對達賴反復進行開導，但達賴的思想并沒有真正地轉(zhuǎn)變。所以在1959年3月10日發(fā)生的西藏叛亂中，達賴還是出逃到印度去了。盡管如此，當時以毛澤東為首的黨中央，還是希望爭取達賴回國。1959年4月，在第二屆全國人民代表大會第一次會議期間，毛澤東在接見班禪和阿沛·阿旺晉美等人時說：

本來我們要根據(jù)和談協(xié)議逐步改變西藏的落后面貌。一九五六年年底我們說過，從一九五七年起六年內(nèi)，西藏可以不進行民主改革，連試點也不搞，六年后改不改革，要根據(jù)那時的情況，由西藏上層和人民群眾共同協(xié)商解決?？墒沁_賴不高興，叛逃了，這件事是我們所不希望的。但只要他們回心轉(zhuǎn)意，我們還是歡迎的。[2]

正是在這種思想指導下，所以二屆一次全國人代會還是決定保留達賴全國人民代表大會常務委員會副委員長和西藏自治區(qū)籌備委員會主任委員的職位。直到1964年12月下旬，三屆人大一次會議上，才撤銷他的這些職務。