唐朝大軍持續(xù)在沙漠入口集結，兵容整肅。麴文泰得知消息后，這才感到了恐懼，他在憂慮中死去。世子麴智盛做了王，但他在盡力后還是打開城門投降了。實際上高昌國所依賴的還有一件事情，就是麴文泰的妹妹嫁給了西突厥可汗，說是會得到那邊的援助。

太宗斷然進兵西域，是為了向西域各國傳達一個意思，就是像焉耆這樣的同盟國會始終獲得唐朝的武力保護。東突厥雖然降唐，但西突厥和唐還不是友好關系。此時唐如果對焉耆見死不救，就會眼看著西域完全成為西突厥的勢力范圍。

滅了高昌以后，太宗強壓眾議，在此設直轄領，在吐魯番盆地以西的交河城設立安西都護府，展示了積極的姿態(tài)。

專門諫言的魏徴辯論說，高昌沒有什么大物產，因此更好的選擇是仍以麴智盛為王，做唐的屬國。太宗平常都會聽魏徴的諫言，但這次堅持了自己的意見。因為對太宗而言，把吐魯番盆地作為直轄領，并不是為了要物產和稅金。太宗考慮的是經營西域，通過那里可以開展文化交流、物資貿易等，發(fā)揮物質和精神方面的長項。

玄奘在十八年后回國，此時曾經熱情招待過他的高昌國已然不在了。他和高昌國王曾有過約定，在回國途中要留在高昌，但這已無法實現(xiàn)了。他在貞觀十九年（645）回到長安，不過此時太宗并不在宮中。因為遠征高句麗，他把大本營推進到了洛陽。

西方的安西都護府在那之后也直接把焉耆編入直轄領，事情進展得非常順利，不過唐對東方的經營就沒這么順了。

隋朝滅亡的直接原因在于遠征高句麗，這是所有人都知道的。這個慘痛的歷史教訓僅僅發(fā)生在三十年前，重蹈覆轍會導致嚴重后果。朝廷中反對東征的呼聲也很強烈，特別是褚遂良，更是強烈反對親征。然而太宗下定決心親征。

——在自己有生之年。

這種想法在太宗心里根深蒂固。被立為皇太子的晉王李治（以后的高宗）病弱，唯一長處就是溫和。

要做太平的君主，溫和是比較合適的，大概太宗也是這么認為的。正因如此，就得早一點處理掉國防、外交問題，再把國家交給后繼者。野蠻的事情，需要盡可能地在自己這一代就收拾干凈。

高句麗有個叫泉蓋蘇文的人殺了國王，立了國王的弟弟。此外被百濟攻擊的新羅也向唐朝求援。此刻，百濟正聯(lián)合高句麗向新羅施壓。因有泉蓋蘇文的弒逆為口實，唐朝集結十萬兵力，遠征高句麗。

這次遠征最終失敗而歸。雖攻陷了遼東城（遼寧?。?，但在攻打安市城（遼寧省）的時候耽誤了時間，已經入了冬天，不得已退兵。高句麗派去謝罪使，但太宗再度遠征之意始終不變。果然，雖然沒有親征，但太宗還是出兵了。他有很強的信念，要把該打的戰(zhàn)爭在自己這一代打完。

貞觀二十三年（649）四月，因太宗之死，遠征高句麗終于停止。太宗享年五十三歲。