他與康有為、梁?jiǎn)⒊染S新派的關(guān)系也是如此。

1898年的戊戌政變促進(jìn)了章太炎的覺(jué)醒，他的排滿思想日趨強(qiáng)烈，開(kāi)始對(duì)康有為等人的變法主張充滿懷疑。但此時(shí)，章太炎的思想還沒(méi)有形成一個(gè)獨(dú)立的體系，無(wú)法與康有為的“今文經(jīng)學(xué) 托古改制”思想體系相抗衡，甚至在某種程度上受到康有為思想的影響，這在他的《訄書(shū)》（1900年）初刻本中有清晰的體現(xiàn)。《訄書(shū)》初刻本以《尊荀》始，以《獨(dú)圣》終，雖然抬出荀子來(lái)與今文經(jīng)學(xué)家的尊孔相抗衡，但并不反孔。為緩和維新與排滿之間的矛盾，章太炎在《訄書(shū)》中還設(shè)計(jì)了“客帝”與“分鎮(zhèn)”兩個(gè)方案。在《客帝論》中，主張?zhí)撟鹂鬃訛椤肮仓鳌?，滿洲皇帝則退居為“客帝”，掌握實(shí)權(quán)，推行變法；《分鎮(zhèn)》主張?jiān)谥醒霗?quán)力得到根本改善之前，加強(qiáng)各地方自治自衛(wèi)能力，與列強(qiáng)抗?fàn)帯?/p>

事態(tài)的發(fā)展很快就表明，章太炎的主張完全行不通。他意識(shí)到，他所冀望的維新派、“客帝”光緒、漢臣督撫李鴻章等都無(wú)力解決中國(guó)所面臨的危機(jī)。

促使章太炎覺(jué)醒的第一件事，是戊戌政變后章太炎與梁?jiǎn)⒊瓤甸T(mén)弟子的交往。戊戌政變后，章太炎因參與維新變法，與其他維新黨人一道被通緝，先是逃往臺(tái)灣，與梁?jiǎn)⒊缺屒跋雍笥謥?lái)到日本，住在《清議報(bào)》館。此時(shí)的梁?jiǎn)⒊m一度萌發(fā)革命思想，但很快又追隨老師康有為回到了“保皇”、“立憲”的老路上。在與梁?jiǎn)⒊ο嗵幍娜兆永?，章太炎深感其思想已?jīng)僵化，落伍于時(shí)代。章太炎深信，沒(méi)有武力，救國(guó)就是一句空話。

1900年，義和團(tuán)起義，八國(guó)聯(lián)軍侵華。東南各督撫，如廣州的李鴻章、武漢的張之洞、濟(jì)南的袁世凱，拒絕接受朝廷的“亂命”，和列強(qiáng)實(shí)行“東南互?！雹?。八國(guó)聯(lián)軍進(jìn)京后，慈禧帶著光緒等人匆忙逃往西安。清政府的無(wú)能，讓章太炎看到“客帝”純屬紙上談兵，又因?yàn)槔铠櫿碌榷綋嵩凇缎脸髼l約》簽訂后，見(jiàn)清廷仍舊存續(xù)，無(wú)意與之決裂，使章太炎認(rèn)識(shí)到“分鎮(zhèn)”的荒誕。

1900年7月，當(dāng)唐才常在?；蕰?huì)的資助下，祭起“勤王”大旗時(shí)，章太炎不再猶豫，明確宣布自己矢志反清，投身革命。1900年8月3日，為了顯示投身革命的決心，章太炎毅然剪去長(zhǎng)辮，脫去長(zhǎng)衫，換上西裝。

割辮之后，章太炎義無(wú)反顧地投入革命洪流，開(kāi)始與改良派戰(zhàn)斗。

1901年，章太炎發(fā)表了公開(kāi)批駁改良派政治主張的第一篇論文《正仇滿論》。此文發(fā)表于具有濃厚革命色彩的《國(guó)民報(bào)》上，對(duì)梁?jiǎn)⒊^的反對(duì)清朝統(tǒng)治就是“仇滿”的觀點(diǎn)給予反駁，并且認(rèn)為只有通過(guò)流血革命，推翻滿清王朝統(tǒng)治，中國(guó)才能發(fā)展為近代民主國(guó)家。這是中國(guó)近代史上第一篇公開(kāi)指名批判清王朝和光緒皇帝的文章，一經(jīng)發(fā)表，舉國(guó)嘩然。

1903年的《駁康有為論革命書(shū)》重申了《正仇滿論》的觀點(diǎn)，是章太炎公開(kāi)向康有為宣戰(zhàn)的第一炮。該文與他為鄒容《革命軍》寫(xiě)的序一同發(fā)表于《蘇報(bào)》顯要位置，煽動(dòng)仇滿、鼓吹革命，不僅沉重打擊了康有為等?；庶h的氣焰，也把革命的矛頭直接對(duì)準(zhǔn)了清廷統(tǒng)治者。