馮云山在紫荊山發(fā)展迅速，力量不斷壯大，開(kāi)始籌劃將拜上帝教作為反清的組織。馮云山才略過(guò)人，根據(jù)客觀環(huán)境，從當(dāng)?shù)厝说乃枷胗X(jué)悟入手，在盡可能的范圍內(nèi)做傳教工作。他深知以中國(guó)山區(qū)農(nóng)民的愚昧和迷信，給他們講反清復(fù)漢、平等自由的道理并不容易，于是他把拜上帝教的整個(gè)宣傳和組織形式庸俗化，搞得如同唱戲跳大神的草臺(tái)戲班子一樣神神道道，這套庸俗而落后的組織和宣傳，在吸引迷信農(nóng)民上取得了空前的成功。馮云山尤其注重策略的運(yùn)用，他吸取上次搗毀孔子神像的教訓(xùn)，為避免刺激當(dāng)?shù)刈x書(shū)人，給傳教減少阻力，馮云山用儒家的經(jīng)典生搬硬套地解釋拜上帝教的精神，便于當(dāng)?shù)刈x書(shū)人接受拜上帝教的傳播。馮云山依靠和當(dāng)?shù)赝逶裾涞年P(guān)系，周旋于當(dāng)?shù)馗蝗撕椭R(shí)分子之間，爭(zhēng)取獲得他們的中立或支持。馮云山在紫荊山兩年，約束教徒不得沖擊神廟和搗毀神像，贏得讀書(shū)人好感。

由于馮云山的天才擘畫(huà)，一年間，拜上帝教就擁有三千多忠實(shí)教徒。馮云山誠(chéng)可謂熟知人性，善用謀略的政治大師。馮云山雖然用一套神神道道的鬼把戲糊弄群眾，但他也深知，要發(fā)動(dòng)一場(chǎng)大規(guī)模的反清運(yùn)動(dòng)，必須逐步拋棄裝神弄鬼的草臺(tái)班子，轉(zhuǎn)變成一個(gè)高效而正規(guī)的軍政組織，同時(shí)也要逐漸將教徒的思想意識(shí)從斬妖除魔轉(zhuǎn)變到反清奪權(quán)上來(lái)，教徒入教的宗旨，應(yīng)該從信奉上帝，剪除妖魔改為武裝暴動(dòng)，爭(zhēng)取生存權(quán)利。馮云山預(yù)先為拜上帝教的轉(zhuǎn)型埋下伏筆，他在“披著宗教外衣的里面慢慢地灌輸著一些簡(jiǎn)單的概念和政治意識(shí)，使他們對(duì)現(xiàn)存的制度發(fā)生憎恨”（羅爾綱《馮云山傳》）。馮云山擬訂的教義，往往表面是宗教訓(xùn)條，實(shí)際上卻是政治制度，他定教規(guī)，嚴(yán)格管理教徒，使拜上帝教成為一個(gè)有組織有效率的高動(dòng)員力的準(zhǔn)軍事團(tuán)體。馮云山模仿摩西十誡，結(jié)合中國(guó)的民俗，擬訂十款天條，并編成歌訣，方便教徒記憶，又詐稱(chēng)天條為皇上帝所授，成為拜上帝會(huì)內(nèi)部的法律。

十款天條前四條崇拜皇上帝、不拜邪神、不妄呼皇上帝之名、七日禮拜頌贊皇上帝，都是屬于宗教方面例行公事的教條。而第五條孝順父母，第六條不殺人害人，第七條不奸邪淫亂，第八條不偷竊劫搶?zhuān)诰艞l不講謊話(huà)，第十條不起貪心，這六條都是根據(jù)中國(guó)社會(huì)情況尤其是中國(guó)傳統(tǒng)習(xí)俗和道德觀念對(duì)摩西十誡進(jìn)行的修改和增加，屬于對(duì)教徒世俗道德的約束，平時(shí)作為教徒的生活規(guī)則，戰(zhàn)時(shí)就變?yōu)檐娐桑ㄊ钐鞐l詳細(xì)內(nèi)容見(jiàn)本卷附錄）。

馮云山還制定了禮拜制度、洗禮儀式甚至歷法，形成一整套完備的政教合一的制度。中國(guó)人本無(wú)宗教情懷，漢天師張魯在漢中實(shí)行的那個(gè)半成品的政教合一制度實(shí)驗(yàn)被曹操摧毀后，中國(guó)再?zèng)]有政教合一的實(shí)踐基礎(chǔ)。馮云山以其天才，創(chuàng)立拜上帝教全般制度，更為拜上帝教轉(zhuǎn)化為國(guó)家組織留下伏筆，落筆極為遼遠(yuǎn)。使其取洪秀全而代之，成就當(dāng)不在穆罕默德之下。

又據(jù)稱(chēng)，馮云山因見(jiàn)夏歷氣朔交爭(zhēng)，歲年錯(cuò)亂，四季失位，算數(shù)煩瑣，于是潛心研究歷法，創(chuàng)造以四季劃分一年、用立春為歲首、合于自然、算數(shù)整齊的新歷法——天歷，這是中國(guó)行陽(yáng)歷之始，也是世界用四季歷法的首創(chuàng)。筆者不通天文，無(wú)法判別此說(shuō)真假，現(xiàn)錄于此，僅供參考。