孫中山認為，日本明治維新的成功，不但是亞洲人的驕傲，也是中國革命成功的先導：亞洲今日因為有了強盛的日本，故世界上的白種人不但是不敢輕視日本人，并且不敢輕視亞洲人。所以日本強盛之后，不但是大和民族可以享受頭等民族的尊榮，就是其他亞洲人也可以抬高國際的地位。因為日本能夠強盛，故亞洲各國便生出無窮的希望。在孫中山看來，中國與日本命運相關：“日本維新是中國革命的第一步，中國革命是日本明治維新的第二步，中國革命同日本明治維新實在是一個意義。”盡管這種將中國與日本的政治變革糾纏在一起的思路在邏輯上令人費解，但中日聯(lián)合共謀亞洲復興的思想幾乎貫穿了孫中山的一生。

孫中山得到了日本人的推崇。

被孫中山稱為“人生得一知己”的日本民黨領袖犬養(yǎng)毅是他的崇拜者之一。犬養(yǎng)毅不但佩服孫中山關于中國革命與日本革命關系的論述，而且認為孫中山億萬黃金也買不動的共和決心完全具備了革命領袖的風范。他曾問孫中山除了革命之外還喜歡什么，孫中山的回答是女人和書。犬養(yǎng)毅對這個回答佩服得五體投地，他認為一個把女人放在書之前的人，能夠克制對女人的喜愛而忘我地讀書，必定是絕世雄才。

與日本人士一起，孫中山實踐著向亞洲其他國家輸出革命的理想。當菲律賓獨立軍決定舉行武裝起義的時候，強烈地推崇亞洲黃種人聯(lián)合起來的梅屋莊吉深入菲律賓與獨立軍首領建立了聯(lián)系，而且還介紹獨立軍的聯(lián)系人到日本拜會孫中山和宮崎寅藏。當即，孫中山允諾可以動員三萬人從廣東赴菲律賓參加武裝起義。孫中山的激情除了來自大亞洲革命的理念之外，他還認為一旦菲律賓革命成功，就可以借助那里的起義力量殺回來攻陷廣東。菲律賓獨立軍給了孫中山十萬元，作為籌集人員和武器的經(jīng)費，這是興中會得到的第一筆巨款，立即被派上了大用場：在香港創(chuàng)辦興中會機關報，建立接待會黨成員的機構，購買槍支策動新的武裝起義等等。孫中山告訴密友宮崎寅藏：“菲島再舉的準備已經(jīng)完成，惟因前事而受日本政府嚴格監(jiān)視，所以不知何時始能運出武器，因此當?shù)匚瘑T同意我們使用這些武器。大義沒有先后，我們當喚起風云大興義軍，以實現(xiàn)宿昔的希望。我事若能成功，菲島之獨立，自屬易如反掌?！?/p>

醞釀國內(nèi)的武裝起義，這一行動在孫中山到達日本之前已經(jīng)啟動，組織者是陳少白。陳少白根據(jù)興中會“聯(lián)絡會黨，召集舊人”的指示，參加了廣東嘉應和平縣的三合會，被封為三個重要的首領之一——“白扇”，即軍師。在陳少白的聯(lián)絡下，一九○○年二月，哥老會堂主、三合會首領和興中會領袖在香港齊聚一堂，這是興中會與中國南方著名民間會黨的前所未有的聯(lián)合。會議宣布成立聯(lián)合組織“興漢會”，推舉孫中山為總會長——“在今日之世，如果不通外間情勢而亂揭竿而起，可能貽不測之禍于百年之后，而我輩之中無一人能通外間情勢者。因此尤其寄望于孫君?！迸d漢會定綱領為：驅除韃虜，恢復中華，創(chuàng)立合眾政府。歃血起誓后，陳少白被封為“龍頭之龍頭”，意思是軍事總指揮。

在日本的孫中山開始全力籌集軍火，同時準備動身前往越南西貢指揮起義。就在這時，陳少白突然來信說，香港總督卜力和一位名叫何啟的香港立法院議員表示，有意撮合孫中山與李鴻章合作，共同分割大清帝國南方兩省的地盤。

據(jù)宮崎寅藏回憶，孫中山得知這一消息后心情復雜：翌晨還沒睡醒時，孫君來把我叫醒，并把我?guī)У搅硗庖皇艺f：“現(xiàn)在有一個問題，我想聽聽你的意見?！彼÷暤卣f：“前些日子，我友（何啟）和香港太守密會商議一件事。太守之意要李鴻章以兩廣為根據(jù)地宣布獨立（李鴻章時任兩廣總督），用我行新政，他（香港太守）將暗中為其保護者以策無事。他以此事說服李，李也為了年老后的紀念贊成此事，惟拳匪之亂漸盛，京廷促李急切北上。李不堪其情，將于今日北上。但太守欲扼此處，以阻其行，并約定于今日十一時與李密會。李若停止其行，太守將解除保安條例，擬令我登陸，與之密談，昨日深夜派人來問，我是否有意上岸參加密談，并問我對于此事的意見如何?！睙o法得知孫中山據(jù)何判斷李鴻章會為“年老后的紀念”而拿自己的位尊權重與榮華富貴去冒險。有資料顯示，此事絕不是李鴻章的主動，而是興中會員陳少白和香港立法院議員何啟的密謀。陳少白和何啟的最初設想是：外國聯(lián)軍攻打北京，朝廷要求北上勤王，但南方的封疆大吏們均按兵不動。因此，有理由尋求革命黨人與李鴻章的聯(lián)合，由李鴻章向朝廷宣布兩廣獨立，然后孫中山率革命黨人進入兩廣地區(qū)。陳少白寫信征詢孫中山的意見，得到首肯。于是，陳少白致信香港總督，言“兩廣盜匪遍地，人心惶惶，若聽李鴻章離開廣州而北上，則兩廣必危，后患不堪設想。香港密邇兩廣，必受莫大之影響。體察大勢，應請轉勸李鴻章停止北上。際此中央無王，正宜諷其據(jù)兩廣，宜宣告獨立以維治安”。信的落款人是：孫逸仙、楊衢云、陳少白、謝瓚泰、鄭士良、鄧蔭南、史堅如等。陳少白還請求英國人幫助他們在兩廣地區(qū)建立新的政權，至于信中開列的新政權的樣式和執(zhí)政方針則十分簡陋：成立中央政府、各省成立自治政府、權力屬于全社會、增加文武官吏的俸祿、制定合理的憲法和律法，將科舉變成“專門之學”。即便如此，香港總督也認為這一舉動符合英國的利益。于是他寫信給即將奉旨北上議和的李鴻章，承諾如果他能夠毅然宣布兩廣獨立，香港總督不但可以相機協(xié)助，而且還可以聯(lián)合各國領事一致支持。

因為有過上書李鴻章失敗的教訓，孫中山對李鴻章能否合作將信將疑，他依舊在積極地籌備武裝起義——無論與李鴻章的聯(lián)合是否成功，分割大清帝國的一部分、建立一個共和國的目的在孫中山心里始終沒有絲毫動搖。

一九○○年七月十六日，孫中山乘日輪“佐渡丸”號再次抵達香港附近海面，但被通知不準登岸。就在孫中山焦急地在海面上等待的時候，李鴻章的“平安”號輪船自廣州抵達香港。他與香港總督卜力交談甚歡，但談話并沒有一句涉及孫中山。又過了一天，李鴻章的豪華船隊從香港啟程，兩廣總督要為陷入巨禍中的朝廷和太后分憂解難去了。

孫中山立即召開軍事會議，策劃即將發(fā)動的武裝起義。