實錄》卷一三六）八月初，土謝圖汗與噶爾丹在鄂爾渾諾爾之地相遇，激戰(zhàn)三日。土謝圖汗戰(zhàn)敗，逃依哲布尊丹巴?？滴醯垴v烏里雅蘇臺地帶，詔諭領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣佟國維、內(nèi)大臣明珠、理藩院尚書阿喇尼等調(diào)遣八旗兵丁駐扎張家口外，漠南蒙古各旗兵駐邊防守，歸化城兩旗兵丁駐扎城內(nèi)。九月初，再遣京師八旗及大同、宣府等地軍兵前往邊境。
九月間，土謝圖汗與弟西地西里巴圖爾率領(lǐng)左右兩翼臺吉和部眾至汛地卡倫乞降。哲布尊丹巴也率部眾乞降。沿邊一帶蒙古諸臺吉均隨從內(nèi)附。康熙帝命議政王大臣集議。議奏：“厄魯特、喀爾喀向來歸化，職貢有年。今交惡相攻，喀爾喀國破。土謝圖汗?jié)刹纷鸬ぐ秃量藞D等誠心請降，應(yīng)受而養(yǎng)之，俾其得所?！保ā妒プ鎸嶄洝肪硪蝗撸┛滴醯勖⒗崦嬉娬懿甲鸬ぐ秃屯林x圖汗，宣布諭旨。土謝圖汗等將從降臺吉名字及部落人口數(shù)目開送。計戶二千，人口二萬。續(xù)到者另行開送。清朝對來降者給以賑濟，后來者又有二萬人。
噶爾丹見清朝大兵出動，土謝圖汗等降清，隨即遣使向清廷進貢，并請照常貿(mào)易?？滴醯勖罉返瘸坊剀姳?。十月，阿南達等往見噶爾丹。噶爾丹自稱“我并無自外于中華皇帝、達賴喇嘛禮法之意”，但又指責(zé)土謝圖汗與哲布尊丹巴，擒殺扎薩克圖汗及弟多爾濟扎卜，不可容?？滴醯墼t諭土謝圖汗及哲布尊丹巴與噶爾丹會盟，“自致其過”，“永議和好”。土謝圖汗、哲布尊丹巴不聽，上疏自陳?？滴醵四辏ㄒ涣司拍辏┱拢滴醯塾智彩剐I噶爾丹及達賴喇嘛，譴責(zé)土謝圖汗“違旨興兵”，要噶爾丹永息兵戎。三月，又命阿喇尼持敕書往見噶爾丹，勸其休戰(zhàn)。十月，阿喇尼回奏，已于八月間面見噶爾丹密談。噶爾丹稱，“我身安樂之策，孰者為善，伏祈圣上指示，愿得遵行。但澤卜尊丹巴、土謝圖汗等首亂，無故起兵，……前此再三陳奏，為此兩人耳”（《圣祖實錄》卷一四二）。噶爾丹西行游牧，阿喇尼返回陳奏，康熙帝不再遣使。降清的土謝圖汗、哲布尊丹巴以下諸臺吉部眾，俱照漠南四十九旗制編為旗隊。任授扎薩克（執(zhí)政官），“指示法禁，如四十九旗例施行”（《圣祖實錄》卷一四二）。車臣汗伊爾登于一六八八年病死?？滴醯勖渥訁悄找u爵。車臣汗所屬諸臺吉也增授扎薩克汗，收集離散之眾，編為旗隊。
三、烏蘭布通之戰(zhàn)與噶爾丹汗的敗死 烏蘭布通之戰(zhàn)喀爾喀部落降附于清朝，是對噶爾丹的一大打擊。但噶爾丹汗并不甘于失敗，西行到科布多，建立營帳，企圖依靠俄國沙皇的支持，再次向土謝圖汗進攻。準噶爾部與俄國毗鄰，早已有貿(mào)易往來，相互通使。一六八八年初，當(dāng)噶爾丹侵入喀爾喀時，俄國派出與清朝談判的代表戈洛文曾經(jīng)派兵向喀爾喀蒙古發(fā)動進攻，遭到蒙古部眾的抗擊，被迫撤退。一六八九年俄國與清朝簽訂《尼布楚條約》后，已不再有能力發(fā)動侵略戰(zhàn)爭。但噶爾丹仍對俄國存在幻想。遣使向俄求援。一六九○年春，又派遣達爾罕宰桑到伊爾庫茨克會見戈洛文，要求他出兵支援準噶爾進攻土謝圖汗。戈洛文含糊其詞地答應(yīng)俄軍將配合行動，并派遣基比列夫隨同去噶爾丹處商談。戈洛文的許諾其實是一個騙局，旨在推動蒙古各部自相殘殺，借以從中漁利，攫取情報。
噶爾丹汗聽信戈洛文的許諾，六月間進軍烏爾渾河，以追擊土謝圖汗為名，越過清朝呼倫貝爾邊防地界。康熙帝命科爾沁、巴林、翁牛特及烏珠穆沁等旗蒙古兵赴阿喇尼處防備。噶爾丹向烏珠穆沁使者聲稱：“我攻我仇喀爾喀耳，不敢犯中華界”。噶爾丹軍入烏珠穆沁剽掠。阿喇尼統(tǒng)率的蒙古軍在烏爾渾河地方夜襲噶爾丹營，準噶爾軍自山上繞出，阿喇尼軍大敗?；壤蜃^戰(zhàn)事，回俄國報告。康熙帝交部議阿喇尼等“違命速戰(zhàn)，以致失利”，革去議政，降四級調(diào)用。遣使諭噶爾丹，“尚書阿喇尼等不請旨而擊汝，非本朝意也”。噶爾丹深入烏珠穆沁地。七月，康熙帝親征。命裕親王福全為撫遠大將軍，皇子胤禔為副，出古北口。恭親王常寧為安北大將軍，出喜峰口。八月初一日，清軍在烏蘭布通地方與噶爾丹軍交戰(zhàn)。噶爾丹將一萬頭駱駝捆扎臥地，背上搭箱垛，蓋濕氈，列陣于山下依林阻軍隔河列陣，火器在前，遙攻中堅，突破“駝城”，騎兵、步兵沖鋒陷陣，大敗噶爾丹軍。噶爾丹經(jīng)過四天的激戰(zhàn)，損失了大量的人員和輜重，戰(zhàn)敗逃走。遣使持書至軍前，聲稱：“今倘蒙皇上惠好，自此不敢犯喀爾喀”。康熙帝遣侍郎額爾賀圖隨同伊拉古克三喇嘛持敕書往諭，不得再侵掠喀爾喀人畜，清軍不行追殺。十月，噶爾丹又具疏謝罪，聲稱“惟當(dāng)領(lǐng)遵諭旨，奉行不違而已”。
當(dāng)噶爾丹東侵時，其侄策旺阿拉布坦占據(jù)伊犁河流域，擄掠準噶爾部人畜西去。噶爾丹兵敗后，逃至科布多一帶。饑困乏食。十二月，上疏“請恩賜白金，以育眾庶”?？滴醯厶刭n白金千兩。
烏蘭布通之戰(zhàn)是一個轉(zhuǎn)折。在此以前，噶爾丹雖然力圖擴張，但對清朝亟表“恭順”，以求得到清朝的支持。烏蘭布通之戰(zhàn)，噶爾丹誤信俄國的愚弄，闖入清界，被清軍戰(zhàn)敗。此后，清朝雖然仍圖安輯，但視噶爾丹為狡黠不可信，在邊地加強戰(zhàn)備。噶爾丹拒不降清，敗滅不可免了。
多倫盟會 烏蘭布通之戰(zhàn)前后，土謝圖汗等屬下部眾，先后有十?dāng)?shù)萬人降清。噶爾丹敗北后，一六九一年四月，康熙帝親自北上巡察，長子胤禔、三予胤祉隨行。五月初，在多倫諾爾召集漠南四十九旗與喀爾喀七旗蒙古諸首領(lǐng)集會，以調(diào)協(xié)蒙古諸部之間的關(guān)系，確立清朝的統(tǒng)治制度。會前諭令土謝圖汗、哲布尊丹巴等具疏請罪，在會上赦免。扎薩克圖汗沙喇已死，令其子策妄扎卜承襲汗位。車臣汗也應(yīng)召與會。會上定議，清朝對喀爾喀蒙古照漠南四十九旗例建立制度?？柨ζ咂旆志帪槿钠?。三大汗仍保留汗的稱號。屬下各旗不再沿用蒙古的濟農(nóng)、諾顏諸名號，統(tǒng)依清制由清朝封授親王、郡王、貝勒、貝子等爵位，旗下設(shè)參領(lǐng)、佐領(lǐng)等職。三十四旗均遵行清朝的法令。五月初四日，康熙帝在多倫檢閱軍兵，頒賞喀爾喀三十四旗。初六日啟程返京。四十九旗王、貝勒等貴族在路左，喀爾喀諸王、貝勒等在路右跪送。喀爾喀蒙古從此完全處于清朝的統(tǒng)治之下。
康熙帝應(yīng)蒙古貴族之請，在多倫敕建匯宗寺，成為喇嘛教的宗教中心和政治集會的場所。此后，康熙帝經(jīng)常到此巡察，喀爾喀諸部也來此“述職”。
多倫盟會之后，噶爾丹在蒙古人中更為孤立了。
昭莫多之戰(zhàn) 多倫盟會后，六月間康熙帝遣使告諭達賴喇嘛，喀爾喀已內(nèi)屬編旗，扎薩克圖汗屬下人等在達賴喇嘛處者應(yīng)歸還原主。并在諭中指責(zé)達賴的使臣濟隆在噶爾丹營中，對噶爾丹的攻掠不加勸阻。告諭達賴喇嘛，噶爾丹再稍犯喀爾喀降人，“朕必發(fā)大兵，分路前進，務(wù)期剿滅之”（《圣祖實錄》卷一五二）。一六九三年，噶爾丹上疏自陳，又請驅(qū)逐哲布尊丹巴、土謝圖汗兩人。五月，康熙帝下諭斥責(zé)，并勸其來降。噶爾丹拒不降清，圖謀再舉。八月，康熙帝又北上巡視，至烏里雅蘇臺。從哈密俘虜中得知噶爾丹部眾牛羊已盡，在烏郎塢耕種。一六九四年六月，噶爾丹與策旺阿拉布坦攻戰(zhàn)，康熙帝敕令加強寧夏邊防。
噶爾丹經(jīng)過幾年的恢復(fù)，又在策劃侵掠喀爾喀。清朝探得消息。一六九四年六月，諭領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣等：“若果噶爾丹來近土喇，擾害喀爾喀，我軍有可乘之機，將軍等相度而行。倘我?guī)熚粗林龋艘堰^而前進，則從后襲之?！保ā妒プ鎸嶄洝肪硪涣模┛滴醯勖M揚古統(tǒng)率軍兵，作好戰(zhàn)爭準備，并令邊地諸將密切注視噶爾丹的動向。
康熙三十四年（一六九五年）正月，噶爾丹遣使至北京朝貢，仍上疏清除土謝圖汗和哲布尊丹巴?？滴醯矍不刎暿?，不令進邊，下詔斥責(zé)。七月，費揚古奏報：“噶爾丹進兵至塔米兒地方。”康熙帝調(diào)集各地軍兵，待噶爾丹前來，一舉消滅。九月，清軍得報，噶爾丹兵劫掠喀爾喀之后，退往土喇河西去。十月，康熙帝諭令西安、寧夏滿漢兵從西路進軍。十一月，費揚古報，噶爾丹駐軍于土喇河西巴顏烏蘭之地，宜分軍進剿?？滴醯勖筌娺M剿噶爾丹。部署大兵分為三路，東路由薩布素將軍率領(lǐng)盛京、寧古塔和黑龍江兵，沿克魯倫河進兵。西路兵統(tǒng)歸費揚古指揮，自歸化城進兵。中路由京城及宣化府綠旗兵組成，暫不發(fā)兵。一六九六年二月，康熙帝自科爾沁親王處得到密報，噶爾丹仍在巴顏烏蘭，以為機不可失。親自率中路兵出征，經(jīng)科圖進軍巴顏烏蘭。命西路歸化城和陜西、寧夏兵同時進發(fā)，于四月下旬在土喇河與中路軍會集。
康熙帝進軍途中，得費揚古報西路軍遲延到邊?？滴醯劭指翣柕ぬ痈Z，不待西路軍至，親率中路軍進兵。五月，抵克魯倫河畔，噶爾丹已領(lǐng)兵逃匿。康熙帝追擊三日，不及。命輕騎搜索巴顏烏蘭附近地帶。五月十二日，自拖諾山回師。
費揚古等統(tǒng)領(lǐng)的西路兵與孫思克等陜西、寧夏綠旗兵，于五月十三日到達土喇河畔昭莫多附近。清軍沿途疲弊，在昭莫多扎營。以逸待勞，誘敵來戰(zhàn)。噶爾丹軍被誘出戰(zhàn)，清軍誘敵深入，在昭莫多展開激戰(zhàn)。噶爾丹軍大敗，死兩千余人，降清和被俘者三千余人。噶爾丹妻也在作戰(zhàn)中戰(zhàn)死。噶爾丹率數(shù)十騎敗逃，一蹶不振了。
噶爾丹敗后，部眾或散或降?？滴醯蹖嵭姓袚?，以孤立噶爾丹。十月間，康熙帝親至歸化城，傳諭噶爾丹部眾來降。留大臣一人，在歸化城受降安置。噶爾丹西逃至哈密一帶?？滴跞辏ㄒ涣牌吣辏┱?，哈密額貝杜拉伯克在巴爾庫爾地方擒獲噶爾丹之子，解送清副都統(tǒng)阿南達軍前。二月，康熙帝啟程去寧夏，再度親征。諭議政大臣：“噶爾丹窮迫已極，宜乘此際速行剿滅，斷不可緩。朕今親臨寧夏，相度機宜。……克成大事，正在此舉?！保ā妒プ鎸嶄洝肪硪话恕穑┣嗪Ｃ晒胖T部遣使來降。三月初，康熙帝抵寧夏，察知噶爾丹在薩克薩特呼里克，遂遣使招降，并將進兵之事告諭策旺阿拉布坦。大將軍費揚古奉詔發(fā)兵。噶爾丹逃至阿察阿穆塔臺地方，于閏三月十三日病死（一說自盡）。屬下三百戶，送噶爾丹尸體降清。
