最后漢口樂善堂竟然發(fā)展成以漢口樂善堂為中心，在湖南、四川、北京分別設有支部，具體由荒尾精、山內(nèi)線、高橋謙、宗方小太郎負責的一個龐大間諜網(wǎng)。當時加入這一間諜組織的日本浪人從裝束、發(fā)辮到語言都仿照中國人，以江湖各種職業(yè)為掩護，流竄于中國內(nèi)地各省，包括北京、蒙古、伊犁、滿洲、陜西、廣東、廣西、云南、貴州、新疆、西藏等地，其行蹤幾乎遍布中國全境。

隨著隊伍的壯大，漢口樂善堂的調(diào)查范圍也漸漸擴大，涉及到中國各地氣候風土、人情風俗、工商農(nóng)業(yè)、交通金融、清朝兵制、被服糧秣等方面，所寫的報告書--“對每一個村莊、每一條道路、每一座小丘甚至于水井，都標示得清清楚楚”。此外，漢口樂善堂還積極接觸白蓮教、哥老會、九龍會等民間社團，拉攏其中的立場不堅定分子，隨時準備在中國境內(nèi)掀起滔天巨浪。

就像一顆楔入的巨型鋼釘，漢口樂善堂這個間諜機構(gòu)牢牢固定在中國腹地，源源不斷地向日本輸送回大量情報。1890年4月，表現(xiàn)不俗的荒尾精回到日本匯報成果，將漢口樂善堂交于日本陸軍參謀本部派來的大尉根津一接管。后來根津一將大堆的情報分類整理，匯成2編3冊2300多頁的《清國通商綜覽》，在1892年正式出版。這本書涉及到中國的政治、經(jīng)濟、文化、地理、交通等諸多方面，為日本后來的侵華活動提供了第一手資料。

回國后的荒尾精于1890年9月又帶著從日本各地征召來的150名“頭腦優(yōu)秀、身體強健”的學生再度入境，在上海開辦起了另一家日清貿(mào)易研究所。

日清貿(mào)易研究所的前身是東洋學館，于1884年7月成立，“此學館在上海設立的目的決不是造就普通的學者，而是教授漢語、英語，熟練地進行東洋貿(mào)易，培養(yǎng)實業(yè)家，爭取最大的國家利益。支那是和日本關系重大、有無盡財源的大國，是日本國獲取利益的最好的市場。從事這些，就要通漢語和東洋貿(mào)易以及必要的英語?！彼澈蟮馁Y助者也是岸田吟香，不過時運不濟，成立一年后即因經(jīng)費緊張關門大吉了。

荒尾精這次有備而來，因為工作出色，他得到了川上操六的首肯，還獲得4萬日元的特別經(jīng)費。有了資金有了生源，日清貿(mào)易研究所很快就有聲有色地開辦起來。荒尾精自任所長，如有事外出時，所內(nèi)事務則全部轉(zhuǎn)由根津一處理。為了便于管理，他還將全部學員分為三個班，每班配備一名干事，分別由宗方小太郎、小山秋作和西村忠一擔任，宗方小太郎還兼任學生監(jiān)督；漢口樂善堂成員中西正樹、山內(nèi)巖、高橋謙、田鍋安之助、片山敏彥、井深彥三郎等擔任顧問或中國問題教師；中國人沈文藻和桂林講授漢語；英國人阿斯托則講授英語，此外還開設了商業(yè)地理、中國商業(yè)史、經(jīng)濟學、日漢文學等課程。修業(yè)年限為四年，前三年學習學科知識，最后一年則實習或?qū)嵉乜疾臁＿@樣，它就與漢口樂善堂有了明顯分工，漢口樂善堂的主要任務是搜集情報和偵察中國各地情況，日清貿(mào)易研究所則偏重培養(yǎng)訓練軍事間諜。

日清貿(mào)易研究所開學后沒持續(xù)多久，就有幾乎一半的學員因經(jīng)費困難而中途離去。到了1893年，第一期89名學員還未畢業(yè)，中日關系已到一觸即發(fā)之時，根津一開始發(fā)表講話：“兩國戰(zhàn)局已經(jīng)劍拔弩張，此戰(zhàn)乃以富強自詡的清帝國為對手，對日本來說不容樂觀。所幸者，諸君通曉支那語，又多少通曉支那之事，故希望諸君能夠暗探敵軍軍情及其內(nèi)情，以為皇國效力。”在教員的強力鼓動下，所有學員于5月份盡數(shù)分散隱匿，大多數(shù)都改扮成華僑或僧人，分別奔赴北京、天津、煙臺、江蘇、浙江、四川、福建、臺灣等處。

甲午戰(zhàn)爭爆發(fā)前夕，他們或單一行動或三五成群，再扮成儒士、商人、僧人、乞丐等各類角色，四處刺探軍情，其中史上記載的人物有向野堅一、山崎羔三郎、藤崎秀、大鵬熊、豬田正吉以及在上海法租界被捕的福原林平和楠內(nèi)友次郎等。待到甲午戰(zhàn)爭爆發(fā)后，這批學員中有72人充任隨軍翻譯，上了前線，日清貿(mào)易所的活動才算正式結(jié)束。

在中日近代戰(zhàn)爭的前期，漢口樂善堂與日清貿(mào)易研究所起到了巨大作用。從西鄉(xiāng)隆盛發(fā)起對華間諜戰(zhàn)到這兩家間諜機構(gòu)的楔入，日本間諜已從成功地探路者轉(zhuǎn)變?yōu)闈B透者，這不能不說是他們的一次勝利。