6月13日，章太炎突發(fā)高燒，體溫高達(dá)40度。14日凌晨，從口中吐出鼻菌爛肉兩塊，病情已至彌留狀態(tài)。

湯國(guó)梨、李根源（民國(guó)元老、同盟會(huì)員、章太炎國(guó)學(xué)講習(xí)所的資助者）、蘇邁爾醫(yī)生圍繞在病人周圍。章太炎臥室門外的空地上，高高低低跪著國(guó)學(xué)講習(xí)會(huì)的學(xué)員，他們每人手中舉著一支點(diǎn)燃的香，低聲啜泣著。

彌留之際，章太炎斷斷續(xù)續(xù)吐出兩句遺言：“設(shè)有異族入主中夏，世世子孫毋食其官祿。”遺言與其父如出一轍。

7點(diǎn)45分，臥室中傳出湯國(guó)梨撕心裂肺的哭喊聲。弟子們知道先生走了，于是，低低的啜泣變成號(hào)啕大哭，悲聲震天。

南京國(guó)民黨政府得知章太炎病逝的消息后，于7月9日發(fā)布國(guó)葬令，稱：

宿儒章炳麟，性行耿介，學(xué)問淹通。早歲以文字提倡民族革命，身遭幽系，義無屈撓。嗣后抗拒帝制，奔走護(hù)法，備嘗艱險(xiǎn)，彌著堅(jiān)貞。居恒研精經(jīng)術(shù)，抉奧鉤玄，究其詣極，有逾往哲。所至以講學(xué)為事，巋然儒宗，士林推重。

弟子們以不同方式表達(dá)他們痛失良師的哀傷之情。靈堂內(nèi)懸掛著挽聯(lián)：

素王之功不在禹下

明德之后必有達(dá)人

下署馬裕藻、徐壽裳、吳承仕、周作人、沈兼士、錢玄同等六人。

在北京，章門弟子馬裕藻、許壽裳、朱希祖、錢玄同、吳承仕、周作人、劉文典、沈兼士、馬宗薌、黃子通等又單獨(dú)舉行了追悼會(huì)。他們?cè)l(fā)過這樣一則《通啟》：“先師章太炎發(fā)生不幸于本年六月十四日卒于江蘇吳縣，先生為革命元?jiǎng)?，?guó)學(xué)泰斗，一旦辭世，薄海同悲?！碑?dāng)時(shí)，北京已經(jīng)成了抗戰(zhàn)的前線，因此，參加追悼會(huì)的人心中又有另一重哀傷。

和他那個(gè)時(shí)代的杰出革命黨人一樣，章太炎的一生都和日本相關(guān)。他們的革命大本營(yíng)不得不建在這個(gè)鄰邦，他們革命之后建立的國(guó)家最深刻的危機(jī)也是來自這個(gè)咄咄逼人的鄰邦。章太炎死后墳?zāi)沟陌参s辱，也最終取決于這個(gè)鄰邦的一個(gè)小小軍佐。

七七事變爆發(fā)后，戰(zhàn)火逼近蘇州，后方變成了前線。章太炎的靈柩無法下葬，只好暫停放于蘇州錦帆路章氏寓所后園的防空洞內(nèi)。立張大千畫章太炎像于墓碑，像下有馬相伯題詞：

前不見古人，后不見來者，念天地之悠悠，獨(dú)愴然而泣下。錄陳子昂詩。太炎先生像贊，嘆吾道之孤也。九十叟馬良。

1937年11月，蘇州淪陷，日軍闖入章家后花園內(nèi)，看到后園內(nèi)一座新墓沒有墓碑，懷疑內(nèi)埋財(cái)寶，一定要挖墓看個(gè)究竟。章氏留下的唯一一位老家人苦苦勸止，竟遭毒打。虧得有個(gè)日本軍佐聞?dòng)嵹s來，知道這新墓是章太炎的，便喝退了日軍。過了幾天，還親自來祭奠了一番，并在墓旁立了一個(gè)木柱，上書“章太炎之墓”幾個(gè)大字。從此以后再也沒有日本兵來騷擾。

時(shí)光流逝，轉(zhuǎn)瞬過了20年。

1955年4月3日，在周恩來總理的直接關(guān)懷下，浙江省人民政府正式為章太炎舉行了安葬儀式。按照章太炎生前的遺愿，他的靈柩遷葬于杭州西湖邊上，南屏山麓，荔枝峰下，緊鄰抗清英雄張蒼水墓。

生前，章太炎曾兩次為自己選擇墓地。民初被袁世凱軟禁時(shí)選擇葬在“攘夷匡夏”的明朝劉伯溫墓側(cè)。劉伯溫因?yàn)榭乖⒖飶?fù)華夏而為后人所景仰。1936年國(guó)難危重的時(shí)候，章太炎選擇了死后葬于抗清英雄張蒼水墓側(cè)。

張蒼水明末起兵抗清，擁魯王監(jiān)國(guó)，賜進(jìn)士，加翰林院編修，官至兵部尚書，抵抗異族斗爭(zhēng)長(zhǎng)達(dá)二十余年，寧死不為清朝子民。章太炎曾替《張蒼水集》作跋，對(duì)張蒼水推崇備至，有“余不得遭公，為執(zhí)牧圉”之嘆。緊依最敬慕的英雄之墓，章太炎大概也能笑慰九泉了。