四、對蒙古諸部的統(tǒng)治 康熙帝擊敗噶爾丹后，只有策旺阿拉布坦統(tǒng)領(lǐng)的準噶爾部眾繼續(xù)在伊犁河流域活動。其余蒙古各部大都歸于清朝直接統(tǒng)治之下。清朝在漠南、漠北和漠西相繼建立起對蒙古諸部的統(tǒng)治制度。
漠南蒙古 漠南蒙古早在清太宗皇太極時，即已降附。清朝隨即分旗，分佐領(lǐng)，封扎薩克。漠南二十四部編為四十九旗，改變了蒙古貴族與各旗間原有的隸屬關(guān)系。各旗設(shè)扎薩克一人執(zhí)政，統(tǒng)由清朝皇帝封授蒙古王公貴族充任。世襲者也須經(jīng)清帝敕準。各旗扎薩克管理旗地、編查戶口、整飭軍備、審理案件，并定期向清朝進貢，覲見皇帝。扎薩克有過，清朝可以撤免。各旗之下分設(shè)佐領(lǐng)，每佐領(lǐng)有壯丁一百五十名。統(tǒng)治制度基本上是推行滿洲八旗制度（與金國時期降附的八旗蒙古不同）。
鄰近的幾個旗（原屬一部或數(shù)部）每隔三年由扎薩克會盟一次，推一人為盟長，由清帝任命。盟長主持盟會，商議軍政事務(wù)，平時指揮各旗扎薩克。各盟由理藩院管轄，并受所在地區(qū)的將軍、都統(tǒng)節(jié)制。四十九旗組成六盟：哲里木盟、卓索圖盟、昭烏達盟、錫林郭勒盟、烏蘭察布盟、伊克昭盟。他們分別由盛京將軍、黑龍江將軍、吉林將軍、熱河都統(tǒng)、察哈爾都統(tǒng)和綏遠城將軍節(jié)制。六盟四十九旗統(tǒng)稱為內(nèi)扎薩克蒙古。察哈爾八旗和歸化城土默特兩旗，分別由察哈爾都統(tǒng)和綏遠將軍直接統(tǒng)轄。不參加四十九旗盟會的察哈爾八旗原為林丹汗的部屬，一六三五年（天聰九年）林丹汗子額哲降清，受封為親王，部眾編旗，在義州地區(qū)住牧。一六七五年（康熙十四年）二月，布爾尼（額哲侄，襲王爵）起兵反清。清朝任命信郡王鄂扎為撫遠大將軍前往鎮(zhèn)壓，察哈爾八旗部眾被遷移到宣化、大同邊外，由察哈爾都統(tǒng)統(tǒng)轄，不設(shè)扎薩克，官員也不得世襲。歸化城土默特兩旗，原為俺答汗后裔的部屬。附清后，又反。一六三六年被清朝分編為旗，后歸綏遠城將軍統(tǒng)轄。察哈爾八旗和歸化城土默特兩旗也稱為內(nèi)屬蒙古，清朝對它的統(tǒng)治比內(nèi)扎薩克蒙古更為嚴密。
漠北蒙古 漠北喀爾喀蒙古在多倫會盟后，已確定統(tǒng)治制度。依漠南之制，將原屬土謝圖汗、扎薩克圖汗和車臣汗的蒙古部眾分編為三十四旗，分別統(tǒng)屬于三汗，不另設(shè)盟。噶爾丹敗亡后，三汗部眾返回漠北故地?？滴醯奂臃庠趹?zhàn)亂中有功的蒙古臺吉為扎薩克，編為五十五旗。漠北各旗與漠南各旗并立，被稱為外扎薩克蒙古。
漠西諸部 和碩特部鄂爾齊圖汗被噶爾丹襲殺后，部眾潰散。顧實汗之孫和羅理率廬帳萬余，避居大草灘，得清朝允準，在甘州東北阿拉克山游牧。噶爾丹敗亡后，和羅理請求清朝依照扎薩克蒙古體制設(shè)旗，分編佐領(lǐng)，不設(shè)盟。
青海地區(qū)的和碩特部八臺吉在噶爾丹敗后，謁見康熙帝。康熙帝封達什巴圖（顧實汗子）為和碩親王。其余臺吉也分別封授貝勒、貝子和公爵，但未設(shè)立旗制。
原來遭受噶爾丹侵擾的哈密維吾爾人，清朝稱為“回部”。一六九七年，哈密額貝杜拉伯克，俘獻噶爾丹之子降清。清朝封他為扎薩克，編旗統(tǒng)治，如內(nèi)扎薩克蒙古制度。
（三）西藏地區(qū)統(tǒng)治的建立 一六八二年五世達賴死后，第巴桑結(jié)嘉錯匿喪不報，并以達賴的名義支持噶爾丹。康熙帝與噶爾丹作戰(zhàn)中，從俘虜處得知五世達賴已死，桑結(jié)專政。一六九六年八月，敕諭第巴桑結(jié)說：“爾第巴原系達賴喇嘛下司事之人，……今觀爾陽則奉宗喀巴之教，陰則與噶爾丹朋比”，“先是爾以久故之達賴詐稱尚存，遣濟隆胡土克圖至噶爾丹所，烏蘭布通之役為噶爾丹誦經(jīng)，且擇戰(zhàn)日。且噶爾丹敗，又以講和為詞，貽誤我軍，使噶爾丹得以遠遁”。敕令第巴桑結(jié)：（一）奏明達賴喇嘛已故始末，尊奉班禪主持喇嘛教，應(yīng)召來京；（二）執(zhí)濟隆胡土克圖；（三）押解青海博碩克圖濟農(nóng)所娶噶爾丹之女進京。康熙帝的敕諭最后說，“如有一項不遵，即發(fā)大兵問罪”（《圣祖實錄》卷一七五）。次年三月，第巴上疏請罪，奏陳達賴死事，遵旨定議班禪來京。又陳請緩解濟隆和噶爾丹之女。清廷議復(fù)，仍令押解來京，宥第巴罪。
五世達賴去世已有十五年之久。在此期間，第巴桑結(jié)曾私自認定一六八三年出生的仁青倉央嘉錯為達賴轉(zhuǎn)世，立為六世達賴。清廷不予承認，稱之為假達賴。蒙古和碩特部顧實汗之孫達賴汗，在噶爾丹敗后，曾上疏清朝慶賀。不久死去。次子拉藏汗襲位。第巴桑結(jié)圖謀毒害拉藏汗未逞。拉藏汗被逐出西藏。一七○六年，拉藏汗領(lǐng)兵數(shù)百名返回拉薩，殺第巴桑結(jié)，將假達賴事陳奏清廷?？滴醯勖o軍統(tǒng)領(lǐng)席柱、學(xué)士舒蘭為使，往封拉藏汗為“詡法恭順汗”，并命將假達賴押解來京。十二月，青海西寧喇嘛商南多爾濟奏報：假達賴行至西寧口外病死。次年，拉藏汗另立阿旺伊喜嘉錯為轉(zhuǎn)世的達賴喇嘛，青海蒙古諸臺吉不予承認，彼此爭論?？滴醯矍矁?nèi)閣學(xué)士拉都渾赴西藏看驗。拉都渾回奏青海眾臺吉等與拉藏汗不睦，西藏事務(wù)不便令拉藏汗獨理，應(yīng)遣官一員，前往西藏協(xié)同拉藏汗辦理事務(wù)。一七○九年二月，康熙帝遣侍郎赫壽前往辦理西藏事務(wù)，加強了對西藏的統(tǒng)治。次年，赫壽擢任漕運總督，離藏。
準噶爾部的策旺阿拉布坦，在噶爾丹敗后，仍在伊犁河流域活動，拒不降清，勢力達到烏魯木齊和吐魯番地區(qū)，不斷向清朝統(tǒng)治的哈密地區(qū)竄擾。清兵在巴爾庫爾和阿爾泰等處嚴密防守，也不時西進襲擊。一七一五年，吏部尚書富寧安奉命至甘州，總領(lǐng)軍事。次年十月，康熙遣護理西安將軍額倫特領(lǐng)西安兵駐西寧，聽富寧安調(diào)遣，以防策旺阿拉布坦侵擾青海。十二月，巴爾庫爾將軍祁里德上疏，請派巴爾庫爾之兵明年攻取吐魯番。一七一七年三月，富寧安授靖逆將軍，祁里德為協(xié)理將軍駐巴爾庫爾。出兵八千五百名，分為三隊，不斷襲擊吐魯番。當(dāng)準噶爾部在吐魯番迎戰(zhàn)清軍時，策旺阿拉布坦已另派一支軍兵由弟策零敦多布率領(lǐng)，經(jīng)阿里克路侵入了西藏。清廷全力注視吐魯番，八月才從俘虜處得知策零敦多布自去年十一月即向西藏進軍的情報?？滴醯廴鲆馔?，仍以為“今此兵或征取拉藏收取西邊地方，或幫助拉藏侵犯青海，俱未可定”。依然繼續(xù)加強青海的兵備。富寧安統(tǒng)率的三路軍襲擊吐魯番之后撤回。十月間，青海和碩特蒙古臺吉羅布藏丹津奏報：策零敦多布領(lǐng)兵三千來西藏，欲滅拉藏汗，拉藏汗整兵迎敵，已交戰(zhàn)數(shù)次?？滴醯廴圆灰詾橐?，認為“策零敦多布等之兵，疲弊已極，除陣亡病死外，未必滿二千，又安能取得拉藏城地”，只命防備策零敦多布敗后恣掠?？滴醯蹖Τ枷抡f：“今策旺阿拉布坦本屬小丑，不足為慮”?！敖褚蚱湟票讲?，道路甚遠，又無接應(yīng)，自去年十月起行，今年七月方到”，“兵亦不用多，二百余人便可破之矣”（《圣祖實錄》卷二七五）。與康熙帝的估計相反，策零敦多布在八月間統(tǒng)兵六千，與拉藏汗接戰(zhàn)。十月末攻下拉薩布達拉宮，拉藏汗于十一月初一日被殺，子蘇爾扎被俘（《圣祖實錄》卷二七八）。一七一八年二月，清廷才接到拉藏汗去年十月間請求救兵的奏疏?？滴醯鄄幻餍蝿?，輕敵致誤，準噶爾部輕取拉薩，清廷震動了。
拉藏汗原來扶立的阿旺伊喜嘉錯，不被承認?？滴跷迨辏ㄒ黄咭蝗辏┱拢滴醯壑I理藩院“班禪胡土克圖為人安靜，熟諳經(jīng)典，勤修貢職，初終不倦，甚屬可嘉”（《圣祖實錄》卷二百五十三），依照封達賴喇嘛之例，封班禪為班禪額爾德尼（額爾德尼，滿語珍寶，尊稱），給以印冊，以穩(wěn)定西藏局勢。西藏護法喇嘛則認定康熙四十七年（一七○八年）出生在里塘的羅布藏格桑嘉錯為達賴轉(zhuǎn)世，被奉為呼必爾罕，一七一七年，被青海諸臺吉迎至西寧宗喀巴廟。策零敦多布據(jù)拉薩后，囚禁阿旺伊喜嘉錯，并招誘里塘營官喇嘛。清廷急速調(diào)兵里塘，聲言保護呼必爾罕之本鄉(xiāng)。
一七一八年六月，駐西寧的西安將軍額倫特與侍衛(wèi)色楞分道進兵。七月，至齊諾郭勒，與策零敦多布軍交戰(zhàn)。額倫特至喀喇烏蘇力戰(zhàn)，九月，失敗陣亡。清朝失將軍，損失是嚴重的。康熙帝從輕敵疏誤中取得經(jīng)驗，在西寧和四川分別調(diào)集重兵，從容布署，又分路偵察準噶爾部情勢。一七一九年六月，四川都統(tǒng)法喇令副將岳鐘琪帶領(lǐng)綠旗兵占領(lǐng)里塘，處斬抗拒的第巴，進而進兵巴塘。巴塘第巴受撫投降，法喇領(lǐng)兵在巴塘駐扎，作進軍的準備。八月，清廷得知蒙藏僧眾均奉格桑嘉錯為達賴轉(zhuǎn)世，正式封授格桑嘉錯為達賴喇嘛，定于明年派遣大臣率領(lǐng)大兵護送達賴進藏登座。十二月，康熙帝親自定議，兩路大兵進藏。阿爾泰、巴爾庫爾兩路之兵會合，襲擊吐魯番、烏魯木齊，以使策旺阿拉布坦首尾不能相顧。明年二月，大兵隨達賴進藏。康熙帝告諭議政大臣和軍前召至大臣等說：“朕意如此，事關(guān)重大，不可急迫，從容周詳定議為是?！贝蟪嫉茸h奏：進藏之兵增至一萬二千名護送達賴，派大臣一員為將軍統(tǒng)理。六月下旬，分兵襲擊吐魯番和烏魯木齊。康熙五十九年（一七二○年）正月，康熙帝再次下詔說：“策旺阿拉布坦之人霸占藏地，以我兵遠隔，不能往救?！薄敖駶M漢大臣咸謂不必進兵。朕意此時不進兵安藏，賊寇無所忌憚?；蛏炕笾T番部，將作何處置耶？故特諭爾等，安藏大兵，決宜前進?！保ā妒プ鎸嶄洝肪矶似撸┗首迂范A為撫遠大將軍駐在青海木魯烏蘇，督辦軍務(wù)。宗室延信（康熙帝侄）為平逆將軍送達賴進藏，自青海出兵。四川總督年羹堯請任護軍統(tǒng)領(lǐng)噶爾弼為定西將軍，領(lǐng)云南、四川兩處兵馬進藏?？滴醯垭贩膺_賴為“弘光覺眾第六世達賴喇嘛”，派滿漢官兵及青海諸臺吉之兵護送。四十九旗扎薩克和喀爾喀蒙古也令遣使會送。清軍協(xié)同蒙古諸部護送六世達賴進藏，在宗教上和政治上都取得主動地位，在軍事上也作了周密的部署，雖然路途險阻，勝利在望了。
