1906年11月6日，清政府發(fā)布了最終裁定的中央官制改革方案，并稱本次改革的目標(biāo)是：“清積弊、求實事、去浮文”等等，最終任命奕劻為內(nèi)閣總理大臣，那桐為會辦大臣，瞿鴻禨為會辦大臣兼尚書；鹿傳麟為吏部尚書；徐世昌為民政部尚書；溥颋為度支部尚書；溥良為禮部尚書；榮慶為學(xué)部尚書；鐵良為陸軍部尚書；戴鴻慈為法部尚書；載振為農(nóng)工商部尚書；張百熙為郵船部尚書；壽耆為理藩部尚書；陸寶忠為督察院都御史。同時，奕劻、瞿鴻禨仍留軍機(jī)處，世續(xù)補(bǔ)為軍機(jī)大臣，林紹年以侍郎用，在軍機(jī)大臣上學(xué)習(xí)行走。鹿傳霖、榮慶、徐世昌、鐵良，均須辭去軍機(jī)大臣職務(wù)，專管各部事務(wù)。

一方面，改革的程方案沒有獲得立憲派的認(rèn)可。但這樣的改革畢竟使中國中央政治機(jī)構(gòu)向近代化的方向前進(jìn)了一步。行政、司法機(jī)構(gòu)開始出現(xiàn)分立跡象；軍機(jī)大臣職數(shù)減少，各部尚書均充參與政務(wù)大臣，責(zé)權(quán)加重，表現(xiàn)處向責(zé)任內(nèi)閣演進(jìn)的趨向；中央各部只設(shè)尚書1人，侍郎2人，均為專職，有利于加強(qiáng)官員的行政責(zé)任心、提高行政效率；同時還準(zhǔn)備增設(shè)資政院、審計院、海軍部和相當(dāng)于參謀部的軍咨府，陸軍和海軍、軍政和軍令分開，向世界通行體制表現(xiàn)出靠攏姿態(tài)。但是與最初袁世凱所主張的改革草案相比，又保守了許多。

草案遭到多方面的否定，其原因是多方面的。

御史趙炳麟曾連疏陳論“立憲精神全在議院，今不籌召集議院，徒將君主大權(quán)移諸內(nèi)閣，此何心哉?”特別是他的《新編官制權(quán)屬內(nèi)閣流弊太多折》，緊緊抓住奕劻、袁世凱不設(shè)議院，獨設(shè)內(nèi)閣這個關(guān)鍵問題，論析如果遵照這樣的程序進(jìn)行官制改革，必然造成內(nèi)閣正、副總理的奕劻、袁世凱專權(quán)的局面。這一論點不但使慈禧太后大為“感悟”、使光緒帝動容。而且此折“敷陳透徹，緬緬萬言，兩宮動色嘉納，一時都下傳誦殆遍”，可見其政治影響的波及范圍之大。趙炳麟自問自答，把袁世凱的居心說得非常明白：“袁世凱自戊戌政變與皇上有隙，慮太后一旦升遐，必禍生不測，欲以立憲為名，先設(shè)內(nèi)閣，將君主大權(quán)潛移內(nèi)閣，己居閣位，君同贅疣，不徒免禍，且可暗移神器?！?/p>

趙炳麟的奏折確實闡明了西方議會內(nèi)閣制中內(nèi)閣與國會的關(guān)系，他寧愿在國會成立之前仍讓君主執(zhí)掌國家大政。但是他更多是從袁世凱的政治動機(jī)進(jìn)行分析，料定袁的圖謀在于“暗移神器”，說白了，就是有朝一日袁世凱要篡權(quán)。

軍機(jī)大臣瞿鴻禨雖不公開外露對官制改革的意見，但也緊緊抓住袁世凱“欲乘機(jī)行責(zé)任內(nèi)閣制，俾奕劻以總理大臣握行全權(quán)”的政治目的，多次“短袁于太后，謂其專權(quán)跋扈”，并對其官制改革方案“隱沮之”，他向慈禧進(jìn)言：袁世凱熱衷于設(shè)立責(zé)任內(nèi)閣，禍心彌天，萬不可批準(zhǔn)。慈禧太后最終“采鴻禨之議，仍用軍機(jī)處制。”