特種部隊(duì)的行動(dòng)綱領(lǐng)中，還增加了反大規(guī)模殺傷性武器、信息戰(zhàn)和控制沖突，加強(qiáng)了防御措施，增加了反恐怖主義的任務(wù)。為了更有效地使用特種部隊(duì)，薩通將軍繼續(xù)對司令部的任務(wù)、目標(biāo)和前景進(jìn)行了修訂。１９９６年１０月，他對特種部隊(duì)的行動(dòng)綱領(lǐng)作了較小的變動(dòng)：“在和平時(shí)期和戰(zhàn)時(shí)，為國家總指揮權(quán)、地區(qū)作戰(zhàn)司令、美國駐各國大使，及所在國家軍隊(duì)提供特別行動(dòng)部隊(duì)，在世界范圍內(nèi)有效地領(lǐng)導(dǎo)特別行動(dòng)、民間事務(wù)和心理戰(zhàn)行動(dòng)?！?/p>

１９９７年１０月１日，薩通將軍榮升參謀首長聯(lián)席會(huì)議主席，新當(dāng)選的總司令斯古梅克將軍繼續(xù)了對行動(dòng)綱領(lǐng)的修訂，他為特別行動(dòng)部隊(duì)提出了新目標(biāo)：“要成為世界上現(xiàn)存的最有能力、適應(yīng)性最強(qiáng)的特別行動(dòng)部隊(duì)，立志擁有最卓越的官兵和最高的專業(yè)水準(zhǔn)?！?/p>

盡管不斷修訂，行動(dòng)綱領(lǐng)的本質(zhì)是保持不變的。但對于司令部總部的結(jié)構(gòu)，斯古梅克將軍要大刀闊斧地進(jìn)行改革。他的前任在機(jī)構(gòu)改革方面已經(jīng)作了一些嘗試，如合并職能相似的部門、實(shí)現(xiàn)流線型辦事程序和重組人力資源等。作為一個(gè)前下屬部隊(duì)的司令，斯古梅克將軍認(rèn)識(shí)到，司令部總部沒有把工作的重心放在關(guān)鍵的部門，而那些被忽視的部門才是特種部隊(duì)的核心所在。他大膽撤消了傳統(tǒng)的“Ｊ－首長聯(lián)席制”，將作戰(zhàn)與后勤部門合并為５個(gè)“完美中心”，每個(gè)中心各由一名一般軍官、高級(jí)軍官或高級(jí)文職執(zhí)行官負(fù)責(zé)。重組保證了司令部總部的工作以戰(zhàn)略作戰(zhàn)為中心。Ｊ３和Ｊ５處合并為行動(dòng)、計(jì)劃和政策中心（ＳＯＯＰ）；作戰(zhàn)模擬和準(zhǔn)備處（Ｊ７）與計(jì)劃和審計(jì)處合并為軍事結(jié)構(gòu)、準(zhǔn)備、資源和戰(zhàn)略評估中心；情報(bào)和信息行動(dòng)中心（ＳＯＩＯ）包括命令、控制、通訊、計(jì)算機(jī)和資訊系統(tǒng)處（Ｊ６）、情報(bào)處（Ｊ２）和信息行動(dòng)處（Ｊ３）；準(zhǔn)備中心和后勤處組成了特別行動(dòng)后勤采購中心（ＳＯＡＬ）；指揮服務(wù)中心包括人事處（Ｊ１）和特別參謀辦公室。重組后的司令部總部確保各種資源的合理應(yīng)用，使它能更好地為特種部隊(duì)、地區(qū)總司令和美國駐各國大使服務(wù)。

要使特別行動(dòng)部隊(duì)司令部真正發(fā)揮作用，它下面要有所屬部隊(duì)，這是無可爭議的。組建司令部的有關(guān)法律這樣規(guī)定：“除國防部長的指令外，所有駐扎在美國的現(xiàn)役和預(yù)備役特種部隊(duì)，都接受特別行動(dòng)部隊(duì)司令部的領(lǐng)導(dǎo)?！碑?dāng)時(shí)的國防部長肯斯帕·溫伯格簽署了命令，確定了他下屬的三個(gè)司令部和大部分部隊(duì)：駐扎在佛羅里達(dá)赫爾伯特的第２３航空軍，總部設(shè)在加利福尼亞圣地亞哥的海軍特別作戰(zhàn)司令部，和駐扎在北卡羅來納布拉格基地的陸軍第一軍。１９８７年８月１４日，特別行動(dòng)部隊(duì)司令部成立之后，溫伯格又簽署命令成立了聯(lián)合特別行動(dòng)司令部，此后，它變成了特別行動(dòng)部隊(duì)司令部下屬的一個(gè)部門。

劃歸到特別行動(dòng)部隊(duì)司令部時(shí)，第一軍是負(fù)責(zé)美國陸軍所有特別行動(dòng)的部隊(duì)。它的任務(wù)是準(zhǔn)備、提供、支持陸軍的特種部隊(duì)，領(lǐng)導(dǎo)對外協(xié)助防御、非常規(guī)作戰(zhàn)、特別情報(bào)、心理戰(zhàn)、突擊行動(dòng)以及其他相關(guān)的特別行動(dòng)。它的下屬部隊(duì)包括第一、第七和第十特別行動(dòng)隊(duì)，第四心理戰(zhàn)隊(duì)，第９６民間事務(wù)部隊(duì)，第７５游騎兵團(tuán)，第１６０特別行動(dòng)航空大隊(duì)，預(yù)備役部隊(duì)的國防軍部隊(duì)以及約翰·肯尼迪特別作戰(zhàn)中心。

但是，這些單位并非全部歸屬到特別行動(dòng)部隊(duì)司令部。溫伯格部長保留了心理戰(zhàn)和民間事務(wù)部隊(duì)。１９８７年年初，國防部長辦公室建議成立一個(gè)獨(dú)立、級(jí)別低于特別行動(dòng)部隊(duì)司令部的聯(lián)合司令部，專門負(fù)責(zé)心理戰(zhàn)和民間事務(wù)。和其他特種部隊(duì)的遭遇一樣，在２０世紀(jì)７０年代和８０年代，心理戰(zhàn)和民間事務(wù)特種部隊(duì)被大大削弱，因此，一些支持者擔(dān)心，把這兩個(gè)單位并于特別行動(dòng)司令部，將不利于它的發(fā)展。林德塞將軍反對這個(gè)計(jì)劃，他認(rèn)為，將其劃歸特別行動(dòng)司令部，有利于保護(hù)特種部隊(duì)的資產(chǎn)和資源，參謀長聯(lián)席會(huì)議主席阿德邁·科隆同意他的意見。１９８７年１０月１５日，溫伯格部長簽署命令：包括現(xiàn)役部隊(duì)和預(yù)備役，所有陸軍、空軍的心理戰(zhàn)和民間事務(wù)特種部隊(duì)，都劃歸特別行動(dòng)司令部領(lǐng)導(dǎo)。