清軍進兵，以青海為主力。策零敦多布自領(lǐng)準噶爾兵迎擊青海延信軍，分兵二千六百人阻擊南路噶爾弼軍。噶爾弼軍八月初自拉里前進，沿途招降各地的喇嘛和第巴，聚集皮船渡河。八月二十三日起兵，攻取拉薩，封閉達賴倉庫，扎營固守，處決策零敦多布授為總管之喇嘛五人。策零敦多布與延信軍遇，三戰(zhàn)皆敗，逃往伊犁。九月初八日，延信自達木啟程，送達賴進藏。九月十五日，十五歲的六世達賴至布達拉宮坐床登座。囚禁的阿旺伊喜嘉錯被解回京師。清軍順利地獲得全勝。
清兵留兵四千駐拉薩。延信在一七二一年四月回京，命噶爾弼駐藏。噶爾弼稱病罷。九月，策旺諾爾布為定西將軍駐藏，以額駙阿寶、都統(tǒng)武格參軍事。清廷廢除第巴執(zhí)政的舊制，參用拉藏汗時設(shè)噶倫（政務(wù)官員）的制度，封賞西藏有功貴族四人以爵位，俱為噶倫執(zhí)政。阿里第巴康濟鼐封貝子，管理衛(wèi)藏和阿里地方政務(wù)。空布第巴阿爾布巴亦封貝子，協(xié)助康濟鼐總領(lǐng)西藏事務(wù)。第巴隆布奈封輔國公，管理前藏政務(wù)。頗羅鼐授扎薩克一等臺吉，管理后藏政務(wù)。四噶倫中，康濟鼐為第一噶倫?？滴醯劢⑵饘ξ鞑氐慕y(tǒng)治，親制平定西藏碑文，在拉薩立石。
東北地區(qū)是滿族興起的故地?？滴醯墼谶@里遇到了新的敵人俄國侵略者。經(jīng)過堅決的斗爭，勝利地把他們擊退?？滴醯垡灾袊拿x與俄國訂立了《尼布楚條約》，確立了東北邊疆。隨后訂立制度，加強了東北地區(qū)的軍事政治統(tǒng)治，并在這一地區(qū)進行經(jīng)濟開發(fā)。黑龍江和松花江流域，陸續(xù)出現(xiàn)了許多新的城市，工商業(yè)呈現(xiàn)前所未有的發(fā)展。
漠南蒙古諸部在清初已經(jīng)降附。漠北喀爾喀蒙古與清朝建立了朝貢關(guān)系。漠西厄魯特蒙古四部占據(jù)天山南北，并且控制了西藏地區(qū)。占據(jù)伊犁河流域的準噶爾部成為厄魯特蒙古中最強大的一部，與清朝為敵?？滴醯劢?jīng)過長期的戰(zhàn)爭，擊敗準噶爾部。漠北喀爾喀蒙古歸于清朝直接統(tǒng)治，建立起盟旗制度。經(jīng)過與準噶爾部的反復(fù)斗爭，清朝驅(qū)逐了準噶爾在西藏的勢力，冊封六世達賴喇嘛（后稱七世）和五世班禪額爾德尼，并在西藏建立起噶倫制度。
康熙帝經(jīng)過近四十年的邊疆戰(zhàn)爭，取得重大勝利，確立了對蒙古、西藏地區(qū)的統(tǒng)治。
（一）東北的經(jīng)營與反擊沙俄的戰(zhàn)爭 一、清初的東北地區(qū) 清初的東北地區(qū)，即山海關(guān)外，北越外興安嶺，東至于海包括庫頁島在內(nèi)的廣大地區(qū)，是滿族興起的故地。山林之中和江河之畔還居住著從事畜牧或漁獵的若干部落，他們同屬于通古斯語系。明代經(jīng)營遼東各地，漢族農(nóng)民陸續(xù)遷往遼沈地區(qū)屯駐開墾。嘉靖時，墾地三百六十八萬畝，有居民三十八萬余人。努爾哈赤和皇太極時，又把大批的漢人擄掠到遼東。一六四四年，多爾袞與順治帝先后率眾入關(guān)。滿洲八旗將士家口和役使的奴仆，約有數(shù)十萬人自盛京遷至北京及其周圍地區(qū)。
清朝的舊都盛京，由正黃旗內(nèi)大臣何洛會任留守盛京總管，在熊岳，錦州，興京等十五城，分兵駐守。駐守盛京的八旗兵，每旗設(shè)協(xié)領(lǐng)一員，滿人章京四員，蒙古、漢軍各一員，佐領(lǐng)共四十八員。其他十四處也設(shè)章京二至四員，共有佐領(lǐng)三十五員。一六四六年（順治三年），盛京內(nèi)大臣改為昂邦章京。
順治初年，清軍在各地作戰(zhàn)，盛京及其他各城留駐的八旗兵，不斷被調(diào)遣到山海關(guān)內(nèi)各地，補充軍力。明清之際，遼沈地區(qū)幾經(jīng)戰(zhàn)亂，關(guān)內(nèi)移住的漢民多相繼逃回。滿人大批入關(guān)后，原來被俘的漢人也大量逃亡。一六五三年，牡丹江上游的重鎮(zhèn)寧古塔，設(shè)昂邦章京（原為駐防章京），以加強對黑龍江和烏蘇里江流域的統(tǒng)治。同時，又頒布“遼東招民墾殖條例”，獎勵漢人農(nóng)民去遼東開墾，但并未能收到成效。一六六一年，奉天府尹張尚賢在奏疏中陳述當(dāng)?shù)氐那樾握f：遼河以東只有奉天、遼陽、海城三處人民湊集。河?xùn)|和河西所謂“腹里”的廣闊地區(qū)，竟是“荒城廢堡，敗瓦頹垣，沃野千里，有土無人”（《圣祖實錄》卷二）。
開原以外興安嶺以南，東至庫頁島地區(qū)，主要是人數(shù)不多的各少數(shù)民族，分散在山林江河之間。黑龍江中上游石勒喀河到精奇里江口一帶，兩岸住有索倫、達斡爾（打呼兒）、鄂倫春等族，清朝統(tǒng)稱他們?yōu)樗鱾惒?。松花江下游烏蘇里江兩岸住有赫哲族。黑龍江下游兩岸和庫頁島上，有費雅喀人、奇勒爾人和庫頁人，濱海有恰克拉人。這些少數(shù)民族多從事狩獵。只有達斡爾人經(jīng)營農(nóng)業(yè)和飼養(yǎng)家畜，在東北諸族中，經(jīng)濟、文化水準最高。清朝入關(guān)以前，索倫部設(shè)置牛錄章京統(tǒng)領(lǐng)。其他各族則依據(jù)原有氏族部落組織，以氏族長為姓長（哈喇達），部落長為鄉(xiāng)長（噶珊達）。索倫、達斡爾族的部分居民，曾被編入滿洲八旗。
二、俄國的入侵與清朝的反擊 蒙古貴族在十三世紀時建立的欽察汗國（又稱金帳汗國），在十五世紀時已陷于分裂。一四八○年，欽察汗國被莫斯科公國的依萬三世領(lǐng)兵擊敗，隨后又被克里木汗國摧毀。一五四七年莫斯科的依萬四世建立俄羅斯國家，自稱沙皇（源于羅馬帝號愷撒）。一五五四年，征服伏爾加河流域諸汗國并侵入克里木島。依萬四世的繼承者沙皇費多爾時，將西伯利亞汗國侵并。封建農(nóng)奴制的俄國，為謀求商業(yè)資本的積累，日益向外掠奪。一六一三年，羅曼諾夫家族的米海依爾被選任沙皇。俄國貴族在對波蘭作戰(zhàn)的同時，繼續(xù)向東方侵掠。一六四三年，俄國駐雅庫次克的督軍派出被稱為哥薩克（流散的各族人）的騎兵一百三十二名，越過外興安嶺，侵入黑龍江流域，并在精奇里江達斡爾人住區(qū)肆行擄掠。達斡爾居民在莫爾迪奇村奮起抵抗。哥薩克兵敗走，沿黑龍江兩岸擄掠，繼續(xù)遭到各族人民的反擊。一六四六年（順治三年）入侵的哥薩克兵只剩下五十人逃回，俄國由此得知清朝在黑龍江流域防務(wù)空虛，繼續(xù)派遣更多的哥薩克兵進行侵略。由哈巴羅夫和斯捷潘諾夫統(tǒng)帶的兩批哥薩克兵，相繼侵入黑龍江流域，在一六五○年冬攻占了黑龍江北達斡爾人的城堡雅克薩，以此為據(jù)點擴大侵略。一六五二年，俄國雅庫次克官員公然向清朝提出侵占黑龍江土地的無理要求。這時，清軍主力集中在江南作戰(zhàn)，連年分兵北上抗擊。在烏扎拉、呼瑪爾、尚堅烏黑和松花江口，不斷擊敗哥薩克侵略軍。一六五八年，俄國侵略軍首領(lǐng)斯捷潘諾夫在松花江上被清軍擊斃。一六六○年，清軍基本肅清了入侵的俄國哥薩克軍。次年，康熙帝即位，四大臣輔政，將盛京昂邦章京改設(shè)為鎮(zhèn)守遼東等處將軍（康熙四年，改為鎮(zhèn)守奉天等處將軍，后稱盛京將軍）。寧古塔昂邦章京改設(shè)鎮(zhèn)守寧古塔等處將軍（后改稱吉林將軍）。又將黑龍江中上游以北的索倫、達斡爾人南遷到嫩江之濱，黑龍江、烏蘇里江和松花江下游的一些居民，遷移到牡丹江和松花江上游，以求安全。俄國侵略軍向貝加爾湖以東出兵，侵占了蒙古茂明安部的牧地尼布楚，并在一六六五年再次侵占了雅克薩城，繼續(xù)竄犯黑龍江流域。
新滿洲的編組康熙帝親政，即面臨著抗擊俄國侵略，收復(fù)雅克薩城的任務(wù)。一六七一年，他東巡盛京祭祖后，在吉林附近召見寧古塔將軍巴海，告諭巴海對邊疆各族要“廣布教化”，對羅剎（俄羅斯）“尤當(dāng)加意防御，操練士馬，整備器械，毋墮狡計?！保ā妒プ鎸嶄洝肪砣撸╇S后，即將邊地各族，進行軍事編組，以加強邊防。
居住在松花江、烏蘇里江和黑龍江流域的部分赫哲族和分布在濱海渾春河一帶的庫雅拉人，按滿洲軍事制度編組軍兵，設(shè)置佐領(lǐng)，號為“新滿洲”（伊徹滿洲）。一六七三年，康熙帝在北京召見新滿洲佐領(lǐng)四十人，優(yōu)加升賞。一六七六年，寧古塔將軍移駐吉林，寧古塔設(shè)副都統(tǒng)。新滿洲軍兵編組后，有四十佐領(lǐng)駐防吉林和寧古塔，三十一佐領(lǐng)移駐盛京、錦州、廣寧、義州四城，另有八佐領(lǐng)調(diào)駐北京。新滿洲各族人原來多從事漁獵。編組后依滿洲制度授田，從事農(nóng)耕，以便就地訓(xùn)練和駐防。
布特哈八旗 黑龍江中上游的索倫、達斡爾、鄂倫春等族，原已按滿洲制度編為索倫部統(tǒng)轄。由于俄國入侵，居民被迫遷至嫩江。一六六五年，又依旗制設(shè)索倫佐領(lǐng)二十九員。一六六七年，從事農(nóng)耕的達斡爾人，另編為十一佐領(lǐng)。一六六九年，定索倫總管為三品官，副總管為四品官。從事狩獵的索倫諸部被稱為“布特哈（打牲）八旗”，每年向清朝貢納貂皮。雅克薩城被俄軍侵占后，原屬該城的達斡爾部，也編入布特哈八旗。一六七一年八月，索倫副都統(tǒng)及屬下參領(lǐng)、佐領(lǐng)、驍騎校等各級軍兵統(tǒng)領(lǐng)共一百四十余人到北京朝見。此后，加強整飭訓(xùn)練。一六七四年時，布特哈八旗兵已有五千五百二十四名，成為一支重要的軍事力量。
一六八一年，三藩反清戰(zhàn)爭基本結(jié)束。次年四月，康熙帝再次東巡，至烏喇（吉林）泛舟松花江，考察形勢。九月，又派副都統(tǒng)郎談、彭春到達斡爾、索倫地方，偵察被俄國侵占的雅克薩城防地形和水陸交通?？滴醵辏ㄒ涣巳辏┱?，郎談、彭春回京后奏稱：發(fā)兵三千，即可收復(fù)雅克薩。康熙帝以為，應(yīng)先在黑龍江“建城永戍”，加強邊防。副都統(tǒng)薩布素率領(lǐng)烏喇寧古塔官兵一千人，到璦琿筑城駐防。后又增調(diào)五百人加強駐軍，達斡爾兵士近五百人到璦琿附近的額蘇里屯田。十月，康熙帝任命薩布素為“鎮(zhèn)守璦琿等處將軍”（即黑龍江將軍），統(tǒng)轄松花江以西、外興安嶺以南的黑龍江中上游地區(qū)。這樣，東北地區(qū)便由黑龍江、寧古塔、奉天三名將軍分兵駐防，完成了軍事部署。為保證軍需供應(yīng)的暢通，又在璦琿與吉林一千三百四十里之間，設(shè)立驛站十九處，由漢族流人充當(dāng)站丁。又派戶部尚書伊桑阿，到烏喇督造戰(zhàn)艦，修治盛京與遼河、松花江、黑龍江的水上運輸，以便向璦琿運送糧草軍械。理藩院與戶部官員，到索倫與蒙古地區(qū)，“督理農(nóng)務(wù)”，征調(diào)糧食、馬匹和牛羊，作支援戰(zhàn)爭的準備。
