吳祿貞在日本士官學(xué)校就讀時(shí)的同窗好友良弼，在得知攝政王載灃起用袁世凱后，反對(duì)尤烈。他認(rèn)為亡大清者必定是袁世凱，于是屢次與載濤等人密議鏟除袁黨的方法。當(dāng)袁世凱南下督師后，良弼私擬以吳祿貞所統(tǒng)的第六鎮(zhèn)扼守京漢鐵路中段，阻止袁世凱北上，并相機(jī)除掉袁。吳祿貞見良弼有除袁的謀圖，欣喜不已，連忙表示愿意效忠；他早就想鏟除與革命勢不兩立、且多心術(shù)的袁世凱，進(jìn)而推翻清廷，以完成自立軍的未竟事業(yè)。

張紹曾在灤州截留軍火、與藍(lán)天蔚等聯(lián)銜電奏清廷后，攝政王載灃急派吳祿貞前去宣慰。吳祿貞到灤州后，卻召集將士發(fā)表反清演說：“蔭昌傾北京兵南征武昌，諸君倘偕我倒戈，掩北京不備，可無血刃而定。然后綏靖士民，易置帝政，而傳檄東南，釋甲寢兵，天下事大定了，還搞什么君主立憲！”他的演說使中下級(jí)官兵歡欣鼓舞，齊聲叫好。演說后，吳祿貞又與張紹曾密議，說：“兄率二十鎮(zhèn)往南，弟率六鎮(zhèn)往北，同趨北京，推翻清室，創(chuàng)造民國，如何？”張紹曾立表贊成，說：“兩軍會(huì)師北京后，可打出維護(hù)清室旗號(hào)，挾天子以令諸侯，先解決袁世凱，再分化漢口前線軍隊(duì)，似更穩(wěn)妥?！倍俗h妥后，即準(zhǔn)備分頭行動(dòng)。然而張紹曾與屬下各協(xié)統(tǒng)相商時(shí)，與徐世昌有舊交的潘矩楹卻不同意舉義，并向徐世昌告密。徐世昌奏請(qǐng)載灃后，立即將灤州車站所有車皮全都調(diào)至北京，以防運(yùn)兵；同時(shí)調(diào)吳祿貞的一協(xié)兵力開赴山西鎮(zhèn)壓起義軍。

吳祿貞趕往石家莊追回自己的部屬后，即改派參謀前往山西，以招撫名義與山西革命軍接洽，同時(shí)又派人南下與黎元洪聯(lián)系。為麻痹清廷內(nèi)閣，吳祿貞電奏說：赴山西作戰(zhàn)的第六鎮(zhèn)官兵奮勇殺敵，初戰(zhàn)告勝；現(xiàn)已停止攻擊，自己準(zhǔn)備單騎赴娘子關(guān)撫慰。載灃得奏后，降旨嘉獎(jiǎng)，并授吳祿貞署山西巡撫，想以晉職打動(dòng)其心，消其異志，同時(shí)亦讓其西進(jìn)太原，解除京漢路中段威脅。吳祿貞得旨后，卻違旨前往娘子關(guān)與山西都督閻錫山會(huì)晤。他告知閻錫山，說自己愿與山西革命軍攜手，決不就任山西巡撫，并鼓勵(lì)閻錫山說：“山西很要緊，山西光復(fù)，中國就光復(fù)。山西起義得正是時(shí)候，清廷已經(jīng)震動(dòng)。我第六鎮(zhèn)，加上張、藍(lán)軍，與山西軍會(huì)攻北京，指日可下。袁世凱是中國最狠毒之人，現(xiàn)一面借北洋軍壓迫黎元洪，一面又借革命軍壓迫清廷，兩面投機(jī)，是極危險(xiǎn)的竊國大盜。如果我等早日攻下北京，袁世凱就不會(huì)得逞?！遍愬a山對(duì)吳祿貞的主張完全贊同，當(dāng)即議定成立燕晉聯(lián)軍，以吳祿貞為大都督兼總司令，自己為副都督兼副總司令，并撥出兩營人馬歸吳祿貞指揮。

從娘子關(guān)返回后，吳祿貞又奉良弼之意，將北京開往漢口的一列裝滿輜重的火車截扣，并電奏清廷說：“自湖北兵變，各省響應(yīng)，如決江河，莫之能御。為今之計(jì)，莫若大赦革軍而息戰(zhàn)事。夫革軍之所以敢冒不韙，赴湯蹈火而不辭者，固欲求國民幸福，而非甘心與國家為難也?，F(xiàn)祿貞已經(jīng)招撫晉軍混成一協(xié)、巡防二十余營，可供征調(diào)。如蒙采一得之愚，請(qǐng)飭馮國璋軍隊(duì)退出漢口，愿以只身赴鄂，說以大義，命其投誠，以扶危局。倘彼不從，當(dāng)率所部二萬人以兵火相見。朝廷若不速定政見，深恐將士憤激，阻絕南北交通，而防害第一軍之后路，則非祿貞所能強(qiáng)制也。抑更有言者，官軍占領(lǐng)漢口，焚燒掠殺，慘無人道。祿貞桑梓所關(guān)，尤為心痛，此皆陸軍大臣蔭昌督師無狀，應(yīng)請(qǐng)圣裁，嚴(yán)行治罪。”接著，吳祿貞又電軍咨府，說自己“主張南北停戰(zhàn)，南方不聽，自告奮勇討伐，北方不聽，斷其后路”。

