正是有如此這般的理性認(rèn)識，蔡元培才會在“兼容并包”的旗幟下保護(hù)和支持陳獨(dú)秀、胡適掀起的新文化運(yùn)動。今人夸大了新文化運(yùn)動的勢力，以為“兼容并包”是新派對舊派的寬容；其實(shí)當(dāng)初舊派是主流，新派恰為反對派，“兼容并包”是從舊派那里去爭取新派生存與發(fā)展空間。陳獨(dú)秀與蔡元培的性格頗不一致，陳獨(dú)秀人如“霹靂火”，圭角畢露；文如拼命三郎，鋒芒逼人。而蔡元培卻是“極高明而道中庸”，連疾言厲色也不見。參閱鄭勇：《蔡元培影象》第92頁，濟(jì)南：山東畫報(bào)出版社2001年5月版。但并不妨礙蔡元培盛贊：“近代學(xué)者人格之美，莫如陳獨(dú)秀”；見劉太希：《蘇曼殊與陳獨(dú)秀》，《太希詩文叢稿》第55頁。也不妨礙陳獨(dú)秀視蔡元培為“我們”之中的一員：

自戊戌政變以來，蔡先生自己常常傾向于新的進(jìn)步的運(yùn)動，然而他在任北大校長時(shí)，對于守舊的陳漢章、黃侃，甚至主張清帝復(fù)辟的辜鴻銘，參與洪憲運(yùn)動的劉師培，都因?yàn)樗麄儗W(xué)問可為人師而和胡適、錢玄同、陳獨(dú)秀容納在一校；這樣容納異己的雅量，尊重學(xué)術(shù)思想自由的卓見，在習(xí)于專制好同惡異的東方人中實(shí)所罕有。陳獨(dú)秀：《蔡孑民先生逝世后感言》。

胡適性格與蔡元培的溫文儒雅相近，而年齡相差兩屬，是兩代人，理當(dāng)有代溝。但并不妨礙蔡元培對胡適稱贊備至，視為精靈；也不妨礙胡適引蔡元培為知己：

當(dāng)我在北京大學(xué)出任教授的時(shí)候，北大校長是那位了不起的蔡元培先生。蔡校長是位翰林出身的宿儒。但是他在德國也學(xué)過一段時(shí)期的哲學(xué)，所以也是位受過新時(shí)代訓(xùn)練的學(xué)者，是位極能接受新意見新思想的現(xiàn)代人物。他是一位偉大的領(lǐng)袖，對新文學(xué)發(fā)生興趣，并以他本人的聲望來加以維持。胡適：《口述自傳》，《胡適自傳》第247頁，南京：江蘇文藝出版社1995年9月版。

新文化運(yùn)動的反對派從來就是將蔡元培與陳獨(dú)秀、胡適捆在一起炮轟的。林紓在小說《妖夢》中擬胡適為“秦二世”，狀陳獨(dú)秀為“貓頭鷹”，罵蔡元培為“元緒”--即大烏龜。周作人說：“這元緒公尤其是刻意的罵人話。”其實(shí)蔡、陳、胡三人都曾玩過白話小說（蔡1904年寫《新年夢》、陳獨(dú)秀1904年寫《黑天國》、胡適1906年寫《真如島》）,他們卻沒有“以暴易暴”地以小說與林紓對罵。當(dāng)自稱“拼我殘年，極力衛(wèi)道”的林紓于1919年3月18日在《公言報(bào)》上發(fā)表致蔡元培的公開信（《致蔡鶴卿太史書》），蔡元培當(dāng)天即致函《公言報(bào)》（《致〈公言報(bào)〉函并附答林琴南君函》），公開回?fù)袅旨偟奶翎叀Ｖ腔鄣牟淘鄾]有用你說我是“痞子”我即說“痞子運(yùn)動好得很”之類邏輯來回答林紓，而以事實(shí)為依據(jù)，用“中庸”的邏輯駁斥了林紓對北大“覆孔、孟，鏟倫?！薄氨M廢古書，行用土語為文字”的兩項(xiàng)指責(zé)，并理直氣壯地為北大的新派教員辯護(hù)：

胡(適)君家世漢學(xué)，其舊作古文，雖不多見，然即其所作《中國哲學(xué)史大綱》言之，其了解古書之眼光，不讓于清代乾嘉學(xué)者。錢(玄同)所作之文字學(xué)講義，學(xué)術(shù)文通論，皆大雅之文言。周(作人)所譯之《域外小說》，則文筆之古奧，非淺學(xué)者所能解。然則公何寬于《水滸》、《紅樓》之作者，而苛于同時(shí)之胡、錢、周諸君耶?

