胡仁源任校長期間，對北大各學(xué)科進(jìn)行了整頓，還聘請了一批著名人物入校任教，如陳黻宸、黃侃、馬裕藻、沈尹默、沈兼士、錢玄同、辜鴻銘、朱希祖、陳漢章、馮祖茍、俞同奎、胡溶濟(jì)、張大椿、陶孟和、溫宗禹、夏元瑮、馬敘倫、張輝曾等。他們中有的是聲名顯赫的前清遺老遺少，有的則是剛從國外留學(xué)歸來的飽學(xué)之士。新教員的引入，使北大的學(xué)風(fēng)，尤其是文科學(xué)風(fēng)發(fā)生了一些重大變化。由于北大學(xué)生日增，教學(xué)生活用房困難。1916年6月，經(jīng)胡仁源與比利時(shí)儀品公司商洽，借款20萬元，在原操場興建紅樓一棟。這就是后來的北大第一院，著名的沙灘紅樓，中國新文化的發(fā)源地。

從京師大學(xué)堂到北京大學(xué)，它雖然在孫家鼐、嚴(yán)復(fù)和胡仁源等人的悉心呵護(hù)辛苦支撐之下，多次免遭胎死腹中、難產(chǎn)和停辦之虞，但不過差強(qiáng)人意而已。辛亥革命前，京師大學(xué)堂辦了10余年，并沒有培養(yǎng)出多少人才，清廷當(dāng)局都自認(rèn)其水平太低，更不用說外國人視之為蒙養(yǎng)學(xué)堂了。辛亥革命后，學(xué)校的名稱改了，但本質(zhì)上沒有發(fā)生根本變化，由于北洋軍閥統(tǒng)治時(shí)期不良風(fēng)氣的影響，北大的名聲臭到了極點(diǎn)，幾近于不可救藥。

首先是封建衙門習(xí)氣濃重。按照1903年的癸卯學(xué)制規(guī)定，京師大學(xué)堂畢業(yè)生可以授予進(jìn)士頭銜并獎(jiǎng)勵(lì)翰林院編修、檢討等官職。因此，大學(xué)堂便在當(dāng)時(shí)成了各種失意官員、舉貢生監(jiān)尋求出身的好地方。仕學(xué)館、進(jìn)士館的學(xué)生，均帶有聽差。每到上課時(shí)間，各房中便響起一片聽差“請大人上課”的聲音，然后由聽差把紙墨筆硯及茶水、煙具送到講堂。下課了，聽差又來“請大人回寓”，學(xué)生大人拍拍屁股便走，聽差收拾雜物在后。上起體育課來就更熱鬧了，操場上時(shí)不時(shí)傳來“大人，向左轉(zhuǎn)”、“大人，向右轉(zhuǎn)”的喊聲。浙江象山人陳漢章，是一名老舉人，以博學(xué)聞名于世。京師大學(xué)堂因他名頭很響，便聘請他做大學(xué)堂的教習(xí)。但老先生到校以后，得知大學(xué)堂畢業(yè)可以授進(jìn)士、獎(jiǎng)勵(lì)翰林頭銜，于是甘愿做學(xué)生而不做教習(xí)，以取一翰林慰平生。他在馬神廟公主府梳妝樓上的大學(xué)藏書室里苦苦用功6年后，眼看就要畢業(yè)，辛亥革命卻爆發(fā)了，翰林自然也泡了湯。不過這6年也沒有白費(fèi)，陳老先生學(xué)問大進(jìn)，成為樸學(xué)大家?？梢哉f北大前身京師大學(xué)堂培養(yǎng)的就是封建官僚，因而官場習(xí)氣在學(xué)生和教師中蔓延，學(xué)堂更像是衙門。民國初年的北京大學(xué)，仍然是衙門氣十足，沒有多少學(xué)術(shù)氛圍。有的教師不學(xué)無術(shù)，進(jìn)大學(xué)教書只不過為做官準(zhǔn)備；有的教師干脆就是清末舊官僚或北洋政府的官僚，學(xué)問不大，派頭卻不小。如沈尹默記述的，他初入北大任教時(shí)，有一預(yù)科教地理的桂蔚丞老先生，每上課時(shí)，均有一聽差挾一地圖、捧一壺茶和一只水煙袋跟隨上講堂，置之于講臺(tái)上，然后退出，下課照送如儀。這位老先生還經(jīng)常在上課時(shí)對學(xué)生留一手，教科書、參考書和講義對學(xué)生是保密的，絕對不允借閱。

學(xué)生也以讀書求功名利祿為目的，仍然是“書中自有顏如玉，書中自有黃金屋”的思想。雖然取消了科舉，一般學(xué)生認(rèn)為學(xué)校畢業(yè)相當(dāng)于科舉的舉人、進(jìn)士資格，以畢業(yè)后做官為目標(biāo)。由于有做官發(fā)財(cái)思想，學(xué)生從預(yù)科畢業(yè)后，多入法科，入文科者甚少，入理科者更少，因?yàn)樽詈罂偸亲龉?，不如入法科，學(xué)一點(diǎn)政治、法律，比較吃香。據(jù)統(tǒng)計(jì)，1917年底，北大法科的本科和預(yù)科在校學(xué)生841人，文科學(xué)生418人，理科學(xué)生422人，工科學(xué)生只有80人。讀法科的學(xué)生是文、理科的總和，是工科的10倍多。以至于北大為招收文科學(xué)生，不得不降格以求，報(bào)考文科可以不要預(yù)科畢業(yè)文憑，只要有同等學(xué)力即可。學(xué)生入北大后，從法科改文科，隨便；從文科改法科，對不起，不準(zhǔn)。