與日軍激戰(zhàn)一天后，至20日傍晚，元軍已相繼占領(lǐng)博多灣箱崎等地，并全線追擊潰退的日本軍隊(duì)。就在這時(shí)，由于副帥劉復(fù)亨在追擊中中箭受傷，攻勢(shì)減弱，而且天色已晚，元軍便停止了進(jìn)攻。日本軍隊(duì)這才擺脫了元軍的追擊，迅速退往大宰府水城。

20日晚，在商討第二天的軍事行動(dòng)時(shí)，元軍將帥產(chǎn)生了分歧，有人對(duì)日本武士的勇猛戰(zhàn)斗頗有懼意，元軍雖然取得了這次戰(zhàn)斗的勝利，但死傷不少，兵疲矢盡，企圖退軍。有人則認(rèn)為戰(zhàn)爭(zhēng)形勢(shì)對(duì)元軍比較有利，只要堅(jiān)持苦戰(zhàn)，便能攻克大宰府。最后，元帥忻都決定第二天全軍班師回國(guó)。俗話說，天有不測(cè)風(fēng)云，就在忻都做出班師回國(guó)的決定沒多久，博多灣出現(xiàn)了罕見的狂風(fēng)暴雨。黑云壓頂，人心不安，加上不熟悉地形，元軍兵船一片混亂，不是互相碰撞而翻，就是被大浪打沉；四周漆黑一片，落海的元軍無法相救，損失慘重。21日一早，日軍得知元軍撤退，博多海面已無元軍船只，日本朝野對(duì)突如其來的臺(tái)風(fēng)趕走元軍十分驚喜，在全國(guó)范圍內(nèi)展開了大規(guī)模拜神活動(dòng)，稱為“神風(fēng)”。日本史書則稱之為“文永之役”。

忻都回國(guó)后，巧妙地掩飾了遭風(fēng)敗退的事情，謊報(bào)戰(zhàn)績(jī)，讓忽必烈誤以為日本已經(jīng)受到了應(yīng)有的懲罰，必將立刻與元朝通好。因此，大賞征日有功將士，同時(shí)決定派出禮部侍郎杜世忠、兵部郎中何文著等人攜國(guó)書出使日本。

杜世忠一行人來到長(zhǎng)門室津（今本州西南沿海山口縣），希望能經(jīng)過此處關(guān)卡到達(dá)京都或鐮倉，但沒料到當(dāng)?shù)厥刈o(hù)卻將杜世忠等人押送大宰府，然后上報(bào)幕府。北條時(shí)宗得知消息后，立刻命當(dāng)?shù)厥刈o(hù)將元使送至鐮倉。北條時(shí)宗見到杜世忠一干人后，既沒有接受國(guó)書，也絲毫沒有考慮其他后果，下令將杜世忠等30多人斬首于鐮倉龍口。忽必烈派去的第二批使者也遭到同樣的噩運(yùn)。

1281年春天，也就是在征服南宋三年之后，忽必烈發(fā)動(dòng)了第二次征日。由忻都、洪茶丘和金方慶統(tǒng)帥4萬人為東路軍，由范文虎統(tǒng)帥10萬人為南路軍，分別由高麗和寧波兩地出發(fā)。這年6月，東路軍兵船出現(xiàn)在博多灣海面，然而，忻都等將領(lǐng)看到的是沿海灘頭筑有石壩的博多灣，在此處實(shí)施登陸困難很大，忻都派出小股部隊(duì)，經(jīng)過一番偵察，這才知道志賀島和能古島防御薄弱，未筑石壩，于是命令兵船靠近志賀島下錨。因?yàn)檫@個(gè)原因，元軍在無意間為日本軍隊(duì)防御贏得了整整一天的時(shí)間，而原本突襲博多灣的計(jì)劃也變成了正面強(qiáng)攻。