衛(wèi)軍一方面被衛(wèi)官私家役使，甚至被逼為朝中權(quán)要種田。月糧既被克扣，又須交納月錢，供上官揮霍。隆慶三年（1569）蕭廩出核陜西四鎮(zhèn)兵食，發(fā)見被隱占的卒伍至數(shù)萬人（《明史卷二二七·蕭廩傳》）。軍士無法生活，一部分改業(yè)為工人商販，以所得繳納上官。景帝即位時，劉定之上言十事，論當(dāng)時情形：

天下農(nóng)出粟，女出布，以養(yǎng)兵也。兵受粟于倉，受布于庫，以衛(wèi)國也。向者兵士受粟布于公門，納月錢于私室，于是手不習(xí)擊刺之法，足不習(xí)進(jìn)退之宜，第轉(zhuǎn)貨為商，執(zhí)技為工，而以工商所得，補納月錢。民之膏血，兵之氣力，皆變?yōu)榻疸y，以惠奸宄。一旦率以臨敵，如驅(qū)羊拒狼，幾何其不敗也。（《明史卷一七六》）

大部分不能忍受的，相率逃亡，有的秘密逃回原籍，如正統(tǒng)時李純所言：

三年（1438）十月辛未，巡按山東監(jiān)察御史李純言：遼東軍士往住攜家屬潛從登州府運船，越海道逃還原籍。而守把官軍，受私故縱。（《明英宗實錄卷四七》）

有的公開請假離伍：

正統(tǒng)十一年（1446）五月己卯，福建汀州府知府陸征言：天下衛(wèi)所軍往往假稱欲往原籍取討衣鞋，分析家貲，置備軍裝。其官旗人等貪圖賄賂，從而給與文引遣之。及至本鄉(xiāng)，私通官吏鄉(xiāng)里，推稱老病不行，轉(zhuǎn)將戶丁解補。到役未久，托故又去。以致軍伍連年空缺。（《明英宗實錄卷一四一》）

其因罪謫戍的，則預(yù)先布置，改換籍貫，到衛(wèi)即逃，無從勾捕：

宣德八年（1433）十二月庚午，巡按山東監(jiān)察御史張聰言：遼東軍士多以罪謫戍，往往有亡匿者。皆因編發(fā)之初，奸頑之徙，改易籍貫，至衛(wèi)即逃。比及勾追，有司謂無其人，軍伍遂缺。（《明宣宗實錄卷一百七》）

沈德符記隆萬時戍軍之亡匿情形，直如兒戲。他說：

吳江一叟號丁大伯者，家溫而喜談飲，久往來予家。一日忽至邸舍，問之，則解軍來。其人乃捕役妄指平民為盜，發(fā)遣遼東三萬衛(wèi)充軍，亦隨在門外。先人語之曰：慎勿再來，倘此犯逸去，奈何！丁不顧，命之入叩頭，自言姓王，受丁恩不逸也。去甫一月，則王姓者獨至邸求見。先人駭問之，云已訖事，丁大伯亦旦夕至矣。先人細(xì)詰其故，第笑而不言。又匝月而丁來，則批回在手。其人到伍，先從間道逸歸，不由山海關(guān)，故反早還。因與丁作伴南旋。近聞中途亦有逃者，則長解自充軍犯，雇一二男女，一為軍妻，一為解人，投批到衛(wèi)收管，領(lǐng)批報命時竟還桑梓。彼處戍長，以入伍脫逃；罪當(dāng)及己，不敢聲言。且利其遺下口糧，潛入囊橐。而荷戈之人，優(yōu)游閭里，更無誰何之者。（《野獲編補遺》）

衛(wèi)所官旗對于衛(wèi)軍之逃亡缺額，非但毫不過問，并且引為利源。因為一方面他們可以干沒逃亡者的月糧，一方面又可以向逃亡者需縈賄賂。永樂十二年（公元1414）明成祖曾申說此弊：

十月辛巳上諭行在兵部臣曰：今天下軍伍不整肅，多因官吏受賕，有縱壯丁而以罷弱充數(shù)者；有累歲缺伍不追補者；有偽作戶絕及以幼小紀(jì)錄者；有假公為名而私役于家者。遇有調(diào)遣，十無三四。又多是幼弱老疾，騎士或不能引弓，步卒或不能荷戈，緩急何以濟(jì)事?。ā睹鞒勺鎸嶄浘硪晃迤摺罚?/p>

