章太炎的“諸子學”則主要反映在《國故論衡》下卷，該書集中了章太炎在東京講學期間對諸子研究的進一步深化。章太炎認為，諸子學說最具獨立精神。他對于儒家所倡導的中庸之道尤為不滿，直斥為矯言偽行的“國愿”。這一觀點，成為五四新文化運動以前批判儒家最為犀利的文字，直接開啟了新文化運動“打倒孔家店”的閘門。

為了進一步理解學問家章太炎，我們可以將章太炎與他的老師、同輩及后輩學人作一番對比。

章太炎繼承了老師俞樾的治學方法和態(tài)度，但卻不像老師一樣只知埋頭鉆研學術。在他走向革命道路后，與老師發(fā)生了嚴重的沖突，于是寫下《謝本師》，宣布與俞樾脫離師生關系。章太炎謝本師的舉止，不僅表明了他在革命道路上義無反顧的追求，而且也揭示出他這一輩學人與上一輩的區(qū)別所在：并不是埋首書齋一心做學，滿足于在學術上窮盡前人所不能；當民族面臨危亡之際，救亡壓倒了求學。為開辟一條新的救國之路，章太炎輩能夠潛心鉆研西學、佛學，將其與中國的舊學相結合。正因如此，章太炎輩的學問才能夠超越前輩，產生更久遠的影響。

在同時代的國學大師中，能夠與章太炎相提并論的大概只有王國維。同樣是學問成就斐然的國學大師，二人在思想立場上卻有著涇渭分明的表現(xiàn)。王國維是一個遠離革命漩渦，一意殉清的人，他認為大清朝“三綱六紀”的統(tǒng)治秩序是最好的，西方所謂的共和、立憲，都是不足取的。當北伐的大軍即將徹底顛覆末帝的前夜，他懷著忠義之心自沉昆明湖。而章太炎一生積極主張反滿，提倡民族革命，并且不惜以死相抗爭。這死，與王國維的自殺謝國不可同日而語。在對國學的信仰上，王國維似乎比章太炎要更加堅定；但在對革命的理想上，章太炎的堅決又非王國維可比。

比章太炎晚一輩的學人，可選胡適與之對比。胡適曾稱章太炎是清代學術史的押陣大將。胡適認為中國兩千年來的學術著述史，只有七八種書夠得上他心目中的“著作”資格，即必須系精心結構之作，具有周密的理論構架并自成體系。他將章太炎的《國故論衡》和《檢論》歸入。而且，照胡適的論定，中國兩千年來的學問之才，章太炎占盡三成。與之截然相反，章太炎認為胡適沒有學問，他說：“胡適所說《周禮》為偽作，本于漢世今文諸師；《尚書》非信史，取于日本人；六籍皆儒家托古，則直竊康長素之唾余。此種議論，但可嘩世，本無實征……長素之為是說，本以成立孔教；胡適之為是說，則在抹殺歷史?！睘槭裁磿羞@種天壤之別呢？主要是兩人治學方法不同。胡適受的是新式教育，走的是留學道路，所信奉的是西方的實驗主義，沒有國學家必須的經學出身和小學訓練。

章太炎一生不僅勤奮著述，還積極講學，傳播國學。其生平比較集中的講學有三個時期，第一個時期是1908年流亡日本，第二個時期是1913年被袁世凱禁錮于北京期間，第三個時期是晚年在上海、無錫、蘇州三地講學。他的每一次講學都少長咸集，群賢畢至，少則數(shù)十人，多則數(shù)百人，造就了不少文字、音韻、訓詁等方面的人才。

這其中，成就最為集中的是東京授業(yè)的一班弟子，后來他們皆成為中國新舊文化的翹楚。章太炎評價這個班的弟子們說：

弟子成就者，蘄黃侃季剛、歸安錢夏季中（即錢玄同）、海鹽朱希祖狄先。季剛、季中皆明小學，季剛尤善音韻文辭。狄先博覽，能知條理。其他修士甚眾，不備書也。恨歲月短淺，他學未盡宣宜。

黃侃是最為章太炎喜愛的弟子，在音韻訓詁方面有很深的造詣，與章太炎并稱“章黃學派”，其著述《音略》、《說文略說》、《聲韻略說》、《文心雕龍札記》等被譽為傳世之作；錢玄同從章太炎治“小學”，有非常高的古文經學造詣。后來在五四新文化運動中，提倡廢除古文，自號“疑古玄同”，力主“文學革命”，成為“疑古學派”的精神導師；朱希祖后來成為我國著名的史學家，是北京大學成立史學系后的首屆系主任，在促進中國史學走向近代，使史學成為一門獨立的學科等方面，均有貢獻。

章門弟子的學術成就，從另一個側面反映了章太炎對于現(xiàn)代學術的影響。這批弟子（陳大齊、康寶忠、朱希祖、黃侃、錢玄同、周作人、馬裕藻、朱宗萊、沈兼士、劉文典、魯迅）民國初年自日本返國，都被羅致北京大學，代替桐城文人并進而轉變了北京大學文科乃至民初學術之風，在確立中國現(xiàn)代學科領域和學術規(guī)范方面具有開創(chuàng)性貢獻，成為近代學術風氣演變的一大交會。