收復(fù)雅克薩 康熙帝在加緊整飭邊防的同時，一六八三年九月，諭理藩院曉諭俄國，“倘執(zhí)迷不悟，留我邊疆，彼時必致天討，難免誅罰”（《圣祖實錄》卷一一二）。一六八五年春，康熙帝見邊防漸固，決計出兵反擊俄國侵略者，收復(fù)雅克薩城。任命彭春為統(tǒng)帥，調(diào)京營八旗兵約六百人，福建藤牌兵四百二十人，連同璦琿駐防的二千人，對俄作戰(zhàn)。布特哈八旗與蒙古族人民，偵察敵情，安設(shè)驛站，供應(yīng)軍需。五月二十二日，清軍分水陸兩路進攻雅克薩，以戰(zhàn)艦封鎖江面，使用大炮攻城。城中俄軍不敵，首領(lǐng)托爾布津出城乞降，誓不再來雅克薩侵擾?？滴醯勖尫哦碥姺斄儆嗳嘶貒?。清軍焚毀雅克薩城堡，撤回璦琿整休。俄軍退后，盤踞在尼布楚的統(tǒng)領(lǐng)伊萬，又派遣托爾布津領(lǐng)兵返回雅克薩，筑城設(shè)防。一六八六年二月，清兵二千人，在薩布素、郎談的率領(lǐng)下，再次進攻雅克薩。七月，清軍四面挖壕筑壘，圍困敵軍。九月攻城，托爾布津被炮火擊斃。八百多名俄軍敗死，最后只剩下六十六人。這時，俄國派出使臣到北京，要求解雅克薩之圍，進行邊界談判。清軍主動撤離雅克薩，雙方開始談判的準備。
中俄《尼布楚條約》的簽訂一六八五年末，俄國任命御前大臣、將軍費·阿·戈洛文為全權(quán)大臣，組成談判使團。俄國沙皇秘密訓(xùn)令使團：“兩國應(yīng)以黑龍江為界，否則就以左岸支流比斯拉特河（即牛滿河）或結(jié)雅河（即精奇里江）為界，再其次以雅克薩為界。但俄國在黑龍江及其支流有通商的權(quán)利”。妄圖通過談判，侵占清朝邊地。一六八八年五月，康熙帝命領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣索額圖等組成對俄談判使團?？滴醯壑I令索額圖等：“尼布潮（楚）、雅克薩、黑龍江上下，及通此江之一河一溪，皆我所屬之地，不可少棄之于鄂羅斯”，照此“畫定疆界，準其通使貿(mào)易。”（《圣祖實錄》卷一三五）六月，使團行至克魯倫河附近，遭到蒙古準噶爾部的阻擊，退回北京。后經(jīng)兩國重新協(xié)商，于康熙二十八年七月八日（一六八九年八月二十二日），在尼布楚正式開始談判。
在尼布楚談判中，中俄使團展開了激烈的爭辯。戈洛文反誣清朝挑起戰(zhàn)爭，提出“兩國以黑龍江至海為界”的無理要求。索額圖當(dāng)即嚴加駁斥，指出俄國侵略了中國的領(lǐng)土，中國才被迫自衛(wèi)反擊，并嚴正聲明：“鄂嫩、尼布潮（楚）系我國所屬毛明安諸部落舊址，雅克薩系我國虞人阿爾巴西等故居”，后為俄國所竊據(jù)（《圣祖實錄》卷一三五）。俄國應(yīng)歸還侵占中國的領(lǐng)土。索額圖遵照康熙帝的密諭，堅持必須收復(fù)雅克薩，但“如彼使者懇求尼布潮，即可以額爾古納河為界?！鼻宄髨D作出重大的領(lǐng)土讓步，以換取邊疆的穩(wěn)定。戈洛文喜出望外，進而堅持以結(jié)雅河為界，拒絕交回雅克薩，致使談判陷入僵局。清朝使團擔(dān)任翻譯的隨員傳教士張誠（法國人）、徐日升（葡萄牙人）等，在會下往返協(xié)商，從中斡旋。兩位傳教士得知康熙帝可能同意俄國人每年去北京貿(mào)易，受清使團的委托，去俄國使團的營帳交涉。俄國使團認為“去北京進行自由貿(mào)易，是期待已久的最大利益。因此他們可以接受皇帝（康熙帝）提議的分界線。”（《耶穌會士中國書簡集》日譯本第一集）當(dāng)晚，傳教士帶回了條約的俄文本。在此之前，俄國曾經(jīng)三次派遣使團去北京，尋求通商途徑，未獲結(jié)果。這次意外地如愿以償。經(jīng)過十六天的談判交涉，七月二十四日（公歷九月七日），中俄《尼布楚條約》正式簽字，樹立界碑。簽約條文主要內(nèi)容如下：一、以流入黑龍江之綽爾納河（即烏倫穆河）附近之格爾必齊河為兩國之界，此河發(fā)源處石大興安嶺以至于海，亦為兩國之界。嶺南一帶土地及流入黑龍江大小諸川，應(yīng)歸中國管轄；嶺北一帶土地及川流，應(yīng)歸俄國管轄。
一、流入黑龍江之額爾古納河亦為兩國之界，河以南諸地盡屬中國，河以北諸地盡屬俄國。南岸之墨里勒克河口諸房舍，遷移北岸。
一、俄國在雅克薩城所建城障，應(yīng)盡行除毀，俄民之居此者，應(yīng)悉帶其物用，盡數(shù)遷入俄境。
一、兩國獵戶人等，不得擅越已定邊界。若有一、二人擅自越界者，立即械系，遣送各官吏，審知案情，當(dāng)即以法處罰。若十?dāng)?shù)人，相聚或持械捕獵，或殺人搶掠，并須報聞兩國皇帝，依罪處以死刑。既不以少數(shù)人民犯禁而備戰(zhàn)，更不以是而至流血。
一、此約訂立以前所有一切事情，永作罷論。自兩國永好已定之日起，嗣后有逃亡者，各不收納，并應(yīng)械系遣還。
一、現(xiàn)在俄民之在中國或華民之在俄國者，悉聽如舊。
一、自和約已定之日起，凡兩國人民持有護照者，俱得過界來往，并許其貿(mào)易互市。
一、和好已定，兩國永敦睦誼，自來邊境一切爭執(zhí)永予廢除，倘各嚴守約章，爭端無自而起。
《尼布楚條約》是清朝與外國締結(jié)的第一個正式條約。清朝收回了被俄國侵占的部分領(lǐng)土，阻止了俄國對黑龍江流域的侵略。俄國由此合法占有中國的尼布楚地區(qū)?！赌岵汲l約》簽訂后，繼續(xù)劃定了兩國中段邊界。一六九三年，俄國派遣義杰斯出使中國，談判貿(mào)易問題。清朝準許俄國商隊每隔三年來北京一次，每次不得超過二百人，免稅貿(mào)易八十天。俄國政府的商隊，由此得以向中國傾銷西伯利亞的皮毛，并采購茶葉、緞布等運回本國，獲利很大。
三、東北地區(qū)的經(jīng)營 清朝在訂立《尼布楚條約》后的三十年間，加強了對東北邊境地區(qū)的軍事、政治統(tǒng)治和經(jīng)濟開發(fā)。
建城設(shè)防 清朝在璦琿筑城設(shè)防之后，一六八六年又在墨爾根建城，駐扎索倫、達斡爾旗兵十五佐領(lǐng)。尼布楚訂約后，一六九一年修筑齊齊哈爾城，駐兵十六佐領(lǐng)。在宜臥齊地方（今尼爾基）設(shè)立布特哈總管衙門，統(tǒng)領(lǐng)各族兵民?？滴跄┠暝鼍幍揭话倭惆藗€佐領(lǐng)。
寧古塔將軍的轄區(qū)，一六九二年修筑伯都訥城，設(shè)付都統(tǒng)駐防。當(dāng)?shù)氐腻a伯族和卦爾察族人編旗為兵，設(shè)協(xié)領(lǐng)六名統(tǒng)帶訓(xùn)練。一七一四年在三姓（依蘭）筑城，設(shè)協(xié)領(lǐng)統(tǒng)轄，赫哲人編組為四佐領(lǐng)駐防。在琿春建城，將庫爾喀族人編為三佐領(lǐng)駐防。
旗丁與旗地清朝對東北各族推行滿洲八旗制度，據(jù)一六七八年（康熙十七年）的統(tǒng)計，吉林、寧古塔編旗的新滿洲，共有三千二百五十三丁，一萬一千一百八十人，分駐在盛京、錦州、廣寧、義州四城，由三十一名佐領(lǐng)統(tǒng)帶，披甲種地，頂補當(dāng)差。一六八二年，巴爾虎蒙古編為十佐領(lǐng)，共五千余戶，一千余丁，分駐盛京、開原等八城。一六九九年，裁撤八城駐防旗丁的老弱，另由伯都訥調(diào)遣錫伯壯丁二千名頂補。盛京附近地區(qū)，先后遷來各族旗丁六千五百余丁，連同家屬約有二萬余人。此外，原來調(diào)駐北京的旗丁也陸續(xù)遷回盛京。對于盛京周圍的各族旗丁，清朝實行滿洲八旗的授田制。據(jù)一六七九年（康熙十八年）戶部官員在東北丈量，東起撫順，西至寧遠，南自蓋平，北至開原的耕地共計三千二百九十萬四千九百三十畝，其中二千七百六十二萬二千二百八十畝定為“旗地”。滿蒙等各族的旗丁，每丁給地五晌（三十畝）。其余作為“民地”，由漢人耕作。定為旗地的田地上，還設(shè)立皇室糧莊三百零五所，其中二百二十一所設(shè)在河西，直屬京師內(nèi)務(wù)府。其余八十四所，屬盛京內(nèi)務(wù)府。盛京戶部另設(shè)官莊一百二十七所。
黑龍江將軍轄區(qū)，自一六八四年（康熙二十三年）在璦琿筑城屯田。璦琿、墨爾根、齊齊哈爾等城和布特哈八旗相繼建立官莊六十一所，公田十一處。編旗的官兵則在附近授田墾殖。
寧古塔將軍轄區(qū)，在吉林、寧古塔、伯都訥等城和打牲烏拉，設(shè)立官莊七十四所。
東北各地的皇莊和官莊，役使大批的漢族農(nóng)民進行生產(chǎn)。這些漢人的來源是：（一）流人。順治十一年到康熙七年間，盛京刑部統(tǒng)計，從刑部和督捕衙門流徙到尚陽堡的罪犯即有三千五百一十五名，連同家屬共五千九百一十四人。三藩戰(zhàn)爭后，三藩的部屬大批被流放到盛京充當(dāng)莊田壯丁或到黑龍江充當(dāng)驛站站丁。還有大批“從寬免死”的罪犯，流放到東北邊地為奴。近人估計，順康雍百年間，東三省之流人，近十萬人。（二）買賣。檔案記錄，一六六九年（康熙八年），盛京正黃旗下的一名莊頭，即購買男女人丁十八名之多（《盛京內(nèi)務(wù)府檔·京來檔》康熙八年七月十二日）。一七一二年，明確規(guī)定準許關(guān)外各處旗人來京買人，由駐地將軍發(fā)給部印文?？梢娙腙P(guān)購買漢人已很普遍。（三）籍沒。官員犯罪，家屬籍沒為奴，被流徙到東北邊地。（四）投充。明末以來陸續(xù)去東北墾荒的漢人，被迫投身旗下，編入莊田。以上這些來源不同的漢人，身份是壯丁或奴仆。流放的罪犯自帶鐵索，打死勿問。
民戶與民地 旗地以外的民地，系由漢族農(nóng)民開墾。他們被稱為民戶，是自耕的農(nóng)民。
