清廷改革官制目的有三：

一、加強中央集權。應該說，有效的中央集權是進行變革的前提。作為一個帝制國家，中央行政權力之一統(tǒng)并沒有太大問題，問題是大清帝國不堪回首的歷史實在特殊：自太平天國起義以來，由于滿族清軍的羸弱，地方漢人軍隊不斷組建，比如曾國藩的湘軍以及李鴻章的淮軍，結果是嚴重地削弱了以滿族貴族為核心的中央權力。加之洋務運動所帶來的近代經(jīng)濟的崛起，大清帝國各省督撫的權勢與財力不斷擴張。一九○○年，庚子事變中，南方各省的封疆大吏公開宣布皇帝的圣旨是“亂命”，拒絕北上勤王并聲稱自己要“東南互?！?，結果眼看著外國聯(lián)軍打進京城清廷被迫逃亡。此乃一個國家南北迥異的罕見怪相，足以說明清廷一統(tǒng)權力的失效。為了加強中央集權，實現(xiàn)行政統(tǒng)一，必須通過官制改革削減地方督撫的權力，尤其是軍權和財權，以彌補權威合法性的流失所帶來的危機，提高中央樞要對國家變革的控制力。經(jīng)驗證明，當一個政權必須進行政體變革的時候，一旦中央權威受到挑戰(zhàn)或缺乏掌控力，其執(zhí)政權很可能在變革成功之前就先垮掉了。

二、保障政府規(guī)范運作。大清帝國流弊日多的官場規(guī)則相沿甚久，除了通行于全國官場的貪污腐敗之外，僅官制制度的弊端就足以令人擔憂：一是權限不分，特別是行政官員同時兼有立法權和司法權，也就是說他們既是立法者又是執(zhí)法者，從而導致官吏徇私枉法的行為無人監(jiān)督，導致嚴重侵害民眾利益的事件接連不斷。二是職任不明，官場內既有官吏身兼數(shù)職，也有數(shù)位官吏共任一職，結果導致機構臃腫，人浮于事，敷衍推諉。三是職權殘缺混亂。吏部是發(fā)布任命書的機構，卻沒有官吏考察權和任命權；戶部連統(tǒng)計權都沒有，實際上只是個出納機構；兵部只管官吏兵籍和武職的升轉，卻沒有統(tǒng)轄軍隊的權力；更重要的是中樞權力部門，管理者不能說少，可是職責不清導致相互掣肘，嚴重妨害了職能的有效履行；另外，一些閑散的衙門，從設置的那天起就沒有實際用處，卻養(yǎng)著大量級別甚高的官員，耗費了政府的大量財力。

三、建立與經(jīng)濟發(fā)展匹配的政治運行機制。經(jīng)濟條件是政治變革最為重要的環(huán)境因素。自洋務運動興起以來，中國自給自足的封建經(jīng)濟被悄然改變。特別是太平天國起義結束后，權力日增的地方督撫們紛紛熱衷于發(fā)展近代軍事和民用工業(yè)。盡管這種工業(yè)化進程帶有明顯的官僚主導的特質，但終究是形成了近代經(jīng)濟發(fā)展的不可逆轉的雛形。近幾十年來，面對這種新的經(jīng)濟狀況，清廷從來沒有積極地在政治上出臺應對政策，更沒有積極地建立與之相應的管理機制，這種被動除了導致中央集權受到削弱之外，另外一個更為嚴重的后果就是中央財政的日漸枯竭。為了適應經(jīng)濟發(fā)展，增加財政收入，支持并管理諸如郵電、電報、交通、運輸?shù)葘崢I(yè)，中央政府必須建立與新型經(jīng)濟樣式相匹配的行政運行機制。如果依然維持現(xiàn)狀，不要說革命黨人的武裝暴動，就是不可阻擋的經(jīng)濟浪潮，也足以把大清帝國業(yè)已松散的舊體制沖垮。

但是，官制改革，或者稱為行政改革，又是政體變革中最難進行的。因為它意味著權力的再分配，不可避免地直接影響到龐大官僚體制中每一個人，必然會嚴重損害相當一部分官員的既得利益。從這個意義上講，官制改革就是大清帝國那些開明的執(zhí)政者、那些試圖讓國家向憲政制度邁進的執(zhí)政者冒著也許會威脅自身利益和前途的風險而先拿自己開刀。

如何進行官制改革，端方和戴鴻慈的奏折影響甚大。

兩位大臣在奏折中提出了八項建議：一、建立責任內閣制，“以求中央行政之統(tǒng)一”。所謂責任內閣，即由“首相及各部之國務大臣，組成一合議之政府”，國家的一切施政措施，“由閣臣全體議定”，如果偶有缺失，“則閣臣全體同負其責”。二、明確中央與地方各自的權限，以理順國家行政運作的通道。即“明定職權，劃分限制，以某項屬之各部，雖疆吏亦必奉行；以某項屬之督撫，雖部臣不能摻越。如此，則部臣疆吏于其權限內應行之事，無所用其推諉；于其權限外侵軼之事，無所施其阻撓”。三、各行政機構應設輔佐官，而中央各部決策權當歸一人，以強化行政效率。目前的政府各部，既有尚書又有侍郎，兩者“職處平等”，結果是決策與輔佐的效能皆不具備。行政部門主管林立，貌似誰都可以施政，實際誰也可以不管，此乃官制的最大弊端，即“絕無分勞赴功之效，唯有推諉牽掣之能”。四、中央各部裁掉多余的官吏，歸并職能重疊的部門。大清國原有吏、戶、禮、兵、刑、工六部，“惟戶、刑、兵三部最為切要”。新政實施后又增設外、商、警、學四部，政體似乎更加完備，但仍有“冗而無當”之嫌。建議設、改、并為內務部、財政部、外務部、軍部、法部、學務部、商部、交通部、殖務部，此九部為國家最高行政官署。五、進行地方官制改革。目前各省官制“未臻妥洽”的原因是：“官署之階級太多，輔佐之職分不備，地方之自治不修”。只有官治而無自治，各級官吏層層疊疊，政事民情多費周折才能被政府獲悉，因此亟需裁制。而地方司法與行政分立，既可養(yǎng)成民眾的自治精神，又是未來國家實行憲政的基礎。六、地方官員不能兼任諸如司法和稅收等部門的官職?！八痉ㄅc行政兩權分峙獨立，不容相混，此世界近六百余年來之公理”。行政官員管理地方事務，“遷就瞻徇，勢所難免”，往往會導致以行政之名損害法律的公平。所以，行政與司法兩職決不能“相兼”。七、內外衙署都要設立書記官以取代吏胥。吏胥，沒有品級的公務人員，長時間地盤踞在衙門內，“因熟于例文藉以自固”，同時又難免枉法循私“致僨國事”。八、更定官員的任用、升轉、懲戒、俸給、恩賞的法規(guī)以及官吏體制。舊制下的官吏，或科舉或捐納或保舉，科舉雖為“正途”但“所學皆非所用”，捐納更使各色人等進入官場。今日科舉捐納都已取消，有志于為政的人“茫然莫知所適”，因此亟需制定新官制以使有“治事之能”的人為國家所用，同時又能“以各項恩懲法規(guī)使為官者勤事澄肅”。