從溝通各科的目的出發(fā)，1919年北大決定取消科別，改門(mén)為系。全校當(dāng)時(shí)共設(shè)數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)、地質(zhì)學(xué)、哲學(xué)、中國(guó)文學(xué)、法國(guó)文學(xué)、德國(guó)文學(xué)、俄國(guó)文學(xué)、史學(xué)、經(jīng)濟(jì)、法律等14個(gè)系。學(xué)長(zhǎng)制同時(shí)廢除，改設(shè)系主任。這樣，原屬文、理、法三科的各學(xué)系分別稱為第一、第二、第三院。第一院在沙灘漢花園，第二院在馬神廟公主府，第三院在北河沿。第一、第二、第三院只是各學(xué)系所在地區(qū)的標(biāo)志，已不是一級(jí)機(jī)構(gòu)。

蔡元培在北大進(jìn)行學(xué)制方面的第三個(gè)重大改革是改年級(jí)制為選科制。

改制之前，北大實(shí)行的是日本的年級(jí)制，一學(xué)年要學(xué)習(xí)若干課程，都是必修課。這種年級(jí)制之流弊，使銳進(jìn)者無(wú)可見(jiàn)長(zhǎng)；而留級(jí)者每因幾門(mén)課程之不及格，須全部復(fù)習(xí)，興味毫無(wú)，遂有在教室中瞌睡，偷閱他書(shū)及時(shí)時(shí)曠課之弊，而其弊又傳染于同學(xué)。而且年級(jí)制太束縛學(xué)生的思想，不能讓學(xué)生發(fā)展個(gè)性、自由地鉆研其心向之學(xué)科，不符合學(xué)術(shù)自由、思想自由的原則。早在1917年10月，蔡元培在教育部召集的在京各高校代表會(huì)議上就提出廢除年級(jí)制，采取選科制議案，并決定由北大試行。1919年暑假后，隨著文理科教務(wù)處的設(shè)立、廢門(mén)改系，文理科各系陸續(xù)地改年級(jí)制為選科制。

選科制仿美國(guó)辦法，大學(xué)生在必修一定數(shù)量的課程之外，同時(shí)可以自由選修一定數(shù)量的其他課程，這些課程可以是本系開(kāi)設(shè)的，也可以是其他相關(guān)系開(kāi)設(shè)的。北大的選科制是和實(shí)施單位制（即后來(lái)的學(xué)分制）相聯(lián)系的。當(dāng)時(shí)北大本科生必須修完80個(gè)單位方可畢業(yè)（按每周1學(xué)時(shí)，學(xué)完一年的課程即為1個(gè)單位）。80個(gè)單位中，一半為必修課，一半為選修課。預(yù)科學(xué)生必須修滿40個(gè)單位，其中四分之三為必修課，四分之一為選修課。各系選科由教授會(huì)決定，學(xué)生選課必須經(jīng)過(guò)教員審定。

自從北大在近代高等教育史上開(kāi)了選科制的先河之后，各大學(xué)紛紛效仿。選科制的實(shí)行，被公認(rèn)為是我國(guó)大學(xué)教育上一個(gè)極大的進(jìn)步。直至今天仍為我國(guó)大學(xué)的一項(xiàng)基本制度。

蔡元培鼓勵(lì)師生集中精力進(jìn)行學(xué)術(shù)研究，改變學(xué)生“奔競(jìng)及游蕩的舊習(xí)”，但又反對(duì)死讀書(shū)、讀死書(shū)的壞傳統(tǒng)。他認(rèn)為“研究學(xué)理，必要有一種活潑的精神，不是學(xué)古人‘三年不窺園’的死法能做到的”。為鼓勵(lì)和提倡學(xué)術(shù)研究，引導(dǎo)學(xué)生參加各種有益的社會(huì)活動(dòng)，在他的倡導(dǎo)下，北京大學(xué)組織了各種學(xué)術(shù)和社會(huì)團(tuán)體。1918年到1919年間，比較重要的學(xué)會(huì)和社團(tuán)就有國(guó)文學(xué)會(huì)、史學(xué)會(huì)、地質(zhì)學(xué)會(huì)、數(shù)學(xué)會(huì)、心理學(xué)會(huì)、教育研究會(huì)、新文學(xué)研究會(huì)、俄羅斯文學(xué)研究會(huì)、畫(huà)法研究會(huì)、音樂(lè)會(huì)、馬克思學(xué)說(shuō)研究會(huì)、平民教育講演團(tuán)、新潮雜志社、國(guó)民雜志社、進(jìn)德會(huì)、哲學(xué)研究會(huì)、新聞研究會(huì)、體育會(huì)、靜坐會(huì)等。其中進(jìn)德會(huì)、哲學(xué)研究會(huì)、新聞研究會(huì)、畫(huà)法研究會(huì)等是由蔡校長(zhǎng)親自發(fā)起的，其他各會(huì)也多是在他的倡導(dǎo)和支持下得以建立起來(lái)的。這些社團(tuán)，有的是為了砥礪德行、提高修養(yǎng)，有的是從事學(xué)術(shù)研究，有的是把學(xué)生引向正當(dāng)?shù)膴蕵?lè)。各種社團(tuán)活動(dòng)改變了北大從前沉悶和頹廢的空氣，學(xué)術(shù)討論和思想爭(zhēng)辯蔚然成風(fēng)，全校出現(xiàn)了生機(jī)勃勃的景象。楊晦教授在《五四運(yùn)動(dòng)與北京大學(xué)》一文中回憶當(dāng)時(shí)的情景，感慨萬(wàn)千地說(shuō)：“當(dāng)時(shí)校內(nèi)的學(xué)術(shù)活動(dòng)和社會(huì)活動(dòng)是很活躍的，特別是到了1918年、1919年，隨著政治上的變動(dòng)和外交的吃緊，隨著新舊思想斗爭(zhēng)的展開(kāi)，就一天比一天開(kāi)展，一天比一天活躍。平常，除了北京大學(xué)日刊每天出版外，還有宿舍的影壁上、墻上隨時(shí)出現(xiàn)的海報(bào)、布告等。有人發(fā)出什么號(hào)召，就有人響應(yīng)；說(shuō)開(kāi)會(huì)，就有人去。開(kāi)會(huì)的地點(diǎn)，大些的會(huì)，在飯廳開(kāi)的時(shí)候多，要說(shuō)話的，站在板凳上就說(shuō)起來(lái)，甚至在廁所里開(kāi)辟‘廁刊’，互相辯難。北大當(dāng)時(shí)還有一個(gè)特點(diǎn)，就是有什么活動(dòng)或有什么社團(tuán)組織，一般都是放一個(gè)簽名簿在號(hào)房，誰(shuí)愿意參加就可以自由簽名。學(xué)術(shù)思想斗爭(zhēng)跟社會(huì)活動(dòng)同時(shí)在北大活躍?！边@么多的社團(tuán)和活動(dòng)，在中國(guó)是獨(dú)一無(wú)二的，許多社團(tuán)及其刊物對(duì)當(dāng)時(shí)社會(huì)發(fā)生過(guò)重大影響。