在水面負責阻擊的清軍是張釗所部“大頭妖”。張釗原來是天地會的“艇匪”，一度投奔過太平軍，最后被清廷招安，成為廣西清軍水上最主要的戰(zhàn)斗力。張釗并不打算認真消滅太平軍，保留洪秀全的存在，他將擁有更多升官發(fā)財?shù)臋C會。因此，太平軍雖然布置強大的火力對付張釗的“大頭妖”，但終于兩軍無戰(zhàn)事。太平軍以金銀財物賄賂張釗，于是張釗放縱太平軍大隊人馬安全離開。

太平軍水陸并發(fā)，沿湘江而下，約在四月十五日抵達全州。太平軍無意攻取全州，打算和平過境，迅速擺脫追兵，全州守軍也不敢出城挑釁。太平軍前隊已過多時，不料全州一炮兵看見后隊有一黃轎，知道是太平天國的巨頭，忍不住放了一炮。這個炮兵確實是一個神炮手，僅一炮即命中黃轎，重傷轎內(nèi)的南王馮云山。太平軍全軍憤恨，已過境的前隊紛紛開回，定要血洗全州。太平軍在城外江西會館內(nèi)開掘地道，炸塌城墻二丈有余，沖入城內(nèi)，將城內(nèi)官兵盡殺。

據(jù)清人的記載，太平軍曾在全州屠城：“全州破，賊屠之，男女死者六千四百余人”，“積尸塞途，三日不盡”。如此赤裸裸的污蔑，自然又待我國歷史學家來拆穿其謊言。據(jù)考證，清廷對太平軍的污蔑最大的破綻在于，戰(zhàn)前清軍已經(jīng)開城讓百姓逃出，城內(nèi)百姓只剩下一千多人。守城清軍才四百，先前出城的百姓肯定都已安然無恙地從太平軍嚴密設防的陣地穿行離開，怎么會有六千人遭到屠殺呢？足見屠城一說，純屬污蔑，何況當?shù)氐牡胤街局泄?jié)烈人物名單里也沒有多少人是被屠殺的。酈純先生又進一步論證說，清軍戰(zhàn)后只點齊一千多具尸體，其中有七八百人是清軍士兵，可見沒有多少非戰(zhàn)斗人員被殺，而且那些沒有出逃的人，“是反動透頂與太平軍為敵到底的反革命分子，即太平天國所謂‘妖’的一種，依太平天國法令在格殺之列”。因此全州并無屠城事件，對于清廷無恥的污蔑，我們不可不辨。

太平軍在全州修整，打造征集船只二百有余，水師實力增強，陸軍也因天地會部隊來投，得到極大的補充。太平軍積極準備進攻長沙，此時志得意滿的他們還不知道，最可怕的敵人江忠源正在蓑衣渡嚴陣以待。