胚胎形成制造的一個進化工程解決方法可能是這樣工作的：一開始產生億萬個隨機的分子級“人工DNA”串，每一個都可以被轉譯為塊狀的三維分子結構。然后預先設計好的分子級納米機器人進入塊狀物內，測量其想得到的微產品的形狀和功能的相似程度。那些得到更高分值的塊狀物將會使其相應的人工DNA生存下來并且在下一代有更多的復制品(孩子)。

　　根據(jù)達爾文理論，那些功能上差些的塊狀物會死亡，因此產生了一種“適者生存”的策略。子DNA然后會微小“變異”(也就是在某方面改變人工DNA中的化學指令)。偶爾地，一個變異的子DNA會產生比其父輩“更適應”(表現(xiàn)上更好)的塊狀物。通過很多次循環(huán)后，一個能夠生長出合適形狀和功能的塊狀物所相應的合適的人工DNA就產生了，結果是一個能夠表現(xiàn)出某種有用功能的分子產品。