在逐一辯駁了林紓的種種指責(zé)以后，蔡元培接著從正面闡明自己主持北京大學(xué)的“兩種主張”：

(一)對于學(xué)說，仿世界各大學(xué)通例，循“思想自由”原則，取兼容并包主義……無論為何種學(xué)派，茍其言之成理，持之有故，尚不達(dá)自然淘汰之運(yùn)命，雖彼此相反，而悉聽其自由發(fā)展。

(二)對于教員，以學(xué)詣為主。在校講課，以無背于第一種之主張為界限。其在校外之言動，悉聽自由，本校從不過問，亦不能代負(fù)責(zé)任。例如復(fù)辟主義，民國所排斥也，本校教員中，有拖長辮而持復(fù)辟論者，以其所授為英國文學(xué)，與政治無涉，則聽之。籌安會之發(fā)起人，清議所指為罪人也，本校教員中有其人，以其所授古代文學(xué)，與政治無涉，則聽之?！蛉瞬胖翞殡y得，茍求全責(zé)備，則學(xué)校殆難成立。且公私之間，自有界限。

蔡元培“思想自由、兼容并包”的辦學(xué)方針，原是在北大校內(nèi)演講上發(fā)布，在《北京大學(xué)月刊》、《北京大學(xué)日刊》上發(fā)表，傳播有限。這次蔡元培則趁機(jī)公之于全社會，令其廣為傳播。這封信與其說是致林琴南的，還不如說是致全社會的公開信。有人說更是給總統(tǒng)徐世昌看的，因?yàn)榭偨y(tǒng)未必了解北大的辦學(xué)方針，也要對他啟蒙。

與林紓的公開論戰(zhàn)，恰見證了陳獨(dú)秀所云，蔡元培“有關(guān)大節(jié)的事”，“倔強(qiáng)的堅(jiān)持”以及蔣夢麟所云他“白刃可蹈的中庸”，盡管他“態(tài)度還很溫和”。正是這種溫和的倔強(qiáng)，使蔡元培成為新文化運(yùn)動中不可多得的“大護(hù)法”：惟其溫和，則較陳獨(dú)秀回避了許多攻擊的鋒芒；惟其倔強(qiáng)，則如陳獨(dú)秀一樣堅(jiān)持原則不讓步。

蔡元培主張學(xué)術(shù)研究自由，可是并不主張假借學(xué)術(shù)的名義，作任何違背真理的宣傳；不但不主張，而是反對。有如馬克思的思想，他以為在大學(xué)里是可以研究的，可是研究的目的決不是為共產(chǎn)黨作宣傳，而是為學(xué)生解惑去蠱，因?yàn)橛泻闷嫘亩鵁o辨別力，是青年迷惑的根源。不過在“五四”時(shí)代，北京大學(xué)并未開過馬克思主義研究的課程。經(jīng)學(xué)教授中有新帝制派的劉師培先生，為一代大師，而劉教的是三禮、《尚書》和訓(xùn)詁，絕未講過一句帝制。英文教授中有名震中外的辜鴻銘先生，是老復(fù)辟派，他教的是英詩（他把英詩分為“外國大雅”、“外國小雅”、“外國國風(fēng)”、“洋離騷”等，“我在教室里想笑而不敢笑，卻是十分欣賞，也從來不曾講過一聲復(fù)辟。”羅家倫：《偉大與崇高--謹(jǐn)以此文紀(jì)念先師蔡孑民先生百年誕辰》，臺灣《傳記文學(xué)》第10卷第1期。--這是羅家倫的話。通過這番解說，我們就能更深刻地了解到蔡元培“兼容并包”中有著堅(jiān)挺的原則底線，而決非此亦是非、彼亦是非的和稀泥，這才保證北大健康的發(fā)展方向。