明清之際，民戶大量逃移。一六五三年（順治十年）頒布“遼東招民開墾條例”，鼓勵山海關(guān)內(nèi)各地漢族農(nóng)民去東北地區(qū)開墾。設(shè)遼陽府，轄遼陽、海城兩縣，以統(tǒng)治漢族農(nóng)民。一六五七年，遼陽府改為奉天府。據(jù)一六六一年（順治十八年）的統(tǒng)計，奉天府尹管轄下的民戶共計五千五百五十七丁，耕地六十萬九百三十三畝。應(yīng)招出關(guān)開墾的農(nóng)民，尚不及關(guān)內(nèi)一縣之?dāng)?shù)。康熙初年，戰(zhàn)事暫停，去東北開墾的漢族農(nóng)民大量增加。一六六六年，增設(shè)為兩府九縣（州）。奉天府轄遼陽州與承德（沈陽）、鐵嶺、蓋平、開原、海城等縣。新設(shè)錦州府，轄寧遠州與廣寧縣、錦縣。一六六八年，康熙帝又停止實行“遼東招民開墾條例”，漢人出關(guān)須辦理起票記檔等手續(xù)，以為限制。但直隸、山東、河南等地的農(nóng)民，仍然大批流入關(guān)外。一六八五年時，兩府各州縣所轄民戶，共計兩萬六千二百二十七丁，耕種田地增至三百十一萬一千七百五十九畝，較一六六一年增長了五倍多。
民地的漢族民戶，直接向官府交稅，與旗地的壯丁、奴仆地位不同。民地與旗地存在著不同的經(jīng)濟關(guān)系，也實行不同的政治制度。旗地仍實行滿洲的八旗制度，民地則實行府縣制的統(tǒng)治。
邊地諸族 松花江、黑龍江下游、烏蘇里江兩岸以及庫頁島上的赫哲、費雅喀、鄂倫春、奇勒爾、庫雅喇、恰克拉、庫耶等族未編旗的居民，在原來的氏族組織的基礎(chǔ)上，由姓長、鄉(xiāng)長統(tǒng)領(lǐng)，歸寧古塔副都統(tǒng)統(tǒng)轄。清廷規(guī)定，每戶每年要進貢貂皮一張。一六七六年，編定黑龍江下游及烏蘇里江兩岸貢貂者共一千二百零九戶。以后，又陸續(xù)增加了七百零一戶。一六九○年，庫頁島上的庫耶人首領(lǐng)，曾與奇勒爾、費雅喀、鄂倫春等族一道到北京貢納貂皮（《圣祖實錄》卷一四九）。清廷以“宗女”嫁給邊地諸族首領(lǐng)以為羈靡。嫁去的“宗女”，不少是民女。各族人民稱之為“皇姑”，滿語稱為“薩爾罕錐”。
邊地諸族人貢貂，清廷例有回賜，稱為“賞烏綾”（財布）。賞賜分為五等，一等賜薩爾罕錐，二等賜姓長，三等賜鄉(xiāng)長，四等賜子弟（姓長、鄉(xiāng)長之子弟，又稱穿袍人），五等賜白人，即各族平民。賞賜物主要是各種服裝穿戴和日用品。據(jù)說，清朝得一張貂皮，須費銀十兩。旨在“羈靡諸部，固我邊陲”。
城市與商業(yè)東北地區(qū)人口的增長與耕地的擴大，促使城市商業(yè)日漸發(fā)展。一六六八年停止招民開墾，但并不限制商人去關(guān)外貿(mào)易。直隸、山西等地漢族的皮毛商、山東回民的販牛商等各地商人大批到東北地區(qū)往來貨販。一六七六年盛京城市稅收銀二千一百三十兩，其中主要是商稅。一六八○年增長到三千兩。錦州府城建立的初年，稅銀只有六百七十余兩，到一七○八年時，增至一千六百余兩，以后又陸續(xù)增加到一千九百余兩。寧古塔城順治時城中尚無漢人?？滴跄┠暌延芯用袢?、四百家，商賈三十六家，主要是經(jīng)營布帛雜貨和飲食業(yè)。隨著商業(yè)的發(fā)展，明代作為邊防軍鎮(zhèn)的城市，逐漸形成為貿(mào)易中心。城市中飲食業(yè)與典當(dāng)業(yè)也隨之興起?？滴跄┠辏⒕┏侵杏芯扑辽锨Ъ?，當(dāng)鋪約有三十家，錦州城內(nèi)有當(dāng)鋪十九家。其他中小城市中，當(dāng)鋪、酒肆和燒鍋（釀酒業(yè)）等也很發(fā)達。邊地漁獵民族用貂皮等到城市交易。赫哲族每年到寧古塔販賣貂皮，換取布匹、糧食、鐵鍋、食鹽等生活用品。寧古塔的商人又把貂皮送到北京販賣。在邊地城鎮(zhèn)中，漢族商人還向滿洲官兵賒賣貨物，從而在當(dāng)?shù)厝〉靡欢ǖ膭萘Α?br/>
東北商業(yè)中，人參的收購是一項特殊的交易。人參是東北地區(qū)特產(chǎn)的名貴藥材，采參獲利甚大。清初即已劃定區(qū)域，將一百一十處參山分配給八旗各牛錄，分別采掘。吉林打牲總管衙門所收人參專供皇室需用。一六八四年時，烏蘇里江之富欽河、訥恩圖河上游山中，發(fā)現(xiàn)新的產(chǎn)參區(qū)。這時，烏喇、寧古塔一帶人參采挖已盡，八旗旗丁得清朝允準不再分山，俱到烏蘇里江附近山中采參。滿洲旗丁視采參為特權(quán)。大批漢人流民也到烏蘇里江附近山中私自采參，不能禁止。山東、山西的流民，每年三、四月去產(chǎn)參地偷采，至九、十月間返回。一六九四年，黑龍江將軍薩布素奏報說：每年去吉林、寧古塔等偷采人參者，不下三、四萬人。一七○九年，實行“參票法”，仿照頒發(fā)鹽引的辦法，每年發(fā)參票兩萬張，作為采參的憑證。一萬張發(fā)給滿洲兵丁，一萬張發(fā)給商人承包，由內(nèi)務(wù)府抽收參課（稅）。商人承包采參，獲得大利。一七一四年，皇商王修德等即承參票八千張。每票交官參稅課二兩五錢，銀十兩。但向“刨夫”（采參人）征收的人參，每票多至二十余兩（每兩價銀二十兩）。漢人私自入山偷采的人參也多由官員或商人購去。爭購人參成為一項獲利巨大的商業(yè)經(jīng)營。
遼沈地區(qū)自順治至康熙，先后九十余年不斷開發(fā)，據(jù)一七二四年統(tǒng)計，已墾地一千二百四十萬畝，有城市十五座。吉林、黑龍江地區(qū)新建城市八座。這些城市既是軍兵駐防之所，又是商業(yè)貿(mào)易中心。滿漢及邊地各族開展著物品的交換，活躍著經(jīng)濟生活，與明代遼東的景象大不相同了。
（二）厄魯特諸部的興起和清朝對蒙古的統(tǒng)治 清朝建國前，皇太極已經(jīng)臣服了漠南蒙古諸部。漠北和林故地至阿爾泰山的喀爾喀蒙古三大汗，曾在一六三八年（崇德三年）遣使向清朝進貢，此后成為定制。漠西蒙古四部，是瓦剌的后裔，清人稱為四衛(wèi)拉特，在西北地區(qū)游牧。杜爾伯特部在額爾齊斯河流域。土爾扈特部在雅爾（塔爾巴哈臺）地區(qū)。和碩特部在今烏魯木齊地區(qū)。準噶爾部在伊犁河流域。衛(wèi)拉特四部又統(tǒng)稱為厄魯特。順治時，清軍集中兵力南下作戰(zhàn)，厄魯特蒙古諸部在西部地區(qū)得到發(fā)展?？滴鯐r，清軍與準噶爾部進行了長期的戰(zhàn)爭，進而統(tǒng)治了蒙古諸部。
一、蒙古和碩特的興起和對藏族的控制 和碩特部在漠西四部中是較為強盛的一部，與準噶爾部為鄰，一六三七年（崇德二年）分道東遷。顧實汗（固始汗）圖魯拜琥率部遷至青海地區(qū)游牧。顧實汗弟巴噶斯率部遷徙到河套地區(qū)。顧實汗在一六三七年即遣使去盛京，向清朝進貢。順治帝即位后，又遣使祝賀。順治帝詔命顧實汗統(tǒng)轄諸厄魯特。
明代蒙古和藏族地區(qū)關(guān)系密切。蒙古俺答汗曾請求明朝派遣藏族喇嘛去蒙古傳布佛教，并在一五七八年（明萬歷六年）請宗喀巴弟子根敦主巴的第三世呼畢勒汗鎖南嘉錯去到青海。俺答汗賜給鎖南嘉錯以大批禮物，并封贈“達賴喇嘛”稱號?！斑_賴”蒙古語意為海洋，是崇高的象征。按照轉(zhuǎn)世的制度，鎖南嘉錯被稱為三世達賴。追稱前世根敦主巴為一世達賴，根敦嘉錯為二世達賴。三世達賴也贈給俺答汗以“轉(zhuǎn)十金法輪咱克喇瓦第·徹辰·汗”的崇高宗教稱號，并通過俺答汗向明廷貢納方物，請求敕封。明神宗賜給僧衣、采緞、食茶等物，授予大覺禪師稱號。三世達賴又自青海去鄂爾多斯蒙古地區(qū)傳教。一五八八年（萬歷十六年），明朝加封三世達賴為大國師。次年，三世達賴病死。轉(zhuǎn)世的四世達賴是生在青城（呼和浩特）的蒙古俺答汗的長孫、法名云丹嘉錯。蒙古與藏族的關(guān)系更加密切了。
這時，藏族的喇嘛教仍存在不同的教派。被稱為紅教的傳統(tǒng)舊派（紅帽派）與宗喀巴創(chuàng)立的黃教格魯派相互敵視。達賴喇嘛是格魯派的領(lǐng)袖，住在拉薩的哲蚌寺。后藏地區(qū)只有日喀則的扎什倫布寺，由宗喀巴的另一弟子克主結(jié)轉(zhuǎn)世的喇嘛主持，此外都還為紅教所控制。四世達賴曾應(yīng)邀到扎什倫布寺巡視。此后，扎什倫布寺的轉(zhuǎn)世喇嘛只保持宗教上的領(lǐng)袖地位，而政治事務(wù)統(tǒng)屬于前藏的達賴。但后藏地區(qū)的執(zhí)政者第悉（攝政）對前藏也有政治權(quán)力?！睹晒旁戳鳌返葧赜妹晒湃说牧?xí)慣稱謂，稱他為“藏巴汗”，即“藏人的汗”。事實上，藏族中從來并沒有過“汗”的稱號。這時的“藏巴汗”是彭錯南杰，他與紅教派相結(jié)合以反對黃教。四世達賴要把他的勢力擴展到后藏，不能不和紅教及藏巴汗發(fā)生沖突。一六一一年（明萬歷三十九年），四世達賴喇嘛回到拉薩哲蚌寺。彭錯南杰也到了拉薩，謀求和解，但遭到黃教僧俗的抵制。四世達賴被迫逃到桑耶躲避糾紛。藏巴汗的勢力卻在發(fā)展，并吞了前藏的大部分地區(qū)。萬歷四十四年（一六一六年）十二月，四世達賴云丹嘉錯病死。
轉(zhuǎn)世的五世達賴羅桑嘉錯，于一六一七年出生在帕木竹巴系的貴旅家庭。這時帕木竹巴在政治上已與后藏分離，宗教上仍奉紅教。但羅桑嘉錯出生的窮結(jié)家族卻同情于黃教格魯派。五世達賴是由這時主持扎布倫寺的羅桑卻吉堅贊喇嘛尋認的。這時后藏的彭錯南杰已死，子噶瑪?shù)ぞ^為藏巴汗，對轉(zhuǎn)世的達賴予以抵制，對他與蒙古的關(guān)系深懷疑慮。一六二一年（清天命六年），蒙古軍入藏，受到噶瑪?shù)ぞ牡挚?。噶瑪?shù)ぞ娙f余人戰(zhàn)敗。羅桑卻吉堅贊等出面向蒙古軍請和，噶瑪?shù)ぞ娒庠馔缆?。一六三一年（天聰五年），藏巴汗噶瑪?shù)ぞ致?lián)合帕木竹巴等舊派貴族反對黃教，五世達賴被迫逃離拉薩。
一六三五年（天聰九年）秋，察哈爾蒙古卻圖部王子阿爾斯蘭領(lǐng)兵來到拉薩。他支持紅教的藏巴汗反對黃教。但出于擄掠的目的，他又去攻打藏巴汗，攻下日喀則和江孜，四出焚掠。阿爾斯蘭因被告發(fā)而被他的父王下令殺死。顧實汗與準噶爾部的巴圖魯渾臺吉聯(lián)合消滅了蒙古卻圖部。顧實汗來到拉薩，五世達賴贈給他“持教法王”的宗教稱號。顧實汗也對達賴屬下的官員給予封號。顧實汗返回和碩特部后，一六三八年（崇德三年）曾遣使邀請五世達賴，但未能成行。藏巴汗對黃教的敵視，促使五世達賴和黃教格魯派僧俗更加依靠蒙古的支持，并請求顧實汗出兵援助。一六四○年，顧實汗為了解除黃教在東部的威脅，出兵攻打康（喀木）區(qū)信奉本教的必里王。次年，征服康區(qū)六“崗”，必里王被殺。蒙古兵駐西藏中部，擊敗藏巴汗噶瑪?shù)ぞ能姳?。?zhàn)爭繼續(xù)了七個月之后，一六四一年底，擒殺藏巴汗。次年，攻下了后藏首府日喀則。
