1866年前后日本的政局更加惡化。薩摩、長(zhǎng)州等西南雄藩聯(lián)合，決定推倒幕府政權(quán)取而代之，并且得到了英國(guó)的支持。幕府一方面組織第二次討伐長(zhǎng)州藩的戰(zhàn)爭(zhēng)，意圖扭轉(zhuǎn)頹勢(shì)，另一方面得到法國(guó)的支持改革內(nèi)政加強(qiáng)軍備。但是幕府第二次討伐長(zhǎng)州的戰(zhàn)爭(zhēng)卻在長(zhǎng)州藩軍民的奮力抵抗下以全面失敗告終，將軍家茂也死在大阪，幕府的權(quán)威猛然間一落千丈。

就在幕府軍隊(duì)大敗，將軍死去的時(shí)候，福澤諭吉通過(guò)和自己私交甚密的木村喜毅向幕府當(dāng)權(quán)者提交了《有關(guān)再次征討長(zhǎng)州藩的意見(jiàn)書(shū)》。在這份意見(jiàn)書(shū)中，他大贊討伐長(zhǎng)州藩之舉是“英明決斷”，希望幕府能挾討伐成功的余威壓制抱有野心的諸侯，震懾京都的朝廷，并且一舉改革日本的封建幕藩割據(jù)制度。在具體的征討方法上福澤建議，其一、斷絕長(zhǎng)州叛賊外交之路將其罪狀通告萬(wàn)國(guó)；其二、關(guān)于鎮(zhèn)壓內(nèi)亂希望借助外國(guó)的力量。在第一點(diǎn)中福澤特別強(qiáng)調(diào)“長(zhǎng)州亦做必死之抵抗，必然更加陰謀多端?；蛘哔?gòu)買(mǎi)武器，或者舉借外債，甚或請(qǐng)求外國(guó)浮浪之徒，雇傭外國(guó)船只，效仿支那長(zhǎng)毛賊舊轍，不知會(huì)生出什么樣的事端來(lái)。此事最為擔(dān)憂”，直接把長(zhǎng)州藩的反叛比做太平天國(guó)。而且在第二點(diǎn)中明確提出“以特別的英斷，倚仗外國(guó)軍隊(duì)，則防長(zhǎng)二州（長(zhǎng)州藩）一擊之下必然潰敗”，“借此一舉斷然變革全日本國(guó)的封建制度，顯露（幕府）威光”。

雖然福澤給幕府的意見(jiàn)書(shū)錯(cuò)過(guò)了時(shí)機(jī)，并沒(méi)有產(chǎn)生影響政局的效果，但是卻能看出他此時(shí)的政治抱負(fù)和理念。他不惜冒著國(guó)家權(quán)益受損甚至可能陷入殖民地半殖民地的風(fēng)險(xiǎn)，也要主張幕府借用外國(guó)——按當(dāng)時(shí)的情況只能是法國(guó)——的軍隊(duì)來(lái)討伐長(zhǎng)州藩，以平定內(nèi)亂。其主要原因是他對(duì)幕府的忠誠(chéng)，和他判斷時(shí)局已經(jīng)十分危急嚴(yán)重，另外還有太平天國(guó)在中國(guó)失敗的影響。雖然沒(méi)有直接的資料顯示他知道太平天國(guó)的結(jié)局，但是在幕府翻譯外國(guó)文件、報(bào)刊，并且平時(shí)十分關(guān)心注意中國(guó)政局變化的福澤諭吉應(yīng)該知道，就在兩年前的1864年清政府終于攻克天京逼死洪秀全，徹底地鎮(zhèn)壓了太平天國(guó)運(yùn)動(dòng)（所以他敢說(shuō)“仿效中國(guó)長(zhǎng)毛賊之轍”）。而且在他看來(lái)清政府能夠扭轉(zhuǎn)一開(kāi)始時(shí)的頹勢(shì)，關(guān)鍵在于得到西洋列強(qiáng)的支持，能夠購(gòu)買(mǎi)武器甚至直接借助外國(guó)軍隊(duì)，才能最終鎮(zhèn)壓成功。而面臨同樣危險(xiǎn)局勢(shì)的幕府當(dāng)局也應(yīng)該當(dāng)機(jī)立斷，不惜借助外國(guó)勢(shì)力，首先把國(guó)內(nèi)叛亂鎮(zhèn)壓下去，繼而借助鎮(zhèn)壓成功的威勢(shì)改革國(guó)內(nèi)政局。

