為了回答這個矛盾問題，達爾文又提出了性選擇學說。他認為，雖然雄孔雀的大尾巴對生存不利，但是由于雌孔雀喜歡挑選長著美麗尾巴的雄孔雀作為配偶，這種繁殖優(yōu)勢彌補了大尾巴的生存劣勢。一代又一代選擇的結(jié)果，導致雄孔雀都具有令人嘆為觀止的碩大美麗的尾巴。達爾文把這種現(xiàn)象稱為雌性選擇。正是由于雌性的選擇，使得鳥類被達爾文稱為“所有的動物中最有美感”的動物。

但是，即使是獨立發(fā)現(xiàn)了自然選擇原理的華萊士也表示不能茍同達爾文的這個解釋。他認為，雄性如果僅僅通過華而不實的宣傳來欺騙雌性，未必能夠真正經(jīng)受自然選擇的嚴酷考驗。后來的許多生物學家也認為，沒有足夠的證據(jù)證明雌性在對雄性作出選擇。

到了上個世紀80年代，在達爾文提出這個假說一百多年以后，才有生物學家做實驗對此作了驗證。實驗的設計其實很簡單：把一些雄鳥的尾羽剪短，再把剪下來的部分粘到另一些雄鳥的尾羽上，人為加長后者的尾巴。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，尾羽的長度對雄鳥的求偶起著決定性的作用。例如，正常雄燕從發(fā)情到找到配偶平均要花8天，那些尾羽剪短的要花上12到13天，而尾羽加長的只需要3天左右。達爾文的假說被證實了。

但是，達爾文留下了一個問題沒有回答：為什么雌性會這么“變態(tài)”，偏偏去選擇這些對雄性而言有害無益的性征？

首先試圖回答這個問題的，是達爾文之后最重要的進化生物學家之一——英國人費歇（Ronald Fisher, 1890～1962）。他的思路是這樣的：雄性第二性征在萌芽階段對雄性的生存其實是有益的，例如，稍微長一點兒的尾羽可能有助于在風中穩(wěn)定地飛翔。一開始，有些雌鳥碰巧喜歡長尾巴的雄鳥（當然還有些雌鳥喜歡短尾巴的，或者對尾巴的長短不感興趣），這樣它們的后代就同時有長尾巴和喜歡長尾巴這兩種基因。由于這時候的長尾巴有生存優(yōu)勢，在自然選擇的作用下，長尾巴的基因在群體中保留、傳播開來，喜歡長尾巴的基因也沾光跟著保留、傳播。最后，所有的雌鳥都具有了喜歡長尾巴的基因，它們?nèi)歼x擇長尾巴雄鳥為偶。它們對長尾巴的喜歡只是“單純”的喜歡，越長越好，并不考慮長尾巴雄性的生存優(yōu)勢。因此雄性的尾巴被越選越長，長到對生存有害無益，出現(xiàn)了失控。

另一位英國生物學家漢密爾頓（W. D. Hamilton, 1936～2000）認為，長尾巴并非失控的結(jié)果，而是雄鳥在向雌鳥炫耀自己有好的基因：你看，我身體多么健康，這么笨重的尾巴我都負擔得起！我身上沒有寄生蟲（如果有寄生蟲，羽毛就會黯淡無光甚至脫落），放心，我不會把寄生蟲傳給你和我們的兒女。而且，我天生對寄生蟲特別有抵抗力，我們的兒女也會像我一樣！