亞當斯政府是第一個具有明顯黨派性的全國政府，聯(lián)邦黨人控制了各個權力部門，黨同伐異，迫害異己，政治專橫。對內(nèi)頒布了不得民心的高壓法令，嚴重侵犯了人民的權利。對外實行親英政策，使美法關系走到了戰(zhàn)爭的邊緣。所有這些都激起杰斐遜的強烈不滿。為此他起草了《肯塔基決議案》，伸張 1776精神 和民主共和原則，團結一切進步人士，反對聯(lián)邦黨人的倒行逆施。此后，大部分國民對亞當斯政府失去了好感。

1800年大選是美國歷史上最激烈而隆重的選舉之一，兩黨之爭達到空前的高潮。聯(lián)邦黨人攻擊共和黨人具有雅各賓主義和恐怖主義傾向，而杰斐遜的支持者則指責對方政治專橫，剝奪了人民的民主權利，甚至指責他們的目的是恢復貴族政治。最終杰斐遜大獲全勝。在近代史上，反對黨第一次從執(zhí)政黨手中程序性地接管了國家政權，杰斐遜成了美國歷史上第一位在大選中擊敗執(zhí)政黨當選總統(tǒng)的在野黨領袖。聯(lián)邦黨從此逐漸走進了歷史，隨之而來的是 弗吉尼亞王朝 的延續(xù)和共和黨人長達二十多年的政治統(tǒng)治。

總統(tǒng)1801年3月4日中午，杰斐遜拒絕衛(wèi)隊的護送和像其前任那樣佩帶寶劍，與幾位朋友一同步行來到會場，發(fā)表了一個旨在清除隔閡，加強合作的就職演說。這個就職儀式是簡短樸實的，充分體現(xiàn)了平民精神和親民原則，為許多后繼者所仿效。

杰斐遜希望建立一個民主、理性和有限權威的政府，一上任就著手革除積弊，以開創(chuàng)一個體現(xiàn) 1800年革命 精神的嶄新局面。他一貫倡導民主和自治，防止專制暴政，主張嚴格解釋憲法，限制政府權力。他精簡軍隊，裁撤冗員，促使政府采取措施，開源節(jié)流，減輕民眾負擔，廢除了曾觸發(fā)威士忌酒暴動的聯(lián)邦酒稅。他還廢除了上屆政府頒布的一些為民眾所厭惡的法令，同時致力于消彌黨派分歧。

在總統(tǒng)的日常工作中，杰斐遜保持了廉潔和親民的樸實作風，廢除了許多繁文縟節(jié)和等級差別。他開創(chuàng)了白宮向公眾開放的先例，舉辦宴會時使用圓桌，以取消席位等級，還取消外事活動中的繁瑣禮儀。但有一次，他因穿著睡衣接見英國使節(jié)而受到嘲笑和指責。

在任免問題上，杰斐遜在理論上主張政府向德才兼?zhèn)涞娜碎_放，但在實際操作中采取了務實的態(tài)度，免除了那些政治觀點保守而又缺乏工作能力的人的職務，同時把一批忠于共和主義原則并有能力的人充實進政府各部門。其中，國務卿詹姆斯·麥迪遜和財政部長艾伯特·加勒廷是其最重要的內(nèi)閣成員，他們既是杰斐遜最得力的助手，又是總統(tǒng)忠實的政治追隨者和好朋友。但他堅決反對結黨營私，以免政府機構成了少數(shù)人的專屬領地和以權謀私的工具。

杰斐遜召回了大部分駐外使節(jié)，為國家節(jié)省了大量資金和寶貴的人力。這也說明，杰斐遜在外交領域奉行孤立主義原則，以盡可能避免參與歐洲事務。

入主白宮后，杰斐遜繼承發(fā)揚了他在蒙蒂賽洛的好客精神，經(jīng)常設宴款待各方賓朋。來客中有內(nèi)閣成員、國會議員、科學家、探險家、藝術家、外國使節(jié)和友人等，也有聯(lián)邦黨人和政治上的反對派。他創(chuàng)造了一種 民主的 進餐制度，即客人們可以隨意就座。杰斐遜這樣做的目的在于：為各方面創(chuàng)造一個機會，加強相互溝通和了解，以消彌隔閡和偏見，創(chuàng)造一種和諧融洽的政治氛圍，同時也可以使他多了解一些外界的信息，聽一聽不同的意見和聲音。

杰斐遜的所有施政措施都是經(jīng)過深思熟慮的，其目的只有一個 把聯(lián)邦的航船引入人類自由民主的偉大航程。

但在面對廣闊的西部土地的時候，杰斐遜卻放棄了孤立原則，使美國領土不斷擴展 杰斐遜一向鼓吹農(nóng)業(yè)理想國的理論，而這一理論往往并不排斥領土擴張。