就在桑結嘉措幾乎獨攬實權之時，對他的挑戰(zhàn)也悄然而至。1688年，蒙古準噶爾部首領噶爾丹東侵喀爾喀部后，開始南下進犯，被清軍打敗。在噶爾丹作亂的戰(zhàn)爭中，桑結嘉措始終偏袒并站在噶爾丹一邊，甚至多次假借五世達賴之名在清廷為其開脫和掩護，所以噶爾丹的失敗讓他感受到了空前的威脅。另一方面，五世達賴業(yè)已圓寂的消息日益難以遮掩。在這種情況下，如何選擇時機向清廷靠攏并促使新立的達賴喇嘛順利坐床就職，成為桑結嘉措的一大心事。

根據史籍記載，就如何迎請靈童來拉薩并公開五世達賴喇嘛圓寂一事，第巴桑結嘉措、曲吉卡熱巴· 多倫多吉、曲本· 阿旺西繞、格隆· 甲央扎巴、塔姆瓦、阿袞等人曾聚集在大靈塔——宗喀巴塑像前，誠心禱告，敬請神靈抉擇。最后確定迎請的時間為藏歷火牛年（1697年） 。問卜神旨還稱“應首先將靈童迎至布達拉宮，時間應為藏歷10 月下旬10 日內。根據五世達賴與管家索朗繞丹攝政王第一次見面的地點，在聶塘扎西崗地方舉行首次會面禮儀為好”。

1696 年即康熙三十五年，康熙皇帝親征準噶爾，翌年，噶爾丹兵敗自殺，準噶爾全軍覆沒。噶爾丹被消滅本身已對桑結嘉措極為不利，而恰逢此時，康熙皇帝又從俘虜口中得知五世達賴喇嘛早已圓寂的消息。康熙十分震怒，立即致書第巴桑結嘉措嚴詞責問，“命理藩院檄青海薩楚墨爾根臺吉等，諭以噶爾丹敗逃及達賴喇嘛已死十六年（死亡當年算一年，實際為15 年），第巴匿之，假其言誑誘噶爾丹作亂之故”。

桑結嘉措接到康熙皇帝的責問書信后，立即派尼瑪塘呼圖克圖等人前往北京解釋，正式報告五世達賴喇嘛已于康熙二十一年（1682年） 圓寂，并稱當時“即欲奏報，恐生他變，且有達賴喇嘛遺言和護法王之授記，言必至相合之年歲始聞天朝皇帝及眾施主，現(xiàn)六世達賴喇嘛（將）于康熙三十六年十二月二十五日坐床（此為預計日期），乞皇上暫隱之，勿聞于眾”?？滴趸实墼跈嗪饬宋迨肋_賴死后西藏的復雜政局面之后，“許為秘之”，并默認了新達賴喇嘛倉央嘉措的合法性。    隨即，第巴桑結嘉措在西藏從小范圍到大范圍陸續(xù)公開了“第五世達賴喇嘛業(yè)已圓寂，六世達賴喇嘛已經降臨人世”的消息，并解釋說，早年乃兩大護法神曾鄭重降旨，“此事與政教大業(yè)攸關，必須嚴加保密”，現(xiàn)在，神已經允許公開。

1697 年3 月，第巴桑結嘉措從拉薩派出了和碩特蒙古軍首領扎西嘉措以及朗熱僧· 旺杰多吉、門巴帕姆· 阿旺桑波、唐窮瓦· 洛桑等作為迎請六世達賴喇嘛的先遣人員。隨后，又從藏軍中選派了貢布人嘎恰巴· 丹增多吉等人擔任護衛(wèi)任務。  

4 月29 日，桑結嘉措首先向一部分高級官員公開了“秘密”，并嚴令暫時仍須守口如瓶。此前不久，倉央嘉措一行起程前往拉薩時，也沒有舉行大規(guī)模的儀式，只是給前來送行的父母、親戚、官員等人一一摩頂，并回敬哈達。靈童一行經過吉宇、噶舉宮、哲古扎西塘、拉欽地、索凱、絨布熱瑪霍、達龍扎西林、占堆塘等地，經過9 天的行程，于5 月4 日到達浪卡子。

5 月17 日，護送人員代表曲吉來到拉薩，向布達拉宮的世界莊嚴大金塔、天成殊勝自在佛像、大昭寺和小昭寺內的釋迦牟尼金像等敬獻哈達，并向第巴桑結嘉措詳細匯報了靈童行程的情況。