就在五家機構的古物、圖書、檔案等倉皇運臺的同時，翁文灝見國民黨大勢已去，遂決定獨自開溜，于1948年11月26日辭行政院長職，由孫科繼任并重新組閣?；靵y中，原決定中央研究院各所人員全部遷臺的計劃竟沒有幾人響應，多數(shù)人員仍要在南京、上?！办o觀待變”。陶孟和等人則明確反對遷臺，堅持要留在大陸，靜候共產黨軍隊到來接收。11月30日，陶孟和參加在京人員談話會時，見不可一世的國民黨大佬與一群公公婆婆即將倒下，感到自己終于可以吐一口惡氣，倒一倒若干年來肚中的苦水了。遂腰桿子突然硬將了起來，毫不客氣地對朱家驊說：“搬不搬要同全所同人商量，以多數(shù)人意見為依歸?！盵11]

12月9日，面對朱家驊的催促，陶氏以所務會已開過，“全所人員多一票”決定不遷回復。朱氏聽罷又急又怒，當場以“出席人員中包括助理研究員，不符合規(guī)定”為理由，強行令全所搬遷，但陶卻置之不理，并以各種辦法拖延。面對朱家驊步步進逼，陶孟和給社會學所的同仁打氣說：“朱家驊是我的學生，我可以頂他，他不敢把我怎么樣?！盵12]意思是你們這些小的們不要怕，一切事由我這棵大樹頂著。1949年5月，竺可楨由杭州潛往上海，聽任鴻雋、陳衡哲夫婦說：“陶孟和頗贊成共產，近來大發(fā)議論，于首都陷落前赴京……”[13]此時的陶孟和決心拉著手下弟兄離開即將崩盤的梁山泊聚義廳，棄暗投明，接受新一輪招安，因而朱家驊的一切努力皆成徒勞。

在中央研究院各研究所中，只有傅斯年主持的史語所在遷臺事宜上表現(xiàn)得較為積極，但真要離開生于斯、長于斯的家園，其彷徨、猶豫、痛苦也在心頭縈繞不去。據(jù)陳槃回憶：“當首都倉皇之日，時有陳布雷、段錫朋二氏之歿，師（傅斯年）因精神上大受刺激，悲觀之極，頓萌自殺之念。而師未于此時殉國者，賴傅夫人愛護防范之力也。”[14]陳氏之說后來得到了俞大綵的證實。當時俞正準備陪母親去廣州、香港就醫(yī)，傅斯年的弟弟傅孟博暗中勸俞不要離開，俞大綵說：“那時我的母親患嚴重心臟病住院，大姐大絪，以南京危在旦夕，決奉母先飛廣州，轉香港就醫(yī)，她要我同行，與她共同隨機照顧病母。我慮及孟真舊病復發(fā)，加以他感時憂國，情緒極劣。母親重病在身，長途飛行，極感憂慮，左右為難，不知何所適從商之于孟真。他毫不遲疑地說：‘你母親病情嚴重，此行如有不測，你未能盡孝，將遺恨終生。你非去不可，不要顧慮我?！衣哉醒b，準備隔日啟程，當夜孟博趕來痛哭流涕，責備我不該離開孟真。他說：‘你難道不知道哥哥隨身帶著一大瓶安眼藥，一旦匪軍攻入，他便服毒自盡么？那時，你將何以自處？骨肉情深，感人肺腑，我們相對涕泣，我便放棄了廣州之行?！盵15]

陳槃的回憶當是可信的，與傅氏一度友善的北大教授、汪偽國民黨中央常委兼宣傳部長，1941年后為蔣介石侍從室秘書、《中央日報》總主筆陶希圣，也曾有過類似的回憶。陶說：“在徐蚌戰(zhàn)事失利之后，我到雞鳴寺去看孟真；歷史語言研究所的圖書都在裝箱，他的辦公房內也是箱篋縱橫。他告訴我說：‘現(xiàn)在沒有話說，準備一死?！S手的小篋里面藏著大量的安眠藥片?！盵16]