1809年3月4日，五十八歲的麥迪遜就任美國(guó)第4任總統(tǒng)，“弗吉尼亞王朝”得以延續(xù)（因?yàn)槊绹?guó)前5任總統(tǒng)中有四位來(lái)自弗吉尼亞，故有此稱）。

麥迪遜上任后遇到了黨內(nèi)外反對(duì)勢(shì)力的反對(duì)和敵視，對(duì)此他在組閣時(shí)作了妥協(xié)。后來(lái)的事實(shí)證明，這不是一個(gè)得心應(yīng)手的內(nèi)閣班子，其中一些重要成員給他帶來(lái)了不少麻煩。

麥迪遜就任總統(tǒng)時(shí)，美國(guó)面臨的國(guó)際環(huán)境十分險(xiǎn)惡，對(duì)外貿(mào)易困難重重，國(guó)內(nèi)存在著嚴(yán)重的意見(jiàn)分歧。麥迪遜企圖實(shí)施杰斐遜政府末期通過(guò)的《不交往法》，以便結(jié)束英法對(duì)美國(guó)航運(yùn)的騷擾。但令人遺憾的是，歐洲列強(qiáng)并不關(guān)注一個(gè)新生的軍事力量弱小的國(guó)家的權(quán)利和商業(yè)利益，因此麥迪遜不得不實(shí)施《第二號(hào)梅肯法》，宣布廢除不交往法，提出：如英法之中任何一國(guó)改變其做法，不再侵犯美國(guó)的權(quán)利，美國(guó)就與該國(guó)交好并對(duì)另一國(guó)重施不交往法。法國(guó)對(duì)此表示，只要美國(guó)對(duì)英國(guó)實(shí)施不交往法，法國(guó)將與美國(guó)恢復(fù)正常貿(mào)易。于是美國(guó)對(duì)英國(guó)實(shí)施了貿(mào)易懲罰措施。但這一措施所產(chǎn)生的效果也不明顯。

1811年，在現(xiàn)今的印第安納州境內(nèi)發(fā)生了一次印第安人的暴動(dòng)，在反英情緒的驅(qū)使下，國(guó)內(nèi)輿論把此事件歸咎于英國(guó)人的挑唆，因此對(duì)英宣戰(zhàn)的輿論一浪高過(guò)一浪。麥迪遜無(wú)法抵御這一來(lái)勢(shì)洶涌的浪潮，再加上他的外交政策已經(jīng)走進(jìn)了死胡同，于是要求國(guó)會(huì)對(duì)英宣戰(zhàn)。

在經(jīng)過(guò)了一場(chǎng)美國(guó)歷史上耗時(shí)最長(zhǎng)的激烈辯論之后，宣戰(zhàn)議案在眾院得以順利通過(guò)，但在參議院遇到了較大阻力，反對(duì)派提出的同時(shí)向英法開(kāi)戰(zhàn)的議案差一點(diǎn)被通過(guò)。最終，議案仍得以通過(guò)。與此同時(shí)，麥迪遜也擊敗了黨內(nèi)外的反對(duì)勢(shì)力，在爭(zhēng)取連任總統(tǒng)的選舉中大獲全勝。

盡管麥迪遜早在1811年末就要求做好備戰(zhàn)準(zhǔn)備，但戰(zhàn)爭(zhēng)開(kāi)始時(shí)，美國(guó)陸海軍的力量仍非常弱小，根本無(wú)法與英軍正面抗衡，國(guó)家也沒(méi)有相應(yīng)的財(cái)政計(jì)劃。而且麥迪遜此時(shí)在國(guó)內(nèi)還要面對(duì)強(qiáng)大的反戰(zhàn)勢(shì)力，特別是新英格蘭反對(duì)宣戰(zhàn)甚至以脫離聯(lián)邦相要挾。

在陸戰(zhàn)中，威廉·赫爾將軍的遠(yuǎn)征軍兵敗加拿大；底特律戰(zhàn)役、尼加拉河戰(zhàn)役的失敗不僅使美軍蒙羞，而且也使他們喪失了戰(zhàn)略上的主動(dòng)權(quán)，并致使英軍長(zhǎng)驅(qū)直入，對(duì)美國(guó)內(nèi)陸地區(qū)進(jìn)行蹂躪。由于主戰(zhàn)派和廣大民眾都高估了美國(guó)的軍力，因此當(dāng)失敗來(lái)臨時(shí)都顯得束手無(wú)策，抱怨之聲此起彼伏。

1814年夏天，英國(guó)增兵北美，發(fā)動(dòng)新的攻勢(shì)。他們經(jīng)切薩皮克灣攻入首都，大肆劫掠破壞，國(guó)會(huì)大廈和總統(tǒng)官邸以及一些政府機(jī)構(gòu)被付之一炬，國(guó)會(huì)圖書(shū)館也損失慘重。出逃中的麥迪遜遙望首都的大火，心憂如焚。其妻多莉逃離前冒火搶救了斯圖爾特畫(huà)的華盛頓全身肖像和許多珍貴物品，但她在混亂之中與丈夫走散。勝利的英軍驕傲地在美國(guó)的土地上凱旋行進(jìn)，其中一支軍隊(duì)在經(jīng)過(guò)華盛頓陵墓時(shí)竟放禮炮表示致敬，但在他們身后卻留下了片片廢墟。