將軍足利義政此時還希望做個和事佬，但在三月的“花之御所”落成典禮上，雙方已經(jīng)明顯不和，山名和細(xì)川都是戎裝出場，準(zhǔn)備械斗。會后，細(xì)川勝元立刻召開細(xì)川派會議，討論一雪御靈神社之恥，京極持清、畠山政長、赤松政則、斯波義敏、武田國信等細(xì)川派大佬軍力云集。五月，細(xì)川軍赤松政則攻擊播磨，斯波義敏攻擊越前、尾張，武田家則攻擊若狹，同時，大內(nèi)家與河野家也率軍進(jìn)京，山名派的山名持豐、畠山義就、一色義直、土岐成賴等大佬也云集于斯波義廉府邸，集合軍隊(duì)。細(xì)川家列陣于京都東北，稱東軍；山名家列于京都西南，稱西軍。戰(zhàn)爭全面展開。

東軍先發(fā)制人，襲擊西軍的正實(shí)坊并攻進(jìn)將軍府，占領(lǐng)室町幕府，控制了將軍和足利義視以及天皇，而日野富子和足利義尚則投奔了西軍，雙方各以自己的府邸為本陣在京都布陣。根據(jù)記錄，東軍兵力多達(dá)16萬，西軍則多達(dá)11萬。

開戰(zhàn)之初，作為“官軍”的東軍主動出擊，而兵力未集的西軍初戰(zhàn)不利，京都無數(shù)的寺院被燒為灰燼。東軍在初期表現(xiàn)非常英勇，他們要一雪御靈神社合戰(zhàn)的恥辱，個個勇往直前。西軍方面賴有朝倉孝景發(fā)揮一流古惑仔的實(shí)力，一夫當(dāng)關(guān)，方能保持不敗。

雙方在京都的戰(zhàn)役讓京都損失慘重，七月，大內(nèi)政弘到達(dá)京都，這才使西軍的局勢改觀，此時，一個戲劇性的事件發(fā)生了。原本為細(xì)川所支持的足利義視突然在是年八月出奔伊勢投靠北畠教具。原因很簡單，細(xì)川勝元曾經(jīng)在武衛(wèi)家騷亂后流放了伊勢貞親，但在此時，將軍義政卻把伊勢貞親招回。貞親是義尚派的，他的回歸是義尚派得勢的信號。義視此后雖然被細(xì)川勝元勸回，但又再度出奔比山。將軍嗣位問題為之一變：東軍擁護(hù)義尚，成為幕府方官軍，西軍轉(zhuǎn)而擁護(hù)義視。中央的戰(zhàn)亂擴(kuò)大到關(guān)東、東北、九州、四國等地，加上大饑荒以后的民變，終于釀成了全國性的大動亂。

文明三年（1471），西軍大將朝倉孝景轉(zhuǎn)投東軍，原因是被幕府以越前守護(hù)之職誘惑。這對西軍來說是一個致命打擊，導(dǎo)致西軍元?dú)獯髠?/p>

文明五年（1473），東西軍的精神領(lǐng)袖山名持豐和細(xì)川勝元先后死去。在戰(zhàn)亂多年以后，雙方都沒有再戰(zhàn)的欲望。次年，雙方的繼承人細(xì)川政元和山名政豐講和，西軍部分將領(lǐng)宣布?xì)w順幕府，到文明九年（1477），西軍將領(lǐng)大內(nèi)義弘為日野富子所賄，返回屬國，西軍事實(shí)上解體，足利義視逃亡美濃。幕府在是年十一月召開“天下靜謐”慶祝宴會，標(biāo)志著應(yīng)仁之亂落下帷幕。

事實(shí)上，這樣的結(jié)局根本不值得慶賀。在這場十年戰(zhàn)亂中，京都化為一片焦土，連將軍宅邸花之御所也化為廢墟。由于眾多守護(hù)大名集合京都混戰(zhàn)，地方上以“守護(hù)代”為代表的武士勢力開始強(qiáng)大。損失最慘重的莫過于幕府，幕府的優(yōu)柔寡斷是引起戰(zhàn)亂的主要原因，因此威信全失。饑荒和戰(zhàn)亂還導(dǎo)致了大量的莊園公領(lǐng)地破產(chǎn)，莊園公領(lǐng)制此后陷入了完全的崩潰。地方上，領(lǐng)地國人、商人、自治團(tuán)體紛紛趁亂而起，一個以下克上的亂世開始了。