1935年2月，在國民黨當局的一次大搜捕中，黃文杰、上海中央局組織部長何成湘、宣傳部長朱鏡我、文委書記陽翰笙等三十余人同時被捕，上海地下黨組織基本被摧毀。在關押處，黃文杰要求所有被捕者在任何情況下都不能暴露自己的身份和黨的機密，只有在犧牲之際才可喊“共產(chǎn)黨萬歲”。

國民黨的法庭判了黃文杰15年徒刑，將他囚禁在南京中央軍人監(jiān)獄，和周惠年的第二個丈夫李得釗在一起。國共實現(xiàn)第二次合作，八路軍在南京設立辦事處后，黃文杰很快被保釋出獄，留辦事處負責組織工作并兼管營救被監(jiān)禁中共人員工作。1937年9月26日，他從南京中央軍人監(jiān)獄接出了陶鑄、曹瑛、趙希愚等人。

同年10月，駐南京的辦事處遷至武漢，改為十八集團軍辦事處，周惠年等出獄人員隨黃文杰等辦事處人員同往武漢。不久，中共中央派王明、周恩來、董必武、葉劍英、鄧穎超等組織中共中央駐武漢代表團，又稱中共長江局。黃文杰初任組織部副部長，后任長江局秘書長。

此后，黃文杰常以特派員的身份前往廣東、湖南等地工作，參與了長江中下游、華南地區(qū)的中共組織的組建和機構(gòu)設置的籌辦工作。1938年春夏期間，時任十八集團軍參謀長的葉劍英在湖南衡陽主持舉辦南岳游擊訓練班，請精通俄語的黃文杰來協(xié)助工作。黃文杰將蘇聯(lián)出版的蘇聯(lián)游擊戰(zhàn)術教材統(tǒng)統(tǒng)譯成中文，供葉劍英使用，豐富了教學內(nèi)容。

在湖南期間，黃文杰收到在國民黨一五二師政治部的中共地下黨員黃集發(fā)的來信，信中匯報了馮白駒被捕后海南島瓊崖地區(qū)的斗爭情況，并提出到中共控制區(qū)工作的希望。黃文杰認為他留在國民黨軍中從事地下活動更為有利，就復信進行說服，并告訴他如何同葉劍英、廖承志等聯(lián)系。后來在敵營中的黃集發(fā)偵知了國民黨一五二師企圖吞并瓊崖抗日武裝的預謀，立即設法通知了葉劍英、廖承志，中共及時做出對策，保持了這支抗日武裝的獨立。

黃文杰為黨的事業(yè)不辭勞苦、忘我工作的精神，贏得了跟他在一起工作的周惠年的愛慕，他們結(jié)了婚。

結(jié)婚并未使黃文杰的生活安穩(wěn)，反而因形勢的發(fā)展變化，他更加忙碌了。和前兩個丈夫在一起時一樣，周惠年與黃文杰也是相見時難別時頻，很少能過上正常的夫妻生活。

1938年仲秋，為了應付廣州即將淪陷的危局，黃文杰又一次以特派員身份前往廣州。他一抵穗即與廣東省委代理書記李大林召集緊急會議，做出省委機關遷往粵北，成立中共西南、東南特委，省委常委分赴各地分片領導，廣州市委組織部長陸新帶領部分黨員從事地下斗爭四項重要決定。直到日軍進入廣州城前幾天才撤往粵北，并在韶關組建了八路軍駐韶關辦事處，以領導廣東各地的抗日戰(zhàn)爭。