企業(yè)風(fēng)險投資的策略原則導(dǎo)致其他一些專業(yè)而獨(dú)立的風(fēng)險投資根本不會遇到的挑戰(zhàn)。獨(dú)立的風(fēng)險投資通過多種方式使其投資組合多樣化；它們不需要支持任何一個特定公司的策略。這樣就降低了它們的風(fēng)險，同時增加了其投資組合的收入。大多數(shù)風(fēng)險投資可以不帶感情因素、不分部門地決定收購什么，保持什么，出售什么，終止什么。對于策略性企業(yè)風(fēng)險投資者來說，這一原則并不適用。策略性指示本身是一種好的指導(dǎo)，但另一方面，它也是一種拖累。策略性投資意味著基金的投資是有中心、受約束的，因此相對是無變化的。對于企業(yè)風(fēng)險投資來說，這就意味著要被迫在更加系統(tǒng)化的風(fēng)險（不僅關(guān)系到其自身投資組合內(nèi)部，而且也關(guān)系到母公司的核心業(yè)務(wù)）和忽略策略原則進(jìn)入更遠(yuǎn)而未知的領(lǐng)域之間進(jìn)行選擇。策略性企業(yè)風(fēng)險投資也會以與獨(dú)立風(fēng)險投資資本不同的方式導(dǎo)致與出資公司間潛在的矛盾。不同于獨(dú)立風(fēng)險投資公司，策略性企業(yè)風(fēng)險投資出資者希望從其投資中獲得的不僅僅是有利的財務(wù)收入。他們想要得到特權(quán)以便及早獲得使用有助于母公司的新想法和新技術(shù)。如果受資助的初創(chuàng)企業(yè)在某些方面取得成功，他們希望能夠獲得授權(quán)，與其合作或者將其收購的優(yōu)先權(quán)和有利條件。這些母公司的利益導(dǎo)致了策略、組織以及金融上的困境，而這些問題是獨(dú)立的風(fēng)險投資企業(yè)絕對不會遇到的。策略性企業(yè)風(fēng)險投資出資者的利益和初創(chuàng)企業(yè)獨(dú)自的利益在將其各自的效益最大化上存在著固有的矛盾。

例如，初創(chuàng)企業(yè)可能想要尋求更多不同的合作者，或者希望通過比較，出售給出價最高者。解決這樣的利益沖突，許多企業(yè)建立了內(nèi)部“屏障”，將母公司與其企業(yè)風(fēng)險投資基金完全分隔開。這樣的屏障防止母公司對其出資的初創(chuàng)企業(yè)享有特權(quán)，或者與其相比享有不當(dāng)?shù)膬?yōu)勢。這樣做的困境在于它們首先取消了公司投資企業(yè)風(fēng)險投資的強(qiáng)制性策略原則。如果公司通過投資不能獲得特殊優(yōu)先權(quán)、優(yōu)勢或信息，那么投資的意義是什么？這些緊張的局勢和挑戰(zhàn)中沒有一個能夠獨(dú)立導(dǎo)致人們拋棄企業(yè)風(fēng)險投資資本的想法。然而，要想成功，這些問題必須都要解決。為了使企業(yè)風(fēng)險投資起到良好的作用，必須謹(jǐn)慎平衡這些問題。IBM如何用更少的錢贏得創(chuàng)新為成功的企業(yè)風(fēng)險投資計劃要早于最近的企業(yè)風(fēng)險投資熱潮，而且持續(xù)時間更久，這并不奇怪。關(guān)于這些更為平衡、折中和持久的方式，醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)提供了很好的例子。這就意味著在衛(wèi)生保健上的投資，主要是在醫(yī)藥品和生物技術(shù)上的投資。此外，葛蘭素史克公司還通過參與外部引導(dǎo)、獨(dú)立管理的風(fēng)險投資基金，如Euclid SR.公司、強(qiáng)生公司、美國禮來制藥公司、默克公司和其他醫(yī)藥公司，進(jìn)行其他更多種類（但仍以衛(wèi)生保健為中心）的投資，而其他醫(yī)藥品公司也實(shí)施了同樣經(jīng)過謹(jǐn)慎權(quán)衡和折衷的企業(yè)風(fēng)險投資策略。許多其他不同產(chǎn)業(yè)中的公司也都設(shè)法成功地實(shí)現(xiàn)了這樣的做法，包括伊士曼化學(xué)公司（EastmanChemical)及其伊士曼風(fēng)險投資部。