坐上臺(tái)大校長(zhǎng)交椅的傅斯年，再度“聊發(fā)少年狂”，施展出當(dāng)年敢打硬沖，“凡事先騎上虎背”的本領(lǐng)，對(duì)臺(tái)大積習(xí)實(shí)實(shí)在在地來(lái)了一番大刀闊斧的改造，不論是通過(guò)誰(shuí)的條子和門(mén)路，后臺(tái)有多硬，凡不合學(xué)術(shù)水準(zhǔn)，濫竽充數(shù)的教授，全部驅(qū)逐出校門(mén)。校內(nèi)職員，特別是原“帝大”時(shí)遺留的醫(yī)務(wù)人員，凡無(wú)醫(yī)療常識(shí)，不知救死扶傷為何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出幾個(gè)月，傅斯年掄圓了手中的權(quán)力之刀，如同切西瓜一樣“稀里咔嚓”，將七十余名不合格教授與職工切掉，趕出校園。自此，臺(tái)大面貌為之一新，形成了一個(gè)蓬勃向上的局面。許多年后，無(wú)論是傅的追捧者還是被趕走的對(duì)立面，在回憶這段往事之際，都不得不承認(rèn)，假如沒(méi)有傅斯年，臺(tái)灣大學(xué)在那樣動(dòng)蕩的時(shí)局中，想要在短時(shí)間中迅速崛起，奠定一個(gè)現(xiàn)代大學(xué)的基礎(chǔ)，確是難以想象和不可能的。據(jù)陳雪屏回憶，傅赴臺(tái)時(shí)健康情形已很是令人擔(dān)憂(yōu)，“但他一方面心憂(yōu)大局，同時(shí)銳志要把臺(tái)大建設(shè)成一個(gè)夠世界水準(zhǔn)的學(xué)府，殫精竭慮，竟無(wú)一刻的輕松”。[7]也正由于世事紛亂與勞累過(guò)度，導(dǎo)致傅斯年英年早逝。

傅在臺(tái)大的改革使一部分人為之叫好歡呼的同時(shí)，自然觸及了許多權(quán)貴者的利益，令對(duì)方極為不快和惱怒。當(dāng)時(shí)臺(tái)大師生反對(duì)國(guó)民黨腐敗無(wú)能，以權(quán)謀私等令人激憤的丑行，學(xué)潮一浪高過(guò)一浪，而傅的對(duì)立面借學(xué)潮運(yùn)動(dòng)趁機(jī)發(fā)難。有國(guó)民黨政客在報(bào)紙上發(fā)表致傅斯年的公開(kāi)信，指責(zé)臺(tái)灣大學(xué)優(yōu)容共產(chǎn)黨，并指名道姓地說(shuō)法學(xué)院院長(zhǎng)薩孟武“參共親共”，某某院長(zhǎng)、系主任是“共產(chǎn)黨分子或參共分子，他們把持院系，排除異己”，把各院系變成培植親共勢(shì)力的溫床等，企圖置傅氏于不忠、不孝、不仁、不義的絕地。

傅斯年對(duì)臺(tái)大師生特別是臺(tái)灣一幫鬧獨(dú)立的土著反蔣倒蔣活動(dòng)一直深?lèi)和唇^，對(duì)學(xué)生中有真憑實(shí)據(jù)的共產(chǎn)黨員亦不寬容，每有發(fā)現(xiàn)均嚴(yán)懲不貸，其態(tài)度與他處理西南聯(lián)大學(xué)潮時(shí)并無(wú)二致，曾不止一次地喊出了“讓布爾什維克滾出臺(tái)大！”的響亮口號(hào)。但他同時(shí)認(rèn)為，如沒(méi)有真憑實(shí)據(jù)，當(dāng)局不能肆意進(jìn)入校園在師生中搜查，更堅(jiān)決反對(duì)隨意指責(zé)他人為共產(chǎn)黨。當(dāng)年西南聯(lián)大爆發(fā)學(xué)潮，并鬧出了人命，他在致俞大綵的信中謂西南聯(lián)大學(xué)潮“地方當(dāng)局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺”等便是他做人處世的主張與原則。

正是緣于這一指導(dǎo)思想，傅斯年讀了報(bào)上對(duì)臺(tái)灣大學(xué)師生的指責(zé)后，既惱又怒，毫不顧及地以“他媽的！”開(kāi)罵起來(lái)，而后采取以牙還牙的戰(zhàn)略進(jìn)攻態(tài)勢(shì)，在報(bào)上兩次發(fā)表措辭強(qiáng)硬的檄文予以反擊：“學(xué)校不兼警察任務(wù)”，“我不是警察，也不兼辦特工”，“若當(dāng)局有真憑實(shí)據(jù)說(shuō)某人是共產(chǎn)黨，我將依法查辦，但是我辦理這種事，決不能含糊其辭，血口噴人”。最后聲明：“反共須有反共的立場(chǎng)，貪官污吏及其他既得利益階級(jí)而把事情辦壞了的，我不能引以為同志?！盵8] 傅氏聲色俱厲與咄咄逼人的態(tài)勢(shì)，令對(duì)方不得不暫時(shí)退卻，伺機(jī)而動(dòng)。

機(jī)會(huì)很快到來(lái)，1949年3月底，臺(tái)灣省立師范大學(xué)與“國(guó)立臺(tái)灣大學(xué)”學(xué)生聯(lián)合鬧將起來(lái)，并且高呼中國(guó)大陸的學(xué)運(yùn)口號(hào)：“反內(nèi)戰(zhàn)、反饑餓、反迫害”等，引發(fā)當(dāng)局的嚴(yán)重關(guān)切，認(rèn)為臺(tái)灣校園確實(shí)受到共產(chǎn)黨的統(tǒng)戰(zhàn)與滲透，必須捉拿主謀分子，給予嚴(yán)厲懲治。臺(tái)灣省主席兼警備總司令陳誠(chéng)，命令警備副總司令彭孟緝率部緝拿。4月6日，臺(tái)北大批軍警按預(yù)定計(jì)劃闖入校園欲開(kāi)殺戒，傅斯年對(duì)當(dāng)局不經(jīng)法律程序的進(jìn)入臺(tái)大校園內(nèi)逮捕師生表示不滿(mǎn)，親自找國(guó)民黨最高當(dāng)局交涉，要求逮捕臺(tái)大師生必須經(jīng)過(guò)校長(zhǎng)批準(zhǔn)。傅對(duì)前往執(zhí)行任務(wù)的彭孟緝道：“我有一個(gè)請(qǐng)求，你今天晚上驅(qū)離學(xué)生時(shí)，不能流血，若有學(xué)生流血，我要跟你拼命！”彭孟緝禁于傅的氣勢(shì)，不敢造次，遂當(dāng)場(chǎng)保證:“若有人流血，我便自殺?！盵9]未久，臺(tái)大被捕的學(xué)生多數(shù)放回，而師范學(xué)校不但近百名學(xué)生被送進(jìn)監(jiān)獄，還有7名學(xué)生以反革命罪名被槍殺。事件過(guò)后，省立臺(tái)灣師大受到了停課整頓，師生重新登記并接受軍訓(xùn)、校園戒嚴(yán)等懲處。而國(guó)立臺(tái)灣大學(xué)雖受波及，但比之師大要好得多，此皆得益于傅斯年竭力庇護(hù)、斡旋之功。許多年后，臺(tái)灣師大師生還就這次事件與臺(tái)大相比，并大罵當(dāng)年的學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)者軟弱無(wú)能，幾乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而對(duì)傅斯年夸贊不絕。