這時期，杰斐遜與財政部長亞歷山大·漢密爾頓的關(guān)系還算融洽，甚至兩人搞過一筆 交易 ：漢密爾頓的財政政策的要點之一是由聯(lián)邦償還州債，但在眾議院受到了阻滯，于是求助于威望極高的杰斐遜。杰斐遜在未了解詳情的情況下應(yīng)允了，但提出了一個交換條件：漢密爾頓必須支持他的遷都計劃（即把首都遷至弗吉尼亞的喬治敦）。最終，雙方皆大歡喜。

杰斐遜主張遷都還有其更深層的設(shè)想：把首都從一座已經(jīng)定型的、人口混雜的、具有市儈氣的城市遷出，重新設(shè)計建造一座新城，以體現(xiàn)美利堅民族的精神風(fēng)貌和美好未來。

在外交方面，起初杰斐遜與漢密爾頓的矛盾并不大，他們都贊同美國在外交方面實行中立化原則，只是在實施的具體方式上有不同的主張。

但是，因為杰斐遜與漢密爾頓在政治原則和國內(nèi)外一系列重大問題上的觀點截然不同，所以不久就分道揚(yáng)鑣了。漢密爾頓是個貴族政治論者，十分崇尚英國的政治體制，主張在美國實行君主立憲制；而杰斐遜則一向大力倡導(dǎo)民主政治，對君主制和世襲制抱厭惡的態(tài)度，反對等級特權(quán)。漢密爾頓奉行償還公債政策，主張加強(qiáng)對英貿(mào)易，以維護(hù)大資產(chǎn)階級的利益；杰斐遜則熱愛土地和在土地上勞動的人民，要求國家保護(hù)農(nóng)業(yè)利益，反對漢密爾頓的財政方案，主張廣泛發(fā)展與各國的經(jīng)濟(jì)交往，改變嚴(yán)重依賴英國的殖民地經(jīng)濟(jì)。漢密爾頓厭惡法國革命，主張實行親英外交；杰斐遜同情法國革命，但他從美國的實際利益出發(fā)，支持華盛頓的中立政策，以避免卷入歐洲的紛爭。二人在諸多問題上產(chǎn)生的分歧和沖突，使華盛頓政府不時出現(xiàn)危機(jī)，并促進(jìn)了黨派精神的萌發(fā)，即使是華盛頓的權(quán)威和聲望，也未能阻止政黨政治的迅猛發(fā)展。

1791年夏天，杰斐遜和麥迪遜做了一次 植物考察旅行 ，在采集標(biāo)本和觀賞自然景觀的同時，他們與紐約的共和主義者建立起了政治上的聯(lián)盟，這是共和黨形成過程中的關(guān)鍵一步。

雖然杰斐遜同情法國大革命，厭惡君主制，但在處理國際事務(wù)時還是相當(dāng)務(wù)實理智的，總是設(shè)法使美國避免卷入歐洲的政治和戰(zhàn)爭，因此原則上支持1793年的《中立宣言》。他在這一問題上與漢密爾頓的區(qū)別在于：漢密爾頓要求廢除美法同盟條約，而杰斐遜則主張回避這一問題。

1793年春，法國新公使埃德蒙·熱內(nèi)來美。杰斐遜熱情地會見了這位來自革命法國的使者，同時告誡他應(yīng)謹(jǐn)慎行事。但此人頭腦狂熱，企圖利用人們對法國革命的熱愛在美國掀起仇英情緒，使一貫同情法國的杰斐遜認(rèn)識到 此人將會斷送掉共和黨 。于是他巧妙地使法國政府召回?zé)醿?nèi)，從而化解了一場危機(jī)。

1792～1793年，漢密爾頓的反對者在麥迪遜的領(lǐng)導(dǎo)下組成了一個全國性的政黨 共和黨，由于杰斐遜的社會地位和政治影響，被公認(rèn)為是該黨派的精神領(lǐng)袖。1792年夏秋之交，漢密爾頓利用弗雷諾在《國民公報》上發(fā)表抨擊他的文章的事件，對杰斐遜進(jìn)行猛烈的人身攻擊。杰斐遜曾舉薦弗雷諾在國務(wù)院任譯員，但他表示從未指使弗雷諾從事黨派活動，而且拒絕壓制弗雷諾。此時，杰斐遜對政治生活已感到厭倦，請求辭職，但被總統(tǒng)拒絕了。

1793年的最后一天，他的辭呈最終獲批準(zhǔn)，遂起程返鄉(xiāng)。

副總統(tǒng)在蒙蒂賽洛，杰斐遜避開一切公務(wù)，全身心地經(jīng)營他的農(nóng)場，進(jìn)行科學(xué)研究，并從書本和家庭生活中尋找樂趣。在退休后的兩年中，他的農(nóng)場生產(chǎn)已經(jīng)達(dá)到了州內(nèi)一流水平。但國內(nèi)政治形勢的發(fā)展仍不時牽動他的心。他對華盛頓政府日趨保守的傾向深感不滿，認(rèn)為《杰伊條約》是美國外交的 恥辱 ，指責(zé)漢密爾頓偏袒大資產(chǎn)階級的利益，是一個貴族政治論者，反對政府的親英外交政策。然而他一再發(fā)誓：永不踏入政壇。但由于他在民眾和政壇中均擁有巨大的威望，1796年共和黨仍推舉他為總統(tǒng)候選人。雖然杰斐遜本人在選舉中一直作壁上觀，但結(jié)果僅以三票之差敗給了約翰·亞當(dāng)斯，成為亞當(dāng)斯政府的副總統(tǒng)。據(jù)分析，只要杰斐遜稍做努力，選舉就會是另一種結(jié)局。亞當(dāng)斯的當(dāng)選還得益于當(dāng)時人們的一種模糊看法，即認(rèn)為副總統(tǒng)理應(yīng)繼任總統(tǒng)之職。但杰斐遜卻表現(xiàn)出一種開明和大度，他甚至表示：論資歷，亞當(dāng)斯當(dāng)總統(tǒng)是應(yīng)該的。