為了作出全部所屬特種部隊的預算和項目計劃備忘錄，司令部要建立一套項目計劃和預算的系統(tǒng)。即使有國會的授權，司令部發(fā)現(xiàn)要運行ＭＦＰ－１１非常困難。因為參謀力量不足，為完成這些任務，司令部采取了一些有效措施。１９８９年，空軍完成、提交了第一份備忘錄。１９９０年１０月，根據(jù)達福特的指示，司令部開始執(zhí)行預算權。１９９１年，司令部開始全面負責實施計劃項目備忘錄，司令部能夠自主地根據(jù)特種部隊的任務要求和發(fā)展需要，來制定計劃項目備忘錄并予以實施。ＭＦＰ－１１的建立，使司令部能自行決定如何在特別行動的要求和計劃方案之間尋找平衡點。

為了最有效地分配司令部的資源，唐寧將軍建立了《戰(zhàn)略計劃步驟》，在薩通將軍和斯古梅克將軍的任期內(nèi)，依然沿用這個分配資源的先后順序。隨后，由于資金越來越有限，司令部必須作出重大的調(diào)整，使有限資源發(fā)揮最大的效益。

首先，由于資金短缺，斯古梅克將軍將司令部機關與其下屬單位合并，這樣做的結果，保證了特種部隊總司令和下屬部隊司令（被稱為“董事會”）共同決定資源的優(yōu)先使用權在下屬司令部執(zhí)行的過程中不會發(fā)生改變。其次，由總司令主管資源分配能確保實施過程中的“忠誠度”，軍事結構、準備、資源和戰(zhàn)略評估中心制定了專門的程序，以監(jiān)控預算是否按“董事會”的決定實施的。通過這些措施，斯古梅克將軍確保把資金用在最需要的地方。

前些時，新上任的美國特種作戰(zhàn)指揮部指揮官霍蘭德已正式向五角大樓提出，將４ ７００人的特種作戰(zhàn)部隊增加９ ０００人，在２００４年１０月１日開始的５年期間，他需要２３０億美元的額外經(jīng)費。霍蘭德的要求表明美國特種部隊將向“特工化轉型”，肩負在全球范圍內(nèi)執(zhí)行打擊“基地”和其他恐怖組織的重任。

五角大樓目前正在核定２００４至２００９會計年度的預算，預定１２月送交白宮。美國特種作戰(zhàn)指揮部目前的年度預算是４９億美元，占五角大樓預算的１．３％。霍蘭德提出增加兵員數(shù)目的比例遠遠高于其他軍種。他增加２３０億美元預算的要求，將使特種作戰(zhàn)指揮部經(jīng)費在５年期間每年增加４６億美元。這幾乎比目前的正常經(jīng)費多出一倍。

美軍在阿富汗進行反恐戰(zhàn)爭后，雖然推翻了塔利班政權，但并沒有消滅“基地”組織。１０個月已經(jīng)過去了，逮捕“基地”分子的行動越來越困難?！盎亍狈肿舆€和塔利班殘余分子相互勾結，在阿富汗制造了大量恐怖事件。在世界各地，“基地”組織也在頻繁活動，僅在“９·１１”一周年前夕，美國情報機構就接獲了上千條恐怖活動警告，迫使美國政府把警戒等級從“黃色”提高到“橙色”。這使美國“大當家的”非常懊惱。美國國防部長拉姆斯菲爾德也不滿意區(qū)域指揮官的表現(xiàn)，認為各地抓獲的恐怖分子無論從質(zhì)量或數(shù)量都不盡人意，他歸咎于各軍種各部門“指揮不當，協(xié)調(diào)不力”。

由于下一階段的反恐戰(zhàn)將會既激烈但也更加隱蔽，美國高層多次商討是否把全球打擊恐怖主義戰(zhàn)爭的指揮權，大部分劃歸特種作戰(zhàn)指揮部。

拉姆斯菲爾德和特種部隊指揮官霍蘭德將軍會晤，商討如何加速逮捕或殲滅“基地”組織恐怖分子。當時，五角大樓力圖低調(diào)處理這次會見，稱這是一次“例行會晤”，就像拉姆斯菲爾德與其他高級將領類似會談一樣。實際上，在這次會見中拉姆斯菲爾德已向霍蘭德吐露了他的想法。

９月上旬，拉姆斯菲爾德和美國軍方其他區(qū)域指揮官在波林空軍基地召開會議，專門討論特種部隊職責轉移事宜。據(jù)悉，拉氏和特種作戰(zhàn)部隊高級指揮官都對這一改變“非常熱衷”。這些高級軍官認為，特種作戰(zhàn)指揮部真正有了指揮權后，將在世界各地的反恐行動中大顯身手。

指揮權改變后，美國中央指揮部指揮官弗蘭克斯仍繼續(xù)負責阿富汗的所有軍事行動，弗蘭克斯也指揮了對伊拉克發(fā)動的戰(zhàn)爭。而在巴基斯坦境內(nèi)的特種作戰(zhàn)部隊指揮權移交給特種作戰(zhàn)指揮部。