“下克上”這種事情，做多了，是會上癮的。永祿八年（1565），松永久秀聯(lián)手三好三人眾進行了又一次的“下克上”，這一次，堪稱是戰(zhàn)國時代最火暴的一次“下克上”行動，因為松永久秀直接模仿“嘉吉之亂”中的赤松滿祐，把“下克上”的矛尖對準了高高在上的幕府大將軍足利義輝，而且采取的是公開的殺人放火行為。
　　
　　足利義輝不是泛泛之輩，他一生中致力于恢復室町幕府的榮光。因此，他不但本人學習了著名劍術(shù)家原卜和上泉信綱的劍法，成為一名赫赫有名的劍豪將軍，而且在外交上也主動出擊，介入了武田信玄與長尾景虎、毛利元就和尼子晴久等一對對大名之間的爭執(zhí)中，積極充當調(diào)停人的角色。另外，他還接受了織田信長、上杉謙信和大友宗麟的覲見，信長甚至允諾幫助他恢復幕府的尊嚴。
　　
　　這樣一個不聽話的將軍自然不對松永久秀這樣一個野心家的胃口。他需要的是一個能被他玩弄于股掌之上，能對他俯首聽命的傀儡將軍，足利義輝明顯并不符合這一條件。在這一點上，松永久秀和三好三人眾的看法是一致的，于是他們一拍即合，決定換掉這個不聽話的將軍。他們挑好了代替足利義輝的人：義輝的從弟足利義榮，此人足夠聽話，很適合充當他們被利用的工具。另一方面，足利義輝所仰賴的南近江六角家由于遭到淺井家的背叛和織田信長的進攻，自顧不暇，這也給了松永久秀等人很好的機會。
　　
　　永祿八年（1565）五月十九日，松永久秀聯(lián)合三好三人眾，帶著軍隊明火執(zhí)仗地包圍了將軍的駐地二條御所，公然向幕府將軍的權(quán)威挑戰(zhàn)。一群人沖進了足利義輝的居城，足利義輝對此也有準備，他從容不迫地提起秘藏的寶刀迎敵，憑借著自己劍豪的出色能力，殺傷多人，在短時間確實逼退了前來進攻的叛亂者。然而，雙拳難敵四手，松永久秀的軍隊越來越多，從四面包圍了二條御所，足利義輝在砍殺多人后也受傷多處，被長槍刺死，臨終前留下了一句悲壯的辭世詩：“五月之雨，譬如朝露，又如淚水，我之名字，扶搖直上，而達云霄?！睂④姷哪赣H慶壽院也在這次叛亂中殉死。
　　
　　“永祿之變”震驚天下，松永久秀因此而背負上了弒主的惡名，足利義輝之弟覺慶在奈良的興福寺出家，聽說消息以后，就在細川藤孝等人的幫助下逃脫，前往投靠南近江的和田惟政，繼而輾轉(zhuǎn)越前，最后在織田信長的幫助下宣布自己是合法的幕府將軍。此人便是后來的室町幕府末代將軍足利義昭。
　　
　　足利義輝死后，在永祿之變中合作愉快的松永久秀和三好三人眾很快反目。事實上，松永與三好三人眾之間的關(guān)系一直處于惡劣的狀態(tài)，在永祿之變中，他們不過是心照不宣的互相利用，狼狽為奸的關(guān)系。在合作完了以后，雙方為爭奪利益，自然會陷入分裂。永祿八年（1565）十一月，永祿之變后不到半年，三好三人眾就突然襲擊了松永一方的飯盛山城，身為三好家的繼承人的三好義繼此時卻只好逃到高屋城避難。這次襲擊拉開了新一輪京畿大戰(zhàn)的序幕。三好三人眾的同盟、大和的國人眾筒井順慶配合三人眾發(fā)動攻勢。在松永平定大和國的期間，筒井順慶作為大和國人眾的領(lǐng)袖，一直遭到打壓，流亡在外。永祿九年（1566）四月，三好三人眾和筒井順慶聯(lián)軍攻打多聞山城，狡猾的松永久秀眼見不敵，就搬出了的商人津田宗達作為調(diào)停人。三好三人眾眼看已占優(yōu)勢，于是就接受了調(diào)停的建議。
　　
　　不過這次的?；鸩贿^是一個短暫的插曲。永祿九年（1566）六月，筒井順慶奪回了被松永占據(jù)的居城筒井城，局勢向著更利于三人眾的方向發(fā)展。同月，三好三人眾舉行了三好家的家督繼承儀式，擁立三好義繼為家督，并操縱三好義繼發(fā)動了對松永久秀的討伐。
　　
　　永祿十年（1567），三好義繼因為與三人眾的不和而逃奔信貴山城投奔松永久秀，雙方的戰(zhàn)爭陷入了白熱化狀態(tài)。三好義繼的逃亡激怒了三好三人眾，他們聯(lián)合筒井順慶再次出兵多聞山城，十月，三好三人眾與筒井聯(lián)軍在奈良東大寺布陣。東大寺為一座華嚴宗的佛教寺院，始建于奈良時代，其金堂因為供奉著一座盧舍那佛而被稱為大佛殿。十月十日子夜時分，松永久秀與三好義繼出兵奇襲東大寺的三好筒井聯(lián)軍，夜襲中，東大寺的大佛殿被兵燹所及，起了火災(zāi)，到丑時，東大寺大佛殿回廊已經(jīng)化為一片廢墟。當然，也有材料認為，這是松永久秀在夜襲中悍然放火，燒毀了東大寺，以松永久秀無法無天的一貫性格來看，這樣的行為不是不可能的。