在戰(zhàn)爭進行中，達賴喇嘛、藏巴汗和紅教喇嘛噶瑪巴曾分別上書清帝皇太極。攜帶信件的使者在一六四二年（崇德七年）十月到達盛京，住留八月，返回西藏。這時，藏巴汗已被處死。顧實汗授五世達賴羅桑嘉錯以十三萬戶，扶立他為全藏的領(lǐng)袖，同時任命一名第巴（藏語，地方執(zhí)政者）參予執(zhí)政。一六四五年（順治二年），又加給住持札什倫布寺的羅桑卻吉堅贊以班禪的稱號（四世班禪），分治后藏。班禪是“班第達·禪布”的省稱，意為大圣者。
順治帝即位后，即遣使往迎五世達賴。一六四六年（順治三年），達賴遣使祝賀順治帝即位。一六五二年十一月，五世達賴到達北京，朝見順治帝。次年二月離京返藏，順治帝賜給金印，加封號為“西天大善自在佛所領(lǐng)天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。達賴喇嘛得到清朝的封贈，統(tǒng)治全藏和各地喇嘛教。他在政治上受到蒙古和碩特部顧實汗的控制，但又可通過教權(quán)控馭蒙古諸部。一六五三年，順治帝詔封顧實汗為“遵文行義敏慧顧實汗”，賜金冊、印。次年，顧實汗返回拉薩，在哲蚌寺病死。
顧實汗之子達延汗等在一六五九年從青海到拉薩，不久即離去。顧實汗任命的第巴已死。五世達賴獨專藏政，后藏貴族又發(fā)動叛亂。同年十二月，達延汗返回西藏，鎮(zhèn)壓了叛亂。并在次年七月，任命青海的濟善駐藏參予執(zhí)政。一六六八年（康熙七年），達延汗死，子達賴汗繼位。一六七一年三月，在拉薩舉行了即位慶典。一六七九年五世達賴自行委任桑結(jié)嘉錯為第巴執(zhí)政。一六八二年九月，五世達賴病死。第巴桑結(jié)嘉錯掌管藏政，長期隱瞞五世達賴的死訊，仍以達賴的名義進行活動。這時，北方的蒙古準噶爾部在噶爾丹汗統(tǒng)治下，正在向外擴張。
二、準噶爾部興起與喀爾喀蒙古降清 清朝建國前后，蒙古諸部的形勢是：一六三五年林丹汗敗死，內(nèi)蒙古諸部均歸于清朝統(tǒng)治。外蒙古喀爾喀諸部向清朝進九白之貢，與厄魯特諸部同被稱為“朝貢之國”。和碩特部在青海地區(qū)興起，南下控制了西藏。準噶爾部隨后又在伊犁地區(qū)興起，據(jù)有天山南北，并北上向外蒙古諸部擴張。土爾扈特部向西發(fā)展，與俄國貿(mào)易，并在一六三九年進入里海東岸，統(tǒng)治了當(dāng)?shù)氐耐翈炻?。杜爾伯特部依附于準噶爾部，也有部分部民隨土爾扈特部西遷。
喀爾喀蒙古與厄魯特蒙古諸部，面臨著俄國侵略勢力的威脅。蒙古各部之間也存在種種矛盾。一六三四年，準噶爾部的首領(lǐng)哈喇忽喇去世。第二子呼圖霍慶接受達賴喇嘛加給的稱號巴圖爾渾臺吉，成為準噶爾的執(zhí)政者。準噶爾部與和碩特部曾發(fā)生沖突，但當(dāng)和碩特部遷移青海后，兩部即告和解。一六四○年九月，厄魯特和喀爾喀部領(lǐng)主曾在塔爾巴哈臺（今塔城）會盟，制定《衛(wèi)拉特法典》，以協(xié)調(diào)各部之間的關(guān)系。次年，巴圖爾渾臺吉派兵參加顧實汗去西藏的軍隊。和碩特部的鄂齊爾圖（顧實汗兄拜巴噶斯汗之子）娶巴圖爾渾臺吉之女為妻，兩部結(jié)成姻親。達賴喇嘛加給鄂齊爾圖以車臣汗的稱號。巴圖爾渾臺吉娶土爾扈特部女為妻，從而和土爾扈特部也建立起良好的關(guān)系。當(dāng)俄國的使臣邀約準噶爾部共同攻打土爾扈特部時，遭到巴圖爾渾臺吉的嚴詞拒絕。巴圖爾渾臺吉一再抵制了俄國的侵略企圖，并在一六四七年與俄國中斷了聯(lián)系。
大約在順治十年（一六五三年）左右，巴圖爾渾臺吉死。有子十二人，各有自己的臣民，相互間展開了爭奪政權(quán)和領(lǐng)地的斗爭。第五子僧格在和碩特部鄂齊爾圖的支持下，在順治末年，才正式成為準噶爾部的執(zhí)政者（那顏）。一六六六年（康熙五年），僧格曾遣使向清朝進貢。此后，康熙六年、八年，連續(xù)遣使納貢，并接受清朝的賞賜（《圣祖實錄》卷二十四、三十一）。在此期間，俄國不斷遣使臣前來招誘，被僧格拒絕。一六六七年，僧格曾率領(lǐng)四千余人組成的軍兵，抗擊了入侵的俄國侵略軍。但是，準噶爾貴族內(nèi)部的爭斗并未停息。一六七○年，僧格被異母兄策臣（巴圖爾渾臺吉長子）及卓特巴巴圖爾（巴圖爾渾臺吉次子）殺害。巴圖爾渾臺吉第六子僧格的胞弟噶爾丹，自幼即去西藏，隨達賴喇嘛修習(xí)佛法，曾被授予呼圖克圖（活佛）的尊號。僧格被殺時，他二十六歲，在達賴喇嘛和第巴桑結(jié)嘉錯等支持下返回準噶爾部，擊殺策臣，卓特巴逃往青海。噶爾丹扶立僧格的次子索諾木阿拉布坦執(zhí)政。索諾木還是不滿五歲的幼兒。政權(quán)全歸噶爾丹掌握。噶爾丹娶和碩特部鄂齊爾圖女為妻，以取得和碩特部的支持。
噶爾丹在鞏固了他的統(tǒng)治后，兼并了他的叔父楚琥兒烏巴什的領(lǐng)地，并在一六七七年殺害了和碩特部的鄂齊爾圖車臣汗。噶爾丹遣使到北京，向清朝奉表入貢，呈獻繳獲的弓矢等物，以求得到清朝對他襲殺車臣汗的認可，被康熙帝拒絕。次年，噶爾丹進占天山南路地區(qū)，統(tǒng)治了當(dāng)?shù)氐木S吾爾族（回部），并侵擾青海。這時，噶爾丹已在天山南北地區(qū)，擁有二十萬戶，六十萬人眾，形成一大勢力。噶爾丹自立為汗，并隨即得到五世達賴的認可。一六七九年，第巴桑結(jié)嘉錯以五世達賴名義，加號噶爾丹為“博碩克圖汗”。噶爾丹由此更得以向信奉喇嘛教的蒙古諸部擴展其勢力。一六八二年，五世達賴死后，第巴桑結(jié)秘不發(fā)喪。噶爾丹繼續(xù)得到第巴桑結(jié)的支持。
噶爾丹自立為汗，占據(jù)天山南北后，進而向蒙古喀爾喀諸部擴展其勢力?？柨γ晒胖T部早已向清朝稱臣納貢。但不象漠南蒙古四十九旗那樣編入旗制，由清朝直接統(tǒng)治?？柨θ蠛垢饔凶约旱念I(lǐng)地，相互爭奪。一六六二年，扎薩克貴族羅布藏謀殺扎薩克圖汗旺舒克，爭奪汗位。旺舒克兄綽墨爾根自立為汗，部眾多逃依左翼士謝圖汗察琿多爾濟?？滴醯巯略t廢綽墨爾根，另立旺舒克弟成袞為汗?？滴醵辏ㄒ涣怂哪辏┱?，扎薩克圖汗成袞兩次上疏康熙帝報聞?？滴醯矍彩闺分I達賴喇嘛：“喀爾喀扎薩克圖汗屢次疏言右翼子弟人民離散，奔入左翼，索之未還”?！半夼c爾俱當(dāng)遣使往諭，將扎薩克圖汗離散人民給還，俾兩翼永歸于好。”（《圣祖實錄》卷一一四）西藏第巴以達賴名義派出的使者，在這年冬季行抵青城時病死。次年，再遣噶爾亶西勒圖前往?？滴醯叟汕怖矸荷袝⒗崛タ柨φ{(diào)解。成袞病死，子沙喇承襲扎薩克圖汗位。一六八六年八月，阿喇尼與噶爾亶西勒圖召集喀爾喀兩翼扎薩克圖汗與土謝圖汗在呼倫貝爾地區(qū)會盟，宣讀康熙帝諭旨，令其和好。兩汗遵旨盟誓，“兩翼互相侵占之臺吉人民，令各歸本主”（《圣祖實錄》卷一二七）。康熙二十六年（一六八七年）正月，土謝圖汗與車臣汗等上疏康熙帝說，“圣主弘恩無計酬報”，“請上尊號”。康熙帝不允，說：“自茲以后，無相侵擾”，“更勝于上朕尊號”。車臣汗死，康熙帝敕諭土謝圖汗和達賴喇嘛，立車臣汗長子為汗?？滴醯蹖柨γ晒帕π邪草嫞〉靡欢ǖ某尚?。
喀爾喀蒙古兩翼的矛盾，使噶爾丹得以利用。喇嘛教傳入喀爾喀蒙古諸部后，宗喀巴第三弟子轉(zhuǎn)世的活佛哲布尊丹巴駐在外蒙古，統(tǒng)領(lǐng)教務(wù)，仍尊達賴為喇嘛教最高領(lǐng)袖。在兩翼中，哲布尊丹巴支持土謝圖汗。噶爾丹指責(zé)哲布尊丹巴不尊禮達賴喇嘛派往蒙古的使者西勒圖，借以攻擊土謝圖汗。一六八七年八月，土謝圖汗向康熙帝奏報，噶爾丹將興兵來攻?？滴醯垭分I土謝圖汗和噶爾丹“息爭修好”，勸阻興兵，并告達賴喇嘛調(diào)解（《圣祖實錄》卷一三一）。噶爾丹不聽，領(lǐng)兵三萬余，招誘扎薩克圖汗等攜眾叛去。土謝圖汗領(lǐng)兵追擊，扎薩克圖汗沙喇被俘，死。噶爾丹又遣弟多爾濟扎卜領(lǐng)兵至喀爾喀擄掠人畜，被土謝圖汗子噶爾旦臺吉追及，殺死。一六八八年秋，噶爾丹親自領(lǐng)兵自杭愛山后攻掠喀爾喀左右翼，土謝圖汗子噶爾旦臺吉戰(zhàn)敗。哲布尊丹巴遣使向清朝告急。哲布尊丹巴等自克魯倫河敗逃至蘇尼特地帶，接近清朝邊防。七月，康熙帝派遣侍讀海三代等去哲布尊丹巴處偵探，途遇噶爾丹使者，帶回噶爾丹的奏疏，請求清朝對敗逃的哲布尊丹巴和土謝圖汗“或拒而不納，或擒以付之”（《圣祖實錄》卷一三六）?？滴醯矍彩绦l(wèi)阿南達往諭噶爾丹罷兵議和。又命安親王岳樂領(lǐng)兵去蘇尼特汛界駐防。噶爾丹分兵三路，東進的一路至呼倫貝爾地帶?？滴醯勖茽柷咧T王及盛京都統(tǒng)出兵備御?？滴醯塾H自出巡塞外，察看內(nèi)蒙古地區(qū)形勢。
八月間，阿南達回報，七月二十七日行至克魯倫河以北喀喇烏蘇地帶，探知噶爾丹曾告知達賴喇嘛使臣說：“若與土謝圖汗和，則吾弟多爾濟扎卜之命，其誰償之！”“我盡力征討五、六年，必滅喀爾喀，必擒澤卜尊丹巴（即哲布尊丹巴）。”（《圣祖實錄》卷一三六）八月初，土謝圖汗與噶爾丹在鄂爾渾諾爾之地相遇，激戰(zhàn)三日。土謝圖汗戰(zhàn)敗，逃依哲布尊丹巴?？滴醯垴v烏里雅蘇臺地帶，詔諭領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣佟國維、內(nèi)大臣明珠、理藩院尚書阿喇尼等調(diào)遣八旗兵丁駐扎張家口外，漠南蒙古各旗兵駐邊防守，歸化城兩旗兵丁駐扎城內(nèi)。九月初，再遣京師八旗及大同、宣府等地軍兵前往邊境。
九月間，土謝圖汗與弟西地西里巴圖爾率領(lǐng)左右兩翼臺吉和部眾至汛地卡倫乞降。哲布尊丹巴也率部眾乞降。沿邊一帶蒙古諸臺吉均隨從內(nèi)附。康熙帝命議政王大臣集議。議奏：“厄魯特、喀爾喀向來歸化，職貢有年。今交惡相攻，喀爾喀國破。土謝圖汗?jié)刹纷鸬ぐ秃量藞D等誠心請降，應(yīng)受而養(yǎng)之，俾其得所?！保ā妒プ鎸嶄洝肪硪蝗撸┛滴醯勖⒗崦嬉娬懿甲鸬ぐ秃屯林x圖汗，宣布諭旨。土謝圖汗等將從降臺吉名字及部落人口數(shù)目開送。計戶二千，人口二萬。續(xù)到者另行開送。清朝對來降者給以賑濟，后來者又有二萬人。