載灃得其電奏后，深恐吳祿貞有異舉，急忙下令要吳祿貞先靖西路之亂，并嘉獎(jiǎng)他招撫有功。然而徐世昌卻暗中將吳祿貞的電奏轉(zhuǎn)發(fā)袁世凱。袁世凱得電后大驚，他早把吳祿貞視為眼中釘，認(rèn)為他不應(yīng)竊取北洋第六鎮(zhèn)的統(tǒng)領(lǐng)大權(quán)，故曾不止一次在親信面前說吳不是自己人，必須除掉；不過他有時(shí)不明說，只揮右臂作一個(gè)有力的砍殺手勢。袁世凱擔(dān)心吳祿貞舉兵進(jìn)據(jù)北京，一舉推翻清廷，自己將難圓內(nèi)閣總理大臣的美夢(mèng)；更有甚者，如果吳祿貞在中原得手，北洋軍亦將處于南北夾擊的危險(xiǎn)之中，自己甚或性命難保，于是他決定剪除這一心腹大患。

袁世凱正愁無計(jì)下手時(shí)，恰好李純來告：“被吳祿貞撤職的第六鎮(zhèn)原十二協(xié)統(tǒng)領(lǐng)周符麟隨蔭昌在前線，他常在醉酒之后拔出所佩之刀，惡毒咒罵吳祿貞，一心想要報(bào)復(fù)?？偠胶尾灰挥么巳?？”袁世凱聽后大喜，即派李純與周符麟密商，令其下手刺殺吳祿貞。

周符麟受命后，立即潛往石家莊，用兩萬元收買了第六鎮(zhèn)騎兵第三營管帶馬惠田。馬惠田是東北人，系周符麟的同鄉(xiāng)，吳祿貞在延吉任陸軍協(xié)都統(tǒng)時(shí)曾令他任衛(wèi)隊(duì)長。第六鎮(zhèn)參謀何遂得知周符麟已來石家莊，與馬惠田秘密接觸，行動(dòng)有異，便立即報(bào)告吳祿貞。吳祿貞卻不以為意地說：“不要緊的，馬惠田是我的心腹，靠得住?！鄙院?，何遂又來報(bào)告，并要調(diào)一營取代馬惠田的三營來做吳的衛(wèi)隊(duì)，吳祿貞仍毫不在意，說：“不用了，禁衛(wèi)軍一團(tuán)人天天跟在我身邊我都不怕，這幾個(gè)人怕什么？”

入夜，志大氣豪的吳祿貞反而把馬惠田傳來問話，對(duì)他說：“聽說你要?dú)⑽?？你就殺罷?！?/p>

馬惠田急忙雙膝跪地，說：“統(tǒng)領(lǐng)待我甚厚，我天膽也不敢?！?/p>

吳祿貞笑笑說：“我量你也不敢，起來去吧。”

馬惠田走后，吳祿貞忙著在火車站辦公室召開軍官會(huì)議，擬定在11月初進(jìn)攻北京。會(huì)議完后，已是凌晨，但吳祿貞仍在辦公室批閱文件，這時(shí)馬惠田帶著三人突然進(jìn)來，吳祿貞一驚，厲聲喝道：“誰讓你們進(jìn)來的？”馬惠田和身后的人滿臉堆笑，一齊跪下說：“聽說大人升任山西巡撫，特此前來叩賀！”言畢抽槍射擊。吳祿貞后悔不已，急忙越窗出室，但窗外也布滿伏兵，他身中數(shù)槍而倒地，頭顱也被兇手割掉邀功領(lǐng)賞去了。

刺殺吳祿貞后，袁世凱重新控制了第六鎮(zhèn)。接著，他讓徐世昌授意第二十鎮(zhèn)第四十協(xié)協(xié)統(tǒng)潘矩楹逼迫張紹曾離開軍營。張紹曾聞吳祿貞被刺，已有幾分恐懼；見潘矩楹施以威脅，他急忙避走天津并藏匿在租界不出。逼張成功后，袁世凱即薦舉潘矩楹代理第二十鎮(zhèn)統(tǒng)制，借以安定后路。為了肅清北方革命勢力，袁世凱又派段祺瑞去山西安撫，任張錫鑾為山西巡撫，并命曹錕率北洋第三鎮(zhèn)入山西，將閻錫山軍趕出太原。