五年后監(jiān)察御史鄧真上疏說軍衛(wèi)之弊，也說：

內(nèi)外各衛(wèi)所軍士，皆有定數(shù)，如伍有缺，即當(dāng)勾補。今各衛(wèi)所官吏惟耽酒色貨賄，軍伍任其空虛。及至差人勾補，縱容賣放，百無一二到衛(wèi)，或全無者；又有在外娶妻生子不回者。官吏徇私蒙蔽，不行舉發(fā)。又有勾解到衛(wèi)而官吏受贓放免；及以差使為由，縱其在外，不令服役。此軍衛(wèi)之弊也?！保鞒勺鎸嶄浘矶痪牛?/p>

在這情形下，明史兵志記從吳元年十月到洪武三年十一月，三年中軍士逃亡者四萬七千九百余。到正統(tǒng)三年（1438）離開國才七十年，這數(shù)目就突增到一百二十萬有奇，占全國軍伍總數(shù)二分之一弱。據(jù)同年巡按山東監(jiān)察御史李純的報告，他所視察的某一百戶所，照理應(yīng)有旗軍一百十二人，可是逃亡所剩的結(jié)果，只留一人（《明英宗實錄卷四七》）。

邊防和海防情況：遼東的兵傭在正德時已非常廢弛，開原尤甚，士馬才十二，墻堡墩臺圯殆盡，將士依城塹自守，城外數(shù)百里，悉為諸部射獵地（《明史卷一九九·李承勛傳》）。薊鎮(zhèn)兵額到嘉靖時也十去其五，唐順之覆勘薊鎮(zhèn)邊務(wù)首疏：

“從石塘嶺起，東至古北口墻子嶺馬蘭谷，又東過灤河，至于太平寨燕河營，盡石門寨而止，凡為區(qū)者七。查得原額兵共七萬六百零四名，見在四萬六千零三十七名。逃亡二萬四千五百六十七名。又從黃花鎮(zhèn)起，西至于居庸關(guān)，盡鎮(zhèn)邊城而止，凡為區(qū)者三，查得原額兵共二萬三千二十五名，逃亡一萬零一百九十五名?？們申P(guān)十區(qū)之兵，原額共九萬三千八百二十四名，見在五萬九千六十二名，逃亡三萬四千七百六十二名……薊兵稱雄，由來久矣。比臣等至鎮(zhèn)，則見其人物瑣軟，筋骨綿緩，靡靡然有暮氣之惰，而無朝氣之銳。就而閱之，力士健馬，什才二三，鈍戈弱弓，往往而是。其于方圓牝牡九陣分合之變，既所不講，劍盾槍箭五兵之長，亦不能習(xí)。老羸未汰，紀(jì)律又疏，守尚不及，戰(zhàn)則豈堪。（《荊川外集卷二》）

沿海海防，經(jīng)積弛后，尤不可問。《明史卷二○五·朱傳》記嘉靖二十六年時閩浙情形說：

漳泉巡檢司弓兵舊額二千五百余，僅存千人……浙中衛(wèi)所四十一，戰(zhàn)船四百三十九，尺藉盡耗。

海道副使譚綸述浙中沿海衛(wèi)所積弊：

衛(wèi)所官軍既不能以殺賊，又不足以自守，往往歸罪于行伍空虛，徒存尺藉，似矣。然浙中如寧紹溫臺諸沿海衛(wèi)所，環(huán)城之內(nèi)，并無一民相雜，廬舍鱗集，登非衛(wèi)所之人乎？顧家道殷實者，往往納充吏承，其次賂官出外為商，其次業(yè)藝，其次投兵，其次役占，其次搬演雜劇，其次識宇，通同該伍放回附近原籍，歲收常例，其次舍人，皆不操守。即此八項，居十之半，且皆精銳。至于補伍食糧，則反為疲癃殘疾，老弱不堪之輩，軍伍不振，戰(zhàn)守?zé)o資，弊皆坐此。至于逃亡故絕，此特其一節(jié)耳。（胡宗憲《籌海圖編卷一一·經(jīng)略一·實軍伍》）

以至一衛(wèi)軍士不滿千余，一千戶所不滿百余（同上兵部尚書張時徹語）。一遇事變，便手足無措。倭寇起后，登陸屠殺，如入無人之境。充分證明了衛(wèi)軍的完全崩潰，于是有募兵之舉，另外召募壯丁，加以訓(xùn)練，抵抗外來的侵略。