噶爾丹見清朝大兵出動，土謝圖汗等降清，隨即遣使向清廷進貢，并請照常貿(mào)易?？滴醯勖罉返瘸坊剀姳?。十月，阿南達等往見噶爾丹。噶爾丹自稱“我并無自外于中華皇帝、達賴喇嘛禮法之意”，但又指責(zé)土謝圖汗與哲布尊丹巴，擒殺扎薩克圖汗及弟多爾濟扎卜，不可容?？滴醯墼t諭土謝圖汗及哲布尊丹巴與噶爾丹會盟，“自致其過”，“永議和好”。土謝圖汗、哲布尊丹巴不聽，上疏自陳?？滴醵四辏ㄒ涣司拍辏┱拢滴醯塾智彩剐I噶爾丹及達賴喇嘛，譴責(zé)土謝圖汗“違旨興兵”，要噶爾丹永息兵戎。三月，又命阿喇尼持敕書往見噶爾丹，勸其休戰(zhàn)。十月，阿喇尼回奏，已于八月間面見噶爾丹密談。噶爾丹稱，“我身安樂之策，孰者為善，伏祈圣上指示，愿得遵行。但澤卜尊丹巴、土謝圖汗等首亂，無故起兵，……前此再三陳奏，為此兩人耳”（《圣祖實錄》卷一四二）。噶爾丹西行游牧，阿喇尼返回陳奏，康熙帝不再遣使。降清的土謝圖汗、哲布尊丹巴以下諸臺吉部眾，俱照漠南四十九旗制編為旗隊。任授扎薩克（執(zhí)政官），“指示法禁，如四十九旗例施行”（《圣祖實錄》卷一四二）。車臣汗伊爾登于一六八八年病死?？滴醯勖渥訁悄找u爵。車臣汗所屬諸臺吉也增授扎薩克汗，收集離散之眾，編為旗隊。
三、烏蘭布通之戰(zhàn)與噶爾丹汗的敗死 烏蘭布通之戰(zhàn)喀爾喀部落降附于清朝，是對噶爾丹的一大打擊。但噶爾丹汗并不甘于失敗，西行到科布多，建立營帳，企圖依靠俄國沙皇的支持，再次向土謝圖汗進攻。準噶爾部與俄國毗鄰，早已有貿(mào)易往來，相互通使。一六八八年初，當(dāng)噶爾丹侵入喀爾喀時，俄國派出與清朝談判的代表戈洛文曾經(jīng)派兵向喀爾喀蒙古發(fā)動進攻，遭到蒙古部眾的抗擊，被迫撤退。一六八九年俄國與清朝簽訂《尼布楚條約》后，已不再有能力發(fā)動侵略戰(zhàn)爭。但噶爾丹仍對俄國存在幻想。遣使向俄求援。一六九○年春，又派遣達爾罕宰桑到伊爾庫茨克會見戈洛文，要求他出兵支援準噶爾進攻土謝圖汗。戈洛文含糊其詞地答應(yīng)俄軍將配合行動，并派遣基比列夫隨同去噶爾丹處商談。戈洛文的許諾其實是一個騙局，旨在推動蒙古各部自相殘殺，借以從中漁利，攫取情報。
噶爾丹汗聽信戈洛文的許諾，六月間進軍烏爾渾河，以追擊土謝圖汗為名，越過清朝呼倫貝爾邊防地界。康熙帝命科爾沁、巴林、翁牛特及烏珠穆沁等旗蒙古兵赴阿喇尼處防備。噶爾丹向烏珠穆沁使者聲稱：“我攻我仇喀爾喀耳，不敢犯中華界”。噶爾丹軍入烏珠穆沁剽掠。阿喇尼統(tǒng)率的蒙古軍在烏爾渾河地方夜襲噶爾丹營，準噶爾軍自山上繞出，阿喇尼軍大敗?；壤蜃^戰(zhàn)事，回俄國報告。康熙帝交部議阿喇尼等“違命速戰(zhàn)，以致失利”，革去議政，降四級調(diào)用。遣使諭噶爾丹，“尚書阿喇尼等不請旨而擊汝，非本朝意也”。噶爾丹深入烏珠穆沁地。七月，康熙帝親征。命裕親王福全為撫遠大將軍，皇子胤禔為副，出古北口。恭親王常寧為安北大將軍，出喜峰口。八月初一日，清軍在烏蘭布通地方與噶爾丹軍交戰(zhàn)。噶爾丹將一萬頭駱駝捆扎臥地，背上搭箱垛，蓋濕氈，列陣于山下依林阻軍隔河列陣，火器在前，遙攻中堅，突破“駝城”，騎兵、步兵沖鋒陷陣，大敗噶爾丹軍。噶爾丹經(jīng)過四天的激戰(zhàn)，損失了大量的人員和輜重，戰(zhàn)敗逃走。遣使持書至軍前，聲稱：“今倘蒙皇上惠好，自此不敢犯喀爾喀”。康熙帝遣侍郎額爾賀圖隨同伊拉古克三喇嘛持敕書往諭，不得再侵掠喀爾喀人畜，清軍不行追殺。十月，噶爾丹又具疏謝罪，聲稱“惟當(dāng)領(lǐng)遵諭旨，奉行不違而已”。
當(dāng)噶爾丹東侵時，其侄策旺阿拉布坦占據(jù)伊犁河流域，擄掠準噶爾部人畜西去。噶爾丹兵敗后，逃至科布多一帶。饑困乏食。十二月，上疏“請恩賜白金，以育眾庶”?？滴醯厶刭n白金千兩。
烏蘭布通之戰(zhàn)是一個轉(zhuǎn)折。在此以前，噶爾丹雖然力圖擴張，但對清朝亟表“恭順”，以求得到清朝的支持。烏蘭布通之戰(zhàn)，噶爾丹誤信俄國的愚弄，闖入清界，被清軍戰(zhàn)敗。此后，清朝雖然仍圖安輯，但視噶爾丹為狡黠不可信，在邊地加強戰(zhàn)備。噶爾丹拒不降清，敗滅不可免了。
多倫盟會 烏蘭布通之戰(zhàn)前后，土謝圖汗等屬下部眾，先后有十?dāng)?shù)萬人降清。噶爾丹敗北后，一六九一年四月，康熙帝親自北上巡察，長子胤禔、三予胤祉隨行。五月初，在多倫諾爾召集漠南四十九旗與喀爾喀七旗蒙古諸首領(lǐng)集會，以調(diào)協(xié)蒙古諸部之間的關(guān)系，確立清朝的統(tǒng)治制度。會前諭令土謝圖汗、哲布尊丹巴等具疏請罪，在會上赦免。扎薩克圖汗沙喇已死，令其子策妄扎卜承襲汗位。車臣汗也應(yīng)召與會。會上定議，清朝對喀爾喀蒙古照漠南四十九旗例建立制度?？柨ζ咂旆志帪槿钠?。三大汗仍保留汗的稱號。屬下各旗不再沿用蒙古的濟農(nóng)、諾顏諸名號，統(tǒng)依清制由清朝封授親王、郡王、貝勒、貝子等爵位，旗下設(shè)參領(lǐng)、佐領(lǐng)等職。三十四旗均遵行清朝的法令。五月初四日，康熙帝在多倫檢閱軍兵，頒賞喀爾喀三十四旗。初六日啟程返京。四十九旗王、貝勒等貴族在路左，喀爾喀諸王、貝勒等在路右跪送。喀爾喀蒙古從此完全處于清朝的統(tǒng)治之下。
康熙帝應(yīng)蒙古貴族之請，在多倫敕建匯宗寺，成為喇嘛教的宗教中心和政治集會的場所。此后，康熙帝經(jīng)常到此巡察，喀爾喀諸部也來此“述職”。
多倫盟會之后，噶爾丹在蒙古人中更為孤立了。
昭莫多之戰(zhàn) 多倫盟會后，六月間康熙帝遣使告諭達賴喇嘛，喀爾喀已內(nèi)屬編旗，扎薩克圖汗屬下人等在達賴喇嘛處者應(yīng)歸還原主。并在諭中指責(zé)達賴的使臣濟隆在噶爾丹營中，對噶爾丹的攻掠不加勸阻。告諭達賴喇嘛，噶爾丹再稍犯喀爾喀降人，“朕必發(fā)大兵，分路前進，務(wù)期剿滅之”（《圣祖實錄》卷一五二）。一六九三年，噶爾丹上疏自陳，又請驅(qū)逐哲布尊丹巴、土謝圖汗兩人。五月，康熙帝下諭斥責(zé)，并勸其來降。噶爾丹拒不降清，圖謀再舉。八月，康熙帝又北上巡視，至烏里雅蘇臺。從哈密俘虜中得知噶爾丹部眾牛羊已盡，在烏郎塢耕種。一六九四年六月，噶爾丹與策旺阿拉布坦攻戰(zhàn)，康熙帝敕令加強寧夏邊防。
噶爾丹經(jīng)過幾年的恢復(fù)，又在策劃侵掠喀爾喀。清朝探得消息。一六九四年六月，諭領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣等：“若果噶爾丹來近土喇，擾害喀爾喀，我軍有可乘之機，將軍等相度而行。倘我?guī)熚粗林龋艘堰^而前進，則從后襲之?！保ā妒プ鎸嶄洝肪硪涣模┛滴醯勖M揚古統(tǒng)率軍兵，作好戰(zhàn)爭準備，并令邊地諸將密切注視噶爾丹的動向。
康熙三十四年（一六九五年）正月，噶爾丹遣使至北京朝貢，仍上疏清除土謝圖汗和哲布尊丹巴?？滴醯矍不刎暿?，不令進邊，下詔斥責(zé)。七月，費揚古奏報：“噶爾丹進兵至塔米兒地方。”康熙帝調(diào)集各地軍兵，待噶爾丹前來，一舉消滅。九月，清軍得報，噶爾丹兵劫掠喀爾喀之后，退往土喇河西去。十月，康熙帝諭令西安、寧夏滿漢兵從西路進軍。十一月，費揚古報，噶爾丹駐軍于土喇河西巴顏烏蘭之地，宜分軍進剿?？滴醯勖筌娺M剿噶爾丹。部署大兵分為三路，東路由薩布素將軍率領(lǐng)盛京、寧古塔和黑龍江兵，沿克魯倫河進兵。西路兵統(tǒng)歸費揚古指揮，自歸化城進兵。中路由京城及宣化府綠旗兵組成，暫不發(fā)兵。一六九六年二月，康熙帝自科爾沁親王處得到密報，噶爾丹仍在巴顏烏蘭，以為機不可失。親自率中路兵出征，經(jīng)科圖進軍巴顏烏蘭。命西路歸化城和陜西、寧夏兵同時進發(fā)，于四月下旬在土喇河與中路軍會集。
康熙帝進軍途中，得費揚古報西路軍遲延到邊?？滴醯劭指翣柕ぬ痈Z，不待西路軍至，親率中路軍進兵。五月，抵克魯倫河畔，噶爾丹已領(lǐng)兵逃匿。康熙帝追擊三日，不及。命輕騎搜索巴顏烏蘭附近地帶。五月十二日，自拖諾山回師。
費揚古等統(tǒng)領(lǐng)的西路兵與孫思克等陜西、寧夏綠旗兵，于五月十三日到達土喇河畔昭莫多附近。清軍沿途疲弊，在昭莫多扎營。以逸待勞，誘敵來戰(zhàn)。噶爾丹軍被誘出戰(zhàn)，清軍誘敵深入，在昭莫多展開激戰(zhàn)。噶爾丹軍大敗，死兩千余人，降清和被俘者三千余人。噶爾丹妻也在作戰(zhàn)中戰(zhàn)死。噶爾丹率數(shù)十騎敗逃，一蹶不振了。
噶爾丹敗后，部眾或散或降?？滴醯蹖嵭姓袚?，以孤立噶爾丹。十月間，康熙帝親至歸化城，傳諭噶爾丹部眾來降。留大臣一人，在歸化城受降安置。噶爾丹西逃至哈密一帶?？滴跞辏ㄒ涣牌吣辏┱?，哈密額貝杜拉伯克在巴爾庫爾地方擒獲噶爾丹之子，解送清副都統(tǒng)阿南達軍前。二月，康熙帝啟程去寧夏，再度親征。諭議政大臣：“噶爾丹窮迫已極，宜乘此際速行剿滅，斷不可緩。朕今親臨寧夏，相度機宜。……克成大事，正在此舉?！保ā妒プ鎸嶄洝肪硪话恕穑┣嗪Ｃ晒胖T部遣使來降。三月初，康熙帝抵寧夏，察知噶爾丹在薩克薩特呼里克，遂遣使招降，并將進兵之事告諭策旺阿拉布坦。大將軍費揚古奉詔發(fā)兵。噶爾丹逃至阿察阿穆塔臺地方，于閏三月十三日病死（一說自盡）。屬下三百戶，送噶爾丹尸體降清。
四、對蒙古諸部的統(tǒng)治 康熙帝擊敗噶爾丹后，只有策旺阿拉布坦統(tǒng)領(lǐng)的準噶爾部眾繼續(xù)在伊犁河流域活動。其余蒙古各部大都歸于清朝直接統(tǒng)治之下。清朝在漠南、漠北和漠西相繼建立起對蒙古諸部的統(tǒng)治制度。
漠南蒙古 漠南蒙古早在清太宗皇太極時，即已降附。清朝隨即分旗，分佐領(lǐng)，封扎薩克。漠南二十四部編為四十九旗，改變了蒙古貴族與各旗間原有的隸屬關(guān)系。各旗設(shè)扎薩克一人執(zhí)政，統(tǒng)由清朝皇帝封授蒙古王公貴族充任。世襲者也須經(jīng)清帝敕準。各旗扎薩克管理旗地、編查戶口、整飭軍備、審理案件，并定期向清朝進貢，覲見皇帝。扎薩克有過，清朝可以撤免。各旗之下分設(shè)佐領(lǐng)，每佐領(lǐng)有壯丁一百五十名。統(tǒng)治制度基本上是推行滿洲八旗制度（與金國時期降附的八旗蒙古不同）。
