清華到底是個學校，此則是一純粹研究機關。

清華到底在一處（北平），此則無所不在。

清華各種關系太多，此則究竟是個小小自己的園地。

所以在清華不便派人長期在外時，可由我們任之。……清華有感覺不便者，我們成之，如此而已！[4]

早在史語所成立之初，傅斯年就以中央研究院歷史語言研究所籌備處的名義撰寫了《歷史語言研究所工作之旨趣》一文，明確提出：“歷史學不是著史；著史每多多少少帶點古世中世的意味，且每取倫理家的手段，作文章家的本事。近代的歷史學只是史料學，利用自然科學供給我們的一切工具，整理一切可逢著的史料，所以近代史學所達到的范域，自地質學以至目下新聞紙，而史學外的達爾文論正是歷史方法之大成。”文中，傅斯年以其淵博的學識和天才的構想，概括地提出了歷史學與語言學研究的三個標準：

（一）凡能直接研究材料，便進步；凡間接的研究前人所研究或前人所創(chuàng)造之系統(tǒng)，而不繁豐細密的參照所包含的事實，便退步。

（二）凡一種學問能擴張他所研究的材料便進步，不能的便退步。

（三）凡一種學問能擴充他作研究時應用工具的，則進步，不能的，則退步。實驗學家之相競如斗寶一般，不得其器，不成其事，語言學和歷史學亦復如此。

在三條標準中，傅氏特別強調：“一分材料出一分貨，十分材料出十分貨，沒有材料便不出貨?！薄拔覀儾皇亲x書的人，我們只是上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西！”

最后，傅斯年以他慣有的“大炮”性格振臂高呼：

一、把些傳統(tǒng)的或自造的“仁義禮智”和其它主觀，同歷史學和語言學混在一氣的人，絕對不是我們的同志！

二、要把歷史學語言學建設得和生物學地質學等同樣，乃是我們的同志！

三、我們要科學的東方學之正統(tǒng)在中國！[5]

同陳寅恪一樣，作為學術“大鱷”的傅斯年，盡管游學歐洲七年，卻是為學問而學問，沒有弄到一頂碩士或博士帽子，但憑其出眾的學識與大氣磅礴的組織能力，受到學術界普遍的欽佩與尊重，李濟在后來的回憶中說道：“以歷史語言研究所為大本營在中國建筑‘科學的東方學正統(tǒng)’，這一號召是具有高度的鼓舞性的，舉起這面大旗領首向前進的第一人，是年富力強的傅斯年。那時他的年齡恰過三十不久，意氣豐盛，精神飽滿，渾身都是活力；不但具有雄厚的國學根柢，對于歐洲近代發(fā)展的歷史學、語言學、心理學、哲學以及科學都有徹底的認識。他是這一運動理想的領導人，他喚醒了中國學者最高的民族意識，在很短的時間內就聚集了不少運用現(xiàn)代學術工具的中年及少年學者。” [6]

對這一輝煌的科學發(fā)展前景，極富理性與科學眼界的李濟沒有因為傅斯年的大呼小叫而陶醉，反而為之擔心并提出警告：“口號是喊響了，熱忱是鼓起來了，如何實行？若是這進一步的問題不能圓滿解決，口號將止于口號，熱忱終要消散的?！盵7]

傅斯年畢竟非等閑之輩，亦不愧是胡適盛贊的“人間最稀有的一個天才”，[8]他同樣意識到了這一點，因而在處理各項事務時，較之中山大學時代更加謹慎、務實和富有遠見。經(jīng)過一年的籌備經(jīng)驗及各方面的反復磨合，到1929年6月，在傅斯年主持的所務會議上，正式?jīng)Q定把全所的工作范圍由原來預設的九個組，壓縮為歷史、語言、考古三個組，通稱一組、二組、三組。主持各組工作的分別是陳寅恪、趙元任、李濟“三大主任”。后又增設第四組--人類學組，由留美的“海龜”吳定良博士主持工作。這一體制，直到史語所遷往臺灣都未變更（南按：其中有一段時間，人類學組從史語所分出，成立人類體質學研究所籌備處，但終未正式獨立建所）。

萬事俱備，只欠東風，中央研究院歷史語言研究所就要鳴鑼開張了。當三個組的人員各就各位后，傅斯年以非凡的處事能力與人脈關系，很快為第一組找到了內閣大庫檔案，指定了漢簡與敦煌材料的研究范圍；為第三組劃定了安陽與洛陽的調查。二組的語言調查工作也相應地開展起來。

為了消除李濟擔心的“口號將止于口號”這一形式主義的疾痼，富有學術遠見的傅斯年于史語所籌備階段的1928年8月12日，便指派時任中山大學副教授、史語所通信員董作賓，悄悄趕往安陽殷墟，對甲骨出土地進行調查并收集甲骨了。

所謂甲骨文，即刻在龜甲和獸骨上的一種古老文字，其作用就像遠古的先民“結繩紀事”一樣，屬于一種“紀錄文字”。當這些龜甲和獸骨上的文字未被識讀之前，只是被當做不值錢的藥材出現(xiàn)在大小藥店。而一旦上面的古文字被確認，天下震驚，中華遠古文明的大門轟然洞開。