倉央嘉措被廢黜之后的命運(yùn)可謂撲朔迷離、莫衷一是。官方報(bào)告稱在押解赴京途中病死。不過，最新的考證越來越傾向于他其實(shí)并未病死。由于倉央嘉措作為達(dá)賴?yán)锏霓D(zhuǎn)世在藏區(qū)仍然深得人心，當(dāng)時(shí)的西藏地方統(tǒng)治者和北京的清廷誰也不知道究竟應(yīng)該怎么處置這樣一位退位的達(dá)賴?yán)铩麄兗炔荒苊凹雍τ谒娘L(fēng)險(xiǎn)，也不能繼續(xù)給他活佛的禮遇。

最后，受到康熙皇帝訓(xùn)斥的押解人員想出一個(gè)萬全之策，請(qǐng)求倉央嘉措自遁而去。自此，倉央嘉措看破紅塵云游四方，苦心修行。最后在阿拉善一帶落腳弘法，而他自己也在走下佛壇之后真正悟道，成為一位真正的高僧大德。

《清圣祖實(shí)錄》中記載：“（拉藏汗）陳奏假達(dá)賴?yán)锴橛?。授命護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)席柱、學(xué)士舒蘭為使，往封拉藏為翊法恭順汗，令拘達(dá)賴?yán)锔熬?。拉藏以為?zhí)送假達(dá)賴?yán)飫t眾喇嘛必至離散，不從。席柱等奏聞，上諭諸大臣曰：拉藏今雖不從，后必自執(zhí)之來獻(xiàn)。至是，駐扎西寧喇嘛商南多爾濟(jì)果報(bào)拉藏起解假達(dá)賴?yán)锔熬蝗缡ニ?，眾皆驚異?！笨梢姡瑢?duì)于如何處置倉央嘉措，拉藏汗的想法前后矛盾，而這正是當(dāng)時(shí)西藏復(fù)雜的社會(huì)情勢(shì)的反映。

根據(jù)《清圣祖實(shí)錄· 卷二二七》記載：“康熙四十五年十二月庚戌，理藩院題‘駐扎西寧喇嘛商南多爾濟(jì)報(bào)稱，拉藏送來假達(dá)賴?yán)?，行至西寧口外病故。假達(dá)賴?yán)镄惺裸y，今既在途病故，應(yīng)行文將其尸骸拋棄’，從之?！?   魏源《圣武記》中《國(guó)朝綏服西藏記上》延續(xù)了這一說法：“（康熙）四十四年，第巴謀毒拉藏汗不遂，欲以兵逐之，拉藏汗集眾討誅第巴。詔封拉藏翊法恭順汗??至是奏廢第巴所立假達(dá)賴。詔執(zhí)獻(xiàn)京師，行至青海，病死。”

不過，根據(jù)有關(guān)專家的研究，這種官方的選擇性記錄和經(jīng)過過濾的結(jié)論其實(shí)大有可疑之處。比如，康熙三十九年至四十五年間，西藏和清廷之間文書往來不絕，大事不斷，但《清圣祖實(shí)錄》的相關(guān)年份里均無記錄，甚至康熙四十二年、四十三年和四十四年連續(xù)三年沒有與西藏有關(guān)的任何記載。蓋因這種御用史書傾向于記錄官方愿意相信的事實(shí)，而不是歷史事實(shí)，所以，真話往往為好聽的話所取代，“僅僅依靠官修史書很難弄清歷史真相”。

在民間及多部歷史文獻(xiàn)中，關(guān)于倉央嘉措并未在押解途中圓寂的說法也多有出現(xiàn)，比如有的就記載后世達(dá)賴?yán)镌ノ迮_(tái)山與他秘會(huì)等。但近來越來越多的人相信“遁去說”，即如《倉央嘉措傳》所載，康熙皇帝醒悟到對(duì)倉央嘉措的處理將左右為難，于是派遣使臣訓(xùn)斥押解人員道：“爾等將此教主大駕迎來，將于何處住錫如何供養(yǎng)？實(shí)乃無用之輩?！北娙嘶炭?，更無萬全之策，只好懇求倉央嘉措自行遁去。此后，倉央嘉措周游印度、尼泊爾、康、藏、甘、青、蒙古、五臺(tái)山、京城等地，最后于乾隆十一年（1746年）陰歷四月初八逝于阿拉善旗朵買地區(qū)的一座蒙古營(yíng)帳中，年壽64 歲。

比較權(quán)威的《西藏民族政教史》顯然采信了這一說法。這本著作在相關(guān)章節(jié)中寫道：“次因藏王佛海（即桑結(jié)嘉措，桑結(jié)是藏語佛的意思，嘉措是藏語海的意思）與蒙古拉桑王（拉藏汗）不睦，佛海遇害。康熙命欽使到藏調(diào)解辦理，拉桑復(fù)以種種雜言謗毀，欽便無可如何，乃迎大師晉京請(qǐng)旨。行至青海地界時(shí)，皇上降旨責(zé)欽使辦理不善，欽使進(jìn)退維艱之時(shí)，大師乃舍棄名位，決然遁去，周游印度、尼泊爾、康、藏、甘、青、蒙古等處。宏法利生，事業(yè)無邊。爾時(shí)欽差只好呈報(bào)圓寂，一場(chǎng)公案，乃告結(jié)束。”

關(guān)于倉央嘉措卒年的判斷決定了對(duì)倉央嘉措后半生的蹤跡的判斷，這也是目前有關(guān)倉央嘉措研究最大的謎團(tuán)之一。盡管歷來有多種說法，但已經(jīng)有越來越多的證據(jù)表明，這位廣受愛戴的活佛并非如官方記載的那樣短壽，而是在隨后幾十年的歷經(jīng)風(fēng)霜中延續(xù)和升華了他的傳奇。