在攻陷洛陽(yáng)的次月，黃巢率領(lǐng)六十萬(wàn)大軍攻破潼關(guān)。僖宗等少數(shù)人逃出長(zhǎng)安，日夜兼程西逃。和安史之亂中的玄宗如出一轍，逃亡的目的地是蜀地。僅有宦官田令孜所率領(lǐng)的五百神策兵作護(hù)衛(wèi)，這和一百二十四年前玄宗奔蜀時(shí)大將軍陳玄禮率六軍的情形又自不同。

僖宗逃亡的當(dāng)天下午，黃巢軍的前鋒柴存進(jìn)入長(zhǎng)安。黃巢殺了被遺棄的所有皇族，于十二月壬辰日舉行登基儀式，定國(guó)號(hào)大齊，年號(hào)金統(tǒng)。四品官以下的唐朝官吏被留用，四品以上的全部辭退。為了建立王朝，還是需要官員的。黃巢軍雖然號(hào)稱六十萬(wàn)大軍，但大部分還是在最終階段、洛陽(yáng)附近參加的一伙人。從整體上來(lái)看，一路跟隨黃巢從河南到江南、江西、浙東、福建、廣東乃至于廣西、湖南、湖北、河南的人就成了少數(shù)派。不知道初期黃巢軍軍紀(jì)之嚴(yán)的人，反倒在數(shù)量上占了多數(shù)。

剛進(jìn)入長(zhǎng)安城時(shí)，黃巢軍布施貧民，還保持著良好的軍紀(jì)，但幾天后就發(fā)生了掠奪、放火、殺人等案件。此前因被官吏殘酷壓榨，兵將們到處殺死殺傷官員，連黃巢都制止不了。雖然布告說(shuō)四品以下留用，但應(yīng)者無(wú)幾。為了找出官員，甚至在全城挨家搜尋。

黃巢軍從一開始就是個(gè)移動(dòng)性的集體，從未以一個(gè)地方為據(jù)點(diǎn)展開活動(dòng)。對(duì)他們來(lái)說(shuō)，進(jìn)入長(zhǎng)安是第一次定居，因此很不習(xí)慣。政治措施無(wú)法順利開展就在情理之中。短時(shí)間內(nèi)膨脹起來(lái)的集體中，人們有著各自的想法，也有意見的對(duì)立，常常發(fā)生內(nèi)訌。

雖然占領(lǐng)了長(zhǎng)安，地方還殘留著許多藩鎮(zhèn)勢(shì)力。如果黃巢的齊王朝政治良好，深得民心，藩鎮(zhèn)大概也會(huì)慢慢歸順。但大齊沒(méi)有多少人氣，地方承認(rèn)的仍然是唐的宗主權(quán)，在他們看來(lái)大齊的命運(yùn)不會(huì)長(zhǎng)久。因此，黃巢只能發(fā)兵討伐藩鎮(zhèn)。黃巢陣營(yíng)中也有對(duì)大齊政權(quán)喪失信心的人，這就是實(shí)力派將領(lǐng)朱溫。據(jù)說(shuō)朱溫和唐朝河中節(jié)度使王重榮交戰(zhàn)，因黃巢沒(méi)有派去援軍，于是向唐倒戈。

朱溫的倒戈給黃巢以巨大的打擊，而對(duì)唐來(lái)說(shuō)，朱溫簡(jiǎn)直就是救世主。朱溫不止被授予左金吾衛(wèi)大將軍，還被賜名全忠。在向唐效忠后，就只能稱他為朱全忠。把黃巢逼入絕境的，除了朱全忠附唐以外，還有唐朝雁門節(jié)度使李克用為奪回長(zhǎng)安而進(jìn)兵。他是突厥系沙陀族的首領(lǐng)，其父在龐勛之亂中立下大功，被允許用國(guó)姓也就是李姓。他們?cè)揪褪峭庾宀筷?duì)，在黃巢之亂中渾水摸魚，襲擊唐朝朔州失敗后逃亡到了草原的另一方。沙陀族以勇猛的騎兵團(tuán)而聞名，唐想借其力，于是赦免了他們襲擊朔州之罪。為了抵罪，李克用也得立下功勞。他的軍隊(duì)全部裹著黑衣，令人恐懼，因此被稱為“鴉軍”。李克用率領(lǐng)這支軍隊(duì)擊破了駐守梁田坡的十五萬(wàn)黃巢軍，直取長(zhǎng)安。這場(chǎng)戰(zhàn)事兩個(gè)月后，黃巢從長(zhǎng)安撤退。在唐的眼里，就成了收復(fù)長(zhǎng)安。時(shí)間是中和三年（883）四月，黃巢保有長(zhǎng)安不過(guò)兩年四個(gè)月。

從長(zhǎng)安撤退后，黃巢在各地和唐軍交戰(zhàn)，抵抗了一年以上。根據(jù)記錄，大饑荒最厲害的時(shí)候，據(jù)說(shuō)“木皮草根皆盡”，還有記事稱有人吃人的現(xiàn)象。黃巢在他故鄉(xiāng)附近的泰山東南狼虎山中自殺。

僖宗抖擻精神，從先前避難的蜀前往長(zhǎng)安，這是收復(fù)長(zhǎng)安一年半以后的中和五年（885）正月的事情。盡管皇帝回歸，但長(zhǎng)安已不是原來(lái)的長(zhǎng)安，唐也不再是曾經(jīng)的大唐。