除了摩尼親自寫(xiě)的上述經(jīng)典外，摩尼教還遺存了大量文獻(xiàn)，大致可以分為五類(lèi)。

第一類(lèi)是宗教歷史性文獻(xiàn)，類(lèi)似基督教的福音書(shū)、使徒行傳、信徒書(shū)，雜有關(guān)于奇跡的記載，但是仍然有信史的成分。 袖珍型的《科隆摩尼古卷》已刊布192頁(yè)，由摩尼弟子轉(zhuǎn)述的摩尼自傳資料匯編而成，基本上以第一人稱回顧了摩尼早年在浸禮派中生活、受到神我啟示、與他們決裂和開(kāi)始傳教的歷程?？破仗匚牡摹恫嫉罆?shū)》（Homilies）已刊布96頁(yè)，其中第42－85頁(yè)是關(guān)于覺(jué)悟者（即摩尼）被釘上十字架的記載，第7－42頁(yè)則是大戰(zhàn)講義，與今存《沙卜拉干》殘片類(lèi)似，講述摩尼教關(guān)于世界末日發(fā)生大戰(zhàn)的教義。由于這兩份文書(shū)的幸存，我們對(duì)摩尼生平的早期和末期所知較多。三十年代在埃及麥地納－馬地（Medinet Madi）發(fā)現(xiàn)的大量摩尼教科普特文書(shū)中的一種是關(guān)于摩尼生平和摩 尼教會(huì)早期歷史的著作，可惜在二戰(zhàn)后的混亂中遺失了（僅存兩頁(yè)）。我們今天還可以通過(guò)一些吐魯番出土的伊朗語(yǔ)和回鶻語(yǔ)殘片，包括《牟羽可汗入教記》和書(shū)信，以及最近在埃及喀里斯 （Kellis）出土的科普特文書(shū)信、中國(guó)泉州摩尼教碑刻等資料增加一些對(duì)摩尼最后所受的迫害和摩尼教傳播情況的了解。

第二類(lèi)是教義闡釋。 埃及麥地納－馬地出土的科普特文的《生之福音》評(píng)注（Synaxes (commentary ) on the Living Gospel）的一部分圖版和《我主摩尼智慧的克弗來(lái)亞》（The Kephalaia of the Wisdom of my Lord Mani）的全部圖版已經(jīng)出版，有若干介紹，全部?jī)?nèi)容尚待科普特文專(zhuān)家釋 讀。《導(dǎo)師（即摩尼）的克弗來(lái)亞》（The Kephalaia of the Teacher ()）已經(jīng)釋讀295頁(yè)， 翻譯成德文和英文。克弗來(lái)亞意為綱目、章節(jié)、要義?！秲x略》中說(shuō)，摩尼其余六十年間宣說(shuō)正法，諸弟子等隨事記錄，克弗來(lái)亞顯然是這種記錄中最重要的一種，在西方史料中，它常被列為摩尼教經(jīng)典。我們今天能看到的有122章，通常是對(duì)話體，即由摩尼的弟子問(wèn)一個(gè)或一些問(wèn)題，摩尼予以解答，內(nèi)容涉及摩尼教幾乎所有的方面。敦煌出土的漢文《摩尼教殘經(jīng)一》與此類(lèi)似，也是闡釋教義的對(duì)話體記錄，今存345行。由摩尼弟子阿馱提出問(wèn)題，摩尼予以解答，從諸神造成世界和貪魔造立人身講起，敘述貪魔以五明性禁於肉身，而惠明使與之斗爭(zhēng)，使五明性得以解脫，也即使故人轉(zhuǎn)化為新人。這與《導(dǎo)師的克弗來(lái)亞》第38章相近?！赌δ峤虤埥?jīng)一》的另一個(gè)主要部分講述惠明使通顯三大光明日，降伏二種無(wú)明暗夜，與《導(dǎo)師的克弗來(lái)亞》第4章類(lèi)似。漢文《摩尼教殘經(jīng)一》已經(jīng)翻譯成法文和德文。此經(jīng)的一些帕提亞文、粟特文和回鶻文殘片已經(jīng)綴合刊布，翻譯成德文（部分翻譯成英文），可資比較研究。

第三類(lèi)是詩(shī)篇。 埃及麥地納－馬地出土的科普特文詩(shī)篇圖版已經(jīng)刊布，其中保存較好的第二部分共234頁(yè)已經(jīng)釋讀并翻譯成英文。敦煌出土的漢文《摩尼教下部贊》今存423行，已經(jīng)翻譯成英文和德文。吐魯番出土很多伊朗語(yǔ)與回鶻語(yǔ)詩(shī)篇?dú)埰渲斜容^長(zhǎng)篇的，如帕提亞文《胡威達(dá)曼》（Huwidagman，第一章在唐代已經(jīng)被翻譯成古漢文，即《摩尼教下部贊》第262－338頌的嘆明界文）和《安格羅斯南》（Angad Rosnan）、回鶻文《摩尼大頌》等已經(jīng)釋讀并翻譯成歐洲語(yǔ)文。 摩尼教詩(shī)篇內(nèi)容大致可以分為：庇麻節(jié)（Bema）詩(shī)篇，贊頌各個(gè)神，特別是耶蘇的，贊頌?zāi)δ崤c其他宗教領(lǐng)袖的詩(shī)篇等等。通過(guò)比較研究這些詩(shī)篇，我們可以觀察一些相同或類(lèi)似的宗教象征符號(hào)怎樣在不同文明之間傳播、翻譯、假借、融合。

第四類(lèi)是關(guān)于教團(tuán)組織和儀規(guī)的文獻(xiàn)。 本世紀(jì)初在北非阿爾及利亞的特貝薩（Tebessa）發(fā)現(xiàn)一篇拉丁文書(shū)，討論摩尼教選民（僧侶）和聽(tīng)者（一般信徒）的區(qū)別，已經(jīng)翻譯成英文。敦煌出土的回鶻文《摩尼教懺悔文》包括十五項(xiàng)懺悔的內(nèi)容，已經(jīng)被翻譯成德文、俄文、英文和中文。吐魯番交河城出土的《回鶻文摩尼寺院文書(shū)》的圖版刊布于1954年，已經(jīng)有中文、德文（部分）、英文和日文譯本。敦煌出土的漢文《儀略》簡(jiǎn)明扼要地?cái)⑹隽四δ嵘胶蛣?chuàng)教、他的形象、主要典籍、教團(tuán)組織結(jié)構(gòu)、寺院制度、基本教義二宗三際論。已經(jīng)有英文、法文和德文譯本?！秲x略》可能不是從中亞語(yǔ)言直接翻譯過(guò)來(lái)的，而是精通中亞摩尼教文獻(xiàn)的僧侶所著。