1995年，加拿大開始商業(yè)化種植轉(zhuǎn)基因油菜。但在隨后的幾年里，麻煩出現(xiàn)了。一方面，油菜的抗除草劑基因飄移到附近的雜草，雜草也變得具有了抗性，變成了除草劑無能為力的“超級雜草”；另一方面，收獲時散落的油菜籽第二年重新萌發(fā)，但如果第二年這片田里種植的不再是油菜而是別的作物，那些萌發(fā)出的油菜也將成為“超級雜草”。這些“超級雜草”還會通過交叉授粉等方式，污染別的植物。

如今，這些雜草化油菜在加拿大的農(nóng)田里已非常普遍。（參見《加拿大“轉(zhuǎn)基因油菜超級雜草”事件》，見農(nóng)博網(wǎng)，20070913。）

21世紀初，美國得克薩斯州一個生產(chǎn)無公害綠色玉米的農(nóng)場，所生產(chǎn)的玉米卻被發(fā)現(xiàn)含有轉(zhuǎn)基因成分。原來是因為附近種植了轉(zhuǎn)基因Bt玉米。結(jié)果這家農(nóng)場被迫將受到污染的玉米全部銷毀，承擔(dān)了巨大的經(jīng)濟損失。研究表明，轉(zhuǎn)基因成分是通過交叉授粉傳播的。美國大面積推廣轉(zhuǎn)基因作物，使許多非轉(zhuǎn)基因作物的種子中含有了轉(zhuǎn)基因成分。

兩位學(xué)者奎斯特和卡普拉于2001年11月在《自然》發(fā)文，稱在墨西哥南部2000年種植的地方品種中檢測到轉(zhuǎn)基因，而那一地區(qū)自1998年就禁止種植轉(zhuǎn)基因玉米。該文引起轟動，人們由此更加擔(dān)心轉(zhuǎn)基因作物給生態(tài)環(huán)境造成威脅。

墨西哥是玉米的故鄉(xiāng)，擁有豐富的玉米種類，農(nóng)民們世世代代種植玉米，并以此為生。我們在《孟山都公司眼中的世界》這一獨立導(dǎo)演所拍攝的紀錄片中，看到了由于基因污染而產(chǎn)生的“怪胎”玉米，看到了農(nóng)民們保護自己傳統(tǒng)玉米種子的渴望。

對于國內(nèi)人們針對轉(zhuǎn)基因水稻提出的基因污染問題，張啟發(fā)院士做出了回應(yīng)：

野生水稻在我國屬于瀕危資源，除江西、廣東、廣西、云南等少數(shù)省份有國家建立的野生水稻專門保護圃外，我國已基本上沒有自然狀態(tài)下的野生水稻了。水稻是自花授粉植物，在稻田中的自然傳播難以超過1米的距離。兩種因素加在一起，轉(zhuǎn)基因水稻的基因不可能漂移到野生水稻。（魏剛、陳永杰、李鵬：《轉(zhuǎn)基因水稻不是魔鬼》，載《北京科技報》，20100222。）

不過，張啟發(fā)院士只是說明了轉(zhuǎn)基因水稻不會“漂移”到“野生水稻”，并沒有回答轉(zhuǎn)基因水稻是否會“漂移”到非轉(zhuǎn)基因水稻上面。而其他研究者則沒有張院士這么樂觀，他們紛紛撰文指出，轉(zhuǎn)基因水稻不僅可能污染野生水稻，也可能污染其他水稻資源。