6月7日，東路元軍在志賀島成功登陸，然而在向前推進(jìn)時(shí)遭到了日本軍隊(duì)的頑強(qiáng)抵抗。在狹長(zhǎng)地帶，元軍不能發(fā)揮其集團(tuán)作戰(zhàn)的優(yōu)勢(shì)，而日本軍隊(duì)一人一騎的戰(zhàn)斗方式此時(shí)有了用武之地，因而元軍傷亡很大。戰(zhàn)斗進(jìn)行了6天，元軍始終沒能前進(jìn)一步。與此同時(shí)，由于長(zhǎng)期在船上生活和戰(zhàn)斗，蔬菜、飲水嚴(yán)重供應(yīng)不足，傷者不能得到及時(shí)救治，死者不能安葬，疫病不斷發(fā)生，天天有病死者。元軍處境不妙，強(qiáng)攻博多灣的計(jì)劃已無法實(shí)現(xiàn)。6月15日，東路元軍撤離志賀島，駛向壹歧島，與范文虎的南路軍會(huì)合。

兩軍會(huì)合后，士氣大振，范文虎與忻都等相議，決定進(jìn)攻太宰府。然而就在這時(shí)，一場(chǎng)突如其來的臺(tái)風(fēng)讓兩路人馬頓時(shí)陷入了絕境。這場(chǎng)持續(xù)了兩天的臺(tái)風(fēng)摧毀了元軍大部分的船只，“士卒十喪六七”。而留在日本海島上的3萬元軍群龍無首，除一部分被俘外，其余全都戰(zhàn)死。

兩次東征日本的失敗并沒有讓忽必烈放棄征服日本的念頭，1283年，這位成吉思汗的孫子下令建造船只并且廣集糧草，準(zhǔn)備第三次征伐日本。但是這一次遭到了江南人民的激烈反抗，只好暫時(shí)擱置。1285年，在平定了各地反元起義后，忽必烈再次下令打造戰(zhàn)船，準(zhǔn)備于次年春天出兵征日。但因大臣反對(duì)，忽必烈不得以下詔罷止征日。1294年正月，忽必烈去世，征日計(jì)劃也就束之高閣了。

雖然由于所謂“神風(fēng)”的顯靈，日本阻止了元朝的進(jìn)攻，但是兩次戰(zhàn)役也使鐮倉(cāng)幕府的軍事力量和財(cái)政能力走向了衰落的邊緣。而且幕府取得勝利后，無法從外來的敵人中獲得象征征服的領(lǐng)地，故而無法對(duì)御家人進(jìn)行賞賜，這引起了為贏得最終勝利而做出巨大犧牲的御家人的強(qiáng)烈不滿，由此，御家人對(duì)幕府產(chǎn)生了極大的不信任。加之幕府實(shí)行武士遺產(chǎn)的分散繼承制，很多御家人的土地越分越小，逐漸失去了生活來源，為生活所困，一些御家人典賣了自己的土地，有的甚至向高利貸借款。

為了維護(hù)幕府統(tǒng)治，也為了幫助生活困頓的御家人，1297年，鐮倉(cāng)幕府頒布了“德政令”，實(shí)施了一系列的措施。包括將典賣的土地?zé)o償歸還御家人，不予承認(rèn)高利貸借條，將財(cái)產(chǎn)的分散繼承改為由長(zhǎng)子一人繼承。這些旨在改善御家人生活的措施雖然暫時(shí)起了一些作用，但并沒有從根本上解決御家人趨于貧困的問題，因?yàn)樗麄兊氖杖氩]有從根本上得到增加。由于新措施的實(shí)施，沒有人敢買他們的土地，也沒有人愿意借款給他們，實(shí)際上，御家人的生活并沒有好轉(zhuǎn)，而是更加貧困。幕府的統(tǒng)治能力和威信因此更加喪失，幕府面對(duì)著前所未有的統(tǒng)治危機(jī)。

與此同時(shí)，被稱為“御內(nèi)人”的北條氏嫡系御家人極力擴(kuò)張自己的勢(shì)力，這引發(fā)了被稱為“外樣”的一般御家人的強(qiáng)烈不滿。北條時(shí)宗死后，“御內(nèi)人”代表平賴綱和“外樣”代表安達(dá)泰盛發(fā)生沖突，結(jié)果安達(dá)泰盛一族被全殲，史稱“霜月騷動(dòng)”。經(jīng)過這一事件，作為鐮倉(cāng)幕府統(tǒng)治基礎(chǔ)的御家人制度開始瓦解，鐮倉(cāng)幕府的統(tǒng)治岌岌可危。