但是，溫伯格部長的決定并沒有完全解決心理戰(zhàn)和民間事務(wù)部隊(duì)的問題。在史廷納將軍的任期內(nèi)，他解決了另一個(gè)有關(guān)這兩支部隊(duì)歸屬的長期存在的問題。國防軍的領(lǐng)導(dǎo)人認(rèn)為，這兩支部隊(duì)只有在戰(zhàn)時(shí)才歸特別行動(dòng)部隊(duì)司令部領(lǐng)導(dǎo)，而平時(shí)應(yīng)歸屬國防軍領(lǐng)導(dǎo)。史廷納將軍經(jīng)過艱苦努力，促使國防部１９９３年３月通過了一項(xiàng)決議，正式明確了這兩支部隊(duì)的歸屬問題。這一決定確保特別行動(dòng)部隊(duì)司令部在和平時(shí)期同樣有權(quán)力指揮和使用這兩支部隊(duì)，司令部全權(quán)負(fù)責(zé)它們的軍費(fèi)開支、訓(xùn)練、裝備和組織。

１９８７年４月１６日，海軍創(chuàng)建了海軍特別作戰(zhàn)司令部，它的下屬單位僅有海軍特別作戰(zhàn)中心（訓(xùn)練司令部）。海軍第１特別作戰(zhàn)隊(duì)和第２特別作戰(zhàn)隊(duì)（海陸空三棲特種部隊(duì)即海豹部隊(duì)及特種艇部隊(duì)）沒有劃歸到特別行動(dòng)部隊(duì)司令部，因?yàn)楹＼姺矫嬲J(rèn)為這兩個(gè)部門和下屬部隊(duì)分別屬于太平洋和大西洋艦隊(duì)，因此不可能劃歸特別行動(dòng)部隊(duì)司令部指揮。海軍部長詹姆斯·韋伯和海軍的高級將領(lǐng)們都認(rèn)為，那樣做的結(jié)果會(huì)使海軍特戰(zhàn)部隊(duì)失去與艦隊(duì)的密切聯(lián)系。

林德塞將軍堅(jiān)持認(rèn)為這些駐扎在美國本土的部隊(duì)?wèi)?yīng)該歸特別行動(dòng)部隊(duì)司令部領(lǐng)導(dǎo)。他提出的理由是，海軍特別行動(dòng)部隊(duì)與艦隊(duì)的聯(lián)系，不同于它們與專業(yè)特別作戰(zhàn)機(jī)構(gòu)相聯(lián)系，特種部隊(duì)司令部能夠更好地發(fā)揮這些部隊(duì)的作用，因?yàn)樗鼈兛梢院推渌奶胤N部隊(duì)協(xié)同作戰(zhàn)。１９８７年１０月２３日，溫伯格部長把天平傾向了特別行動(dòng)部隊(duì)司令部一邊，他簽署命令：從１９８８年３月１日起，海陸空三棲特種部隊(duì)（海豹部隊(duì)）、特種艇部隊(duì)和海軍特別作戰(zhàn)部隊(duì)全部移交給海軍特別作戰(zhàn)司令部，到１９８８年１０月１日，這些部隊(duì)由特種部隊(duì)司令部全權(quán)負(fù)責(zé)。

空軍第２３軍是一個(gè)很特別的組織，它承擔(dān)著兩個(gè)不同但相互聯(lián)系的任務(wù)：它歸軍事空運(yùn)司令部（ＭＡＣ）領(lǐng)導(dǎo)，又作為特別行動(dòng)部隊(duì)司令部下屬的空軍單位。溫伯格部長只把第２３軍的特別行動(dòng)部及下屬部隊(duì)劃歸特別行動(dòng)部隊(duì)司令部，包括它的后備國防軍和空軍特別行動(dòng)學(xué)校。第２３軍依然承擔(dān)著ＭＡＣ的一些任務(wù)（比如醫(yī)藥空運(yùn)、營救、氣象偵察及其他緊急空運(yùn)任務(wù)）。林德塞將軍希望所有的下屬單位都是同級別的指揮部門，因此這種設(shè)置就帶來了一些問題。

最初，特別行動(dòng)部隊(duì)司令部希望第２３軍只擔(dān)負(fù)純粹的特別行動(dòng)任務(wù)，ＭＡＣ同意這個(gè)要求。林德塞將軍最關(guān)注的是：他調(diào)整改革第２３軍的計(jì)劃必須通過ＭＡＣ才能實(shí)施，目前的行政隸屬關(guān)系，對建立國會(huì)所要求的指揮司令部是一個(gè)阻礙。他認(rèn)為，解決的辦法是將第２３軍升格為空軍作戰(zhàn)指揮部，空軍參謀長蘭瑞·威爾士同意了這個(gè)方案。１９９０年５月２２日，空軍第２３軍成為空軍特別行動(dòng)司令部（ＡＦＳＯＣ）。軍費(fèi)預(yù)算和項(xiàng)目發(fā)展，對國會(huì)和林德塞將軍來說，ＭＦＰ－１１財(cái)政計(jì)劃意味著特種部隊(duì)在軍費(fèi)預(yù)算上擁有特權(quán)。盡管《努·考安修正案》所催生的ＭＦＰ－１１財(cái)政計(jì)劃是專門針對特種部隊(duì)的軍費(fèi)預(yù)算，但對法律條文可以有不同的解釋，國防部的一些辦公室認(rèn)為，新的司令部不應(yīng)該有自己的計(jì)劃項(xiàng)目備忘錄。林德塞將軍和其他一些人持相反的意見，經(jīng)過艱苦的努力，司令部終于爭得了做預(yù)算和計(jì)劃項(xiàng)目備忘錄的權(quán)力。但爭論一直在繼續(xù)，直到１９８８年９月，參議員努·考安對國會(huì)的意圖作了闡述：法律明確表明，特別行動(dòng)部隊(duì)司令部司令有權(quán)單獨(dú)制定項(xiàng)目計(jì)劃備忘錄。同月，國會(huì)頒布了《公共法１００－４５６》，明確規(guī)定特別行動(dòng)部隊(duì)司令部總司令直接向國防部長提交計(jì)劃項(xiàng)目備忘錄。

１９８９年１月２４日，國防部長助理威廉·達(dá)福特簽署備忘錄，使特別行動(dòng)部隊(duì)司令部擁有基于ＭＦＰ－１１的預(yù)算權(quán)。隨后，１９９０年１０月１日，國防部長辦公室將ＭＦＰ－１１的選擇權(quán)授予特別行動(dòng)部隊(duì)司令部。１９９１年１０月，又授予其對ＭＦＰ－１１的全部權(quán)力。至此，在美軍歷史上，一個(gè)兵種的總司令首次有權(quán)作出軍費(fèi)預(yù)算和計(jì)劃項(xiàng)目備忘錄。