特別行動部隊司令部的組建頗具傳奇性。為了盡快解決人員和場地問題，國防部決定撤消一個當時的司令部。美國作戰(zhàn)準備司令部在早期是一個常常被誤解的部門，根據《高華德－尼可斯重組法案》，它原有的任務已不復存在，而且它的總司令詹姆斯·林德塞有一些指揮特別行動的經驗。１９８７年１月２３日，參謀首長聯席會議正式向國防部提議，將作戰(zhàn)準備司令部改建為特別行動部隊司令部。

１９８７年４月１３日，羅納德·里根總統(tǒng)批準成立新司令部。４月１６日，國防部宣布特別行動部隊司令部成立，并向參議院提名林塞德將軍為第一任總司令，參議員對這一提名沒有任何異議。

１９８７年６月１日，特別行動部隊司令部舉行了慶祝成立大會。國防部長助理威廉·塔夫特和安德邁·威廉·Ｊ·考文在慶祝大會上發(fā)表了講話，這兩個人當初對《努·考安修正案》的態(tài)度截然相反。在講話中，安德邁·威廉建議林德塞將軍的新司令部，與軍隊的主流保持一致，他說：“在特種部隊和其他部隊之間，多多少少存在著一些隔閡，有些人希望這些隔閡變得更深，現在，我們首先是要打破它們，其次，要教育所有官兵，要使他們認識并理解到做什么、為什么要這樣做和這樣做的重要性。每一支部隊都要竭盡全力，以提高美軍的作戰(zhàn)能力。”林德塞將軍知道，鑒于國防部此前對建立特別行動部隊司令部的態(tài)度，采納這一建議將會是一個挑戰(zhàn)。

特別行動部隊司令部歷任總司令，從１９８７年，從首任總司令林德塞將軍開始，迄今已有７任總司令。后６任為：

詹姆斯·Ｊ·林德塞（１９８７年４月１６日－１９９０年６月２７日）

卡爾·Ｗ·史延納（１９９０年６月２７日－１９９３年５月２０日）

華納·Ａ·唐寧（１９９３年５月２０日－１９９６年２月２９日）

亨利·Ｈ·薩通（１９９６年２月２９日－１９９７年９月２５日）

彼德·Ｊ·斯古梅克（１９９７年１１月５日－２０００年１０月２０日）

查爾斯·霍蘭德（２０００年１１月至今）

每一任總司令在任期內都面臨著不同的挑戰(zhàn)和機遇。特別行動部隊司令部自成立以來，國際局勢發(fā)生了許多重大變化，前蘇聯解體、美軍縮編、出現新的敵對國家、地區(qū)不穩(wěn)定因素、大規(guī)模殺傷性武器數量增加等等，特種部隊擔負著越來越艱巨的任務，常規(guī)部隊、美國駐各國大使和其它國家部門越來越多地使用特種部隊。

按１９８７年《參謀首長聯席會議手冊》第７１～８１頁所描述的，特別行動部隊司令部的職責，是完成所擔負的常規(guī)任務，在總統(tǒng)和國防部長的直接授權下，計劃和領導特別行動。主要任務是：最后兩項任務，“根據ＭＦＰ－１１財政計劃，提出、落實預算計劃”和“發(fā)展、實現特殊行動所需裝備、材料、供給和服務保障”，使特別行動部隊司令部比其他任何一個聯合司令部都特殊，在承擔責任的同時，它擁有相應的權力。國會賦予特種部隊司令部異乎尋常的權威，它能夠獨立控制特種部隊的結構、裝備和資源。

特別行動部隊司令部的結構，是首任總司令林德塞將軍建立的，它沿用了典型的“聯合首長”制。１９８８年６月，他對這一結構做了兩處調整：Ｊ８（資源）首長負責執(zhí)行ＭＥＰ－１１財政計劃，增設Ｊ９首長，負責心理戰(zhàn)和民間事務。

對司令部任務的陳述，涉及地理政治學的變化。隨著前蘇聯的解體和地區(qū)不穩(wěn)定因素的增加，對特種部隊的能力提出了新的要求。為適應形勢的發(fā)展，反映出特種部隊大量參加維和與人道主義援助的新特點，１９９３年，唐寧將軍修訂了特種部隊司令部的行動綱領：“在和平時期和戰(zhàn)時，隨時有效地在世界范圍內領導特別行動、民間事務和心理戰(zhàn)行動，服務于地區(qū)作戰(zhàn)司令、美國大使及所在國家軍隊和其他政府機構?！?/p>