由于毛主席的這一“反骨”結論，黃萬里在“右派”前又加了一個“大”字，成了罪大惡極的“大右派”，帽子一戴就是22年半， 直到1980年2月26日，才獲得了“右派改正的決定”，成為清華大學最后一個摘帽的右派分子。

1957年4月13日，黃河三門峽水利樞紐工程正式開工。張光斗因為贊成修壩成了三門峽工程的中方技術負責人。一時間，河南與陜西兩省熱鬧起來。同月，西安農(nóng)業(yè)展覽館緊跟形勢，舉辦了“三門峽工程圖片資料展”。在門口最顯赫位置的一塊模板上，書有“圣人出，黃河清”六個金光閃閃的大字。其時簡化字剛推行不久，許多人不認識被簡化了的“圣”字（正體為“聖”），圍觀者交頭接耳小聲議論，忽見當?shù)厝怂屯馓枴岸U子”的中年漢子高聲朗讀曰：“怪人出，黃河清。”話音剛落，“二桿子”就被現(xiàn)場的保衛(wèi)人員三拳兩腳掀翻在地，五花大綁押入公安機關，爾后以現(xiàn)行反革命分子罪名打入深牢關了起來。鑒于這一“怪人出”的政治事件，展覽館的領導者怕惹火燒身，很快就取掉了上寫六個大字的模版。

模板是取掉了，但那位不知名的“二桿子”高聲呼喊的話，像是一句讖語，昭示著未來的不祥之兆。不但黃河沒有變清，反倒是滾滾泥沙淤死了三門峽大壩，回水倒灌涇渭河，淹了富庶的八百里秦川。千古民族宿愿，又一次在混沌的黃水里化為泡影。

1961年，三門峽大壩建成，1962年2月第一臺15萬千瓦機組試運轉，總投資9.42億元人民幣，對當時的新中國來說，可以說是傾全國之力。建成后的工程雖然給黃河下游防洪安瀾和灌溉、發(fā)電等方面帶來了一定經(jīng)濟效益，但在建造時由于沒有考慮排沙這一關鍵性技術問題，泥沙淤積問題日益突顯。據(jù)國家水電部資料顯示，1960年工程蓄水，到1962年2月發(fā)電時，水庫就淤積了15億噸泥沙；到1964年11月，總計淤積泥沙50億噸。越三年，庫內(nèi)淤塞泥沙達34億立方米，幾為設計庫容的一半。而黃河回水，使潼關河床淤高了4.5米，迫使黃河最大支流——渭河水位上升，直接威脅中國西北的經(jīng)濟中心西安的安全。中國最富裕的關中平原，大片土地出現(xiàn)鹽堿化和沼澤化，使得庫區(qū)移民上上下下來回反復遷徙，十幾萬人弄得家貧如洗，疾病纏身，男女老少啼饑號寒，其凄苦悲慘之狀，令見者為之淚下，曾代表國務院前往考察的高官大員面對慘象，亦禁不住說：“國家對不起你們”。據(jù)黃萬里的長公子黃觀鴻說：當時三門峽的敗象日顯，陜西泥沙日積，地方官忍無可忍，繞過周恩來徑向毛澤東告狀，毛澤東急了，說：“三門峽（大壩）不行就把它炸掉！”

為情勢所迫，1964年，三門峽不得不進行第一次改建，強行用炸藥在壩底炸開了“兩洞四管”，以用于泄流排沙；1969年，又進行了第二次改建，耗資八千萬元，再度在壩底炸開了8個孔洞，進一步增大了泄流排沙的能力。盡管如此，依然留有巨大隱患。2003年8月，渭河一場洪災，使建成40多年的三門峽水利樞紐工程再次成為社會各界爭論的焦點。據(jù)陜西方面的水利專家說：“今年渭河的水并不大，只相當于渭河5年一遇的洪水。但今年形成的災害比較大，相當于渭河50年一遇洪水的災害（其中華縣、華陰市遭受了自1556年以來500年最大的災害，生活水平倒退了10年），這場災害使陜西全省有1080萬畝農(nóng)作物受災，225萬畝絕收，成災人口515萬人，直接經(jīng)濟損失達82.9億元。”（參見2004年02月22日《工人日報》）當年黃萬里“黃河下游的洪水他年必將在上游出現(xiàn)”的預言再一次不幸言中。

據(jù)陜西省水利志的記載和近現(xiàn)代水利專家的考察，渭河在歷史上并不是一條淤積嚴重的河流，從春秋戰(zhàn)國時期到1960年的2500年間，河床淤積厚度僅為16米，平均每100年才淤積0.6米。自三門峽水庫建成后淤積速度可謂一泄千里。據(jù)2003年10月22日潼關水文站所測數(shù)據(jù)，當天的潼關高程是327.94米，而1960年只有323.40米，僅僅40多年時間竟比過去高出了4.5米，相當于歷史上750年淤積量。因潼關高程居高不下，關中水患則永無窮盡。