關(guān)于國(guó)內(nèi)政治改革的方向，福澤諭吉在1866年11月給在美國(guó)留學(xué)的親戚福澤英之助的信中提到，“（大名）同盟之說(shuō)（即公武合體）如果施行，我國(guó)也將變得非常自由，我知道，這個(gè)自由就是戰(zhàn)爭(zhēng)的自由。無(wú)論怎么考慮，沒(méi)有將軍的君主專制，只是諸侯之間的會(huì)議，我國(guó)的文明開(kāi)化就不會(huì)

前進(jìn)”。也就是說(shuō)福澤構(gòu)想的政治理想，就是以將軍為君主的，廢除日本當(dāng)時(shí)的封建幕藩制度，建立中央集權(quán)的郡縣制度的國(guó)家體制。

這雖然并非福澤諭吉的首創(chuàng)，而是當(dāng)時(shí)幕府內(nèi)部開(kāi)明派官僚的一定程度的共識(shí)，但也可以使我們了解福澤諭吉所要實(shí)行的政治理想，是通過(guò)將軍、開(kāi)明派官僚等勢(shì)力推行的自上而下的政治改革。福澤諭吉一生都沒(méi)有反對(duì)國(guó)內(nèi)專制的言論，明治以后當(dāng)自由民權(quán)運(yùn)動(dòng)和政府展開(kāi)激烈對(duì)立的時(shí)候，他反復(fù)主張的是“官民調(diào)和”論，呼吁雙方克制容忍；而當(dāng)雙方的矛盾到了十分激烈無(wú)法調(diào)和的時(shí)候，他則積極主張對(duì)朝鮮、中國(guó)進(jìn)行侵略，以對(duì)外擴(kuò)張國(guó)權(quán)為手段轉(zhuǎn)移國(guó)內(nèi)的政治矛盾。

1867年1月，福澤受命再次隨同出訪美國(guó)。半年之后當(dāng)他回國(guó)的時(shí)候，幕府面臨的政治局勢(shì)更加惡化。11月9日，繼任的將軍慶喜在倒幕派的逼迫下，向天皇提交了大政奉還的申請(qǐng)書(shū)，名義上返還了天皇授予幕府將軍的獨(dú)攬行政的大權(quán)，此舉使倒幕派失去了發(fā)動(dòng)武力攻擊的借口。但1868年1月3日，在薩、長(zhǎng)、土、廣島、名古屋、福井等藩藩兵重重守衛(wèi)下的京都皇宮里，主張王政復(fù)古的公卿聚集開(kāi)會(huì)，會(huì)議決定以天皇的名義發(fā)布“王政復(fù)古令”，命令在座的慶喜辭去官職、返還土地支配權(quán)（辭官納地），并組成新政府。1月27日，將軍的幕府軍與新政府的政府軍在京都南郊的鳥(niǎo)羽、伏見(jiàn)等地開(kāi)戰(zhàn)。幕府軍在兵力數(shù)倍的優(yōu)勢(shì)之下，最終仍然潰不成軍一敗涂地，將軍慶喜只得倉(cāng)皇逃回江戶。新政府軍乘勝追擊，4月5日和平占領(lǐng)江戶并隨即改為東京，最終完成稱之為“明治維新”的政權(quán)交替。雖然其后支持幕府的東北諸藩以及幕府直屬的海軍將領(lǐng)等還頑強(qiáng)抵抗到次年6月，但幕府的大勢(shì)已去。倒幕派成立了明治新政府，并以天皇的名義公布了施政綱領(lǐng)“五條誓文”，曾經(jīng)的“尊王攘夷”的口號(hào)此刻則像變戲法兒似的變成“開(kāi)國(guó)和親”。

福澤諭吉本人因?yàn)槌鰢?guó)時(shí)大量買(mǎi)書(shū)等瑣事而被告發(fā)，歸國(guó)后被命令在家謹(jǐn)慎反省。這件事情和隨后幕府崩潰的政局變化給了福澤諭吉以沉痛的精神打擊。等到處分解除的時(shí)候，已經(jīng)是慶喜被逼返還大政以后了。主張以將軍為國(guó)王的君主政體，統(tǒng)一全日本后施行文明開(kāi)化政策的忠誠(chéng)幕臣福澤，在明治維新的動(dòng)蕩局勢(shì)下，也只能小心翼翼地呆在家里，靜觀局勢(shì)變化。雖然此時(shí)他介紹西洋各國(guó)的著作如《西洋事情》《世界國(guó)盡》《西洋旅行手冊(cè)》《條約十一國(guó)記》《西洋衣食住》等書(shū)銷(xiāo)量極大，使得他聲名鵲起、名噪一時(shí)，但他在仕途上最終心灰意冷，決心專心著述，做一個(gè)讀書(shū)濟(jì)世的小民。