鄰近的幾個旗（原屬一部或數(shù)部）每隔三年由扎薩克會盟一次，推一人為盟長，由清帝任命。盟長主持盟會，商議軍政事務(wù)，平時指揮各旗扎薩克。各盟由理藩院管轄，并受所在地區(qū)的將軍、都統(tǒng)節(jié)制。四十九旗組成六盟：哲里木盟、卓索圖盟、昭烏達盟、錫林郭勒盟、烏蘭察布盟、伊克昭盟。他們分別由盛京將軍、黑龍江將軍、吉林將軍、熱河都統(tǒng)、察哈爾都統(tǒng)和綏遠城將軍節(jié)制。六盟四十九旗統(tǒng)稱為內(nèi)扎薩克蒙古。察哈爾八旗和歸化城土默特兩旗，分別由察哈爾都統(tǒng)和綏遠將軍直接統(tǒng)轄。不參加四十九旗盟會的察哈爾八旗原為林丹汗的部屬，一六三五年（天聰九年）林丹汗子額哲降清，受封為親王，部眾編旗，在義州地區(qū)住牧。一六七五年（康熙十四年）二月，布爾尼（額哲侄，襲王爵）起兵反清。清朝任命信郡王鄂扎為撫遠大將軍前往鎮(zhèn)壓，察哈爾八旗部眾被遷移到宣化、大同邊外，由察哈爾都統(tǒng)統(tǒng)轄，不設(shè)扎薩克，官員也不得世襲。歸化城土默特兩旗，原為俺答汗后裔的部屬。附清后，又反。一六三六年被清朝分編為旗，后歸綏遠城將軍統(tǒng)轄。察哈爾八旗和歸化城土默特兩旗也稱為內(nèi)屬蒙古，清朝對它的統(tǒng)治比內(nèi)扎薩克蒙古更為嚴密。
漠北蒙古 漠北喀爾喀蒙古在多倫會盟后，已確定統(tǒng)治制度。依漠南之制，將原屬土謝圖汗、扎薩克圖汗和車臣汗的蒙古部眾分編為三十四旗，分別統(tǒng)屬于三汗，不另設(shè)盟。噶爾丹敗亡后，三汗部眾返回漠北故地?？滴醯奂臃庠趹?zhàn)亂中有功的蒙古臺吉為扎薩克，編為五十五旗。漠北各旗與漠南各旗并立，被稱為外扎薩克蒙古。
漠西諸部 和碩特部鄂爾齊圖汗被噶爾丹襲殺后，部眾潰散。顧實汗之孫和羅理率廬帳萬余，避居大草灘，得清朝允準，在甘州東北阿拉克山游牧。噶爾丹敗亡后，和羅理請求清朝依照扎薩克蒙古體制設(shè)旗，分編佐領(lǐng)，不設(shè)盟。
青海地區(qū)的和碩特部八臺吉在噶爾丹敗后，謁見康熙帝。康熙帝封達什巴圖（顧實汗子）為和碩親王。其余臺吉也分別封授貝勒、貝子和公爵，但未設(shè)立旗制。
原來遭受噶爾丹侵擾的哈密維吾爾人，清朝稱為“回部”。一六九七年，哈密額貝杜拉伯克，俘獻噶爾丹之子降清。清朝封他為扎薩克，編旗統(tǒng)治，如內(nèi)扎薩克蒙古制度。
（三）西藏地區(qū)統(tǒng)治的建立 一六八二年五世達賴死后，第巴桑結(jié)嘉錯匿喪不報，并以達賴的名義支持噶爾丹。康熙帝與噶爾丹作戰(zhàn)中，從俘虜處得知五世達賴已死，桑結(jié)專政。一六九六年八月，敕諭第巴桑結(jié)說：“爾第巴原系達賴喇嘛下司事之人，……今觀爾陽則奉宗喀巴之教，陰則與噶爾丹朋比”，“先是爾以久故之達賴詐稱尚存，遣濟隆胡土克圖至噶爾丹所，烏蘭布通之役為噶爾丹誦經(jīng)，且擇戰(zhàn)日。且噶爾丹敗，又以講和為詞，貽誤我軍，使噶爾丹得以遠遁”。敕令第巴桑結(jié)：（一）奏明達賴喇嘛已故始末，尊奉班禪主持喇嘛教，應(yīng)召來京；（二）執(zhí)濟隆胡土克圖；（三）押解青海博碩克圖濟農(nóng)所娶噶爾丹之女進京。康熙帝的敕諭最后說，“如有一項不遵，即發(fā)大兵問罪”（《圣祖實錄》卷一七五）。次年三月，第巴上疏請罪，奏陳達賴死事，遵旨定議班禪來京。又陳請緩解濟隆和噶爾丹之女。清廷議復(fù)，仍令押解來京，宥第巴罪。
五世達賴去世已有十五年之久。在此期間，第巴桑結(jié)曾私自認定一六八三年出生的仁青倉央嘉錯為達賴轉(zhuǎn)世，立為六世達賴。清廷不予承認，稱之為假達賴。蒙古和碩特部顧實汗之孫達賴汗，在噶爾丹敗后，曾上疏清朝慶賀。不久死去。次子拉藏汗襲位。第巴桑結(jié)圖謀毒害拉藏汗未逞。拉藏汗被逐出西藏。一七○六年，拉藏汗領(lǐng)兵數(shù)百名返回拉薩，殺第巴桑結(jié)，將假達賴事陳奏清廷?？滴醯勖o軍統(tǒng)領(lǐng)席柱、學(xué)士舒蘭為使，往封拉藏汗為“詡法恭順汗”，并命將假達賴押解來京。十二月，青海西寧喇嘛商南多爾濟奏報：假達賴行至西寧口外病死。次年，拉藏汗另立阿旺伊喜嘉錯為轉(zhuǎn)世的達賴喇嘛，青海蒙古諸臺吉不予承認，彼此爭論?？滴醯矍矁?nèi)閣學(xué)士拉都渾赴西藏看驗。拉都渾回奏青海眾臺吉等與拉藏汗不睦，西藏事務(wù)不便令拉藏汗獨理，應(yīng)遣官一員，前往西藏協(xié)同拉藏汗辦理事務(wù)。一七○九年二月，康熙帝遣侍郎赫壽前往辦理西藏事務(wù)，加強了對西藏的統(tǒng)治。次年，赫壽擢任漕運總督，離藏。
準噶爾部的策旺阿拉布坦，在噶爾丹敗后，仍在伊犁河流域活動，拒不降清，勢力達到烏魯木齊和吐魯番地區(qū)，不斷向清朝統(tǒng)治的哈密地區(qū)竄擾。清兵在巴爾庫爾和阿爾泰等處嚴密防守，也不時西進襲擊。一七一五年，吏部尚書富寧安奉命至甘州，總領(lǐng)軍事。次年十月，康熙遣護理西安將軍額倫特領(lǐng)西安兵駐西寧，聽富寧安調(diào)遣，以防策旺阿拉布坦侵擾青海。十二月，巴爾庫爾將軍祁里德上疏，請派巴爾庫爾之兵明年攻取吐魯番。一七一七年三月，富寧安授靖逆將軍，祁里德為協(xié)理將軍駐巴爾庫爾。出兵八千五百名，分為三隊，不斷襲擊吐魯番。當(dāng)準噶爾部在吐魯番迎戰(zhàn)清軍時，策旺阿拉布坦已另派一支軍兵由弟策零敦多布率領(lǐng)，經(jīng)阿里克路侵入了西藏。清廷全力注視吐魯番，八月才從俘虜處得知策零敦多布自去年十一月即向西藏進軍的情報?？滴醯廴鲆馔?，仍以為“今此兵或征取拉藏收取西邊地方，或幫助拉藏侵犯青海，俱未可定”。依然繼續(xù)加強青海的兵備。富寧安統(tǒng)率的三路軍襲擊吐魯番之后撤回。十月間，青海和碩特蒙古臺吉羅布藏丹津奏報：策零敦多布領(lǐng)兵三千來西藏，欲滅拉藏汗，拉藏汗整兵迎敵，已交戰(zhàn)數(shù)次?？滴醯廴圆灰詾橐?，認為“策零敦多布等之兵，疲弊已極，除陣亡病死外，未必滿二千，又安能取得拉藏城地”，只命防備策零敦多布敗后恣掠?？滴醯蹖Τ枷抡f：“今策旺阿拉布坦本屬小丑，不足為慮”?！敖褚蚱湟票讲?，道路甚遠，又無接應(yīng)，自去年十月起行，今年七月方到”，“兵亦不用多，二百余人便可破之矣”（《圣祖實錄》卷二七五）。與康熙帝的估計相反，策零敦多布在八月間統(tǒng)兵六千，與拉藏汗接戰(zhàn)。十月末攻下拉薩布達拉宮，拉藏汗于十一月初一日被殺，子蘇爾扎被俘（《圣祖實錄》卷二七八）。一七一八年二月，清廷才接到拉藏汗去年十月間請求救兵的奏疏?？滴醯鄄幻餍蝿?，輕敵致誤，準噶爾部輕取拉薩，清廷震動了。
拉藏汗原來扶立的阿旺伊喜嘉錯，不被承認?？滴跷迨辏ㄒ黄咭蝗辏┱拢滴醯壑I理藩院“班禪胡土克圖為人安靜，熟諳經(jīng)典，勤修貢職，初終不倦，甚屬可嘉”（《圣祖實錄》卷二百五十三），依照封達賴喇嘛之例，封班禪為班禪額爾德尼（額爾德尼，滿語珍寶，尊稱），給以印冊，以穩(wěn)定西藏局勢。西藏護法喇嘛則認定康熙四十七年（一七○八年）出生在里塘的羅布藏格桑嘉錯為達賴轉(zhuǎn)世，被奉為呼必爾罕，一七一七年，被青海諸臺吉迎至西寧宗喀巴廟。策零敦多布據(jù)拉薩后，囚禁阿旺伊喜嘉錯，并招誘里塘營官喇嘛。清廷急速調(diào)兵里塘，聲言保護呼必爾罕之本鄉(xiāng)。
一七一八年六月，駐西寧的西安將軍額倫特與侍衛(wèi)色楞分道進兵。七月，至齊諾郭勒，與策零敦多布軍交戰(zhàn)。額倫特至喀喇烏蘇力戰(zhàn)，九月，失敗陣亡。清朝失將軍，損失是嚴重的。康熙帝從輕敵疏誤中取得經(jīng)驗，在西寧和四川分別調(diào)集重兵，從容布署，又分路偵察準噶爾部情勢。一七一九年六月，四川都統(tǒng)法喇令副將岳鐘琪帶領(lǐng)綠旗兵占領(lǐng)里塘，處斬抗拒的第巴，進而進兵巴塘。巴塘第巴受撫投降，法喇領(lǐng)兵在巴塘駐扎，作進軍的準備。八月，清廷得知蒙藏僧眾均奉格桑嘉錯為達賴轉(zhuǎn)世，正式封授格桑嘉錯為達賴喇嘛，定于明年派遣大臣率領(lǐng)大兵護送達賴進藏登座。十二月，康熙帝親自定議，兩路大兵進藏。阿爾泰、巴爾庫爾兩路之兵會合，襲擊吐魯番、烏魯木齊，以使策旺阿拉布坦首尾不能相顧。明年二月，大兵隨達賴進藏。康熙帝告諭議政大臣和軍前召至大臣等說：“朕意如此，事關(guān)重大，不可急迫，從容周詳定議為是?！贝蟪嫉茸h奏：進藏之兵增至一萬二千名護送達賴，派大臣一員為將軍統(tǒng)理。六月下旬，分兵襲擊吐魯番和烏魯木齊。康熙五十九年（一七二○年）正月，康熙帝再次下詔說：“策旺阿拉布坦之人霸占藏地，以我兵遠隔，不能往救?！薄敖駶M漢大臣咸謂不必進兵。朕意此時不進兵安藏，賊寇無所忌憚?；蛏炕笾T番部，將作何處置耶？故特諭爾等，安藏大兵，決宜前進?！保ā妒プ鎸嶄洝肪矶似撸┗首迂范A為撫遠大將軍駐在青海木魯烏蘇，督辦軍務(wù)。宗室延信（康熙帝侄）為平逆將軍送達賴進藏，自青海出兵。四川總督年羹堯請任護軍統(tǒng)領(lǐng)噶爾弼為定西將軍，領(lǐng)云南、四川兩處兵馬進藏?？滴醯垭贩膺_賴為“弘光覺眾第六世達賴喇嘛”，派滿漢官兵及青海諸臺吉之兵護送。四十九旗扎薩克和喀爾喀蒙古也令遣使會送。清軍協(xié)同蒙古諸部護送六世達賴進藏，在宗教上和政治上都取得主動地位，在軍事上也作了周密的部署，雖然路途險阻，勝利在望了。
清軍進兵，以青海為主力。策零敦多布自領(lǐng)準噶爾兵迎擊青海延信軍，分兵二千六百人阻擊南路噶爾弼軍。噶爾弼軍八月初自拉里前進，沿途招降各地的喇嘛和第巴，聚集皮船渡河。八月二十三日起兵，攻取拉薩，封閉達賴倉庫，扎營固守，處決策零敦多布授為總管之喇嘛五人。策零敦多布與延信軍遇，三戰(zhàn)皆敗，逃往伊犁。九月初八日，延信自達木啟程，送達賴進藏。九月十五日，十五歲的六世達賴至布達拉宮坐床登座。囚禁的阿旺伊喜嘉錯被解回京師。清軍順利地獲得全勝。
清兵留兵四千駐拉薩。延信在一七二一年四月回京，命噶爾弼駐藏。噶爾弼稱病罷。九月，策旺諾爾布為定西將軍駐藏，以額駙阿寶、都統(tǒng)武格參軍事。清廷廢除第巴執(zhí)政的舊制，參用拉藏汗時設(shè)噶倫（政務(wù)官員）的制度，封賞西藏有功貴族四人以爵位，俱為噶倫執(zhí)政。阿里第巴康濟鼐封貝子，管理衛(wèi)藏和阿里地方政務(wù)。空布第巴阿爾布巴亦封貝子，協(xié)助康濟鼐總領(lǐng)西藏事務(wù)。第巴隆布奈封輔國公，管理前藏政務(wù)。頗羅鼐授扎薩克一等臺吉，管理后藏政務(wù)。四噶倫中，康濟鼐為第一噶倫?？滴醯劢⑵饘ξ鞑氐慕y(tǒng)治，親制平定西藏碑文，在拉薩立石。
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